SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c
ViewVC logotype

Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 930, Mon Sep 19 21:29:37 2005 UTC revision 1369, Mon Aug 14 18:54:04 2006 UTC
# Line 1  Line 1 
1                          /* Sparse matrices in compress column-oriented form */                          /* Sparse matrices in compressed column-oriented form */
2  #include "Csparse.h"  #include "Csparse.h"
 #ifdef USE_CHOLMOD  
3  #include "chm_common.h"  #include "chm_common.h"
 #endif  /* USE_CHOLMOD */  
4    
5  SEXP Csparse_validate(SEXP x)  SEXP Csparse_validate(SEXP x)
6  {  {
# Line 31  Line 29 
29      return ScalarLogical(1);      return ScalarLogical(1);
30  }  }
31    
32  SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x)  SEXP Csparse_to_dense(SEXP x)
33    {
34        cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
35        cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
36    
37        Free(chxs);
38        return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1);
39    }
40    
41    SEXP Csparse_to_matrix(SEXP x)
42    {
43        cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
44        cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
45    
46        Free(chxs);
47        return chm_dense_to_matrix(chxd, 1,
48                                   GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
49    }
50    
51    SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x, SEXP tri)
52  {  {
 #ifdef USE_CHOLMOD  
53      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
54      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);
55        int uploT = 0; char *diag = "";
56    
57      Free(chxs);      Free(chxs);
58      return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1);      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
59  #else          uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
60      error("General conversion requires CHOLMOD");              -1 : 1;
61      return R_NilValue;          /* -Wall */          diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));
62  #endif  /* USE_CHOLMOD */      }
63        return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1, uploT, diag,
64                                   duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));
65  }  }
66    
67  SEXP Csparse_transpose(SEXP x)  SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)
68  {  {
 #ifdef USE_CHOLMOD  
69      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
70      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);
71        SEXP dn = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))), tmp;
72        int uploT = 0; char *diag = "";
73    
74      Free(chx);      Free(chx);
75      return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1);      tmp = VECTOR_ELT(dn, 0);    /* swap the dimnames */
76  #else      SET_VECTOR_ELT(dn, 0, VECTOR_ELT(dn, 1));
77      error("General conversion requires CHOLMOD");      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, tmp);
78      return R_NilValue;          /* -Wall */      UNPROTECT(1);
79  #endif  /* USE_CHOLMOD */      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
80            uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
81                1 : -1;             /* switch upper and lower for transpose */
82            diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));
83        }
84        return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, uploT, diag, dn);
85  }  }
   
86    
87  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)
88  {  {
89  #ifdef USE_CHOLMOD      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),
90      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a), *chb = as_cholmod_sparse(b);          *chb = as_cholmod_sparse(b);
91      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, (int) cha->xtype, 1, &c);      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);
92        SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
93    
94      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
95      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1);      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
96  #else                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));
97      error("General multiplication requires CHOLMOD");      SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
98      return R_NilValue;          /* -Wall */                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));
99  #endif  /* USE_CHOLMOD */      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, "", dn);
100  }  }
101    
102  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)
103  {  {
 #ifdef USE_CHOLMOD  
104      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
105      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);
106      cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol,      cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol,
# Line 86  Line 110 
110      cholmod_sdmult(cha, 0, &alpha, &beta, chb, chc, &c);      cholmod_sdmult(cha, 0, &alpha, &beta, chb, chc, &c);
111      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
112      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);
113  #else  }
114      error("General multiplication requires CHOLMOD");  
115      return R_NilValue;          /* -Wall */  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)
116  #endif  /* USE_CHOLMOD */  {
117        cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
118        cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);
119        cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol,
120                                                    cha->ncol, chb->xtype, &c);
121        double alpha = 1, beta = 0;
122    
123        cholmod_sdmult(cha, 1, &alpha, &beta, chb, chc, &c);
124        Free(cha); Free(chb);
125        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);
126  }  }
127    
128  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)
129  {  {
130  #ifdef USE_CHOLMOD      int trip = asLogical(triplet),
131      int trip = asLogical(triplet);          tr   = asLogical(trans); /* gets reversed because _aat is tcrossprod */
132      cholmod_triplet      cholmod_triplet
133          *cht = trip ? as_cholmod_triplet(x) : (cholmod_triplet*) NULL;          *cht = trip ? as_cholmod_triplet(x) : (cholmod_triplet*) NULL;
134      cholmod_sparse *chcp, *chxt,      cholmod_sparse *chcp, *chxt,
135          *chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)          *chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)
136          : as_cholmod_sparse(x);          : as_cholmod_sparse(x);
137      int tr = asLogical(trans);  /* gets reversed because _aat is tcrossprod */      SEXP dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));
138    
139      if (!tr)      if (!tr)
140          chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);          chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);
141      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);
142        if(!chcp)
143            error("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()");
144        cholmod_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);
145        chcp->stype = 1;
146      if (trip) {      if (trip) {
147          cholmod_free_sparse(&chx, &c);          cholmod_free_sparse(&chx, &c);
148          Free(cht);          Free(cht);
# Line 114  Line 150 
150          Free(chx);          Free(chx);
151      }      }
152      if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);      if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);
153      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1);                                  /* create dimnames */
154  #else      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,
155      error("General crossproduct requires CHOLMOD");                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym),
156      return R_NilValue;          /* -Wall */                                          (tr) ? 1 : 0)));
157  #endif  /* USE_CHOLMOD */      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));
158        UNPROTECT(1);
159        return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, "", dn);
160    }
161    
162    SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)
163    {
164        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
165            *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
166    
167        ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);
168        Free(chx); Free(chy);
169        /* FIXME: currently drops dimnames */
170        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);
171  }  }
172    
173    SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)
174    {
175        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
176            *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
177    
178        ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);
179        Free(chx); Free(chy);
180        /* FIXME: currently drops dimnames */
181        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);
182    }
183    
184    SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)
185    {
186        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *ans;
187    
188        ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);
189        Free(chx);
190        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);
191    }
192    
193    SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)
194    {
195        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
196        cholmod_sparse *eye = cholmod_speye(chx->nrow, chx->ncol, chx->xtype, &c);
197        double one[] = {1, 0};
198        cholmod_sparse *ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);
199        int uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
200            -1 : 1;
201    
202        Free(chx); cholmod_free_sparse(&eye, &c);
203        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, "N",
204                                  duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));
205    }
206    
207    SEXP Csparse_submatrix(SEXP x, SEXP i, SEXP j)
208    {
209        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
210        int rsize = (isNull(i)) ? -1 : LENGTH(i),
211            csize = (isNull(j)) ? -1 : LENGTH(j);
212    
213        if (rsize >= 0 && !isInteger(i))
214            error(_("Index i must be NULL or integer"));
215        if (csize >= 0 && !isInteger(j))
216            error(_("Index j must be NULL or integer"));
217        return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx, INTEGER(i), rsize,
218                                                    INTEGER(j), csize,
219                                                    TRUE, TRUE, &c),
220                                  1, 0, "", R_NilValue);
221    }

Legend:
Removed from v.930  
changed lines
  Added in v.1369

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business Powered By FusionForge