SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c
ViewVC logotype

Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1267, Tue May 16 19:12:13 2006 UTC revision 1461, Tue Aug 29 16:17:27 2006 UTC
# Line 38  Line 38 
38      return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1);      return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1);
39  }  }
40    
41  SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x)  SEXP Csparse_to_logical(SEXP x, SEXP tri)
42    {
43        cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
44        cholmod_sparse
45            *chxcp = cholmod_copy(chxs, chxs->stype, CHOLMOD_PATTERN, &c);
46        int uploT = 0; char *diag = "";
47    
48        Free(chxs);
49        if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
50            uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
51                -1 : 1;
52            diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));
53        }
54        return chm_sparse_to_SEXP(chxcp, 1, uploT, diag,
55                                    GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
56    }
57    
58    SEXP Csparse_to_matrix(SEXP x)
59    {
60        cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
61        cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
62    
63        Free(chxs);
64        return chm_dense_to_matrix(chxd, 1,
65                                   GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
66    }
67    
68    SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x, SEXP tri)
69  {  {
70      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
71      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);
72        int uploT = 0; char *diag = "";
73    
74      Free(chxs);      Free(chxs);
75      return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1);      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
76            uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;
77            diag = diag_P(x);
78        }
79        return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1, uploT, diag,
80                                   GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
81  }  }
82    
83  SEXP Csparse_transpose(SEXP x)  /* this used to be called  sCMatrix_to_gCMatrix(..)   [in ./dsCMatrix.c ]: */
84    SEXP Csparse_symmetric_to_general(SEXP x)
85    {
86        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;
87    
88        if (!(chx->stype))
89            error(_("Nonsymmetric matrix in Csparse_symmeteric_to_general"));
90        chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ 0, chx->xtype, &c);
91        /* xtype: pattern, "real", complex or .. */
92        Free(chx);
93        return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, "",
94                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
95    }
96    
97    SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)
98  {  {
99      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
100      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);
101        SEXP dn = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))), tmp;
102        int uploT = 0; char *diag = "";
103    
104      Free(chx);      Free(chx);
105      return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1);      tmp = VECTOR_ELT(dn, 0);    /* swap the dimnames */
106        SET_VECTOR_ELT(dn, 0, VECTOR_ELT(dn, 1));
107        SET_VECTOR_ELT(dn, 1, tmp);
108        UNPROTECT(1);
109        if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
110            uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;
111            diag = diag_P(x);
112        }
113        return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, uploT, diag, dn);
114  }  }
115    
116  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)
# Line 61  Line 118 
118      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),
119          *chb = as_cholmod_sparse(b);          *chb = as_cholmod_sparse(b);
120      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);
121        SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
122    
123      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
124      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1);      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
125                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));
126        SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
127                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));
128        return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, "", dn);
129  }  }
130    
131  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)
132  {  {
133      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
134      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b)));
135      cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol,      cholmod_dense *chc =
136                                                  cha->nrow, chb->xtype, &c);          cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol, cha->nrow, chb->xtype, &c);
137      double alpha = 1, beta = 0;      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
138    
139      cholmod_sdmult(cha, 0, &alpha, &beta, chb, chc, &c);      cholmod_sdmult(cha, 0, alpha, beta, chb, chc, &c);
140      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
141        UNPROTECT(1);
142      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);
143  }  }
144    
145  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)
146  {  {
147      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
148      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b)));
149      cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol,      cholmod_dense *chc =
150                                                  cha->ncol, chb->xtype, &c);          cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol, cha->ncol, chb->xtype, &c);
151      double alpha = 1, beta = 0;      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
152    
153      cholmod_sdmult(cha, 1, &alpha, &beta, chb, chc, &c);      cholmod_sdmult(cha, 1, alpha, beta, chb, chc, &c);
154      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
155        UNPROTECT(1);
156      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);
157  }  }
158    
# Line 101  Line 165 
165      cholmod_sparse *chcp, *chxt,      cholmod_sparse *chcp, *chxt,
166          *chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)          *chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)
167          : as_cholmod_sparse(x);          : as_cholmod_sparse(x);
168        SEXP dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));
169    
170      if (!tr)      if (!tr)
171          chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);          chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);
172      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);
173      if(!chcp)      if(!chcp)
174          error("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()");          error("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()");
175      cholmod_band_inplace((tr) ? -(chcp->nrow) : 0, (tr) ? 0 : chcp->ncol,      cholmod_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);
176                           chcp->xtype, chcp, &c);      chcp->stype = 1;
177      if (trip) {      if (trip) {
178          cholmod_free_sparse(&chx, &c);          cholmod_free_sparse(&chx, &c);
179          Free(cht);          Free(cht);
# Line 116  Line 181 
181          Free(chx);          Free(chx);
182      }      }
183      if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);      if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);
184      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1);                                  /* create dimnames */
185        SET_VECTOR_ELT(dn, 0,
186                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym),
187                                            (tr) ? 1 : 0)));
188        SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));
189        UNPROTECT(1);
190        return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, "", dn);
191  }  }
192    
193  SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)  SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)
# Line 126  Line 197 
197    
198      ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);      ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);
199      Free(chx); Free(chy);      Free(chx); Free(chy);
200      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1);      /* FIXME: currently drops dimnames */
201        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);
202  }  }
203    
204  SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)  SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)
# Line 136  Line 208 
208    
209      ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);      ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);
210      Free(chx); Free(chy);      Free(chx); Free(chy);
211      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1);      /* FIXME: currently drops dimnames */
212        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);
213  }  }
214    
215  SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)  SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)
# Line 145  Line 218 
218    
219      ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);      ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);
220      Free(chx);      Free(chx);
221      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1);      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);
222    }
223    
224    SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)
225    {
226        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
227        cholmod_sparse *eye = cholmod_speye(chx->nrow, chx->ncol, chx->xtype, &c);
228        double one[] = {1, 0};
229        cholmod_sparse *ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);
230        int uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
231            -1 : 1;
232    
233        Free(chx); cholmod_free_sparse(&eye, &c);
234        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, "N",
235                                  duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));
236    }
237    
238    SEXP Csparse_submatrix(SEXP x, SEXP i, SEXP j)
239    {
240        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
241        int rsize = (isNull(i)) ? -1 : LENGTH(i),
242            csize = (isNull(j)) ? -1 : LENGTH(j);
243    
244        if (rsize >= 0 && !isInteger(i))
245            error(_("Index i must be NULL or integer"));
246        if (csize >= 0 && !isInteger(j))
247            error(_("Index j must be NULL or integer"));
248        return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx, INTEGER(i), rsize,
249                                                    INTEGER(j), csize,
250                                                    TRUE, TRUE, &c),
251                                  1, 0, "", R_NilValue);
252  }  }

Legend:
Removed from v.1267  
changed lines
  Added in v.1461

R-Forge@R-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business University of Wisconsin - Madison Powered By FusionForge