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[matrix] Annotation of /pkg/Matrix/src/Mutils.h
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Annotation of /pkg/Matrix/src/Mutils.h

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Revision 1555 - (view) (download) (as text)
Original Path: pkg/src/Mutils.h

1 : bates 10 #ifndef MATRIX_MUTILS_H
2 :     #define MATRIX_MUTILS_H
3 :    
4 : bates 582 #ifdef __cplusplus
5 :     extern "C" {
6 :     #endif
7 : maechler 890
8 : maechler 1394 #include <Rdefines.h> /* Rinternals.h + GET_SLOT etc */
9 :     #include <R.h> /* includes Rconfig.h */
10 : maechler 890
11 : bates 582 #ifdef ENABLE_NLS
12 :     #include <libintl.h>
13 :     #define _(String) dgettext ("Matrix", String)
14 :     #else
15 :     #define _(String) (String)
16 :     #endif
17 : maechler 890
18 :     SEXP triangularMatrix_validate(SEXP obj);
19 :     SEXP symmetricMatrix_validate(SEXP obj);
20 : maechler 1164 SEXP dense_nonpacked_validate(SEXP obj);
21 : maechler 890
22 : bates 582 /* enum constants from cblas.h and some short forms */
23 :     enum CBLAS_ORDER {CblasRowMajor=101, CblasColMajor=102};
24 :     enum CBLAS_TRANSPOSE {CblasNoTrans=111, CblasTrans=112, CblasConjTrans=113};
25 :     enum CBLAS_UPLO {CblasUpper=121, CblasLower=122};
26 :     enum CBLAS_DIAG {CblasNonUnit=131, CblasUnit=132};
27 :     enum CBLAS_SIDE {CblasLeft=141, CblasRight=142};
28 : bates 447 #define RMJ CblasRowMajor
29 :     #define CMJ CblasColMajor
30 :     #define NTR CblasNoTrans
31 :     #define TRN CblasTrans
32 :     #define CTR CblasConjTrans
33 :     #define UPP CblasUpper
34 :     #define LOW CblasLower
35 :     #define NUN CblasNonUnit
36 :     #define UNT CblasUnit
37 :     #define LFT CblasLeft
38 :     #define RGT CblasRight
39 :    
40 : bates 10 char norm_type(char *typstr);
41 :     char rcond_type(char *typstr);
42 :     double get_double_by_name(SEXP obj, char *nm);
43 :     SEXP set_double_by_name(SEXP obj, double val, char *nm);
44 :     SEXP as_det_obj(double val, int log, int sign);
45 : bates 476 SEXP get_factors(SEXP obj, char *nm);
46 :     SEXP set_factors(SEXP obj, SEXP val, char *nm);
47 : bates 478 SEXP dgCMatrix_set_Dim(SEXP x, int nrow);
48 : maechler 943
49 : bates 1555 /* int csc_unsorted_columns(int ncol, const int p[], const int i[]); */
50 :     /* void csc_sort_columns(int ncol, const int p[], int i[], double x[]); */
51 :     /* SEXP csc_check_column_sorting(SEXP A); */
52 : bates 493 SEXP Matrix_make_named(int TYP, char **names);
53 : bates 592 SEXP check_scalar_string(SEXP sP, char *vals, char *nm);
54 : bates 597 double *packed_getDiag(double *dest, SEXP x);
55 : bates 862 SEXP Matrix_getElement(SEXP list, char *nm);
56 : bates 592
57 : maechler 952 #define PACKED_TO_FULL(TYPE) \
58 :     TYPE *packed_to_full_ ## TYPE(TYPE *dest, const TYPE *src, \
59 :     int n, enum CBLAS_UPLO uplo)
60 :     PACKED_TO_FULL(double);
61 :     PACKED_TO_FULL(int);
62 :     #undef PACKED_TO_FULL
63 : bates 738
64 : maechler 952 #define FULL_TO_PACKED(TYPE) \
65 :     TYPE *full_to_packed_ ## TYPE(TYPE *dest, const TYPE *src, int n, \
66 :     enum CBLAS_UPLO uplo, enum CBLAS_DIAG diag)
67 :     FULL_TO_PACKED(double);
68 :     FULL_TO_PACKED(int);
69 :     #undef FULL_TO_PACKED
70 :    
71 :    
72 : bates 592 extern /* stored pointers to symbols initialized in R_init_Matrix */
73 : bates 329 #include "Syms.h"
74 : bates 10
75 : bates 432 /* zero an array */
76 : bates 441 #define AZERO(x, n) {int _I_, _SZ_ = (n); for(_I_ = 0; _I_ < _SZ_; _I_++) (x)[_I_] = 0;}
77 : bates 432
78 : bates 597 /* number of elements in one triangle of a square matrix of order n */
79 :     #define PACKED_LENGTH(n) ((n) * ((n) + 1))/2
80 :    
81 : bates 738 /* duplicate the slot with name given by sym from src to dest */
82 :     #define slot_dup(dest, src, sym) SET_SLOT(dest, sym, duplicate(GET_SLOT(src, sym)))
83 :    
84 : maechler 951 #define uplo_P(_x_) CHAR(STRING_ELT(GET_SLOT(_x_, Matrix_uploSym), 0))
85 :     #define diag_P(_x_) CHAR(STRING_ELT(GET_SLOT(_x_, Matrix_diagSym), 0))
86 : bates 1461 #define class_P(_x_) CHAR(asChar(getAttrib(_x_, R_ClassSymbol)))
87 : maechler 951
88 : maechler 1548 #define Real_kind(_x_) (isReal(GET_SLOT(_x_, Matrix_xSym)) ? 0 : \
89 :     (isLogical(GET_SLOT(_x_, Matrix_xSym)) ? 1 : \
90 :     -1))
91 :    
92 :    
93 : maechler 890 /**
94 : bates 597 * Check for valid length of a packed triangular array and return the
95 :     * corresponding number of columns
96 : maechler 890 *
97 : bates 597 * @param len length of a packed triangular array
98 : maechler 890 *
99 : bates 597 * @return number of columns
100 :     */
101 :     static R_INLINE
102 : maechler 890 int packed_ncol(int len)
103 : bates 597 {
104 :     int disc = 8 * len + 1; /* discriminant */
105 :     int sqrtd = (int) sqrt((double) disc);
106 :    
107 :     if (len < 0 || disc != sqrtd * sqrtd)
108 :     error(_("invalid 'len' = %d in packed_ncol"));
109 :     return (sqrtd - 1)/2;
110 :     }
111 :    
112 : maechler 890 /**
113 : bates 536 * Allocate an SEXP of given type and length, assign it as slot nm in
114 :     * the object, and return the SEXP. The validity of this function
115 :     * depends on SET_SLOT not duplicating val when NAMED(val) == 0. If
116 :     * this behavior changes then ALLOC_SLOT must use SET_SLOT followed by
117 :     * GET_SLOT to ensure that the value returned is indeed the SEXP in
118 :     * the slot.
119 : maechler 890 *
120 : bates 536 * @param obj object in which to assign the slot
121 :     * @param nm name of the slot, as an R name object
122 :     * @param type type of SEXP to allocate
123 :     * @param length length of SEXP to allocate
124 : maechler 890 *
125 : bates 536 * @return SEXP of given type and length assigned as slot nm in obj
126 :     */
127 :     static R_INLINE
128 :     SEXP ALLOC_SLOT(SEXP obj, SEXP nm, SEXPTYPE type, int length)
129 :     {
130 :     SEXP val = allocVector(type, length);
131 : bates 441
132 : bates 536 SET_SLOT(obj, nm, val);
133 :     return val;
134 :     }
135 :    
136 : maechler 890 /**
137 : bates 679 * Expand compressed pointers in the array mp into a full set of indices
138 : bates 536 * in the array mj.
139 : maechler 890 *
140 : bates 679 * @param ncol number of columns (or rows)
141 : bates 536 * @param mp column pointer vector of length ncol + 1
142 : bates 679 * @param mj vector of length mp[ncol] to hold the result
143 : maechler 890 *
144 : bates 536 * @return mj
145 :     */
146 :     static R_INLINE
147 : bates 679 int* expand_cmprPt(int ncol, const int mp[], int mj[])
148 : bates 536 {
149 :     int j;
150 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
151 :     int j2 = mp[j+1], jj;
152 :     for (jj = mp[j]; jj < j2; jj++) mj[jj] = j;
153 :     }
154 :     return mj;
155 :     }
156 :    
157 : maechler 1200 void make_d_matrix_triangular(double *x, SEXP from);
158 :     void make_i_matrix_triangular( int *x, SEXP from);
159 : bates 582
160 : maechler 1200 void make_d_matrix_symmetric(double *to, SEXP from);
161 :     void make_i_matrix_symmetric( int *to, SEXP from);
162 :    
163 : bates 738 SEXP Matrix_expand_pointers(SEXP pP);
164 :    
165 : maechler 1432 SEXP dup_mMatrix_as_dgeMatrix(SEXP A);
166 : bates 1395
167 : bates 1461 static R_INLINE SEXP
168 :     mMatrix_as_dgeMatrix(SEXP A)
169 :     {
170 : bates 1463 return strcmp(class_P(A), "dgeMatrix") ? dup_mMatrix_as_dgeMatrix(A) : A;
171 : bates 1461 }
172 : bates 1416
173 :     /**
174 :     * Return the 0-based index of a string match in a vector of strings
175 :     * terminated by an empty string. Returns -1 for no match.
176 :     *
177 :     * @param dest class string to match
178 :     * @param valid vector of possible matches terminated by an empty string
179 :     *
180 :     * @return index of match or -1 for no match
181 :     */
182 :     static R_INLINE int
183 :     Matrix_check_class(char *class, char **valid)
184 :     {
185 :     int ans;
186 :     for (ans = 0; ; ans++) {
187 :     if (!strlen(valid[ans])) return -1;
188 :     if (!strcmp(class, valid[ans])) return ans;
189 :     }
190 :     }
191 :    
192 : bates 582 #ifdef __cplusplus
193 :     }
194 : bates 572 #endif
195 : bates 582
196 :     #endif /* MATRIX_MUTILS_H_ */

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