Summary
Activity
Forums
Tracker
Lists
News
SCM
R Packages

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c
[matrix] / pkg / Matrix / src / Csparse.c  
ViewVC logotype

Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1029, Wed Nov 9 15:26:22 2005 UTC revision 1371, Mon Aug 14 21:08:58 2006 UTC
# Line 1  Line 1 
1                          /* Sparse matrices in compress column-oriented form */                          /* Sparse matrices in compressed column-oriented form */
2  #include "Csparse.h"  #include "Csparse.h"
 #ifdef USE_CHOLMOD  
3  #include "chm_common.h"  #include "chm_common.h"
 #endif  /* USE_CHOLMOD */  
4    
5  SEXP Csparse_validate(SEXP x)  SEXP Csparse_validate(SEXP x)
6  {  {
# Line 31  Line 29 
29      return ScalarLogical(1);      return ScalarLogical(1);
30  }  }
31    
32  SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x)  SEXP Csparse_to_dense(SEXP x)
33    {
34        cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
35        cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
36    
37        Free(chxs);
38        return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1);
39    }
40    
41    SEXP Csparse_to_logical(SEXP x, SEXP tri)
42    {
43        cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
44        cholmod_sparse
45            *chxcp = cholmod_copy(chxs, chxs->stype, CHOLMOD_PATTERN, &c);
46        int uploT = 0; char *diag = "";
47    
48        Free(chxs);
49        if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
50            uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
51                -1 : 1;
52            diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));
53        }
54        return chm_sparse_to_SEXP(chxcp, 1, uploT, diag,
55                                    GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
56    }
57    
58    SEXP Csparse_to_matrix(SEXP x)
59    {
60        cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
61        cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
62    
63        Free(chxs);
64        return chm_dense_to_matrix(chxd, 1,
65                                   GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
66    }
67    
68    SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x, SEXP tri)
69  {  {
 #ifdef USE_CHOLMOD  
70      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
71      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);
72        int uploT = 0; char *diag = "";
73    
74      free(chxs);      Free(chxs);
75      return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1);      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
76  #else          uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
77      error("General conversion requires CHOLMOD");              -1 : 1;
78      return R_NilValue;          /* -Wall */          diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));
79  #endif  /* USE_CHOLMOD */      }
80        return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1, uploT, diag,
81                                   GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
82  }  }
83    
84  SEXP Csparse_transpose(SEXP x)  SEXP Csparse_symmetric_to_general(SEXP x)
85    {
86        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;
87    
88        if (!(chx->stype))
89            error(_("Nonsymmetric matrix in Csparse_symmeteric_to_general"));
90        chgx = cholmod_copy(chx, 0, chx->xtype, &c);
91        Free(chx);
92        return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, "",
93                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
94    }
95    
96    SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)
97  {  {
 #ifdef USE_CHOLMOD  
98      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
99      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);
100        SEXP dn = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))), tmp;
101        int uploT = 0; char *diag = "";
102    
103      free(chx);      Free(chx);
104      return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1);      tmp = VECTOR_ELT(dn, 0);    /* swap the dimnames */
105  #else      SET_VECTOR_ELT(dn, 0, VECTOR_ELT(dn, 1));
106      error("General conversion requires CHOLMOD");      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, tmp);
107      return R_NilValue;          /* -Wall */      UNPROTECT(1);
108  #endif  /* USE_CHOLMOD */      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
109            uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
110                1 : -1;             /* switch upper and lower for transpose */
111            diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));
112        }
113        return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, uploT, diag, dn);
114  }  }
   
115    
116  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)
117  {  {
118  #ifdef USE_CHOLMOD      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),
119      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a), *chb = as_cholmod_sparse(b);          *chb = as_cholmod_sparse(b);
120      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, (int) cha->xtype, 1, &c);      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);
121        SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
122      free(cha); free(chb);  
123      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1);      Free(cha); Free(chb);
124  #else      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
125      error("General multiplication requires CHOLMOD");                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));
126      return R_NilValue;          /* -Wall */      SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
127  #endif  /* USE_CHOLMOD */                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));
128        return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, "", dn);
129  }  }
130    
131  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)
132  {  {
 #ifdef USE_CHOLMOD  
133      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
134      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);
135      cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol,      cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol,
# Line 84  Line 137 
137      double alpha = 1, beta = 0;      double alpha = 1, beta = 0;
138    
139      cholmod_sdmult(cha, 0, &alpha, &beta, chb, chc, &c);      cholmod_sdmult(cha, 0, &alpha, &beta, chb, chc, &c);
140      free(cha); free(chb);      Free(cha); Free(chb);
141        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);
142    }
143    
144    SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)
145    {
146        cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
147        cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);
148        cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol,
149                                                    cha->ncol, chb->xtype, &c);
150        double alpha = 1, beta = 0;
151    
152        cholmod_sdmult(cha, 1, &alpha, &beta, chb, chc, &c);
153        Free(cha); Free(chb);
154      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);
 #else  
     error("General multiplication requires CHOLMOD");  
     return R_NilValue;          /* -Wall */  
 #endif  /* USE_CHOLMOD */  
155  }  }
156    
157  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)
158  {  {
 #ifdef USE_CHOLMOD  
159      int trip = asLogical(triplet),      int trip = asLogical(triplet),
160          tr   = asLogical(trans); /* gets reversed because _aat is tcrossprod */          tr   = asLogical(trans); /* gets reversed because _aat is tcrossprod */
161      cholmod_triplet      cholmod_triplet
# Line 102  Line 163 
163      cholmod_sparse *chcp, *chxt,      cholmod_sparse *chcp, *chxt,
164          *chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)          *chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)
165          : as_cholmod_sparse(x);          : as_cholmod_sparse(x);
166        SEXP dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));
167    
168      if (!tr)      if (!tr)
169          chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);          chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);
170      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);
171      if(!chcp)      if(!chcp)
172          error("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()");          error("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()");
173        cholmod_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);
174        chcp->stype = 1;
175      if (trip) {      if (trip) {
176          cholmod_free_sparse(&chx, &c);          cholmod_free_sparse(&chx, &c);
177          free(cht);          Free(cht);
178      } else {      } else {
179          free(chx);          Free(chx);
180      }      }
181      if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);      if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);
182      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1);                                  /* create dimnames */
183  #else      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,
184      error("General crossproduct requires CHOLMOD");                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym),
185      return R_NilValue;          /* -Wall */                                          (tr) ? 1 : 0)));
186  #endif  /* USE_CHOLMOD */      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));
187        UNPROTECT(1);
188        return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, "", dn);
189    }
190    
191    SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)
192    {
193        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
194            *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
195    
196        ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);
197        Free(chx); Free(chy);
198        /* FIXME: currently drops dimnames */
199        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);
200    }
201    
202    SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)
203    {
204        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
205            *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
206    
207        ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);
208        Free(chx); Free(chy);
209        /* FIXME: currently drops dimnames */
210        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);
211  }  }
212    
213    SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)
214    {
215        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *ans;
216    
217        ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);
218        Free(chx);
219        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);
220    }
221    
222    SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)
223    {
224        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
225        cholmod_sparse *eye = cholmod_speye(chx->nrow, chx->ncol, chx->xtype, &c);
226        double one[] = {1, 0};
227        cholmod_sparse *ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);
228        int uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
229            -1 : 1;
230    
231        Free(chx); cholmod_free_sparse(&eye, &c);
232        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, "N",
233                                  duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));
234    }
235    
236    SEXP Csparse_submatrix(SEXP x, SEXP i, SEXP j)
237    {
238        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
239        int rsize = (isNull(i)) ? -1 : LENGTH(i),
240            csize = (isNull(j)) ? -1 : LENGTH(j);
241    
242        if (rsize >= 0 && !isInteger(i))
243            error(_("Index i must be NULL or integer"));
244        if (csize >= 0 && !isInteger(j))
245            error(_("Index j must be NULL or integer"));
246        return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx, INTEGER(i), rsize,
247                                                    INTEGER(j), csize,
248                                                    TRUE, TRUE, &c),
249                                  1, 0, "", R_NilValue);
250    }
Legend:
Removed from v.1029  
changed lines
  Added in v.1371
R-Forge@R-project.org
 ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business University of Wisconsin - Madison Powered By FusionForge