SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c
ViewVC logotype

Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 928, Mon Sep 19 21:10:59 2005 UTC revision 1575, Mon Sep 18 14:47:40 2006 UTC
# Line 1  Line 1 
1                          /* Sparse matrices in compress column-oriented form */                          /* Sparse matrices in compressed column-oriented form */
2  #include "Csparse.h"  #include "Csparse.h"
 #ifdef USE_CHOLMOD  
3  #include "chm_common.h"  #include "chm_common.h"
 #endif  /* USE_CHOLMOD */  
4    
5  SEXP Csparse_validate(SEXP x)  SEXP Csparse_validate(SEXP x)
6  {  {
7        /* NB: we do *NOT* check a potential 'x' slot here, at all */
8        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
9      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
10          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
11      int j, ncol = length(pslot) - 1,      int j, k, ncol = length(pslot) - 1,
12          *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),          *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
13          nrow, *xp = INTEGER(pslot),          nrow, sorted, *xp = INTEGER(pslot),
14          *xi = INTEGER(islot);          *xi = INTEGER(islot);
15    
16      nrow = dims[0];      nrow = dims[0];
# Line 19  Line 19 
19      if (xp[0] != 0)      if (xp[0] != 0)
20          return mkString(_("first element of slot p must be zero"));          return mkString(_("first element of slot p must be zero"));
21      if (length(islot) != xp[ncol])      if (length(islot) != xp[ncol])
22          return mkString(_("last element of slot p must match length of slots i and x"));          return
23      for (j = 0; j < ncol; j++) {              mkString(_("last element of slot p must match length of slots i and x"));
         if (xp[j] > xp[j+1])  
             return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));  
     }  
24      for (j = 0; j < length(islot); j++) {      for (j = 0; j < length(islot); j++) {
25          if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)          if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)
26              return mkString(_("all row indices must be between 0 and nrow-1"));              return mkString(_("all row indices must be between 0 and nrow-1"));
27      }      }
28        sorted = TRUE;
29        for (j = 0; j < ncol; j++) {
30            if (xp[j] > xp[j+1])
31                return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));
32            for (k = xp[j] + 1; k < xp[j + 1]; k++)
33                if (xi[k] < xi[k - 1]) sorted = FALSE;
34        }
35        if (!sorted) cholmod_sort(chx, &c);
36        Free(chx);
37      return ScalarLogical(1);      return ScalarLogical(1);
38  }  }
39    
40  SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x)  SEXP Csparse_to_dense(SEXP x)
41    {
42        cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
43        cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
44    
45        Free(chxs);
46        return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1, Real_kind(x));
47    }
48    
49    SEXP Csparse_to_nz_pattern(SEXP x, SEXP tri)
50    {
51        cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
52        cholmod_sparse
53            *chxcp = cholmod_copy(chxs, chxs->stype, CHOLMOD_PATTERN, &c);
54        int uploT = 0; char *diag = "";
55    
56        Free(chxs);
57        if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
58            uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
59                -1 : 1;
60            diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));
61        }
62        return chm_sparse_to_SEXP(chxcp, 1, uploT, 0, diag,
63                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
64    }
65    
66    SEXP Csparse_to_matrix(SEXP x)
67    {
68        cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
69        cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
70    
71        Free(chxs);
72        return chm_dense_to_matrix(chxd, 1,
73                                   GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
74    }
75    
76    SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x, SEXP tri)
77  {  {
 #ifdef USE_CHOLMOD  
78      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
79      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);
80        int uploT = 0;
81        char *diag = "";
82        int Rkind = (chxs->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
83    
84      Free(chxs);      Free(chxs);
85      return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1);      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
86  #else          uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;
87      error("General conversion requires CHOLMOD");          diag = diag_P(x);
88      return R_NilValue;          /* -Wall */      }
89  #endif  /* USE_CHOLMOD */      return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1, uploT, Rkind, diag,
90                                   GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
91    }
92    
93    /* this used to be called  sCMatrix_to_gCMatrix(..)   [in ./dsCMatrix.c ]: */
94    SEXP Csparse_symmetric_to_general(SEXP x)
95    {
96        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;
97        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
98    
99        if (!(chx->stype))
100            error(_("Nonsymmetric matrix in Csparse_symmetric_to_general"));
101        chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ 0, chx->xtype, &c);
102        /* xtype: pattern, "real", complex or .. */
103        Free(chx);
104        return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "",
105                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
106  }  }
107    
108  SEXP Csparse_transpose(SEXP x)  SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)
109  {  {
 #ifdef USE_CHOLMOD  
110      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
111        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
112      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);
113        SEXP dn = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))), tmp;
114        int uploT = 0; char *diag = "";
115    
116      Free(chx);      Free(chx);
117      return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1);      tmp = VECTOR_ELT(dn, 0);    /* swap the dimnames */
118  #else      SET_VECTOR_ELT(dn, 0, VECTOR_ELT(dn, 1));
119      error("General conversion requires CHOLMOD");      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, tmp);
120      return R_NilValue;          /* -Wall */      UNPROTECT(1);
121  #endif  /* USE_CHOLMOD */      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
122            uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;
123            diag = diag_P(x);
124        }
125        return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, uploT, Rkind, diag, dn);
126  }  }
   
127    
128  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)
129  {  {
130  #ifdef USE_CHOLMOD      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),
131      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a), *chb = as_cholmod_sparse(b);          *chb = as_cholmod_sparse(b);
132      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, (int) cha->xtype, 1, &c);      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);
133        SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
134    
135      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
136      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1);      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
137  #else                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));
138      error("General multiplication requires CHOLMOD");      SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
139      return R_NilValue;          /* -Wall */                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));
140  #endif  /* USE_CHOLMOD */      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, 0, "", dn);
141  }  }
142    
143  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)
144  {  {
 #ifdef USE_CHOLMOD  
145      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
146      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b)));
147      cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol,      cholmod_dense *chc =
148                                                  cha->nrow, chb->xtype, &c);          cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol, cha->nrow, chb->xtype, &c);
149      double alpha = 1, beta = 0;      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
150    
151        cholmod_sdmult(cha, 0, alpha, beta, chb, chc, &c);
152        Free(cha); Free(chb);
153        UNPROTECT(1);
154        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0);
155    }
156    
157    SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)
158    {
159        cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
160        cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b)));
161        cholmod_dense *chc =
162            cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol, cha->ncol, chb->xtype, &c);
163        double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
164    
165      cholmod_sdmult(cha, 0, &alpha, &beta, chb, chc, &c);      cholmod_sdmult(cha, 1, alpha, beta, chb, chc, &c);
166      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
167      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);      UNPROTECT(1);
168  #else      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0);
     error("General multiplication requires CHOLMOD");  
     return R_NilValue;          /* -Wall */  
 #endif  /* USE_CHOLMOD */  
169  }  }
170    
171  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)
172  {  {
173  #ifdef USE_CHOLMOD      int trip = asLogical(triplet),
174      int trip = asLogical(triplet);          tr   = asLogical(trans); /* gets reversed because _aat is tcrossprod */
175      cholmod_triplet      cholmod_triplet
176          *cht = trip ? as_cholmod_triplet(x) : (cholmod_triplet*) NULL;          *cht = trip ? as_cholmod_triplet(x) : (cholmod_triplet*) NULL;
177      cholmod_sparse *chcp, *chxt,      cholmod_sparse *chcp, *chxt,
178          *chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)          *chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)
179          : as_cholmod_sparse(x);          : as_cholmod_sparse(x);
180      int tr = asLogical(trans);  /* gets reversed because _aat is tcrossprod */      SEXP dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));
181    
182      if (!tr)      if (!tr)
183          chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);          chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);
184      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);
185        if(!chcp)
186      Free(trip ? cht : chx);          error("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()");
187      if (trip) cholmod_free_sparse(&chx, &c);      cholmod_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);
188        chcp->stype = 1;
189        if (trip) {
190            cholmod_free_sparse(&chx, &c);
191            Free(cht);
192        } else {
193            Free(chx);
194        }
195      if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);      if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);
196      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1);                                  /* create dimnames */
197  #else      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,
198      error("General transpose requires CHOLMOD");                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym),
199      return R_NilValue;          /* -Wall */                                          (tr) ? 1 : 0)));
200  #endif  /* USE_CHOLMOD */      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));
201        UNPROTECT(1);
202        return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, 0, "", dn);
203    }
204    
205    SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)
206    {
207        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
208            *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
209        int Rkind = 0; /* only for "d" - FIXME */
210    
211        ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);
212        Free(chx); Free(chy);
213        /* FIXME: currently drops dimnames */
214        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
215    }
216    
217    SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)
218    {
219        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
220            *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
221        int Rkind = 0; /* only for "d" - FIXME */
222    
223        ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);
224        Free(chx); Free(chy);
225        /* FIXME: currently drops dimnames */
226        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
227    }
228    
229    SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)
230    {
231        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *ans;
232        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
233    
234        ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);
235        Free(chx);
236        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
237    }
238    
239    SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)
240    {
241        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
242        cholmod_sparse *eye = cholmod_speye(chx->nrow, chx->ncol, chx->xtype, &c);
243        double one[] = {1, 0};
244        cholmod_sparse *ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);
245        int uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
246            -1 : 1;
247        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
248    
249        Free(chx); cholmod_free_sparse(&eye, &c);
250        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, Rkind, "N",
251                                  duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));
252  }  }
253    
254    SEXP Csparse_submatrix(SEXP x, SEXP i, SEXP j)
255    {
256        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
257        int rsize = (isNull(i)) ? -1 : LENGTH(i),
258            csize = (isNull(j)) ? -1 : LENGTH(j);
259        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
260    
261        if (rsize >= 0 && !isInteger(i))
262            error(_("Index i must be NULL or integer"));
263        if (csize >= 0 && !isInteger(j))
264            error(_("Index j must be NULL or integer"));
265        return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx, INTEGER(i), rsize,
266                                                    INTEGER(j), csize,
267                                                    TRUE, TRUE, &c),
268                                  1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
269    }

Legend:
Removed from v.928  
changed lines
  Added in v.1575

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business University of Wisconsin - Madison Powered By FusionForge