SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c
ViewVC logotype

Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1029, Wed Nov 9 15:26:22 2005 UTC revision 1375, Tue Aug 15 18:21:49 2006 UTC
# Line 1  Line 1 
1                          /* Sparse matrices in compress column-oriented form */                          /* Sparse matrices in compressed column-oriented form */
2  #include "Csparse.h"  #include "Csparse.h"
 #ifdef USE_CHOLMOD  
3  #include "chm_common.h"  #include "chm_common.h"
 #endif  /* USE_CHOLMOD */  
4    
5  SEXP Csparse_validate(SEXP x)  SEXP Csparse_validate(SEXP x)
6  {  {
# Line 31  Line 29 
29      return ScalarLogical(1);      return ScalarLogical(1);
30  }  }
31    
32  SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x)  SEXP Csparse_to_dense(SEXP x)
33    {
34        cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
35        cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
36    
37        Free(chxs);
38        return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1);
39    }
40    
41    SEXP Csparse_to_logical(SEXP x, SEXP tri)
42    {
43        cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
44        cholmod_sparse
45            *chxcp = cholmod_copy(chxs, chxs->stype, CHOLMOD_PATTERN, &c);
46        int uploT = 0; char *diag = "";
47    
48        Free(chxs);
49        if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
50            uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
51                -1 : 1;
52            diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));
53        }
54        return chm_sparse_to_SEXP(chxcp, 1, uploT, diag,
55                                    GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
56    }
57    
58    SEXP Csparse_to_matrix(SEXP x)
59    {
60        cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
61        cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
62    
63        Free(chxs);
64        return chm_dense_to_matrix(chxd, 1,
65                                   GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
66    }
67    
68    SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x, SEXP tri)
69  {  {
 #ifdef USE_CHOLMOD  
70      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
71      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);
72        int uploT = 0; char *diag = "";
73    
74      free(chxs);      Free(chxs);
75      return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1);      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
76  #else          uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
77      error("General conversion requires CHOLMOD");              -1 : 1;
78      return R_NilValue;          /* -Wall */          diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));
79  #endif  /* USE_CHOLMOD */      }
80        return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1, uploT, diag,
81                                   GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
82  }  }
83    
84  SEXP Csparse_transpose(SEXP x)  /* this use to be called  sCMatrix_to_gCMatrix(..)   [in ./dsCMatrix.c ]: */
85    SEXP Csparse_symmetric_to_general(SEXP x)
86    {
87        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;
88    
89        if (!(chx->stype))
90            error(_("Nonsymmetric matrix in Csparse_symmeteric_to_general"));
91        chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ 0, chx->xtype, &c);
92        /* xtype: pattern, "real", complex or .. */
93        Free(chx);
94        return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, "",
95                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
96    }
97    
98    SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)
99  {  {
 #ifdef USE_CHOLMOD  
100      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
101      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);
102        SEXP dn = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))), tmp;
103        int uploT = 0; char *diag = "";
104    
105      free(chx);      Free(chx);
106      return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1);      tmp = VECTOR_ELT(dn, 0);    /* swap the dimnames */
107  #else      SET_VECTOR_ELT(dn, 0, VECTOR_ELT(dn, 1));
108      error("General conversion requires CHOLMOD");      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, tmp);
109      return R_NilValue;          /* -Wall */      UNPROTECT(1);
110  #endif  /* USE_CHOLMOD */      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
111            uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
112                1 : -1;             /* switch upper and lower for transpose */
113            diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));
114        }
115        return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, uploT, diag, dn);
116  }  }
   
117    
118  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)
119  {  {
120  #ifdef USE_CHOLMOD      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),
121      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a), *chb = as_cholmod_sparse(b);          *chb = as_cholmod_sparse(b);
122      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, (int) cha->xtype, 1, &c);      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);
123        SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
124      free(cha); free(chb);  
125      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1);      Free(cha); Free(chb);
126  #else      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
127      error("General multiplication requires CHOLMOD");                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));
128      return R_NilValue;          /* -Wall */      SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
129  #endif  /* USE_CHOLMOD */                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));
130        return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, "", dn);
131  }  }
132    
133  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)
134  {  {
 #ifdef USE_CHOLMOD  
135      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
136      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);
137      cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol,      cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol,
# Line 84  Line 139 
139      double alpha = 1, beta = 0;      double alpha = 1, beta = 0;
140    
141      cholmod_sdmult(cha, 0, &alpha, &beta, chb, chc, &c);      cholmod_sdmult(cha, 0, &alpha, &beta, chb, chc, &c);
142      free(cha); free(chb);      Free(cha); Free(chb);
143        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);
144    }
145    
146    SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)
147    {
148        cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
149        cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);
150        cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol,
151                                                    cha->ncol, chb->xtype, &c);
152        double alpha = 1, beta = 0;
153    
154        cholmod_sdmult(cha, 1, &alpha, &beta, chb, chc, &c);
155        Free(cha); Free(chb);
156      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);
 #else  
     error("General multiplication requires CHOLMOD");  
     return R_NilValue;          /* -Wall */  
 #endif  /* USE_CHOLMOD */  
157  }  }
158    
159  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)
160  {  {
 #ifdef USE_CHOLMOD  
161      int trip = asLogical(triplet),      int trip = asLogical(triplet),
162          tr   = asLogical(trans); /* gets reversed because _aat is tcrossprod */          tr   = asLogical(trans); /* gets reversed because _aat is tcrossprod */
163      cholmod_triplet      cholmod_triplet
# Line 102  Line 165 
165      cholmod_sparse *chcp, *chxt,      cholmod_sparse *chcp, *chxt,
166          *chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)          *chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)
167          : as_cholmod_sparse(x);          : as_cholmod_sparse(x);
168        SEXP dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));
169    
170      if (!tr)      if (!tr)
171          chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);          chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);
172      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);
173      if(!chcp)      if(!chcp)
174          error("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()");          error("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()");
175        cholmod_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);
176        chcp->stype = 1;
177      if (trip) {      if (trip) {
178          cholmod_free_sparse(&chx, &c);          cholmod_free_sparse(&chx, &c);
179          free(cht);          Free(cht);
180      } else {      } else {
181          free(chx);          Free(chx);
182      }      }
183      if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);      if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);
184      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1);                                  /* create dimnames */
185  #else      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,
186      error("General crossproduct requires CHOLMOD");                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym),
187      return R_NilValue;          /* -Wall */                                          (tr) ? 1 : 0)));
188  #endif  /* USE_CHOLMOD */      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));
189        UNPROTECT(1);
190        return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, "", dn);
191    }
192    
193    SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)
194    {
195        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
196            *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
197    
198        ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);
199        Free(chx); Free(chy);
200        /* FIXME: currently drops dimnames */
201        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);
202    }
203    
204    SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)
205    {
206        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
207            *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
208    
209        ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);
210        Free(chx); Free(chy);
211        /* FIXME: currently drops dimnames */
212        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);
213  }  }
214    
215    SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)
216    {
217        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *ans;
218    
219        ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);
220        Free(chx);
221        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);
222    }
223    
224    SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)
225    {
226        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
227        cholmod_sparse *eye = cholmod_speye(chx->nrow, chx->ncol, chx->xtype, &c);
228        double one[] = {1, 0};
229        cholmod_sparse *ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);
230        int uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
231            -1 : 1;
232    
233        Free(chx); cholmod_free_sparse(&eye, &c);
234        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, "N",
235                                  duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));
236    }
237    
238    SEXP Csparse_submatrix(SEXP x, SEXP i, SEXP j)
239    {
240        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
241        int rsize = (isNull(i)) ? -1 : LENGTH(i),
242            csize = (isNull(j)) ? -1 : LENGTH(j);
243    
244        if (rsize >= 0 && !isInteger(i))
245            error(_("Index i must be NULL or integer"));
246        if (csize >= 0 && !isInteger(j))
247            error(_("Index j must be NULL or integer"));
248        return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx, INTEGER(i), rsize,
249                                                    INTEGER(j), csize,
250                                                    TRUE, TRUE, &c),
251                                  1, 0, "", R_NilValue);
252    }

Legend:
Removed from v.1029  
changed lines
  Added in v.1375

R-Forge@R-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business University of Wisconsin - Madison Powered By FusionForge