SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c
ViewVC logotype

Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 2817, Sat Aug 11 23:41:46 2012 UTC revision 3020, Tue Oct 14 16:14:02 2014 UTC
# Line 37  Line 37 
37      return Csparse_validate_(x, FALSE);      return Csparse_validate_(x, FALSE);
38  }  }
39    
40    
41    #define _t_Csparse_validate
42    #include "t_Csparse_validate.c"
43    
44    #define _t_Csparse_sort
45    #include "t_Csparse_validate.c"
46    
47    // R: .validateCsparse(x, sort.if.needed = FALSE) :
48  SEXP Csparse_validate2(SEXP x, SEXP maybe_modify) {  SEXP Csparse_validate2(SEXP x, SEXP maybe_modify) {
49      return Csparse_validate_(x, asLogical(maybe_modify));      return Csparse_validate_(x, asLogical(maybe_modify));
50  }  }
51    
52  SEXP Csparse_validate_(SEXP x, Rboolean maybe_modify)  // R: Matrix:::.sortCsparse(x) :
53  {  SEXP Csparse_sort (SEXP x) {
54      /* NB: we do *NOT* check a potential 'x' slot here, at all */     int ok = Csparse_sort_2(x, TRUE); // modifying x directly
55      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),     if(!ok) warning(_("Csparse_sort(x): x is not a valid (apart from sorting) CsparseMatrix"));
56          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);     return x;
     Rboolean sorted, strictly;  
     int j, k,  
         *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),  
         nrow = dims[0],  
         ncol = dims[1],  
         *xp = INTEGER(pslot),  
         *xi = INTEGER(islot);  
   
     if (length(pslot) != dims[1] + 1)  
         return mkString(_("slot p must have length = ncol(.) + 1"));  
     if (xp[0] != 0)  
         return mkString(_("first element of slot p must be zero"));  
     if (length(islot) < xp[ncol]) /* allow larger slots from over-allocation!*/  
         return  
             mkString(_("last element of slot p must match length of slots i and x"));  
     for (j = 0; j < xp[ncol]; j++) {  
         if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)  
             return mkString(_("all row indices must be between 0 and nrow-1"));  
     }  
     sorted = TRUE; strictly = TRUE;  
     for (j = 0; j < ncol; j++) {  
         if (xp[j] > xp[j + 1])  
             return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));  
         if(sorted) /* only act if >= 2 entries in column j : */  
             for (k = xp[j] + 1; k < xp[j + 1]; k++) {  
                 if (xi[k] < xi[k - 1])  
                     sorted = FALSE;  
                 else if (xi[k] == xi[k - 1])  
                     strictly = FALSE;  
             }  
     }  
     if (!sorted) {  
         if(maybe_modify) {  
             CHM_SP chx = (CHM_SP) alloca(sizeof(cholmod_sparse));  
             R_CheckStack();  
             as_cholmod_sparse(chx, x, FALSE, TRUE);/*-> cholmod_l_sort() ! */  
             /* as chx = AS_CHM_SP__(x)  but  ^^^^ sorting x in_place !!! */  
   
             /* Now re-check that row indices are *strictly* increasing  
              * (and not just increasing) within each column : */  
             for (j = 0; j < ncol; j++) {  
                 for (k = xp[j] + 1; k < xp[j + 1]; k++)  
                     if (xi[k] == xi[k - 1])  
                         return mkString(_("slot i is not *strictly* increasing inside a column (even after cholmod_l_sort)"));  
             }  
         } else { /* no modifying sorting : */  
             return mkString(_("row indices are not sorted within columns"));  
         }  
     } else if(!strictly) {  /* sorted, but not strictly */  
         return mkString(_("slot i is not *strictly* increasing inside a column"));  
     }  
     return ScalarLogical(1);  
57  }  }
58    
59  SEXP Rsparse_validate(SEXP x)  SEXP Rsparse_validate(SEXP x)
# Line 230  Line 186 
186      return ans;      return ans;
187  }  }
188    
189  SEXP Csparse_to_matrix(SEXP x)  SEXP Csparse_to_matrix(SEXP x, SEXP chk)
190  {  {
191      return chm_dense_to_matrix(cholmod_sparse_to_dense(AS_CHM_SP__(x), &c),      return chm_dense_to_matrix(cholmod_sparse_to_dense(AS_CHM_SP2(x, asLogical(chk)), &c),
192                                 1 /*do_free*/, GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));                                 1 /*do_free*/, GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
193  }  }
194    SEXP Csparse_to_vector(SEXP x)
195    {
196        return chm_dense_to_vector(cholmod_sparse_to_dense(AS_CHM_SP__(x), &c), 1);
197    }
198    
199  SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x, SEXP tri)  SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x, SEXP tri)
200  {  {
# Line 273  Line 233 
233          return R_NilValue; /* -Wall */          return R_NilValue; /* -Wall */
234      }      }
235      CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(x), chgx;      CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(x), chgx;
236      int uploT = (*CHAR(STRING_ELT(uplo,0)) == 'U') ? 1 : -1;      int uploT = (*CHAR(asChar(uplo)) == 'U') ? 1 : -1;
237      int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;      int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
238      R_CheckStack();      R_CheckStack();
239      chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ uploT, chx->xtype, &c);      chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ uploT, chx->xtype, &c);
240    
241        /* need _symmetric_ dimnames */
242        SEXP dns = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))),
243            nms_dns = getAttrib(dns, R_NamesSymbol);
244        if(!equal_string_vectors(VECTOR_ELT(dns, 0),
245                                 VECTOR_ELT(dns, 1))) {
246            if(uploT == 1)
247                SET_VECTOR_ELT(dns, 0, VECTOR_ELT(dns,1));
248            else
249                SET_VECTOR_ELT(dns, 1, VECTOR_ELT(dns,0));
250        }
251        if(!isNull(nms_dns) &&  // names(dimnames(.)) :
252           !R_compute_identical(STRING_ELT(nms_dns, 0),
253                                STRING_ELT(nms_dns, 1), 15)) {
254            if(uploT == 1)
255                SET_STRING_ELT(nms_dns, 0, STRING_ELT(nms_dns,1));
256            else
257                SET_STRING_ELT(nms_dns, 1, STRING_ELT(nms_dns,0));
258            setAttrib(dns, R_NamesSymbol, nms_dns);
259        }
260    
261        UNPROTECT(1);
262      /* xtype: pattern, "real", complex or .. */      /* xtype: pattern, "real", complex or .. */
263      return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "",      return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "", dns);
                               GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));  
264  }  }
265    
266  SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)  SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)
# Line 296  Line 277 
277      tmp = VECTOR_ELT(dn, 0);    /* swap the dimnames */      tmp = VECTOR_ELT(dn, 0);    /* swap the dimnames */
278      SET_VECTOR_ELT(dn, 0, VECTOR_ELT(dn, 1));      SET_VECTOR_ELT(dn, 0, VECTOR_ELT(dn, 1));
279      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, tmp);      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, tmp);
280        if(!isNull(tmp = getAttrib(dn, R_NamesSymbol))) { // swap names(dimnames(.)):
281            SEXP nms_dns = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));
282            SET_VECTOR_ELT(nms_dns, 1, STRING_ELT(tmp, 0));
283            SET_VECTOR_ELT(nms_dns, 0, STRING_ELT(tmp, 1));
284            setAttrib(dn, R_NamesSymbol, nms_dns);
285            UNPROTECT(1);
286        }
287      UNPROTECT(1);      UNPROTECT(1);
288      return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, /* SWAP 'uplo' for triangular */      return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, /* SWAP 'uplo' for triangular */
289                                tr ? ((*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1) : 0,                                tr ? ((*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1) : 0,
# Line 385  Line 373 
373  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)
374  {  {
375      CHM_SP cha = AS_CHM_SP(a);      CHM_SP cha = AS_CHM_SP(a);
376      SEXP b_M = PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b));      SEXP b_M = PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix2(b, // transpose_if_vector =
377                                                 cha->ncol == 1));
378      CHM_DN chb = AS_CHM_DN(b_M);      CHM_DN chb = AS_CHM_DN(b_M);
379      CHM_DN chc = cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol, cha->nrow,      CHM_DN chc = cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol, cha->nrow,
380                                          chb->xtype, &c);                                          chb->xtype, &c);
# Line 416  Line 405 
405  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)
406  {  {
407      CHM_SP cha = AS_CHM_SP(a);      CHM_SP cha = AS_CHM_SP(a);
408      SEXP b_M = PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b));      SEXP b_M = PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix2(b, // transpose_if_vector =
409                                                 cha->nrow == 1));
410      CHM_DN chb = AS_CHM_DN(b_M);      CHM_DN chb = AS_CHM_DN(b_M);
411      CHM_DN chc = cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol, cha->ncol,      CHM_DN chc = cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol, cha->ncol,
412                                          chb->xtype, &c);                                          chb->xtype, &c);
# Line 579  Line 569 
569    
570          chm_diagN2U(chx, uploT, /* do_realloc */ FALSE);          chm_diagN2U(chx, uploT, /* do_realloc */ FALSE);
571    
572          UNPROTECT(1);          SEXP ans = chm_sparse_to_SEXP(chx, /*dofree*/ 0/* or 1 ?? */,
         return chm_sparse_to_SEXP(chx, /*dofree*/ 0/* or 1 ?? */,  
573                                    uploT, Rkind, "U",                                    uploT, Rkind, "U",
574                                    GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));                                    GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
575            UNPROTECT(1);// only now !
576            return ans;
577      }      }
578  }  }
579    
# Line 608  Line 599 
599      if (csize >= 0 && !isInteger(j))      if (csize >= 0 && !isInteger(j))
600          error(_("Index j must be NULL or integer"));          error(_("Index j must be NULL or integer"));
601    
602    #define CHM_SUB(_M_, _i_, _j_)                                  \
603        cholmod_submatrix(_M_,                                      \
604                          (rsize < 0) ? NULL : INTEGER(_i_), rsize, \
605                          (csize < 0) ? NULL : INTEGER(_j_), csize, \
606                          TRUE, TRUE, &c)
607        CHM_SP ans;
608      if (!chx->stype) {/* non-symmetric Matrix */      if (!chx->stype) {/* non-symmetric Matrix */
609          return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx,          ans = CHM_SUB(chx, i, j);
                                                     (rsize < 0) ? NULL : INTEGER(i), rsize,  
                                                     (csize < 0) ? NULL : INTEGER(j), csize,  
                                                     TRUE, TRUE, &c),  
                                   1, 0, Rkind, "",  
                                   /* FIXME: drops dimnames */ R_NilValue);  
610      }      }
611        else {
612                                  /* for now, cholmod_submatrix() only accepts "generalMatrix" */                                  /* for now, cholmod_submatrix() only accepts "generalMatrix" */
613      CHM_SP tmp = cholmod_copy(chx, /* stype: */ 0, chx->xtype, &c);      CHM_SP tmp = cholmod_copy(chx, /* stype: */ 0, chx->xtype, &c);
614      CHM_SP ans = cholmod_submatrix(tmp,          ans = CHM_SUB(tmp, i, j);
                                    (rsize < 0) ? NULL : INTEGER(i), rsize,  
                                    (csize < 0) ? NULL : INTEGER(j), csize,  
                                    TRUE, TRUE, &c);  
615      cholmod_free_sparse(&tmp, &c);      cholmod_free_sparse(&tmp, &c);
616      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);      }
617    
618        // "FIXME": currently dropping dimnames, and adding them afterwards in R :
619        /* // dimnames: */
620        /* SEXP x_dns = GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym), */
621        /*  dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2)); */
622        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", /* dimnames: */ R_NilValue);
623  }  }
624    
625  #define _d_Csp_  #define _d_Csp_
# Line 670  Line 666 
666   *   *
667   * @return  a SEXP, either a (double) number or a length n-vector of diagonal entries   * @return  a SEXP, either a (double) number or a length n-vector of diagonal entries
668   */   */
669  SEXP diag_tC_ptr(int n, int *x_p, double *x_x, int *perm, SEXP resultKind)  SEXP diag_tC_ptr(int n, int *x_p, double *x_x, Rboolean is_U, int *perm,
670  /*                                ^^^^^^ FIXME[Generalize] to int / ... */  /*                                ^^^^^^ FIXME[Generalize] to int / ... */
671                     SEXP resultKind)
672  {  {
673      const char* res_ch = CHAR(STRING_ELT(resultKind,0));      const char* res_ch = CHAR(STRING_ELT(resultKind,0));
674      enum diag_kind { diag, diag_backpermuted, trace, prod, sum_log      enum diag_kind { diag, diag_backpermuted, trace, prod, sum_log, min, max, range
675      } res_kind = ((!strcmp(res_ch, "trace")) ? trace :      } res_kind = ((!strcmp(res_ch, "trace")) ? trace :
676                    ((!strcmp(res_ch, "sumLog")) ? sum_log :                    ((!strcmp(res_ch, "sumLog")) ? sum_log :
677                     ((!strcmp(res_ch, "prod")) ? prod :                     ((!strcmp(res_ch, "prod")) ? prod :
678                        ((!strcmp(res_ch, "min")) ? min :
679                         ((!strcmp(res_ch, "max")) ? max :
680                          ((!strcmp(res_ch, "range")) ? range :
681                      ((!strcmp(res_ch, "diag")) ? diag :                      ((!strcmp(res_ch, "diag")) ? diag :
682                       ((!strcmp(res_ch, "diagBack")) ? diag_backpermuted :                       ((!strcmp(res_ch, "diagBack")) ? diag_backpermuted :
683                        -1)))));                           -1))))))));
684      int i, n_x, i_from = 0;      int i, n_x, i_from;
685      SEXP ans = PROTECT(allocVector(REALSXP,      SEXP ans = PROTECT(allocVector(REALSXP,
686  /*                                 ^^^^  FIXME[Generalize] */  /*                                 ^^^^  FIXME[Generalize] */
687                                     (res_kind == diag ||                                     (res_kind == diag ||
688                                      res_kind == diag_backpermuted) ? n : 1));                                      res_kind == diag_backpermuted) ? n :
689                                       (res_kind == range ? 2 : 1)));
690      double *v = REAL(ans);      double *v = REAL(ans);
691  /*  ^^^^^^      ^^^^  FIXME[Generalize] */  /*  ^^^^^^      ^^^^  FIXME[Generalize] */
692    
693        i_from = (is_U ? -1 : 0);
694    
695  #define for_DIAG(v_ASSIGN)                                      \  #define for_DIAG(v_ASSIGN)                                      \
696      for(i = 0; i < n; i++, i_from += n_x) {                     \      for(i = 0; i < n; i++) {                                    \
697          /* looking at i-th column */                            \          /* looking at i-th column */                            \
698          n_x = x_p[i+1] - x_p[i];/* #{entries} in this column */ \          n_x = x_p[i+1] - x_p[i];/* #{entries} in this column */ \
699            if( is_U) i_from += n_x;                                \
700          v_ASSIGN;                                               \          v_ASSIGN;                                               \
701            if(!is_U) i_from += n_x;                                \
702      }      }
703    
704      /* NOTA BENE: we assume  -- uplo = "L" i.e. lower triangular matrix      /* NOTA BENE: we assume  -- uplo = "L" i.e. lower triangular matrix
705       *            for uplo = "U" (makes sense with a "dtCMatrix" !),       *            for uplo = "U" (makes sense with a "dtCMatrix" !),
706       *            should use  x_x[i_from + (nx - 1)] instead of x_x[i_from],       *            should use  x_x[i_from + (n_x - 1)] instead of x_x[i_from],
707       *            where nx = (x_p[i+1] - x_p[i])       *            where n_x = (x_p[i+1] - x_p[i])
708       */       */
709    
710      switch(res_kind) {      switch(res_kind) {
711      case trace:      case trace: // = sum
712          v[0] = 0.;          v[0] = 0.;
713          for_DIAG(v[0] += x_x[i_from]);          for_DIAG(v[0] += x_x[i_from]);
714          break;          break;
# Line 718  Line 723 
723          for_DIAG(v[0] *= x_x[i_from]);          for_DIAG(v[0] *= x_x[i_from]);
724          break;          break;
725    
726        case min:
727            v[0] = R_PosInf;
728            for_DIAG(if(v[0] > x_x[i_from]) v[0] = x_x[i_from]);
729            break;
730    
731        case max:
732            v[0] = R_NegInf;
733            for_DIAG(if(v[0] < x_x[i_from]) v[0] = x_x[i_from]);
734            break;
735    
736        case range:
737            v[0] = R_PosInf;
738            v[1] = R_NegInf;
739            for_DIAG(if(v[0] > x_x[i_from]) v[0] = x_x[i_from];
740                     if(v[1] < x_x[i_from]) v[1] = x_x[i_from]);
741            break;
742    
743      case diag:      case diag:
744          for_DIAG(v[i] = x_x[i_from]);          for_DIAG(v[i] = x_x[i_from]);
745          break;          break;
# Line 747  Line 769 
769   * Extract the diagonal entries from *triangular* Csparse matrix  __or__ a   * Extract the diagonal entries from *triangular* Csparse matrix  __or__ a
770   * cholmod_sparse factor (LDL = TRUE).   * cholmod_sparse factor (LDL = TRUE).
771   *   *
772     * @param obj -- now a cholmod_sparse factor or a dtCMatrix
773   * @param pslot  'p' (column pointer)   slot of Csparse matrix/factor   * @param pslot  'p' (column pointer)   slot of Csparse matrix/factor
774   * @param xslot  'x' (non-zero entries) slot of Csparse matrix/factor   * @param xslot  'x' (non-zero entries) slot of Csparse matrix/factor
775   * @param perm_slot  'perm' (= permutation vector) slot of corresponding CHMfactor;   * @param perm_slot  'perm' (= permutation vector) slot of corresponding CHMfactor;
# Line 755  Line 778 
778   *   *
779   * @return  a SEXP, either a (double) number or a length n-vector of diagonal entries   * @return  a SEXP, either a (double) number or a length n-vector of diagonal entries
780   */   */
781  SEXP diag_tC(SEXP pslot, SEXP xslot, SEXP perm_slot, SEXP resultKind)  SEXP diag_tC(SEXP obj, SEXP resultKind)
782  {  {
783    
784        SEXP
785            pslot = GET_SLOT(obj, Matrix_pSym),
786            xslot = GET_SLOT(obj, Matrix_xSym);
787        Rboolean is_U = (R_has_slot(obj, Matrix_uploSym) &&
788                         *CHAR(asChar(GET_SLOT(obj, Matrix_uploSym))) == 'U');
789      int n = length(pslot) - 1, /* n = ncol(.) = nrow(.) */      int n = length(pslot) - 1, /* n = ncol(.) = nrow(.) */
790          *x_p  = INTEGER(pslot),          *x_p  = INTEGER(pslot), pp = -1, *perm;
         *perm = INTEGER(perm_slot);  
791      double *x_x = REAL(xslot);      double *x_x = REAL(xslot);
792  /*  ^^^^^^        ^^^^ FIXME[Generalize] to INTEGER(.) / LOGICAL(.) / ... xslot !*/  /*  ^^^^^^        ^^^^ FIXME[Generalize] to INTEGER(.) / LOGICAL(.) / ... xslot !*/
793    
794      return diag_tC_ptr(n, x_p, x_x, perm, resultKind);      if(R_has_slot(obj, Matrix_permSym))
795            perm = INTEGER(GET_SLOT(obj, Matrix_permSym));
796        else perm = &pp;
797    
798        return diag_tC_ptr(n, x_p, x_x, is_U, perm, resultKind);
799  }  }
800    
801    
802  /**  /**
803   * Create a Csparse matrix object from indices and/or pointers.   * Create a Csparse matrix object from indices and/or pointers.
804   *   *

Legend:
Removed from v.2817  
changed lines
  Added in v.3020

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business University of Wisconsin - Madison Powered By FusionForge