SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c
ViewVC logotype

Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1448, Sat Aug 26 03:29:36 2006 UTC revision 1657, Wed Nov 1 16:29:53 2006 UTC
# Line 4  Line 4 
4    
5  SEXP Csparse_validate(SEXP x)  SEXP Csparse_validate(SEXP x)
6  {  {
7        /* NB: we do *NOT* check a potential 'x' slot here, at all */
8      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
9          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
10      int j, ncol = length(pslot) - 1,      int j, k, ncol, nrow, sorted,
11          *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),          *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
12          nrow, *xp = INTEGER(pslot),          *xp = INTEGER(pslot),
13          *xi = INTEGER(islot);          *xi = INTEGER(islot);
14    
15      nrow = dims[0];      nrow = dims[0];
16      if (length(pslot) <= 0)      ncol = dims[1];
17          return mkString(_("slot p must have length > 0"));      if (length(pslot) != dims[1] + 1)
18            return mkString(_("slot p must have length = ncol(.) + 1"));
19      if (xp[0] != 0)      if (xp[0] != 0)
20          return mkString(_("first element of slot p must be zero"));          return mkString(_("first element of slot p must be zero"));
21      if (length(islot) != xp[ncol])      if (length(islot) != xp[ncol])
22          return mkString(_("last element of slot p must match length of slots i and x"));          return
23                mkString(_("last element of slot p must match length of slots i and x"));
24        for (j = 0; j < length(islot); j++) {
25            if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)
26                return mkString(_("all row indices must be between 0 and nrow-1"));
27        }
28        sorted = TRUE;
29      for (j = 0; j < ncol; j++) {      for (j = 0; j < ncol; j++) {
30          if (xp[j] > xp[j+1])          if (xp[j] > xp[j+1])
31              return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));              return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));
32            for (k = xp[j] + 1; k < xp[j + 1]; k++)
33                if (xi[k] < xi[k - 1]) sorted = FALSE;
34      }      }
35      for (j = 0; j < length(islot); j++) {      if (!sorted) {
36          if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)          cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
37              return mkString(_("all row indices must be between 0 and nrow-1"));          cholmod_sort(chx, &c);
38            Free(chx);
39      }      }
40      return ScalarLogical(1);      return ScalarLogical(1);
41  }  }
# Line 35  Line 46 
46      cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);      cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
47    
48      Free(chxs);      Free(chxs);
49      return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1);      return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1, Real_kind(x));
50  }  }
51    
52  SEXP Csparse_to_logical(SEXP x, SEXP tri)  SEXP Csparse_to_nz_pattern(SEXP x, SEXP tri)
53  {  {
54      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
55      cholmod_sparse      cholmod_sparse
# Line 51  Line 62 
62              -1 : 1;              -1 : 1;
63          diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));          diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));
64      }      }
65      return chm_sparse_to_SEXP(chxcp, 1, uploT, diag,      return chm_sparse_to_SEXP(chxcp, 1, uploT, 0, diag,
66                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
67  }  }
68    
# Line 69  Line 80 
80  {  {
81      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
82      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);
83      int uploT = 0; char *diag = "";      int uploT = 0;
84        char *diag = "";
85        int Rkind = (chxs->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
86    
87      Free(chxs);      Free(chxs);
88      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
89          uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;          uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;
90          diag = diag_P(x);          diag = diag_P(x);
91      }      }
92      return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1, uploT, diag,      return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1, uploT, Rkind, diag,
93                                 GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));                                 GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
94  }  }
95    
# Line 84  Line 97 
97  SEXP Csparse_symmetric_to_general(SEXP x)  SEXP Csparse_symmetric_to_general(SEXP x)
98  {  {
99      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;
100        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
101    
102      if (!(chx->stype))      if (!(chx->stype))
103          error(_("Nonsymmetric matrix in Csparse_symmeteric_to_general"));          error(_("Nonsymmetric matrix in Csparse_symmetric_to_general"));
104      chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ 0, chx->xtype, &c);      chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ 0, chx->xtype, &c);
105      /* xtype: pattern, "real", complex or .. */      /* xtype: pattern, "real", complex or .. */
106      Free(chx);      Free(chx);
107      return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, "",      return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "",
108                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
109    }
110    
111    SEXP Csparse_general_to_symmetric(SEXP x, SEXP uplo)
112    {
113        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;
114        int uploT = (*CHAR(asChar(uplo)) == 'U') ? -1 : 1;
115        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
116    
117        chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ uploT, chx->xtype, &c);
118        /* xtype: pattern, "real", complex or .. */
119        Free(chx);
120        return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "",
121                                GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));                                GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
122  }  }
123    
124  SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)  SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)
125  {  {
126      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
127        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
128      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);
129      SEXP dn = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))), tmp;      SEXP dn = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))), tmp;
130      int uploT = 0; char *diag = "";      int uploT = 0; char *diag = "";
# Line 110  Line 138 
138          uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;          uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;
139          diag = diag_P(x);          diag = diag_P(x);
140      }      }
141      return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, uploT, diag, dn);      return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, uploT, Rkind, diag, dn);
142  }  }
143    
144  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)
# Line 125  Line 153 
153                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));
154      SET_VECTOR_ELT(dn, 1,      SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
155                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));
156      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, "", dn);      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, 0, "", dn);
157    }
158    
159    SEXP Csparse_Csparse_crossprod(SEXP a, SEXP b)
160    {
161        cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),
162            *chb = as_cholmod_sparse(b);
163        cholmod_sparse *chta = cholmod_transpose(cha, 1, &c);
164        cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(chta, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);
165        SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
166    
167        Free(cha); Free(chb); cholmod_free_sparse(&chta, &c);
168        SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
169                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 1)));
170        SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
171                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));
172        return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, 0, "", dn);
173  }  }
174    
175  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)
176  {  {
177      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
178      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b)));
179      cholmod_dense *chc =      cholmod_dense *chc =
180          cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol, cha->nrow, chb->xtype, &c);          cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol, cha->nrow, chb->xtype, &c);
181      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
182    
183      cholmod_sdmult(cha, 0, alpha, beta, chb, chc, &c);      cholmod_sdmult(cha, 0, alpha, beta, chb, chc, &c);
184      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
185      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);      UNPROTECT(1);
186        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0);
187  }  }
188    
189  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)
190  {  {
191      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
192      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b)));
193      cholmod_dense *chc =      cholmod_dense *chc =
194          cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol, cha->ncol, chb->xtype, &c);          cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol, cha->ncol, chb->xtype, &c);
195      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
196    
197      cholmod_sdmult(cha, 1, alpha, beta, chb, chc, &c);      cholmod_sdmult(cha, 1, alpha, beta, chb, chc, &c);
198      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
199      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);      UNPROTECT(1);
200        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0);
201  }  }
202    
203  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)
# Line 169  Line 215 
215          chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);          chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);
216      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);
217      if(!chcp)      if(!chcp)
218          error("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()");          error(_("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()"));
219      cholmod_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);      cholmod_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);
220      chcp->stype = 1;      chcp->stype = 1;
221      if (trip) {      if (trip) {
# Line 185  Line 231 
231                                          (tr) ? 1 : 0)));                                          (tr) ? 1 : 0)));
232      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));
233      UNPROTECT(1);      UNPROTECT(1);
234      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, "", dn);      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, 0, "", dn);
235  }  }
236    
237    SEXP Csparse_drop(SEXP x, SEXP tol)
238    {
239        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
240            *ans = cholmod_copy(chx, chx->stype, chx->xtype, &c);
241        double dtol = asReal(tol);
242        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
243    
244        if(!cholmod_drop(dtol, ans, &c))
245            error(_("cholmod_drop() failed"));
246        Free(chx);
247        /* FIXME: currently drops dimnames */
248        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
249    }
250    
251    
252  SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)  SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)
253  {  {
254      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
255          *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;          *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
256        int Rkind = 0; /* only for "d" - FIXME */
257    
258      ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);      ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);
259      Free(chx); Free(chy);      Free(chx); Free(chy);
260      /* FIXME: currently drops dimnames */      /* FIXME: currently drops dimnames */
261      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
262  }  }
263    
264  SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)  SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)
265  {  {
266      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
267          *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;          *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
268        int Rkind = 0; /* only for "d" - FIXME */
269    
270      ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);      ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);
271      Free(chx); Free(chy);      Free(chx); Free(chy);
272      /* FIXME: currently drops dimnames */      /* FIXME: currently drops dimnames */
273      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
274  }  }
275    
276  SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)  SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)
277  {  {
278      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *ans;      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *ans;
279        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
280    
281      ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);      ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);
282      Free(chx);      Free(chx);
283      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
284  }  }
285    
286  SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)  SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)
# Line 227  Line 291 
291      cholmod_sparse *ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);      cholmod_sparse *ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);
292      int uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?      int uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
293          -1 : 1;          -1 : 1;
294        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
295    
296      Free(chx); cholmod_free_sparse(&eye, &c);      Free(chx); cholmod_free_sparse(&eye, &c);
297      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, "N",      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, Rkind, "N",
298                                duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));                                duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));
299  }  }
300    
# Line 238  Line 303 
303      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
304      int rsize = (isNull(i)) ? -1 : LENGTH(i),      int rsize = (isNull(i)) ? -1 : LENGTH(i),
305          csize = (isNull(j)) ? -1 : LENGTH(j);          csize = (isNull(j)) ? -1 : LENGTH(j);
306        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
307    
308      if (rsize >= 0 && !isInteger(i))      if (rsize >= 0 && !isInteger(i))
309          error(_("Index i must be NULL or integer"));          error(_("Index i must be NULL or integer"));
# Line 246  Line 312 
312      return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx, INTEGER(i), rsize,      return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx, INTEGER(i), rsize,
313                                                  INTEGER(j), csize,                                                  INTEGER(j), csize,
314                                                  TRUE, TRUE, &c),                                                  TRUE, TRUE, &c),
315                                1, 0, "", R_NilValue);                                1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
316  }  }

Legend:
Removed from v.1448  
changed lines
  Added in v.1657

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business Powered By FusionForge