SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c
ViewVC logotype

Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 2681, Mon Aug 1 20:43:16 2011 UTC revision 3020, Tue Oct 14 16:14:02 2014 UTC
# Line 1  Line 1 
1                          /* Sparse matrices in compressed column-oriented form */                          /* Sparse matrices in compressed column-oriented form */
2    
 #include <stdint.h> // C99 for int64_t  
3  #include "Csparse.h"  #include "Csparse.h"
4  #include "Tsparse.h"  #include "Tsparse.h"
5  #include "chm_common.h"  #include "chm_common.h"
# Line 38  Line 37 
37      return Csparse_validate_(x, FALSE);      return Csparse_validate_(x, FALSE);
38  }  }
39    
 SEXP Csparse_validate2(SEXP x, SEXP maybe_modify) {  
     return Csparse_validate_(x, asLogical(maybe_modify));  
 }  
40    
41  SEXP Csparse_validate_(SEXP x, Rboolean maybe_modify)  #define _t_Csparse_validate
42  {  #include "t_Csparse_validate.c"
     /* NB: we do *NOT* check a potential 'x' slot here, at all */  
     SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),  
         islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);  
     Rboolean sorted, strictly;  
     int j, k,  
         *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),  
         nrow = dims[0],  
         ncol = dims[1],  
         *xp = INTEGER(pslot),  
         *xi = INTEGER(islot);  
43    
44      if (length(pslot) != dims[1] + 1)  #define _t_Csparse_sort
45          return mkString(_("slot p must have length = ncol(.) + 1"));  #include "t_Csparse_validate.c"
     if (xp[0] != 0)  
         return mkString(_("first element of slot p must be zero"));  
     if (length(islot) < xp[ncol]) /* allow larger slots from over-allocation!*/  
         return  
             mkString(_("last element of slot p must match length of slots i and x"));  
     for (j = 0; j < xp[ncol]; j++) {  
         if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)  
             return mkString(_("all row indices must be between 0 and nrow-1"));  
     }  
     sorted = TRUE; strictly = TRUE;  
     for (j = 0; j < ncol; j++) {  
         if (xp[j] > xp[j + 1])  
             return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));  
         if(sorted) /* only act if >= 2 entries in column j : */  
             for (k = xp[j] + 1; k < xp[j + 1]; k++) {  
                 if (xi[k] < xi[k - 1])  
                     sorted = FALSE;  
                 else if (xi[k] == xi[k - 1])  
                     strictly = FALSE;  
             }  
     }  
     if (!sorted) {  
         if(maybe_modify) {  
             CHM_SP chx = (CHM_SP) alloca(sizeof(cholmod_sparse));  
             R_CheckStack();  
             as_cholmod_sparse(chx, x, FALSE, TRUE);/*-> cholmod_l_sort() ! */  
             /* as chx = AS_CHM_SP__(x)  but  ^^^^ sorting x in_place !!! */  
46    
47              /* Now re-check that row indices are *strictly* increasing  // R: .validateCsparse(x, sort.if.needed = FALSE) :
48               * (and not just increasing) within each column : */  SEXP Csparse_validate2(SEXP x, SEXP maybe_modify) {
49              for (j = 0; j < ncol; j++) {      return Csparse_validate_(x, asLogical(maybe_modify));
                 for (k = xp[j] + 1; k < xp[j + 1]; k++)  
                     if (xi[k] == xi[k - 1])  
                         return mkString(_("slot i is not *strictly* increasing inside a column (even after cholmod_l_sort)"));  
             }  
         } else { /* no modifying sorting : */  
             return mkString(_("row indices are not sorted within columns"));  
         }  
     } else if(!strictly) {  /* sorted, but not strictly */  
         return mkString(_("slot i is not *strictly* increasing inside a column"));  
50      }      }
51      return ScalarLogical(1);  
52    // R: Matrix:::.sortCsparse(x) :
53    SEXP Csparse_sort (SEXP x) {
54       int ok = Csparse_sort_2(x, TRUE); // modifying x directly
55       if(!ok) warning(_("Csparse_sort(x): x is not a valid (apart from sorting) CsparseMatrix"));
56       return x;
57  }  }
58    
59  SEXP Rsparse_validate(SEXP x)  SEXP Rsparse_validate(SEXP x)
# Line 190  Line 145 
145      if(cl_x[2] != 'C') error(_("not a CsparseMatrix"));      if(cl_x[2] != 'C') error(_("not a CsparseMatrix"));
146      int nnz = LENGTH(GET_SLOT(x, Matrix_iSym));      int nnz = LENGTH(GET_SLOT(x, Matrix_iSym));
147      SEXP ans;      SEXP ans;
148      char *ncl = strdup(cl_x);      char *ncl = alloca(strlen(cl_x) + 1); /* not much memory required */
149        strcpy(ncl, cl_x);
150      double *dx_x; int *ix_x;      double *dx_x; int *ix_x;
151      ncl[0] = (r_kind == x_double ? 'd' :      ncl[0] = (r_kind == x_double ? 'd' :
152                (r_kind == x_logical ? 'l' :                (r_kind == x_logical ? 'l' :
# Line 230  Line 186 
186      return ans;      return ans;
187  }  }
188    
189  SEXP Csparse_to_matrix(SEXP x)  SEXP Csparse_to_matrix(SEXP x, SEXP chk)
190  {  {
191      return chm_dense_to_matrix(cholmod_sparse_to_dense(AS_CHM_SP__(x), &c),      return chm_dense_to_matrix(cholmod_sparse_to_dense(AS_CHM_SP2(x, asLogical(chk)), &c),
192                                 1 /*do_free*/, GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));                                 1 /*do_free*/, GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
193  }  }
194    SEXP Csparse_to_vector(SEXP x)
195    {
196        return chm_dense_to_vector(cholmod_sparse_to_dense(AS_CHM_SP__(x), &c), 1);
197    }
198    
199  SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x, SEXP tri)  SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x, SEXP tri)
200  {  {
# Line 267  Line 227 
227    
228  SEXP Csparse_general_to_symmetric(SEXP x, SEXP uplo)  SEXP Csparse_general_to_symmetric(SEXP x, SEXP uplo)
229  {  {
230        int *adims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)), n = adims[0];
231        if(n != adims[1]) {
232            error(_("Csparse_general_to_symmetric(): matrix is not square!"));
233            return R_NilValue; /* -Wall */
234        }
235      CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(x), chgx;      CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(x), chgx;
236      int uploT = (*CHAR(STRING_ELT(uplo,0)) == 'U') ? 1 : -1;      int uploT = (*CHAR(asChar(uplo)) == 'U') ? 1 : -1;
237      int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;      int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
238      R_CheckStack();      R_CheckStack();
   
239      chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ uploT, chx->xtype, &c);      chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ uploT, chx->xtype, &c);
240    
241        /* need _symmetric_ dimnames */
242        SEXP dns = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))),
243            nms_dns = getAttrib(dns, R_NamesSymbol);
244        if(!equal_string_vectors(VECTOR_ELT(dns, 0),
245                                 VECTOR_ELT(dns, 1))) {
246            if(uploT == 1)
247                SET_VECTOR_ELT(dns, 0, VECTOR_ELT(dns,1));
248            else
249                SET_VECTOR_ELT(dns, 1, VECTOR_ELT(dns,0));
250        }
251        if(!isNull(nms_dns) &&  // names(dimnames(.)) :
252           !R_compute_identical(STRING_ELT(nms_dns, 0),
253                                STRING_ELT(nms_dns, 1), 15)) {
254            if(uploT == 1)
255                SET_STRING_ELT(nms_dns, 0, STRING_ELT(nms_dns,1));
256            else
257                SET_STRING_ELT(nms_dns, 1, STRING_ELT(nms_dns,0));
258            setAttrib(dns, R_NamesSymbol, nms_dns);
259        }
260    
261        UNPROTECT(1);
262      /* xtype: pattern, "real", complex or .. */      /* xtype: pattern, "real", complex or .. */
263      return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "",      return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "", dns);
                               GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));  
264  }  }
265    
266  SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)  SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)
# Line 292  Line 277 
277      tmp = VECTOR_ELT(dn, 0);    /* swap the dimnames */      tmp = VECTOR_ELT(dn, 0);    /* swap the dimnames */
278      SET_VECTOR_ELT(dn, 0, VECTOR_ELT(dn, 1));      SET_VECTOR_ELT(dn, 0, VECTOR_ELT(dn, 1));
279      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, tmp);      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, tmp);
280        if(!isNull(tmp = getAttrib(dn, R_NamesSymbol))) { // swap names(dimnames(.)):
281            SEXP nms_dns = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));
282            SET_VECTOR_ELT(nms_dns, 1, STRING_ELT(tmp, 0));
283            SET_VECTOR_ELT(nms_dns, 0, STRING_ELT(tmp, 1));
284            setAttrib(dn, R_NamesSymbol, nms_dns);
285            UNPROTECT(1);
286        }
287      UNPROTECT(1);      UNPROTECT(1);
288      return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, /* SWAP 'uplo' for triangular */      return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, /* SWAP 'uplo' for triangular */
289                                tr ? ((*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1) : 0,                                tr ? ((*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1) : 0,
# Line 381  Line 373 
373  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)
374  {  {
375      CHM_SP cha = AS_CHM_SP(a);      CHM_SP cha = AS_CHM_SP(a);
376      SEXP b_M = PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b));      SEXP b_M = PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix2(b, // transpose_if_vector =
377                                                 cha->ncol == 1));
378      CHM_DN chb = AS_CHM_DN(b_M);      CHM_DN chb = AS_CHM_DN(b_M);
379      CHM_DN chc = cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol, cha->nrow,      CHM_DN chc = cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol, cha->nrow,
380                                          chb->xtype, &c);                                          chb->xtype, &c);
# Line 412  Line 405 
405  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)
406  {  {
407      CHM_SP cha = AS_CHM_SP(a);      CHM_SP cha = AS_CHM_SP(a);
408      SEXP b_M = PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b));      SEXP b_M = PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix2(b, // transpose_if_vector =
409                                                 cha->nrow == 1));
410      CHM_DN chb = AS_CHM_DN(b_M);      CHM_DN chb = AS_CHM_DN(b_M);
411      CHM_DN chc = cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol, cha->ncol,      CHM_DN chc = cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol, cha->ncol,
412                                          chb->xtype, &c);                                          chb->xtype, &c);
# Line 567  Line 561 
561      }      }
562      else { /* triangular with diag='N'): now drop the diagonal */      else { /* triangular with diag='N'): now drop the diagonal */
563          /* duplicate, since chx will be modified: */          /* duplicate, since chx will be modified: */
564          CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(duplicate(x));          SEXP xx = PROTECT(duplicate(x));
565            CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(xx);
566          int uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? 1 : -1,          int uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? 1 : -1,
567              Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;              Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
568          R_CheckStack();          R_CheckStack();
569    
570          chm_diagN2U(chx, uploT, /* do_realloc */ FALSE);          chm_diagN2U(chx, uploT, /* do_realloc */ FALSE);
571    
572          return chm_sparse_to_SEXP(chx, /*dofree*/ 0/* or 1 ?? */,          SEXP ans = chm_sparse_to_SEXP(chx, /*dofree*/ 0/* or 1 ?? */,
573                                    uploT, Rkind, "U",                                    uploT, Rkind, "U",
574                                    GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));                                    GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
575            UNPROTECT(1);// only now !
576            return ans;
577      }      }
578  }  }
579    
# Line 602  Line 599 
599      if (csize >= 0 && !isInteger(j))      if (csize >= 0 && !isInteger(j))
600          error(_("Index j must be NULL or integer"));          error(_("Index j must be NULL or integer"));
601    
602      if (chx->stype) /* symmetricMatrix */  #define CHM_SUB(_M_, _i_, _j_)                                  \
603        cholmod_submatrix(_M_,                                      \
604                          (rsize < 0) ? NULL : INTEGER(_i_), rsize, \
605                          (csize < 0) ? NULL : INTEGER(_j_), csize, \
606                          TRUE, TRUE, &c)
607        CHM_SP ans;
608        if (!chx->stype) {/* non-symmetric Matrix */
609            ans = CHM_SUB(chx, i, j);
610        }
611        else {
612          /* for now, cholmod_submatrix() only accepts "generalMatrix" */          /* for now, cholmod_submatrix() only accepts "generalMatrix" */
613          chx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ 0, chx->xtype, &c);          CHM_SP tmp = cholmod_copy(chx, /* stype: */ 0, chx->xtype, &c);
614            ans = CHM_SUB(tmp, i, j);
615      return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx,          cholmod_free_sparse(&tmp, &c);
                                 (rsize < 0) ? NULL : INTEGER(i), rsize,  
                                 (csize < 0) ? NULL : INTEGER(j), csize,  
                                                   TRUE, TRUE, &c),  
                               1, 0, Rkind, "",  
                               /* FIXME: drops dimnames */ R_NilValue);  
616  }  }
617    
618  /**      // "FIXME": currently dropping dimnames, and adding them afterwards in R :
619   * Subassignment:  x[i,j]  <- value      /* // dimnames: */
620   *      /* SEXP x_dns = GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym), */
621   * @param x      /*  dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2)); */
622   * @param i_ integer row    index 0-origin vector (as returned from R .ind.prep2())      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", /* dimnames: */ R_NilValue);
623   * @param j_ integer column index 0-origin vector  }
  * @param value currently must be a dsparseVector {which is recycled if needed}  
  *  
  * @return a Csparse matrix like x, but with the values replaced  
  */  
 SEXP Csparse_subassign(SEXP x, SEXP i_, SEXP j_, SEXP value)  
 {  
     // TODO: for other classes consider using a trick as  RallocedReal() in ./chm_common.c  
     static const char  
         *valid_cM [] = { // the only ones, for "the moment". FIXME: extend (!)  
         "dgCMatrix",// 0  
         "dtCMatrix",// 1  
         ""},  
         // value: assume a  "dsparseVector" for now -- slots: (i, length, x)  
         *valid_spv[] = {"dsparseVector",  
                         ""};  
   
     int ctype_x = Matrix_check_class_etc(x, valid_cM),  
         ctype_v = Matrix_check_class_etc(value, valid_spv);  
     if (ctype_x < 0)  
         error(_("invalid class of 'x' in Csparse_subassign()"));  
     if (ctype_v < 0)  
         error(_("invalid class of 'value' in Csparse_subassign()"));  
   
     SEXP  
         islot   = GET_SLOT(x, Matrix_iSym),  
         dimslot = GET_SLOT(x, Matrix_DimSym),  
         i_cp = PROTECT(coerceVector(i_, INTSXP)),  
         j_cp = PROTECT(coerceVector(j_, INTSXP));  
         // for d.CMatrix and l.CMatrix  but not n.CMatrix:  
   
     int *dims = INTEGER(dimslot),  
         ncol = dims[1], /* nrow = dims[0], */  
         *i = INTEGER(i_cp), len_i = LENGTH(i_cp),  
         *j = INTEGER(j_cp), len_j = LENGTH(j_cp),  
         k,  
         nnz_x = LENGTH(islot);  
     int nnz = nnz_x;  
   
 #define MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE  
 // Temporary hack for debugging --- remove eventually -- FIXME  
 #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE  
     Rboolean verbose = i[0] < 0;  
     if(verbose) i[0] = -i[0];  
 #endif  
   
     SEXP val_i_slot;  
     PROTECT(val_i_slot = coerceVector(GET_SLOT(value, Matrix_iSym), REALSXP));  
     double *val_i = REAL(val_i_slot);  
     int nnz_val =  LENGTH(GET_SLOT(value, Matrix_iSym));  
     // for dsparseVector only:  
     double *val_x =   REAL (GET_SLOT(value, Matrix_xSym));  
     int64_t len_val = (int64_t) asReal(GET_SLOT(value, Matrix_lengthSym));  
     /* llen_i = (int64_t) len_i; */  
624    
625      double z_ans = 0.;  #define _d_Csp_
626    #include "t_Csparse_subassign.c"
627    
628      SEXP ans;  #define _l_Csp_
629      /* Instead of simple "duplicate": PROTECT(ans = duplicate(x)) , build up: */  #include "t_Csparse_subassign.c"
     // Assuming that ans will have the same basic Matrix type as x :  
     ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS(valid_cM[ctype_x])));  
     SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym,      duplicate(dimslot));  
     SET_SLOT(ans, Matrix_DimNamesSym, duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));  
     SET_SLOT(ans, Matrix_pSym,        duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_pSym)));  
     SEXP r_pslot = GET_SLOT(ans, Matrix_pSym);  
     // and assign the i- and x- slots at the end, as they are potentially modified  
     // not just in content, but also in their *length*  
     int *rp = INTEGER(r_pslot),  
         *ri = Calloc(nnz_x, int);       // to contain the final i - slot  
     // for d.CMatrix only:  
     double *rx = Calloc(nnz_x, double); // to contain the final x - slot  
     Memcpy(ri, INTEGER(islot), nnz_x);  
     Memcpy(rx, REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)), nnz_x);  
     // NB:  nnz_x : will always be the "current allocated length" of (i, x) slots  
     // --   nnz   : the current *used* length; always   nnz <= nnz_x  
   
     int jj, j_val = 0; // in "running" conceptionally through all value[i+ jj*len_i]  
     // values, we are "below"/"before" the (j_val)-th non-zero one.  
     // e.g. if value = (0,0,...,0), have nnz_val == 0, j_val must remain == 0  
     int64_t ii_val;// == "running" index (i + jj*len_i) % len_val for value[]  
     for(jj = 0, ii_val=0; jj < len_j; jj++) {  
         int j__ = j[jj];  
         /* int64_t j_l = jj * llen_i; */  
         R_CheckUserInterrupt();  
         for(int ii = 0; ii < len_i; ii++, ii_val++) {  
             int i__ = i[ii], p1, p2;  
             if(nnz_val && ii_val >= len_val) { // "recycle" indexing into value[]  
                 ii_val -= len_val; // = (ii + jj*len_i) % len_val  
                 j_val = 0;  
             }  
             int64_t ii_v1;//= ii_val + 1;  
             double v, /* := value[(ii + j_l) % len_val]  
                          = dsparseVector_sub((ii + j_l) % len_val,  
                                              nnz_val, val_i, val_x, len_val)  
                       */  
                 M_ij;  
             int ind;  
             Rboolean have_entry = FALSE;  
   
             // note that rp[]'s may have *changed* even when 'j' remained!  
             // "FIXME": do this only *when* rp[] has changed  
             p1 = rp[j__], p2 = rp[j__ + 1];  
   
             // v :=  value[(ii + j_l) % len_val] = value[ii_val]  
             v = z_ans;  
             if(j_val < nnz_val) { // maybe find v := non-zero value[ii_val]  
                 ii_v1 = ii_val + 1;  
                 if(ii_v1 < val_i[j_val]) { // typical case: are still in zero-stretch  
                     v = z_ans; // v = 0  
                 } else if(ii_v1 == val_i[j_val]) { // have a match  
                     v = val_x[j_val];  
                     j_val++;// from now on, look at the next non-zero entry  
                 } else { //  ii_v1 > val_i[j_val]  
                     REprintf("programming thinko in Csparse_subassign(*, i=%d,j=%d): ii_v=%d, v@i[j_val=%ld]=%g\n",  
                              i__,j__, ii_v1, j_val, val_i[j_val]);  
                     j_val++;// from now on, look at the next non-zero entry  
                 }  
             }  
             // --------------- M_ij := getM(i., j.) --------------------------------  
             M_ij = z_ans; // as in  ./t_sparseVector.c  
             for(ind = p1; ind < p2; ind++) {  
                 if(ri[ind] >= i__) {  
                     if(ri[ind] == i__) {  
                         M_ij = rx[ind];  
 #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE  
                         if(verbose) REprintf("have entry x[%d, %d] = %g\n",  
                                              i__, j__, M_ij);  
 #endif  
                         have_entry = TRUE;  
                     } else { // ri[ind] > i__  
 #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE  
                         if(verbose)  
                             REprintf("@i > i__ = %d --> ind-- = %d\n", i__, ind);  
 #endif  
                     }  
                     break;  
                 }  
             }  
630    
631              //-- R:  if(getM(i., j.) != (v <- getV(ii, jj)))  #define _i_Csp_
632    #include "t_Csparse_subassign.c"
633    
634              if(M_ij != v) { // contents differ ==> value needs to be changed  #define _n_Csp_
635  #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE  #include "t_Csparse_subassign.c"
                 if(verbose)  
                     REprintf("setting x[%d, %d] <- %g", i__,j__, v);  
 #endif  
                 // (otherwise: nothing to do):  
                 // setM(i__, j__, v)  
                 // ----------------------------------------------------------  
   
                 // Case I --------------------------------------------  
 /*              if(v == z_ans) { // remove x[i, j] = M_ij  which we know is *non*-zero */  
 //-------- Better (memory-management) *NOT* to remove, but rather at the very end  
 //         currently using  drop0() in R code  
 /*                  // we know : have_entry = TRUE ; */  
 /*                  //  ri[ind] == i__; M_ij = rx[ind]; */  
 /* #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE */  
 /*                  if(verbose) */  
 /*                      REprintf(" rm ind=%d\n", ind); */  
 /* #endif */  
 /*                  // remove the 'ind'-th element from x@i and x@x : */  
 /*                  nnz-- ; */  
 /*                  for(k=ind; k < nnz; k++) { */  
 /*                      ri[k] = ri[k+1]; */  
 /*                      rx[k] = rx[k+1]; */  
 /*                  } */  
 /*                  for(k=j__ + 1; k <= ncol; k++) { */  
 /*                      rp[k] = rp[k] - 1; */  
 /*                  } */  
 /*              } */  
 /*              else  */  
                 if(have_entry) {  
                     // Case II ----- replace (non-empty) x[i,j] by v -------  
 #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE  
                     if(verbose)  
                         REprintf(" repl.  ind=%d\n", ind);  
 #endif  
                     rx[ind] = v;  
                 } else {  
                     // Case III ---- v != 0 : insert v into "empty" x[i,j] ----  
   
                     // extend the  i  and  x  slot by one entry : ---------------------  
   
                     if(nnz+1 > nnz_x) { // need to reallocate:  
 #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE  
                         if(verbose) REprintf(" Realloc()ing: nnz_x=%d", nnz_x);  
 #endif  
                         // do it "only" 1x,..4x at the very most increasing by the  
                         // nnz-length of "value":  
                         nnz_x += (1 + nnz_val / 4);  
 #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE  
                         if(verbose) REprintf("(nnz_v=%d) --> %d ", nnz_val, nnz_x);  
 #endif  
                         // C doc on realloc() says that the old content is *preserve*d  
                         ri = Realloc(ri, nnz_x, int);  
                         rx = Realloc(rx, nnz_x, double);  
                     }  
636    
637                      // 3) fill them ...  #define _z_Csp_
638    #include "t_Csparse_subassign.c"
                     int i1 = ind;  
 #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE  
                     if(verbose)  
                         REprintf(" INSERT p12=(%d,%d) -> ind=%d -> i1 = %d\n",  
                                  p1,p2, ind, i1);  
 #endif  
639    
                     // shift the "upper values" *before* the insertion:  
                     for(int l = nnz-1; l >= i1; l--) {  
                         ri[l+1] = ri[l];  
                         rx[l+1] = rx[l];  
                     }  
                     ri[i1] = i__;  
                     rx[i1] = v;  
                     nnz++;  
   
                     // the columns j "right" of the current one :  
                     for(k=j__ + 1; k <= ncol; k++)  
                         rp[k]++;  
                 }  
             }  
 #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE  
             else if(verbose) REprintf("M_ij == v = %g\n", v);  
 #endif  
         }// for( ii )  
     }// for( jj )  
640    
     if(ctype_x == 1) { // triangularMatrix: copy the 'diag' and 'uplo' slots  
         SET_SLOT(ans, Matrix_uploSym, duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym)));  
         SET_SLOT(ans, Matrix_diagSym, duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));  
     }  
     // now assign the i- and x- slots,  free memory and return :  
     Memcpy(INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_iSym,  INTSXP, nnz)), ri, nnz);  
     Memcpy(   REAL(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_xSym, REALSXP, nnz)), rx, nnz);  
     Free(ri);  
     Free(rx);  
     UNPROTECT(4);  
     return ans;  
 }  
641    
642  SEXP Csparse_MatrixMarket(SEXP x, SEXP fname)  SEXP Csparse_MatrixMarket(SEXP x, SEXP fname)
643  {  {
# Line 886  Line 666 
666   *   *
667   * @return  a SEXP, either a (double) number or a length n-vector of diagonal entries   * @return  a SEXP, either a (double) number or a length n-vector of diagonal entries
668   */   */
669  SEXP diag_tC_ptr(int n, int *x_p, double *x_x, int *perm, SEXP resultKind)  SEXP diag_tC_ptr(int n, int *x_p, double *x_x, Rboolean is_U, int *perm,
670  /*                                ^^^^^^ FIXME[Generalize] to int / ... */  /*                                ^^^^^^ FIXME[Generalize] to int / ... */
671                     SEXP resultKind)
672  {  {
673      const char* res_ch = CHAR(STRING_ELT(resultKind,0));      const char* res_ch = CHAR(STRING_ELT(resultKind,0));
674      enum diag_kind { diag, diag_backpermuted, trace, prod, sum_log      enum diag_kind { diag, diag_backpermuted, trace, prod, sum_log, min, max, range
675      } res_kind = ((!strcmp(res_ch, "trace")) ? trace :      } res_kind = ((!strcmp(res_ch, "trace")) ? trace :
676                    ((!strcmp(res_ch, "sumLog")) ? sum_log :                    ((!strcmp(res_ch, "sumLog")) ? sum_log :
677                     ((!strcmp(res_ch, "prod")) ? prod :                     ((!strcmp(res_ch, "prod")) ? prod :
678                        ((!strcmp(res_ch, "min")) ? min :
679                         ((!strcmp(res_ch, "max")) ? max :
680                          ((!strcmp(res_ch, "range")) ? range :
681                      ((!strcmp(res_ch, "diag")) ? diag :                      ((!strcmp(res_ch, "diag")) ? diag :
682                       ((!strcmp(res_ch, "diagBack")) ? diag_backpermuted :                       ((!strcmp(res_ch, "diagBack")) ? diag_backpermuted :
683                        -1)))));                           -1))))))));
684      int i, n_x, i_from = 0;      int i, n_x, i_from;
685      SEXP ans = PROTECT(allocVector(REALSXP,      SEXP ans = PROTECT(allocVector(REALSXP,
686  /*                                 ^^^^  FIXME[Generalize] */  /*                                 ^^^^  FIXME[Generalize] */
687                                     (res_kind == diag ||                                     (res_kind == diag ||
688                                      res_kind == diag_backpermuted) ? n : 1));                                      res_kind == diag_backpermuted) ? n :
689                                       (res_kind == range ? 2 : 1)));
690      double *v = REAL(ans);      double *v = REAL(ans);
691  /*  ^^^^^^      ^^^^  FIXME[Generalize] */  /*  ^^^^^^      ^^^^  FIXME[Generalize] */
692    
693        i_from = (is_U ? -1 : 0);
694    
695  #define for_DIAG(v_ASSIGN)                                              \  #define for_DIAG(v_ASSIGN)                                              \
696      for(i = 0; i < n; i++, i_from += n_x) {                             \      for(i = 0; i < n; i++) {                                    \
697          /* looking at i-th column */                                    \          /* looking at i-th column */                                    \
698          n_x = x_p[i+1] - x_p[i];/* #{entries} in this column */ \          n_x = x_p[i+1] - x_p[i];/* #{entries} in this column */ \
699            if( is_U) i_from += n_x;                                \
700          v_ASSIGN;                                                       \          v_ASSIGN;                                                       \
701            if(!is_U) i_from += n_x;                                \
702      }      }
703    
704      /* NOTA BENE: we assume  -- uplo = "L" i.e. lower triangular matrix      /* NOTA BENE: we assume  -- uplo = "L" i.e. lower triangular matrix
705       *            for uplo = "U" (makes sense with a "dtCMatrix" !),       *            for uplo = "U" (makes sense with a "dtCMatrix" !),
706       *            should use  x_x[i_from + (nx - 1)] instead of x_x[i_from],       *            should use  x_x[i_from + (n_x - 1)] instead of x_x[i_from],
707       *            where nx = (x_p[i+1] - x_p[i])       *            where n_x = (x_p[i+1] - x_p[i])
708       */       */
709    
710      switch(res_kind) {      switch(res_kind) {
711      case trace:      case trace: // = sum
712          v[0] = 0.;          v[0] = 0.;
713          for_DIAG(v[0] += x_x[i_from]);          for_DIAG(v[0] += x_x[i_from]);
714          break;          break;
# Line 934  Line 723 
723          for_DIAG(v[0] *= x_x[i_from]);          for_DIAG(v[0] *= x_x[i_from]);
724          break;          break;
725    
726        case min:
727            v[0] = R_PosInf;
728            for_DIAG(if(v[0] > x_x[i_from]) v[0] = x_x[i_from]);
729            break;
730    
731        case max:
732            v[0] = R_NegInf;
733            for_DIAG(if(v[0] < x_x[i_from]) v[0] = x_x[i_from]);
734            break;
735    
736        case range:
737            v[0] = R_PosInf;
738            v[1] = R_NegInf;
739            for_DIAG(if(v[0] > x_x[i_from]) v[0] = x_x[i_from];
740                     if(v[1] < x_x[i_from]) v[1] = x_x[i_from]);
741            break;
742    
743      case diag:      case diag:
744          for_DIAG(v[i] = x_x[i_from]);          for_DIAG(v[i] = x_x[i_from]);
745          break;          break;
# Line 941  Line 747 
747      case diag_backpermuted:      case diag_backpermuted:
748          for_DIAG(v[i] = x_x[i_from]);          for_DIAG(v[i] = x_x[i_from]);
749    
750          warning(_("resultKind = 'diagBack' (back-permuted) is experimental"));          warning(_("%s = '%s' (back-permuted) is experimental"),
751                    "resultKind", "diagBack");
752          /* now back_permute : */          /* now back_permute : */
753          for(i = 0; i < n; i++) {          for(i = 0; i < n; i++) {
754              double tmp = v[i]; v[i] = v[perm[i]]; v[perm[i]] = tmp;              double tmp = v[i]; v[i] = v[perm[i]]; v[perm[i]] = tmp;
# Line 962  Line 769 
769   * Extract the diagonal entries from *triangular* Csparse matrix  __or__ a   * Extract the diagonal entries from *triangular* Csparse matrix  __or__ a
770   * cholmod_sparse factor (LDL = TRUE).   * cholmod_sparse factor (LDL = TRUE).
771   *   *
772     * @param obj -- now a cholmod_sparse factor or a dtCMatrix
773   * @param pslot  'p' (column pointer)   slot of Csparse matrix/factor   * @param pslot  'p' (column pointer)   slot of Csparse matrix/factor
774   * @param xslot  'x' (non-zero entries) slot of Csparse matrix/factor   * @param xslot  'x' (non-zero entries) slot of Csparse matrix/factor
775   * @param perm_slot  'perm' (= permutation vector) slot of corresponding CHMfactor;   * @param perm_slot  'perm' (= permutation vector) slot of corresponding CHMfactor;
# Line 970  Line 778 
778   *   *
779   * @return  a SEXP, either a (double) number or a length n-vector of diagonal entries   * @return  a SEXP, either a (double) number or a length n-vector of diagonal entries
780   */   */
781  SEXP diag_tC(SEXP pslot, SEXP xslot, SEXP perm_slot, SEXP resultKind)  SEXP diag_tC(SEXP obj, SEXP resultKind)
782  {  {
783    
784        SEXP
785            pslot = GET_SLOT(obj, Matrix_pSym),
786            xslot = GET_SLOT(obj, Matrix_xSym);
787        Rboolean is_U = (R_has_slot(obj, Matrix_uploSym) &&
788                         *CHAR(asChar(GET_SLOT(obj, Matrix_uploSym))) == 'U');
789      int n = length(pslot) - 1, /* n = ncol(.) = nrow(.) */      int n = length(pslot) - 1, /* n = ncol(.) = nrow(.) */
790          *x_p  = INTEGER(pslot),          *x_p  = INTEGER(pslot), pp = -1, *perm;
         *perm = INTEGER(perm_slot);  
791      double *x_x = REAL(xslot);      double *x_x = REAL(xslot);
792  /*  ^^^^^^        ^^^^ FIXME[Generalize] to INTEGER(.) / LOGICAL(.) / ... xslot !*/  /*  ^^^^^^        ^^^^ FIXME[Generalize] to INTEGER(.) / LOGICAL(.) / ... xslot !*/
793    
794      return diag_tC_ptr(n, x_p, x_x, perm, resultKind);      if(R_has_slot(obj, Matrix_permSym))
795            perm = INTEGER(GET_SLOT(obj, Matrix_permSym));
796        else perm = &pp;
797    
798        return diag_tC_ptr(n, x_p, x_x, is_U, perm, resultKind);
799  }  }
800    
801    
802  /**  /**
803   * Create a Csparse matrix object from indices and/or pointers.   * Create a Csparse matrix object from indices and/or pointers.
804   *   *

Legend:
Removed from v.2681  
changed lines
  Added in v.3020

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business University of Wisconsin - Madison Powered By FusionForge