SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c
ViewVC logotype

Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 2677, Sat Jun 25 19:18:12 2011 UTC revision 2784, Fri Jun 8 17:01:25 2012 UTC
# Line 1  Line 1 
1                          /* Sparse matrices in compressed column-oriented form */                          /* Sparse matrices in compressed column-oriented form */
2    
 #include <stdint.h> // C99 for int64_t  
3  #include "Csparse.h"  #include "Csparse.h"
4  #include "Tsparse.h"  #include "Tsparse.h"
5  #include "chm_common.h"  #include "chm_common.h"
# Line 567  Line 566 
566      }      }
567      else { /* triangular with diag='N'): now drop the diagonal */      else { /* triangular with diag='N'): now drop the diagonal */
568          /* duplicate, since chx will be modified: */          /* duplicate, since chx will be modified: */
569          CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(duplicate(x));          SEXP xx = PROTECT(duplicate(x));
570            CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(xx);
571          int uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? 1 : -1,          int uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? 1 : -1,
572              Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;              Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
573          R_CheckStack();          R_CheckStack();
574    
575          chm_diagN2U(chx, uploT, /* do_realloc */ FALSE);          chm_diagN2U(chx, uploT, /* do_realloc */ FALSE);
576    
577            UNPROTECT(1);
578          return chm_sparse_to_SEXP(chx, /*dofree*/ 0/* or 1 ?? */,          return chm_sparse_to_SEXP(chx, /*dofree*/ 0/* or 1 ?? */,
579                                    uploT, Rkind, "U",                                    uploT, Rkind, "U",
580                                    GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));                                    GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
# Line 602  Line 603 
603      if (csize >= 0 && !isInteger(j))      if (csize >= 0 && !isInteger(j))
604          error(_("Index j must be NULL or integer"));          error(_("Index j must be NULL or integer"));
605    
606      if (chx->stype) /* symmetricMatrix */      if (!chx->stype) {/* non-symmetric Matrix */
         /* for now, cholmod_submatrix() only accepts "generalMatrix" */  
         chx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ 0, chx->xtype, &c);  
   
607      return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx,      return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx,
608                                  (rsize < 0) ? NULL : INTEGER(i), rsize,                                  (rsize < 0) ? NULL : INTEGER(i), rsize,
609                                  (csize < 0) ? NULL : INTEGER(j), csize,                                  (csize < 0) ? NULL : INTEGER(j), csize,
# Line 613  Line 611 
611                                1, 0, Rkind, "",                                1, 0, Rkind, "",
612                                /* FIXME: drops dimnames */ R_NilValue);                                /* FIXME: drops dimnames */ R_NilValue);
613  }  }
614                                    /* for now, cholmod_submatrix() only accepts "generalMatrix" */
615        CHM_SP tmp = cholmod_copy(chx, /* stype: */ 0, chx->xtype, &c);
616        CHM_SP ans = cholmod_submatrix(tmp,
617                                       (rsize < 0) ? NULL : INTEGER(i), rsize,
618                                       (csize < 0) ? NULL : INTEGER(j), csize,
619                                       TRUE, TRUE, &c);
620        cholmod_free_sparse(&tmp, &c);
621        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
622    }
623    
624  /**  #define _d_Csp_
625   * Subassignment:  x[i,j]  <- value  #include "t_Csparse_subassign.c"
  *  
  * @param x  
  * @param i_ integer row    index 0-origin vector (as returned from R .ind.prep2())  
  * @param j_ integer column index 0-origin vector  
  * @param value currently must be a dsparseVector {which is recycled if needed}  
  *  
  * @return a Csparse matrix like x, but with the values replaced  
  */  
 SEXP Csparse_subassign(SEXP x, SEXP i_, SEXP j_, SEXP value)  
 {  
     // TODO: for other classes consider using a trick as  RallocedReal() in ./chm_common.c  
     static const char  
         *valid_cM [] = {"dgCMatrix",// the only one, for "the moment", .. TODO  
                         ""},  
         *valid_spv[] = {"dsparseVector",  
                         ""};  
   
     int ctype = Matrix_check_class_etc(x, valid_cM);  
     if (ctype < 0)  
         error(_("invalid class of 'x' in Csparse_subassign()"));  
     // value: assume a  "dsparseVector" for now -- slots: (i, length, x)  
     ctype = Matrix_check_class_etc(value, valid_spv);  
     if (ctype < 0)  
         error(_("invalid class of 'value' in Csparse_subassign()"));  
   
     SEXP  
         islot   = GET_SLOT(x, Matrix_iSym),  
         dimslot = GET_SLOT(x, Matrix_DimSym),  
         i_cp = PROTECT(coerceVector(i_, INTSXP)),  
         j_cp = PROTECT(coerceVector(j_, INTSXP));  
         // for d.CMatrix and l.CMatrix  but not n.CMatrix:  
   
     int *dims = INTEGER(dimslot),  
         ncol = dims[1], /* nrow = dims[0], */  
         *i = INTEGER(i_cp), len_i = LENGTH(i_cp),  
         *j = INTEGER(j_cp), len_j = LENGTH(j_cp),  
         k,  
         nnz_x = LENGTH(islot);  
     int nnz = nnz_x;  
   
 #define MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE  
 // Temporary hack for debugging --- remove eventually -- FIXME  
 #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE  
     Rboolean verbose = i[0] < 0;  
     if(verbose) i[0] = -i[0];  
 #endif  
   
     SEXP val_i_slot;  
     PROTECT(val_i_slot = coerceVector(GET_SLOT(value, Matrix_iSym), REALSXP));  
     double *val_i = REAL(val_i_slot);  
     int nnz_val =  LENGTH(GET_SLOT(value, Matrix_iSym));  
     // for dsparseVector only:  
     double *val_x =   REAL (GET_SLOT(value, Matrix_xSym));  
     int64_t len_val = (int64_t) asReal(GET_SLOT(value, Matrix_lengthSym));  
     /* llen_i = (int64_t) len_i; */  
   
     double z_ans = 0.;  
626    
627      SEXP ans;  #define _l_Csp_
628      /* Instead of simple "duplicate": PROTECT(ans = duplicate(x)) , build up: */  #include "t_Csparse_subassign.c"
     ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgCMatrix" /* <- TODO*/)));  
     SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym,      duplicate(dimslot));  
     SET_SLOT(ans, Matrix_DimNamesSym, duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));  
     SET_SLOT(ans, Matrix_pSym,        duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_pSym)));  
     SEXP r_pslot = GET_SLOT(ans, Matrix_pSym);  
     // and assign the i- and x- slots at the end, as they are potentially modified  
     // not just in content, but also in their *length*  
     int *rp = INTEGER(r_pslot),  
         *ri = Calloc(nnz_x, int);       // to contain the final i - slot  
     // for d.CMatrix only:  
     double *rx = Calloc(nnz_x, double); // to contain the final x - slot  
     Memcpy(ri, INTEGER(islot), nnz_x);  
     Memcpy(rx, REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)), nnz_x);  
     // NB:  nnz_x : will always be the "current allocated length" of (i, x) slots  
     // --   nnz   : the current *used* length; always   nnz <= nnz_x  
   
     int jj, j_val = 0; // in "running" conceptionally through all value[i+ jj*len_i]  
     // values, we are "below"/"before" the (j_val)-th non-zero one.  
     // e.g. if value = (0,0,...,0), have nnz_val == 0, j_val must remain == 0  
     int64_t ii_val;// == "running" index (i + jj*len_i) % len_val for value[]  
     for(jj = 0, ii_val=0; jj < len_j; jj++) {  
         int j__ = j[jj];  
         /* int64_t j_l = jj * llen_i; */  
         R_CheckUserInterrupt();  
         for(int ii = 0; ii < len_i; ii++, ii_val++) {  
             int i__ = i[ii], p1, p2;  
             if(nnz_val && ii_val >= len_val) { // "recycle" indexing into value[]  
                 ii_val -= len_val; // = (ii + jj*len_i) % len_val  
                 j_val = 0;  
             }  
             int64_t ii_v1;//= ii_val + 1;  
             double v, /* := value[(ii + j_l) % len_val]  
                          = dsparseVector_sub((ii + j_l) % len_val,  
                                              nnz_val, val_i, val_x, len_val)  
                       */  
                 M_ij;  
             int ind;  
             Rboolean have_entry = FALSE;  
   
             // note that rp[]'s may have *changed* even when 'j' remained!  
             // "FIXME": do this only *when* rp[] has changed  
             p1 = rp[j__], p2 = rp[j__ + 1];  
   
             // v :=  value[(ii + j_l) % len_val] = value[ii_val]  
             v = z_ans;  
             if(j_val < nnz_val) { // maybe find v := non-zero value[ii_val]  
                 ii_v1 = ii_val + 1;  
                 if(ii_v1 < val_i[j_val]) { // typical case: are still in zero-stretch  
                     v = z_ans; // v = 0  
                 } else if(ii_v1 == val_i[j_val]) { // have a match  
                     v = val_x[j_val];  
                     j_val++;// from now on, look at the next non-zero entry  
                 } else { //  ii_v1 > val_i[j_val]  
                     REprintf("programming thinko in Csparse_subassign(*, i=%d,j=%d): ii_v=%d, v@i[j_val=%ld]=%g\n",  
                              i__,j__, ii_v1, j_val, val_i[j_val]);  
                     j_val++;// from now on, look at the next non-zero entry  
                 }  
             }  
             // --------------- M_ij := getM(i., j.) --------------------------------  
             M_ij = z_ans; // as in  ./t_sparseVector.c  
             for(ind = p1; ind < p2; ind++) {  
                 if(ri[ind] >= i__) {  
                     if(ri[ind] == i__) {  
                         M_ij = rx[ind];  
 #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE  
                         if(verbose) REprintf("have entry x[%d, %d] = %g\n",  
                                              i__, j__, M_ij);  
 #endif  
                         have_entry = TRUE;  
                     } else { // ri[ind] > i__  
 #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE  
                         if(verbose)  
                             REprintf("@i > i__ = %d --> ind-- = %d\n", i__, ind);  
 #endif  
                     }  
                     break;  
                 }  
             }  
629    
630              //-- R:  if(getM(i., j.) != (v <- getV(ii, jj)))  #define _i_Csp_
631    #include "t_Csparse_subassign.c"
632    
633              if(M_ij != v) { // contents differ ==> value needs to be changed  #define _n_Csp_
634  #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE  #include "t_Csparse_subassign.c"
                 if(verbose)  
                     REprintf("setting x[%d, %d] <- %g", i__,j__, v);  
 #endif  
                 // (otherwise: nothing to do):  
                 // setM(i__, j__, v)  
                 // ----------------------------------------------------------  
   
                 // Case I --------------------------------------------  
 /*              if(v == z_ans) { // remove x[i, j] = M_ij  which we know is *non*-zero */  
 /*                  // we know : have_entry = TRUE ; */  
 /*                  //  ri[ind] == i__; M_ij = rx[ind]; */  
 /* #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE */  
 /*                  if(verbose) */  
 /*                      REprintf(" rm ind=%d\n", ind); */  
 /* #endif */  
 /*                  // remove the 'ind'-th element from x@i and x@x : */  
 /*                  nnz-- ; */  
 /*                  for(k=ind; k < nnz; k++) { */  
 /*                      ri[k] = ri[k+1]; */  
 /*                      rx[k] = rx[k+1]; */  
 /*                  } */  
 /*                  for(k=j__ + 1; k <= ncol; k++) { */  
 /*                      rp[k] = rp[k] - 1; */  
 /*                  } */  
 /*              } */  
 /*              else  */  
                 if(have_entry) {  
                     // Case II ----- replace (non-empty) x[i,j] by v -------  
 #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE  
                     if(verbose)  
                         REprintf(" repl.  ind=%d\n", ind);  
 #endif  
                     rx[ind] = v;  
                 } else {  
                     // Case III ---- v != 0 : insert v into "empty" x[i,j] ----  
   
                     // extend the  i  and  x  slot by one entry : ---------------------  
   
                     if(nnz+1 > nnz_x) { // need to reallocate:  
 #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE  
                         if(verbose) REprintf(" Realloc()ing: nnz_x=%d", nnz_x);  
 #endif  
                         // do it "only" 1x,..4x at the very most increasing by the  
                         // nnz-length of "value":  
                         nnz_x += (1 + nnz_val / 4);  
 #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE  
                         if(verbose) REprintf("(nnz_v=%d) --> %d ", nnz_val, nnz_x);  
 #endif  
                         // C doc on realloc() says that the old content is *preserve*d  
                         ri = Realloc(ri, nnz_x, int);  
                         rx = Realloc(rx, nnz_x, double);  
                     }  
635    
636                      // 3) fill them ...  #define _z_Csp_
637    #include "t_Csparse_subassign.c"
                     int i1 = ind;  
 #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE  
                     if(verbose)  
                         REprintf(" INSERT p12=(%d,%d) -> ind=%d -> i1 = %d\n",  
                                  p1,p2, ind, i1);  
 #endif  
638    
                     // shift the "upper values" *before* the insertion:  
                     for(int l = nnz-1; l >= i1; l--) {  
                         ri[l+1] = ri[l];  
                         rx[l+1] = rx[l];  
                     }  
                     ri[i1] = i__;  
                     rx[i1] = v;  
                     nnz++;  
   
                     // the columns j "right" of the current one :  
                     for(k=j__ + 1; k <= ncol; k++)  
                         rp[k]++;  
                 }  
             }  
 #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE  
             else if(verbose) REprintf("M_ij == v = %g\n", v);  
 #endif  
         }// for( ii )  
     }// for( jj )  
639    
     // now assign the i- and x- slots,  free memory and return :  
     Memcpy(INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_iSym,  INTSXP, nnz)), ri, nnz);  
     Memcpy(   REAL(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_xSym, REALSXP, nnz)), rx, nnz);  
     Free(ri);  
     Free(rx);  
     UNPROTECT(4);  
     return ans;  
 }  
640    
641  SEXP Csparse_MatrixMarket(SEXP x, SEXP fname)  SEXP Csparse_MatrixMarket(SEXP x, SEXP fname)
642  {  {
# Line 932  Line 720 
720      case diag_backpermuted:      case diag_backpermuted:
721          for_DIAG(v[i] = x_x[i_from]);          for_DIAG(v[i] = x_x[i_from]);
722    
723          warning(_("resultKind = 'diagBack' (back-permuted) is experimental"));          warning(_("%s = '%s' (back-permuted) is experimental"),
724                    "resultKind", "diagBack");
725          /* now back_permute : */          /* now back_permute : */
726          for(i = 0; i < n; i++) {          for(i = 0; i < n; i++) {
727              double tmp = v[i]; v[i] = v[perm[i]]; v[perm[i]] = tmp;              double tmp = v[i]; v[i] = v[perm[i]]; v[perm[i]] = tmp;

Legend:
Removed from v.2677  
changed lines
  Added in v.2784

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business University of Wisconsin - Madison Powered By FusionForge