SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c
ViewVC logotype

Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1029, Wed Nov 9 15:26:22 2005 UTC revision 1366, Sat Aug 12 17:31:39 2006 UTC
# Line 1  Line 1 
1                          /* Sparse matrices in compress column-oriented form */                          /* Sparse matrices in compressed column-oriented form */
2  #include "Csparse.h"  #include "Csparse.h"
 #ifdef USE_CHOLMOD  
3  #include "chm_common.h"  #include "chm_common.h"
 #endif  /* USE_CHOLMOD */  
4    
5  SEXP Csparse_validate(SEXP x)  SEXP Csparse_validate(SEXP x)
6  {  {
# Line 31  Line 29 
29      return ScalarLogical(1);      return ScalarLogical(1);
30  }  }
31    
32  SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x)  SEXP Csparse_to_dense(SEXP x)
33    {
34        cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
35        cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
36    
37        Free(chxs);
38        return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1);
39    }
40    
41    SEXP Csparse_to_matrix(SEXP x)
42    {
43        cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
44        cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
45    
46        Free(chxs);
47        return chm_dense_to_matrix(chxd, 1,
48                                   GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
49    }
50    
51    SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x, SEXP tri)
52  {  {
 #ifdef USE_CHOLMOD  
53      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
54      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);
55        int uploT = 0; char *diag = "";
56    
57      free(chxs);      Free(chxs);
58      return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1);      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
59  #else          uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
60      error("General conversion requires CHOLMOD");              -1 : 1;
61      return R_NilValue;          /* -Wall */          diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));
62  #endif  /* USE_CHOLMOD */      }
63        return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1, uploT, diag,
64                                   duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));
65  }  }
66    
67  SEXP Csparse_transpose(SEXP x)  SEXP Csparse_transpose(SEXP x)
68  {  {
 #ifdef USE_CHOLMOD  
69      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
70      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);
71        SEXP dn = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))), tmp;
72    
73      free(chx);      Free(chx);
74      return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1);      tmp = VECTOR_ELT(dn, 0);    /* swap the dimnames */
75  #else      SET_VECTOR_ELT(dn, 0, VECTOR_ELT(dn, 1));
76      error("General conversion requires CHOLMOD");      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, tmp);
77      return R_NilValue;          /* -Wall */      UNPROTECT(1);
78  #endif  /* USE_CHOLMOD */      return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, 0, "", dn);
79  }  }
80    
   
81  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)
82  {  {
83  #ifdef USE_CHOLMOD      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),
84      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a), *chb = as_cholmod_sparse(b);          *chb = as_cholmod_sparse(b);
85      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, (int) cha->xtype, 1, &c);      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);
86        SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
87      free(cha); free(chb);  
88      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1);      Free(cha); Free(chb);
89  #else      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
90      error("General multiplication requires CHOLMOD");                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));
91      return R_NilValue;          /* -Wall */      SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
92  #endif  /* USE_CHOLMOD */                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));
93        return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, "", dn);
94  }  }
95    
96  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)
97  {  {
 #ifdef USE_CHOLMOD  
98      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
99      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);
100      cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol,      cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol,
# Line 84  Line 102 
102      double alpha = 1, beta = 0;      double alpha = 1, beta = 0;
103    
104      cholmod_sdmult(cha, 0, &alpha, &beta, chb, chc, &c);      cholmod_sdmult(cha, 0, &alpha, &beta, chb, chc, &c);
105      free(cha); free(chb);      Free(cha); Free(chb);
106        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);
107    }
108    
109    SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)
110    {
111        cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
112        cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);
113        cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol,
114                                                    cha->ncol, chb->xtype, &c);
115        double alpha = 1, beta = 0;
116    
117        cholmod_sdmult(cha, 1, &alpha, &beta, chb, chc, &c);
118        Free(cha); Free(chb);
119      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);
 #else  
     error("General multiplication requires CHOLMOD");  
     return R_NilValue;          /* -Wall */  
 #endif  /* USE_CHOLMOD */  
120  }  }
121    
122  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)
123  {  {
 #ifdef USE_CHOLMOD  
124      int trip = asLogical(triplet),      int trip = asLogical(triplet),
125          tr   = asLogical(trans); /* gets reversed because _aat is tcrossprod */          tr   = asLogical(trans); /* gets reversed because _aat is tcrossprod */
126      cholmod_triplet      cholmod_triplet
# Line 102  Line 128 
128      cholmod_sparse *chcp, *chxt,      cholmod_sparse *chcp, *chxt,
129          *chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)          *chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)
130          : as_cholmod_sparse(x);          : as_cholmod_sparse(x);
131        SEXP dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));
132    
133      if (!tr)      if (!tr)
134          chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);          chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);
135      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);
136      if(!chcp)      if(!chcp)
137          error("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()");          error("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()");
138        cholmod_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);
139        chcp->stype = 1;
140      if (trip) {      if (trip) {
141          cholmod_free_sparse(&chx, &c);          cholmod_free_sparse(&chx, &c);
142          free(cht);          Free(cht);
143      } else {      } else {
144          free(chx);          Free(chx);
145      }      }
146      if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);      if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);
147      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1);                                  /* create dimnames */
148  #else      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,
149      error("General crossproduct requires CHOLMOD");                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym),
150      return R_NilValue;          /* -Wall */                                          (tr) ? 1 : 0)));
151  #endif  /* USE_CHOLMOD */      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));
152        UNPROTECT(1);
153        return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, "", dn);
154  }  }
155    
156    SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)
157    {
158        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
159            *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
160    
161        ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);
162        Free(chx); Free(chy);
163        /* FIXME: currently drops dimnames */
164        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);
165    }
166    
167    SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)
168    {
169        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
170            *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
171    
172        ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);
173        Free(chx); Free(chy);
174        /* FIXME: currently drops dimnames */
175        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);
176    }
177    
178    SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)
179    {
180        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *ans;
181    
182        ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);
183        Free(chx);
184        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);
185    }
186    
187    SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)
188    {
189        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
190        cholmod_sparse *eye = cholmod_speye(chx->nrow, chx->ncol, chx->xtype, &c);
191        double one[] = {1, 0};
192        cholmod_sparse *ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);
193        int uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
194            -1 : 1;
195    
196        Free(chx); cholmod_free_sparse(&eye, &c);
197        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, "N",
198                                  duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));
199    }
200    
201    SEXP Csparse_submatrix(SEXP x, SEXP i, SEXP j)
202    {
203        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
204        int rsize = (isNull(i)) ? -1 : LENGTH(i),
205            csize = (isNull(j)) ? -1 : LENGTH(j);
206    
207        if (rsize >= 0 && !isInteger(i))
208            error(_("Index i must be NULL or integer"));
209        if (csize >= 0 && !isInteger(j))
210            error(_("Index j must be NULL or integer"));
211        return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx, INTEGER(i), rsize,
212                                                    INTEGER(j), csize,
213                                                    TRUE, TRUE, &c),
214                                  1, 0, "", R_NilValue);
215    }

Legend:
Removed from v.1029  
changed lines
  Added in v.1366

R-Forge@R-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business University of Wisconsin - Madison Powered By FusionForge