SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c
ViewVC logotype

Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 928, Mon Sep 19 21:10:59 2005 UTC revision 1548, Mon Sep 11 22:13:07 2006 UTC
# Line 1  Line 1 
1                          /* Sparse matrices in compress column-oriented form */                          /* Sparse matrices in compressed column-oriented form */
2  #include "Csparse.h"  #include "Csparse.h"
 #ifdef USE_CHOLMOD  
3  #include "chm_common.h"  #include "chm_common.h"
 #endif  /* USE_CHOLMOD */  
4    
5  SEXP Csparse_validate(SEXP x)  SEXP Csparse_validate(SEXP x)
6  {  {
# Line 31  Line 29 
29      return ScalarLogical(1);      return ScalarLogical(1);
30  }  }
31    
32  SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x)  SEXP Csparse_to_dense(SEXP x)
33    {
34        cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
35        cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
36    
37        Free(chxs);
38        return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1, Real_kind(x));
39    }
40    
41    SEXP Csparse_to_nz_pattern(SEXP x, SEXP tri)
42    {
43        cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
44        cholmod_sparse
45            *chxcp = cholmod_copy(chxs, chxs->stype, CHOLMOD_PATTERN, &c);
46        int uploT = 0; char *diag = "";
47    
48        Free(chxs);
49        if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
50            uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
51                -1 : 1;
52            diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));
53        }
54        return chm_sparse_to_SEXP(chxcp, 1, uploT, 0, diag,
55                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
56    }
57    
58    SEXP Csparse_to_matrix(SEXP x)
59    {
60        cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
61        cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
62    
63        Free(chxs);
64        return chm_dense_to_matrix(chxd, 1,
65                                   GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
66    }
67    
68    SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x, SEXP tri)
69  {  {
 #ifdef USE_CHOLMOD  
70      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
71      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);
72        int uploT = 0;
73        char *diag = "";
74        int Rkind = (chxs->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
75    
76      Free(chxs);      Free(chxs);
77      return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1);      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
78  #else          uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;
79      error("General conversion requires CHOLMOD");          diag = diag_P(x);
80      return R_NilValue;          /* -Wall */      }
81  #endif  /* USE_CHOLMOD */      return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1, uploT, Rkind, diag,
82                                   GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
83  }  }
84    
85  SEXP Csparse_transpose(SEXP x)  /* this used to be called  sCMatrix_to_gCMatrix(..)   [in ./dsCMatrix.c ]: */
86    SEXP Csparse_symmetric_to_general(SEXP x)
87    {
88        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;
89        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
90    
91        if (!(chx->stype))
92            error(_("Nonsymmetric matrix in Csparse_symmetric_to_general"));
93        chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ 0, chx->xtype, &c);
94        /* xtype: pattern, "real", complex or .. */
95        Free(chx);
96        return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "",
97                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
98    }
99    
100    SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)
101  {  {
 #ifdef USE_CHOLMOD  
102      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
103      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);
104        SEXP dn = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))), tmp;
105        int uploT = 0; char *diag = "";
106        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
107    
108      Free(chx);      Free(chx);
109      return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1);      tmp = VECTOR_ELT(dn, 0);    /* swap the dimnames */
110  #else      SET_VECTOR_ELT(dn, 0, VECTOR_ELT(dn, 1));
111      error("General conversion requires CHOLMOD");      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, tmp);
112      return R_NilValue;          /* -Wall */      UNPROTECT(1);
113  #endif  /* USE_CHOLMOD */      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
114            uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;
115            diag = diag_P(x);
116        }
117        return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, uploT, Rkind, diag, dn);
118  }  }
   
119    
120  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)
121  {  {
122  #ifdef USE_CHOLMOD      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),
123      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a), *chb = as_cholmod_sparse(b);          *chb = as_cholmod_sparse(b);
124      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, (int) cha->xtype, 1, &c);      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);
125        SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
126    
127      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
128      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1);      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
129  #else                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));
130      error("General multiplication requires CHOLMOD");      SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
131      return R_NilValue;          /* -Wall */                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));
132  #endif  /* USE_CHOLMOD */      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, 0, "", dn);
133  }  }
134    
135  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)
136  {  {
 #ifdef USE_CHOLMOD  
137      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
138      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b)));
139      cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol,      cholmod_dense *chc =
140                                                  cha->nrow, chb->xtype, &c);          cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol, cha->nrow, chb->xtype, &c);
141      double alpha = 1, beta = 0;      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
142    
143      cholmod_sdmult(cha, 0, &alpha, &beta, chb, chc, &c);      cholmod_sdmult(cha, 0, alpha, beta, chb, chc, &c);
144      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
145      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);      UNPROTECT(1);
146  #else      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0);
147      error("General multiplication requires CHOLMOD");  }
148      return R_NilValue;          /* -Wall */  
149  #endif  /* USE_CHOLMOD */  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)
150    {
151        cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
152        cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b)));
153        cholmod_dense *chc =
154            cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol, cha->ncol, chb->xtype, &c);
155        double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
156    
157        cholmod_sdmult(cha, 1, alpha, beta, chb, chc, &c);
158        Free(cha); Free(chb);
159        UNPROTECT(1);
160        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0);
161  }  }
162    
163  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)
164  {  {
165  #ifdef USE_CHOLMOD      int trip = asLogical(triplet),
166      int trip = asLogical(triplet);          tr   = asLogical(trans); /* gets reversed because _aat is tcrossprod */
167      cholmod_triplet      cholmod_triplet
168          *cht = trip ? as_cholmod_triplet(x) : (cholmod_triplet*) NULL;          *cht = trip ? as_cholmod_triplet(x) : (cholmod_triplet*) NULL;
169      cholmod_sparse *chcp, *chxt,      cholmod_sparse *chcp, *chxt,
170          *chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)          *chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)
171          : as_cholmod_sparse(x);          : as_cholmod_sparse(x);
172      int tr = asLogical(trans);  /* gets reversed because _aat is tcrossprod */      SEXP dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));
173    
174      if (!tr)      if (!tr)
175          chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);          chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);
176      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);
177        if(!chcp)
178      Free(trip ? cht : chx);          error("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()");
179      if (trip) cholmod_free_sparse(&chx, &c);      cholmod_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);
180        chcp->stype = 1;
181        if (trip) {
182            cholmod_free_sparse(&chx, &c);
183            Free(cht);
184        } else {
185            Free(chx);
186        }
187      if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);      if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);
188      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1);                                  /* create dimnames */
189  #else      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,
190      error("General transpose requires CHOLMOD");                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym),
191      return R_NilValue;          /* -Wall */                                          (tr) ? 1 : 0)));
192  #endif  /* USE_CHOLMOD */      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));
193        UNPROTECT(1);
194        return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, 0, "", dn);
195  }  }
196    
197    SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)
198    {
199        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
200            *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
201        int Rkind = 0; /* only for "d" - FIXME */
202    
203        ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);
204        Free(chx); Free(chy);
205        /* FIXME: currently drops dimnames */
206        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
207    }
208    
209    SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)
210    {
211        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
212            *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
213        int Rkind = 0; /* only for "d" - FIXME */
214    
215        ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);
216        Free(chx); Free(chy);
217        /* FIXME: currently drops dimnames */
218        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
219    }
220    
221    SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)
222    {
223        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *ans;
224        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
225    
226        ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);
227        Free(chx);
228        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
229    }
230    
231    SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)
232    {
233        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
234        cholmod_sparse *eye = cholmod_speye(chx->nrow, chx->ncol, chx->xtype, &c);
235        double one[] = {1, 0};
236        cholmod_sparse *ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);
237        int uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
238            -1 : 1;
239        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
240    
241        Free(chx); cholmod_free_sparse(&eye, &c);
242        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, Rkind, "N",
243                                  duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));
244    }
245    
246    SEXP Csparse_submatrix(SEXP x, SEXP i, SEXP j)
247    {
248        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
249        int rsize = (isNull(i)) ? -1 : LENGTH(i),
250            csize = (isNull(j)) ? -1 : LENGTH(j);
251        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
252    
253        if (rsize >= 0 && !isInteger(i))
254            error(_("Index i must be NULL or integer"));
255        if (csize >= 0 && !isInteger(j))
256            error(_("Index j must be NULL or integer"));
257        return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx, INTEGER(i), rsize,
258                                                    INTEGER(j), csize,
259                                                    TRUE, TRUE, &c),
260                                  1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
261    }

Legend:
Removed from v.928  
changed lines
  Added in v.1548

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business Powered By FusionForge