SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c
ViewVC logotype

Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1657, Wed Nov 1 16:29:53 2006 UTC revision 1708, Fri Dec 22 19:53:37 2006 UTC
# Line 7  Line 7 
7      /* NB: we do *NOT* check a potential 'x' slot here, at all */      /* NB: we do *NOT* check a potential 'x' slot here, at all */
8      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
9          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
10      int j, k, ncol, nrow, sorted,      int j, k, sorted,
11          *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),          *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
12            nrow = dims[0],
13            ncol = dims[1],
14          *xp = INTEGER(pslot),          *xp = INTEGER(pslot),
15          *xi = INTEGER(islot);          *xi = INTEGER(islot);
16    
     nrow = dims[0];  
     ncol = dims[1];  
17      if (length(pslot) != dims[1] + 1)      if (length(pslot) != dims[1] + 1)
18          return mkString(_("slot p must have length = ncol(.) + 1"));          return mkString(_("slot p must have length = ncol(.) + 1"));
19      if (xp[0] != 0)      if (xp[0] != 0)
# Line 46  Line 46 
46      cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);      cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
47    
48      Free(chxs);      Free(chxs);
49      return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1, Real_kind(x));      return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1, Real_kind(x),
50                                 GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
51  }  }
52    
53  SEXP Csparse_to_nz_pattern(SEXP x, SEXP tri)  SEXP Csparse_to_nz_pattern(SEXP x, SEXP tri)
# Line 143  Line 144 
144    
145  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)
146  {  {
147      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),      cholmod_sparse
148            *cha = as_cholmod_sparse(a),
149          *chb = as_cholmod_sparse(b);          *chb = as_cholmod_sparse(b);
150      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);
151      SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);      SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
# Line 156  Line 158 
158      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, 0, "", dn);      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, 0, "", dn);
159  }  }
160    
161  SEXP Csparse_Csparse_crossprod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_Csparse_crossprod(SEXP a, SEXP b, SEXP trans)
162  {  {
163      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),      int tr = asLogical(trans);
164        cholmod_sparse
165            *cha = as_cholmod_sparse(a),
166          *chb = as_cholmod_sparse(b);          *chb = as_cholmod_sparse(b);
167      cholmod_sparse *chta = cholmod_transpose(cha, 1, &c);      cholmod_sparse *chTr, *chc;
     cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(chta, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);  
168      SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);      SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
169    
170      Free(cha); Free(chb); cholmod_free_sparse(&chta, &c);  /*     cholmod_sparse *chTr = cholmod_transpose(cha, 1, &c); */
171    /*     cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(chTr, chb, 0, cha->xtype, 1, &c); */
172    
173        if (tr)
174            chTr = cholmod_transpose(chb, chb->xtype, &c);
175        else
176            chTr = cholmod_transpose(cha, cha->xtype, &c);
177        chc = cholmod_ssmult((tr) ? cha : chTr, (tr) ? chTr : chb,
178                             0, cha->xtype, 1, &c);
179    
180        Free(cha); Free(chb); cholmod_free_sparse(&chTr, &c);
181    
182      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
183                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 1)));                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), (tr) ? 0 : 1)));
184      SET_VECTOR_ELT(dn, 1,      SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
185                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), (tr) ? 0 : 1)));
186      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, 0, "", dn);      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, 0, "", dn);
187  }  }
188    
189  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)
190  {  {
191      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
192      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b)));      SEXP b_M = PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b));
193        cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b_M);
194      cholmod_dense *chc =      cholmod_dense *chc =
195          cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol, cha->nrow, chb->xtype, &c);          cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol, cha->nrow, chb->xtype, &c);
196        SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
197      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
198    
199      cholmod_sdmult(cha, 0, alpha, beta, chb, chc, &c);      cholmod_sdmult(cha, 0, alpha, beta, chb, chc, &c);
200      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
201      UNPROTECT(1);      UNPROTECT(1);
202      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0);      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
203                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));
204        SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
205                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b_M, Matrix_DimNamesSym), 1)));
206        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0, dn);
207  }  }
208    
209  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)
210  {  {
211      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
212      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b)));      SEXP b_M = PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b));
213        cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b_M);
214      cholmod_dense *chc =      cholmod_dense *chc =
215          cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol, cha->ncol, chb->xtype, &c);          cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol, cha->ncol, chb->xtype, &c);
216        SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
217      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
218    
219      cholmod_sdmult(cha, 1, alpha, beta, chb, chc, &c);      cholmod_sdmult(cha, 1, alpha, beta, chb, chc, &c);
220      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
221      UNPROTECT(1);      UNPROTECT(1);
222      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0);      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
223                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 1)));
224        SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
225                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b_M, Matrix_DimNamesSym), 1)));
226        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0, dn);
227  }  }
228    
229    /* Computes   x'x  or  x x'  -- see Csparse_Csparse_crossprod above for  x'y and x y' */
230  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)
231  {  {
232      int trip = asLogical(triplet),      int trip = asLogical(triplet),
# Line 228  Line 255 
255                                  /* create dimnames */                                  /* create dimnames */
256      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,
257                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym),                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym),
258                                          (tr) ? 1 : 0)));                                          (tr) ? 0 : 1)));
259      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));
260      UNPROTECT(1);      UNPROTECT(1);
261      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, 0, "", dn);      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, 0, "", dn);
# Line 285  Line 312 
312    
313  SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)  SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)
314  {  {
315        if (*diag_P(x) != 'U') {/* "trivially fast" when there's no 'diag' slot at all */
316            return (x);
317        }
318        else {
319      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
320      cholmod_sparse *eye = cholmod_speye(chx->nrow, chx->ncol, chx->xtype, &c);      cholmod_sparse *eye = cholmod_speye(chx->nrow, chx->ncol, chx->xtype, &c);
321      double one[] = {1, 0};      double one[] = {1, 0};
# Line 297  Line 328 
328      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, Rkind, "N",      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, Rkind, "N",
329                                duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));                                duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));
330  }  }
331    }
332    
333  SEXP Csparse_submatrix(SEXP x, SEXP i, SEXP j)  SEXP Csparse_submatrix(SEXP x, SEXP i, SEXP j)
334  {  {

Legend:
Removed from v.1657  
changed lines
  Added in v.1708

R-Forge@R-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business University of Wisconsin - Madison Powered By FusionForge