SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c
ViewVC logotype

Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1029, Wed Nov 9 15:26:22 2005 UTC revision 1618, Fri Oct 6 15:44:01 2006 UTC
# Line 1  Line 1 
1                          /* Sparse matrices in compress column-oriented form */                          /* Sparse matrices in compressed column-oriented form */
2  #include "Csparse.h"  #include "Csparse.h"
 #ifdef USE_CHOLMOD  
3  #include "chm_common.h"  #include "chm_common.h"
 #endif  /* USE_CHOLMOD */  
4    
5  SEXP Csparse_validate(SEXP x)  SEXP Csparse_validate(SEXP x)
6  {  {
7        /* NB: we do *NOT* check a potential 'x' slot here, at all */
8        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
9      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
10          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
11      int j, ncol = length(pslot) - 1,      int j, k, ncol = length(pslot) - 1,
12          *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),          *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
13          nrow, *xp = INTEGER(pslot),          nrow, sorted, *xp = INTEGER(pslot),
14          *xi = INTEGER(islot);          *xi = INTEGER(islot);
15    
16      nrow = dims[0];      nrow = dims[0];
# Line 19  Line 19 
19      if (xp[0] != 0)      if (xp[0] != 0)
20          return mkString(_("first element of slot p must be zero"));          return mkString(_("first element of slot p must be zero"));
21      if (length(islot) != xp[ncol])      if (length(islot) != xp[ncol])
22          return mkString(_("last element of slot p must match length of slots i and x"));          return
23      for (j = 0; j < ncol; j++) {              mkString(_("last element of slot p must match length of slots i and x"));
         if (xp[j] > xp[j+1])  
             return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));  
     }  
24      for (j = 0; j < length(islot); j++) {      for (j = 0; j < length(islot); j++) {
25          if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)          if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)
26              return mkString(_("all row indices must be between 0 and nrow-1"));              return mkString(_("all row indices must be between 0 and nrow-1"));
27      }      }
28        sorted = TRUE;
29        for (j = 0; j < ncol; j++) {
30            if (xp[j] > xp[j+1])
31                return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));
32            for (k = xp[j] + 1; k < xp[j + 1]; k++)
33                if (xi[k] < xi[k - 1]) sorted = FALSE;
34        }
35        if (!sorted) cholmod_sort(chx, &c);
36        Free(chx);
37      return ScalarLogical(1);      return ScalarLogical(1);
38  }  }
39    
40  SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x)  SEXP Csparse_to_dense(SEXP x)
41    {
42        cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
43        cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
44    
45        Free(chxs);
46        return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1, Real_kind(x));
47    }
48    
49    SEXP Csparse_to_nz_pattern(SEXP x, SEXP tri)
50    {
51        cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
52        cholmod_sparse
53            *chxcp = cholmod_copy(chxs, chxs->stype, CHOLMOD_PATTERN, &c);
54        int uploT = 0; char *diag = "";
55    
56        Free(chxs);
57        if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
58            uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
59                -1 : 1;
60            diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));
61        }
62        return chm_sparse_to_SEXP(chxcp, 1, uploT, 0, diag,
63                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
64    }
65    
66    SEXP Csparse_to_matrix(SEXP x)
67    {
68        cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
69        cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
70    
71        Free(chxs);
72        return chm_dense_to_matrix(chxd, 1,
73                                   GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
74    }
75    
76    SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x, SEXP tri)
77  {  {
 #ifdef USE_CHOLMOD  
78      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
79      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);
80        int uploT = 0;
81        char *diag = "";
82        int Rkind = (chxs->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
83    
84        Free(chxs);
85        if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
86            uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;
87            diag = diag_P(x);
88        }
89        return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1, uploT, Rkind, diag,
90                                   GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
91    }
92    
93      free(chxs);  /* this used to be called  sCMatrix_to_gCMatrix(..)   [in ./dsCMatrix.c ]: */
94      return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1);  SEXP Csparse_symmetric_to_general(SEXP x)
95  #else  {
96      error("General conversion requires CHOLMOD");      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;
97      return R_NilValue;          /* -Wall */      int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
98  #endif  /* USE_CHOLMOD */  
99        if (!(chx->stype))
100            error(_("Nonsymmetric matrix in Csparse_symmetric_to_general"));
101        chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ 0, chx->xtype, &c);
102        /* xtype: pattern, "real", complex or .. */
103        Free(chx);
104        return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "",
105                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
106  }  }
107    
108  SEXP Csparse_transpose(SEXP x)  SEXP Csparse_general_to_symmetric(SEXP x, SEXP uplo)
109    {
110        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;
111        int uploT = (*CHAR(asChar(uplo)) == 'U') ? -1 : 1;
112        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
113    
114        chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ uploT, chx->xtype, &c);
115        /* xtype: pattern, "real", complex or .. */
116        Free(chx);
117        return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "",
118                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
119    }
120    
121    SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)
122  {  {
 #ifdef USE_CHOLMOD  
123      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
124        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
125      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);
126        SEXP dn = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))), tmp;
127        int uploT = 0; char *diag = "";
128    
129      free(chx);      Free(chx);
130      return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1);      tmp = VECTOR_ELT(dn, 0);    /* swap the dimnames */
131  #else      SET_VECTOR_ELT(dn, 0, VECTOR_ELT(dn, 1));
132      error("General conversion requires CHOLMOD");      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, tmp);
133      return R_NilValue;          /* -Wall */      UNPROTECT(1);
134  #endif  /* USE_CHOLMOD */      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
135            uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;
136            diag = diag_P(x);
137        }
138        return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, uploT, Rkind, diag, dn);
139  }  }
   
140    
141  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)
142  {  {
143  #ifdef USE_CHOLMOD      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),
144      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a), *chb = as_cholmod_sparse(b);          *chb = as_cholmod_sparse(b);
145      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, (int) cha->xtype, 1, &c);      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);
146        SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
147      free(cha); free(chb);  
148      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1);      Free(cha); Free(chb);
149  #else      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
150      error("General multiplication requires CHOLMOD");                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));
151      return R_NilValue;          /* -Wall */      SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
152  #endif  /* USE_CHOLMOD */                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));
153        return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, 0, "", dn);
154  }  }
155    
156  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)
157  {  {
 #ifdef USE_CHOLMOD  
158      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
159      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b)));
160      cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol,      cholmod_dense *chc =
161                                                  cha->nrow, chb->xtype, &c);          cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol, cha->nrow, chb->xtype, &c);
162      double alpha = 1, beta = 0;      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
163    
164      cholmod_sdmult(cha, 0, &alpha, &beta, chb, chc, &c);      cholmod_sdmult(cha, 0, alpha, beta, chb, chc, &c);
165      free(cha); free(chb);      Free(cha); Free(chb);
166      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);      UNPROTECT(1);
167  #else      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0);
168      error("General multiplication requires CHOLMOD");  }
169      return R_NilValue;          /* -Wall */  
170  #endif  /* USE_CHOLMOD */  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)
171    {
172        cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
173        cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b)));
174        cholmod_dense *chc =
175            cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol, cha->ncol, chb->xtype, &c);
176        double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
177    
178        cholmod_sdmult(cha, 1, alpha, beta, chb, chc, &c);
179        Free(cha); Free(chb);
180        UNPROTECT(1);
181        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0);
182  }  }
183    
184  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)
185  {  {
 #ifdef USE_CHOLMOD  
186      int trip = asLogical(triplet),      int trip = asLogical(triplet),
187          tr   = asLogical(trans); /* gets reversed because _aat is tcrossprod */          tr   = asLogical(trans); /* gets reversed because _aat is tcrossprod */
188      cholmod_triplet      cholmod_triplet
# Line 102  Line 190 
190      cholmod_sparse *chcp, *chxt,      cholmod_sparse *chcp, *chxt,
191          *chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)          *chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)
192          : as_cholmod_sparse(x);          : as_cholmod_sparse(x);
193        SEXP dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));
194    
195      if (!tr)      if (!tr)
196          chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);          chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);
197      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);
198      if(!chcp)      if(!chcp)
199          error("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()");          error(_("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()"));
200        cholmod_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);
201        chcp->stype = 1;
202      if (trip) {      if (trip) {
203          cholmod_free_sparse(&chx, &c);          cholmod_free_sparse(&chx, &c);
204          free(cht);          Free(cht);
205      } else {      } else {
206          free(chx);          Free(chx);
207      }      }
208      if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);      if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);
209      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1);                                  /* create dimnames */
210  #else      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,
211      error("General crossproduct requires CHOLMOD");                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym),
212      return R_NilValue;          /* -Wall */                                          (tr) ? 1 : 0)));
213  #endif  /* USE_CHOLMOD */      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));
214        UNPROTECT(1);
215        return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, 0, "", dn);
216    }
217    
218    SEXP Csparse_drop(SEXP x, SEXP tol)
219    {
220        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
221            *ans = cholmod_copy(chx, chx->stype, chx->xtype, &c);
222        double dtol = asReal(tol);
223        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
224    
225        if(!cholmod_drop(dtol, ans, &c))
226            error(_("cholmod_drop() failed"));
227        Free(chx);
228        /* FIXME: currently drops dimnames */
229        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
230    }
231    
232    
233    SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)
234    {
235        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
236            *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
237        int Rkind = 0; /* only for "d" - FIXME */
238    
239        ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);
240        Free(chx); Free(chy);
241        /* FIXME: currently drops dimnames */
242        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
243  }  }
244    
245    SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)
246    {
247        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
248            *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
249        int Rkind = 0; /* only for "d" - FIXME */
250    
251        ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);
252        Free(chx); Free(chy);
253        /* FIXME: currently drops dimnames */
254        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
255    }
256    
257    SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)
258    {
259        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *ans;
260        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
261    
262        ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);
263        Free(chx);
264        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
265    }
266    
267    SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)
268    {
269        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
270        cholmod_sparse *eye = cholmod_speye(chx->nrow, chx->ncol, chx->xtype, &c);
271        double one[] = {1, 0};
272        cholmod_sparse *ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);
273        int uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
274            -1 : 1;
275        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
276    
277        Free(chx); cholmod_free_sparse(&eye, &c);
278        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, Rkind, "N",
279                                  duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));
280    }
281    
282    SEXP Csparse_submatrix(SEXP x, SEXP i, SEXP j)
283    {
284        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
285        int rsize = (isNull(i)) ? -1 : LENGTH(i),
286            csize = (isNull(j)) ? -1 : LENGTH(j);
287        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
288    
289        if (rsize >= 0 && !isInteger(i))
290            error(_("Index i must be NULL or integer"));
291        if (csize >= 0 && !isInteger(j))
292            error(_("Index j must be NULL or integer"));
293        return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx, INTEGER(i), rsize,
294                                                    INTEGER(j), csize,
295                                                    TRUE, TRUE, &c),
296                                  1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
297    }

Legend:
Removed from v.1029  
changed lines
  Added in v.1618

R-Forge@R-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business University of Wisconsin - Madison Powered By FusionForge