SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c
ViewVC logotype

Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1448, Sat Aug 26 03:29:36 2006 UTC revision 1618, Fri Oct 6 15:44:01 2006 UTC
# Line 4  Line 4 
4    
5  SEXP Csparse_validate(SEXP x)  SEXP Csparse_validate(SEXP x)
6  {  {
7        /* NB: we do *NOT* check a potential 'x' slot here, at all */
8        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
9      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
10          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
11      int j, ncol = length(pslot) - 1,      int j, k, ncol = length(pslot) - 1,
12          *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),          *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
13          nrow, *xp = INTEGER(pslot),          nrow, sorted, *xp = INTEGER(pslot),
14          *xi = INTEGER(islot);          *xi = INTEGER(islot);
15    
16      nrow = dims[0];      nrow = dims[0];
# Line 17  Line 19 
19      if (xp[0] != 0)      if (xp[0] != 0)
20          return mkString(_("first element of slot p must be zero"));          return mkString(_("first element of slot p must be zero"));
21      if (length(islot) != xp[ncol])      if (length(islot) != xp[ncol])
22          return mkString(_("last element of slot p must match length of slots i and x"));          return
23      for (j = 0; j < ncol; j++) {              mkString(_("last element of slot p must match length of slots i and x"));
         if (xp[j] > xp[j+1])  
             return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));  
     }  
24      for (j = 0; j < length(islot); j++) {      for (j = 0; j < length(islot); j++) {
25          if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)          if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)
26              return mkString(_("all row indices must be between 0 and nrow-1"));              return mkString(_("all row indices must be between 0 and nrow-1"));
27      }      }
28        sorted = TRUE;
29        for (j = 0; j < ncol; j++) {
30            if (xp[j] > xp[j+1])
31                return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));
32            for (k = xp[j] + 1; k < xp[j + 1]; k++)
33                if (xi[k] < xi[k - 1]) sorted = FALSE;
34        }
35        if (!sorted) cholmod_sort(chx, &c);
36        Free(chx);
37      return ScalarLogical(1);      return ScalarLogical(1);
38  }  }
39    
# Line 35  Line 43 
43      cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);      cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
44    
45      Free(chxs);      Free(chxs);
46      return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1);      return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1, Real_kind(x));
47  }  }
48    
49  SEXP Csparse_to_logical(SEXP x, SEXP tri)  SEXP Csparse_to_nz_pattern(SEXP x, SEXP tri)
50  {  {
51      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
52      cholmod_sparse      cholmod_sparse
# Line 51  Line 59 
59              -1 : 1;              -1 : 1;
60          diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));          diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));
61      }      }
62      return chm_sparse_to_SEXP(chxcp, 1, uploT, diag,      return chm_sparse_to_SEXP(chxcp, 1, uploT, 0, diag,
63                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
64  }  }
65    
# Line 69  Line 77 
77  {  {
78      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
79      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);
80      int uploT = 0; char *diag = "";      int uploT = 0;
81        char *diag = "";
82        int Rkind = (chxs->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
83    
84      Free(chxs);      Free(chxs);
85      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
86          uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;          uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;
87          diag = diag_P(x);          diag = diag_P(x);
88      }      }
89      return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1, uploT, diag,      return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1, uploT, Rkind, diag,
90                                 GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));                                 GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
91  }  }
92    
# Line 84  Line 94 
94  SEXP Csparse_symmetric_to_general(SEXP x)  SEXP Csparse_symmetric_to_general(SEXP x)
95  {  {
96      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;
97        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
98    
99      if (!(chx->stype))      if (!(chx->stype))
100          error(_("Nonsymmetric matrix in Csparse_symmeteric_to_general"));          error(_("Nonsymmetric matrix in Csparse_symmetric_to_general"));
101      chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ 0, chx->xtype, &c);      chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ 0, chx->xtype, &c);
102      /* xtype: pattern, "real", complex or .. */      /* xtype: pattern, "real", complex or .. */
103      Free(chx);      Free(chx);
104      return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, "",      return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "",
105                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
106    }
107    
108    SEXP Csparse_general_to_symmetric(SEXP x, SEXP uplo)
109    {
110        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;
111        int uploT = (*CHAR(asChar(uplo)) == 'U') ? -1 : 1;
112        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
113    
114        chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ uploT, chx->xtype, &c);
115        /* xtype: pattern, "real", complex or .. */
116        Free(chx);
117        return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "",
118                                GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));                                GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
119  }  }
120    
121  SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)  SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)
122  {  {
123      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
124        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
125      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);
126      SEXP dn = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))), tmp;      SEXP dn = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))), tmp;
127      int uploT = 0; char *diag = "";      int uploT = 0; char *diag = "";
# Line 110  Line 135 
135          uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;          uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;
136          diag = diag_P(x);          diag = diag_P(x);
137      }      }
138      return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, uploT, diag, dn);      return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, uploT, Rkind, diag, dn);
139  }  }
140    
141  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)
# Line 125  Line 150 
150                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));
151      SET_VECTOR_ELT(dn, 1,      SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
152                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));
153      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, "", dn);      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, 0, "", dn);
154  }  }
155    
156  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)
157  {  {
158      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
159      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b)));
160      cholmod_dense *chc =      cholmod_dense *chc =
161          cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol, cha->nrow, chb->xtype, &c);          cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol, cha->nrow, chb->xtype, &c);
162      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
163    
164      cholmod_sdmult(cha, 0, alpha, beta, chb, chc, &c);      cholmod_sdmult(cha, 0, alpha, beta, chb, chc, &c);
165      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
166      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);      UNPROTECT(1);
167        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0);
168  }  }
169    
170  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)
171  {  {
172      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
173      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b)));
174      cholmod_dense *chc =      cholmod_dense *chc =
175          cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol, cha->ncol, chb->xtype, &c);          cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol, cha->ncol, chb->xtype, &c);
176      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
177    
178      cholmod_sdmult(cha, 1, alpha, beta, chb, chc, &c);      cholmod_sdmult(cha, 1, alpha, beta, chb, chc, &c);
179      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
180      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);      UNPROTECT(1);
181        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0);
182  }  }
183    
184  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)
# Line 169  Line 196 
196          chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);          chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);
197      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);
198      if(!chcp)      if(!chcp)
199          error("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()");          error(_("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()"));
200      cholmod_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);      cholmod_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);
201      chcp->stype = 1;      chcp->stype = 1;
202      if (trip) {      if (trip) {
# Line 185  Line 212 
212                                          (tr) ? 1 : 0)));                                          (tr) ? 1 : 0)));
213      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));
214      UNPROTECT(1);      UNPROTECT(1);
215      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, "", dn);      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, 0, "", dn);
216    }
217    
218    SEXP Csparse_drop(SEXP x, SEXP tol)
219    {
220        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
221            *ans = cholmod_copy(chx, chx->stype, chx->xtype, &c);
222        double dtol = asReal(tol);
223        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
224    
225        if(!cholmod_drop(dtol, ans, &c))
226            error(_("cholmod_drop() failed"));
227        Free(chx);
228        /* FIXME: currently drops dimnames */
229        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
230  }  }
231    
232    
233  SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)  SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)
234  {  {
235      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
236          *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;          *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
237        int Rkind = 0; /* only for "d" - FIXME */
238    
239      ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);      ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);
240      Free(chx); Free(chy);      Free(chx); Free(chy);
241      /* FIXME: currently drops dimnames */      /* FIXME: currently drops dimnames */
242      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
243  }  }
244    
245  SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)  SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)
246  {  {
247      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
248          *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;          *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
249        int Rkind = 0; /* only for "d" - FIXME */
250    
251      ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);      ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);
252      Free(chx); Free(chy);      Free(chx); Free(chy);
253      /* FIXME: currently drops dimnames */      /* FIXME: currently drops dimnames */
254      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
255  }  }
256    
257  SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)  SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)
258  {  {
259      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *ans;      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *ans;
260        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
261    
262      ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);      ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);
263      Free(chx);      Free(chx);
264      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
265  }  }
266    
267  SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)  SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)
# Line 227  Line 272 
272      cholmod_sparse *ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);      cholmod_sparse *ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);
273      int uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?      int uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
274          -1 : 1;          -1 : 1;
275        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
276    
277      Free(chx); cholmod_free_sparse(&eye, &c);      Free(chx); cholmod_free_sparse(&eye, &c);
278      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, "N",      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, Rkind, "N",
279                                duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));                                duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));
280  }  }
281    
# Line 238  Line 284 
284      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
285      int rsize = (isNull(i)) ? -1 : LENGTH(i),      int rsize = (isNull(i)) ? -1 : LENGTH(i),
286          csize = (isNull(j)) ? -1 : LENGTH(j);          csize = (isNull(j)) ? -1 : LENGTH(j);
287        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
288    
289      if (rsize >= 0 && !isInteger(i))      if (rsize >= 0 && !isInteger(i))
290          error(_("Index i must be NULL or integer"));          error(_("Index i must be NULL or integer"));
# Line 246  Line 293 
293      return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx, INTEGER(i), rsize,      return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx, INTEGER(i), rsize,
294                                                  INTEGER(j), csize,                                                  INTEGER(j), csize,
295                                                  TRUE, TRUE, &c),                                                  TRUE, TRUE, &c),
296                                1, 0, "", R_NilValue);                                1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
297  }  }

Legend:
Removed from v.1448  
changed lines
  Added in v.1618

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business Powered By FusionForge