SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c
ViewVC logotype

Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1029, Wed Nov 9 15:26:22 2005 UTC revision 1555, Wed Sep 13 14:47:28 2006 UTC
# Line 1  Line 1 
1                          /* Sparse matrices in compress column-oriented form */                          /* Sparse matrices in compressed column-oriented form */
2  #include "Csparse.h"  #include "Csparse.h"
 #ifdef USE_CHOLMOD  
3  #include "chm_common.h"  #include "chm_common.h"
 #endif  /* USE_CHOLMOD */  
4    
5  SEXP Csparse_validate(SEXP x)  SEXP Csparse_validate(SEXP x)
6  {  {
7        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
8      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
9          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
10      int j, ncol = length(pslot) - 1,      int j, k, ncol = length(pslot) - 1,
11          *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),          *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
12          nrow, *xp = INTEGER(pslot),          nrow, sorted, *xp = INTEGER(pslot),
13          *xi = INTEGER(islot);          *xi = INTEGER(islot);
14    
15      nrow = dims[0];      nrow = dims[0];
# Line 19  Line 18 
18      if (xp[0] != 0)      if (xp[0] != 0)
19          return mkString(_("first element of slot p must be zero"));          return mkString(_("first element of slot p must be zero"));
20      if (length(islot) != xp[ncol])      if (length(islot) != xp[ncol])
21          return mkString(_("last element of slot p must match length of slots i and x"));          return
22      for (j = 0; j < ncol; j++) {              mkString(_("last element of slot p must match length of slots i and x"));
         if (xp[j] > xp[j+1])  
             return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));  
     }  
23      for (j = 0; j < length(islot); j++) {      for (j = 0; j < length(islot); j++) {
24          if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)          if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)
25              return mkString(_("all row indices must be between 0 and nrow-1"));              return mkString(_("all row indices must be between 0 and nrow-1"));
26      }      }
27        sorted = TRUE;
28        for (j = 0; j < ncol; j++) {
29            if (xp[j] > xp[j+1])
30                return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));
31            for (k = xp[j] + 1; k < xp[j + 1]; k++)
32                if (xi[k] < xi[k - 1]) sorted = FALSE;
33        }
34        if (!sorted) cholmod_sort(chx, &c);
35        Free(chx);
36      return ScalarLogical(1);      return ScalarLogical(1);
37  }  }
38    
39  SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x)  SEXP Csparse_to_dense(SEXP x)
40    {
41        cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
42        cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
43    
44        Free(chxs);
45        return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1, Real_kind(x));
46    }
47    
48    SEXP Csparse_to_nz_pattern(SEXP x, SEXP tri)
49    {
50        cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
51        cholmod_sparse
52            *chxcp = cholmod_copy(chxs, chxs->stype, CHOLMOD_PATTERN, &c);
53        int uploT = 0; char *diag = "";
54    
55        Free(chxs);
56        if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
57            uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
58                -1 : 1;
59            diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));
60        }
61        return chm_sparse_to_SEXP(chxcp, 1, uploT, 0, diag,
62                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
63    }
64    
65    SEXP Csparse_to_matrix(SEXP x)
66    {
67        cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
68        cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
69    
70        Free(chxs);
71        return chm_dense_to_matrix(chxd, 1,
72                                   GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
73    }
74    
75    SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x, SEXP tri)
76  {  {
 #ifdef USE_CHOLMOD  
77      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
78      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);
79        int uploT = 0;
80        char *diag = "";
81        int Rkind = (chxs->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
82    
83        Free(chxs);
84        if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
85            uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;
86            diag = diag_P(x);
87        }
88        return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1, uploT, Rkind, diag,
89                                   GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
90    }
91    
92      free(chxs);  /* this used to be called  sCMatrix_to_gCMatrix(..)   [in ./dsCMatrix.c ]: */
93      return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1);  SEXP Csparse_symmetric_to_general(SEXP x)
94  #else  {
95      error("General conversion requires CHOLMOD");      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;
96      return R_NilValue;          /* -Wall */      int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
97  #endif  /* USE_CHOLMOD */  
98        if (!(chx->stype))
99            error(_("Nonsymmetric matrix in Csparse_symmetric_to_general"));
100        chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ 0, chx->xtype, &c);
101        /* xtype: pattern, "real", complex or .. */
102        Free(chx);
103        return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "",
104                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
105  }  }
106    
107  SEXP Csparse_transpose(SEXP x)  SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)
108  {  {
 #ifdef USE_CHOLMOD  
109      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
110      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);
111        SEXP dn = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))), tmp;
112      free(chx);      int uploT = 0; char *diag = "";
113      return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1);      int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
114  #else  
115      error("General conversion requires CHOLMOD");      Free(chx);
116      return R_NilValue;          /* -Wall */      tmp = VECTOR_ELT(dn, 0);    /* swap the dimnames */
117  #endif  /* USE_CHOLMOD */      SET_VECTOR_ELT(dn, 0, VECTOR_ELT(dn, 1));
118        SET_VECTOR_ELT(dn, 1, tmp);
119        UNPROTECT(1);
120        if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
121            uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;
122            diag = diag_P(x);
123        }
124        return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, uploT, Rkind, diag, dn);
125  }  }
   
126    
127  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)
128  {  {
129  #ifdef USE_CHOLMOD      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),
130      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a), *chb = as_cholmod_sparse(b);          *chb = as_cholmod_sparse(b);
131      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, (int) cha->xtype, 1, &c);      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);
132        SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
133      free(cha); free(chb);  
134      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1);      Free(cha); Free(chb);
135  #else      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
136      error("General multiplication requires CHOLMOD");                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));
137      return R_NilValue;          /* -Wall */      SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
138  #endif  /* USE_CHOLMOD */                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));
139        return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, 0, "", dn);
140  }  }
141    
142  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)
143  {  {
 #ifdef USE_CHOLMOD  
144      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
145      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b)));
146      cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol,      cholmod_dense *chc =
147                                                  cha->nrow, chb->xtype, &c);          cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol, cha->nrow, chb->xtype, &c);
148      double alpha = 1, beta = 0;      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
149    
150      cholmod_sdmult(cha, 0, &alpha, &beta, chb, chc, &c);      cholmod_sdmult(cha, 0, alpha, beta, chb, chc, &c);
151      free(cha); free(chb);      Free(cha); Free(chb);
152      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);      UNPROTECT(1);
153  #else      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0);
154      error("General multiplication requires CHOLMOD");  }
155      return R_NilValue;          /* -Wall */  
156  #endif  /* USE_CHOLMOD */  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)
157    {
158        cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
159        cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b)));
160        cholmod_dense *chc =
161            cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol, cha->ncol, chb->xtype, &c);
162        double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
163    
164        cholmod_sdmult(cha, 1, alpha, beta, chb, chc, &c);
165        Free(cha); Free(chb);
166        UNPROTECT(1);
167        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0);
168  }  }
169    
170  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)
171  {  {
 #ifdef USE_CHOLMOD  
172      int trip = asLogical(triplet),      int trip = asLogical(triplet),
173          tr   = asLogical(trans); /* gets reversed because _aat is tcrossprod */          tr   = asLogical(trans); /* gets reversed because _aat is tcrossprod */
174      cholmod_triplet      cholmod_triplet
# Line 102  Line 176 
176      cholmod_sparse *chcp, *chxt,      cholmod_sparse *chcp, *chxt,
177          *chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)          *chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)
178          : as_cholmod_sparse(x);          : as_cholmod_sparse(x);
179        SEXP dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));
180    
181      if (!tr)      if (!tr)
182          chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);          chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);
183      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);
184      if(!chcp)      if(!chcp)
185          error("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()");          error("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()");
186        cholmod_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);
187        chcp->stype = 1;
188      if (trip) {      if (trip) {
189          cholmod_free_sparse(&chx, &c);          cholmod_free_sparse(&chx, &c);
190          free(cht);          Free(cht);
191      } else {      } else {
192          free(chx);          Free(chx);
193      }      }
194      if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);      if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);
195      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1);                                  /* create dimnames */
196  #else      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,
197      error("General crossproduct requires CHOLMOD");                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym),
198      return R_NilValue;          /* -Wall */                                          (tr) ? 1 : 0)));
199  #endif  /* USE_CHOLMOD */      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));
200        UNPROTECT(1);
201        return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, 0, "", dn);
202    }
203    
204    SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)
205    {
206        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
207            *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
208        int Rkind = 0; /* only for "d" - FIXME */
209    
210        ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);
211        Free(chx); Free(chy);
212        /* FIXME: currently drops dimnames */
213        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
214    }
215    
216    SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)
217    {
218        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
219            *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
220        int Rkind = 0; /* only for "d" - FIXME */
221    
222        ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);
223        Free(chx); Free(chy);
224        /* FIXME: currently drops dimnames */
225        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
226  }  }
227    
228    SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)
229    {
230        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *ans;
231        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
232    
233        ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);
234        Free(chx);
235        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
236    }
237    
238    SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)
239    {
240        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
241        cholmod_sparse *eye = cholmod_speye(chx->nrow, chx->ncol, chx->xtype, &c);
242        double one[] = {1, 0};
243        cholmod_sparse *ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);
244        int uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
245            -1 : 1;
246        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
247    
248        Free(chx); cholmod_free_sparse(&eye, &c);
249        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, Rkind, "N",
250                                  duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));
251    }
252    
253    SEXP Csparse_submatrix(SEXP x, SEXP i, SEXP j)
254    {
255        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
256        int rsize = (isNull(i)) ? -1 : LENGTH(i),
257            csize = (isNull(j)) ? -1 : LENGTH(j);
258        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
259    
260        if (rsize >= 0 && !isInteger(i))
261            error(_("Index i must be NULL or integer"));
262        if (csize >= 0 && !isInteger(j))
263            error(_("Index j must be NULL or integer"));
264        return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx, INTEGER(i), rsize,
265                                                    INTEGER(j), csize,
266                                                    TRUE, TRUE, &c),
267                                  1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
268    }

Legend:
Removed from v.1029  
changed lines
  Added in v.1555

R-Forge@R-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business University of Wisconsin - Madison Powered By FusionForge