SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c
ViewVC logotype

Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 2673, Fri May 20 16:19:18 2011 UTC revision 2681, Mon Aug 1 20:43:16 2011 UTC
# Line 1  Line 1 
1                          /* Sparse matrices in compressed column-oriented form */                          /* Sparse matrices in compressed column-oriented form */
2    
3    #include <stdint.h> // C99 for int64_t
4  #include "Csparse.h"  #include "Csparse.h"
5  #include "Tsparse.h"  #include "Tsparse.h"
6  #include "chm_common.h"  #include "chm_common.h"
# Line 624  Line 626 
626   */   */
627  SEXP Csparse_subassign(SEXP x, SEXP i_, SEXP j_, SEXP value)  SEXP Csparse_subassign(SEXP x, SEXP i_, SEXP j_, SEXP value)
628  {  {
629        // TODO: for other classes consider using a trick as  RallocedReal() in ./chm_common.c
630      static const char      static const char
631          *valid_cM [] = {"dgCMatrix",// the only one, for "the moment", more later          *valid_cM [] = { // the only ones, for "the moment". FIXME: extend (!)
632            "dgCMatrix",// 0
633            "dtCMatrix",// 1
634                          ""},                          ""},
635            // value: assume a  "dsparseVector" for now -- slots: (i, length, x)
636          *valid_spv[] = {"dsparseVector",          *valid_spv[] = {"dsparseVector",
637                          ""};                          ""};
638    
639      int ctype = Matrix_check_class_etc(x, valid_cM);      int ctype_x = Matrix_check_class_etc(x, valid_cM),
640      if (ctype < 0)          ctype_v = Matrix_check_class_etc(value, valid_spv);
641        if (ctype_x < 0)
642          error(_("invalid class of 'x' in Csparse_subassign()"));          error(_("invalid class of 'x' in Csparse_subassign()"));
643      // value: assume a  "dsparseVector" for now -- slots: (i, length, x)      if (ctype_v < 0)
     ctype = Matrix_check_class_etc(value, valid_spv);  
     if (ctype < 0)  
644          error(_("invalid class of 'value' in Csparse_subassign()"));          error(_("invalid class of 'value' in Csparse_subassign()"));
645    
646      SEXP ans,      SEXP
         pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),  
647          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym),          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym),
648          i_cp = PROTECT((TYPEOF(i_) == INTSXP) ?          dimslot = GET_SLOT(x, Matrix_DimSym),
649                         duplicate(i_) : coerceVector(i_, INTSXP)),          i_cp = PROTECT(coerceVector(i_, INTSXP)),
650          j_cp = PROTECT((TYPEOF(j_) == INTSXP) ?          j_cp = PROTECT(coerceVector(j_, INTSXP));
                        duplicate(j_) : coerceVector(j_, INTSXP)),  
651          // for d.CMatrix and l.CMatrix  but not n.CMatrix:          // for d.CMatrix and l.CMatrix  but not n.CMatrix:
         xslot = GET_SLOT(x, Matrix_xSym);  
652    
653      int *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),      int *dims = INTEGER(dimslot),
654          nrow = dims[0],          ncol = dims[1], /* nrow = dims[0], */
655          ncol = dims[1],          *i = INTEGER(i_cp), len_i = LENGTH(i_cp),
656          *xp = INTEGER(pslot),          *j = INTEGER(j_cp), len_j = LENGTH(j_cp),
657          *xi = INTEGER(islot),          k,
658          *ii = INTEGER(i_cp), len_i = LENGTH(i_cp),          nnz_x = LENGTH(islot);
659          *jj = INTEGER(j_cp), len_j = LENGTH(j_cp),      int nnz = nnz_x;
660          i, j, k;  
661      int    *val_i = INTEGER(GET_SLOT(value, Matrix_iSym));  #define MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE
662    // Temporary hack for debugging --- remove eventually -- FIXME
663    #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE
664        Rboolean verbose = i[0] < 0;
665        if(verbose) i[0] = -i[0];
666    #endif
667    
668        SEXP val_i_slot;
669        PROTECT(val_i_slot = coerceVector(GET_SLOT(value, Matrix_iSym), REALSXP));
670        double *val_i = REAL(val_i_slot);
671        int nnz_val =  LENGTH(GET_SLOT(value, Matrix_iSym));
672      // for dsparseVector only:      // for dsparseVector only:
673      double *val_x =   REAL (GET_SLOT(value, Matrix_xSym));      double *val_x =   REAL (GET_SLOT(value, Matrix_xSym));
674      int len_val = asInteger(GET_SLOT(value, Matrix_lengthSym));      int64_t len_val = (int64_t) asReal(GET_SLOT(value, Matrix_lengthSym));
675      int p_last = xp[0];      /* llen_i = (int64_t) len_i; */
   
     // for d.CMatrix only:  
     double *xx = REAL(xslot);  
     double ind; // the index that goes all the way from 1:(len_i * len_j)  
   
     PROTECT(ans = duplicate(x));  
     for(j = 0; j < ncol; j++) {  
 // FIXME  
 // ....  
 // ....  
 // ....  
 // ....  
   
676    
677        double z_ans = 0.;
678    
679        SEXP ans;
680        /* Instead of simple "duplicate": PROTECT(ans = duplicate(x)) , build up: */
681        // Assuming that ans will have the same basic Matrix type as x :
682        ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS(valid_cM[ctype_x])));
683        SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym,      duplicate(dimslot));
684        SET_SLOT(ans, Matrix_DimNamesSym, duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));
685        SET_SLOT(ans, Matrix_pSym,        duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_pSym)));
686        SEXP r_pslot = GET_SLOT(ans, Matrix_pSym);
687        // and assign the i- and x- slots at the end, as they are potentially modified
688        // not just in content, but also in their *length*
689        int *rp = INTEGER(r_pslot),
690            *ri = Calloc(nnz_x, int);       // to contain the final i - slot
691        // for d.CMatrix only:
692        double *rx = Calloc(nnz_x, double); // to contain the final x - slot
693        Memcpy(ri, INTEGER(islot), nnz_x);
694        Memcpy(rx, REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)), nnz_x);
695        // NB:  nnz_x : will always be the "current allocated length" of (i, x) slots
696        // --   nnz   : the current *used* length; always   nnz <= nnz_x
697    
698        int jj, j_val = 0; // in "running" conceptionally through all value[i+ jj*len_i]
699        // values, we are "below"/"before" the (j_val)-th non-zero one.
700        // e.g. if value = (0,0,...,0), have nnz_val == 0, j_val must remain == 0
701        int64_t ii_val;// == "running" index (i + jj*len_i) % len_val for value[]
702        for(jj = 0, ii_val=0; jj < len_j; jj++) {
703            int j__ = j[jj];
704            /* int64_t j_l = jj * llen_i; */
705            R_CheckUserInterrupt();
706            for(int ii = 0; ii < len_i; ii++, ii_val++) {
707                int i__ = i[ii], p1, p2;
708                if(nnz_val && ii_val >= len_val) { // "recycle" indexing into value[]
709                    ii_val -= len_val; // = (ii + jj*len_i) % len_val
710                    j_val = 0;
711                }
712                int64_t ii_v1;//= ii_val + 1;
713                double v, /* := value[(ii + j_l) % len_val]
714                             = dsparseVector_sub((ii + j_l) % len_val,
715                                                 nnz_val, val_i, val_x, len_val)
716                          */
717                    M_ij;
718                int ind;
719                Rboolean have_entry = FALSE;
720    
721                // note that rp[]'s may have *changed* even when 'j' remained!
722                // "FIXME": do this only *when* rp[] has changed
723                p1 = rp[j__], p2 = rp[j__ + 1];
724    
725                // v :=  value[(ii + j_l) % len_val] = value[ii_val]
726                v = z_ans;
727                if(j_val < nnz_val) { // maybe find v := non-zero value[ii_val]
728                    ii_v1 = ii_val + 1;
729                    if(ii_v1 < val_i[j_val]) { // typical case: are still in zero-stretch
730                        v = z_ans; // v = 0
731                    } else if(ii_v1 == val_i[j_val]) { // have a match
732                        v = val_x[j_val];
733                        j_val++;// from now on, look at the next non-zero entry
734                    } else { //  ii_v1 > val_i[j_val]
735                        REprintf("programming thinko in Csparse_subassign(*, i=%d,j=%d): ii_v=%d, v@i[j_val=%ld]=%g\n",
736                                 i__,j__, ii_v1, j_val, val_i[j_val]);
737                        j_val++;// from now on, look at the next non-zero entry
738                    }
739                }
740                // --------------- M_ij := getM(i., j.) --------------------------------
741                M_ij = z_ans; // as in  ./t_sparseVector.c
742                for(ind = p1; ind < p2; ind++) {
743                    if(ri[ind] >= i__) {
744                        if(ri[ind] == i__) {
745                            M_ij = rx[ind];
746    #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE
747                            if(verbose) REprintf("have entry x[%d, %d] = %g\n",
748                                                 i__, j__, M_ij);
749    #endif
750                            have_entry = TRUE;
751                        } else { // ri[ind] > i__
752    #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE
753                            if(verbose)
754                                REprintf("@i > i__ = %d --> ind-- = %d\n", i__, ind);
755    #endif
756                        }
757                        break;
758                    }
759                }
760    
761                //-- R:  if(getM(i., j.) != (v <- getV(ii, jj)))
762    
763                if(M_ij != v) { // contents differ ==> value needs to be changed
764    #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE
765                    if(verbose)
766                        REprintf("setting x[%d, %d] <- %g", i__,j__, v);
767    #endif
768                    // (otherwise: nothing to do):
769                    // setM(i__, j__, v)
770                    // ----------------------------------------------------------
771    
772                    // Case I --------------------------------------------
773    /*              if(v == z_ans) { // remove x[i, j] = M_ij  which we know is *non*-zero */
774    //-------- Better (memory-management) *NOT* to remove, but rather at the very end
775    //         currently using  drop0() in R code
776    /*                  // we know : have_entry = TRUE ; */
777    /*                  //  ri[ind] == i__; M_ij = rx[ind]; */
778    /* #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE */
779    /*                  if(verbose) */
780    /*                      REprintf(" rm ind=%d\n", ind); */
781    /* #endif */
782    /*                  // remove the 'ind'-th element from x@i and x@x : */
783    /*                  nnz-- ; */
784    /*                  for(k=ind; k < nnz; k++) { */
785    /*                      ri[k] = ri[k+1]; */
786    /*                      rx[k] = rx[k+1]; */
787    /*                  } */
788    /*                  for(k=j__ + 1; k <= ncol; k++) { */
789    /*                      rp[k] = rp[k] - 1; */
790    /*                  } */
791    /*              } */
792    /*              else  */
793                    if(have_entry) {
794                        // Case II ----- replace (non-empty) x[i,j] by v -------
795    #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE
796                        if(verbose)
797                            REprintf(" repl.  ind=%d\n", ind);
798    #endif
799                        rx[ind] = v;
800                    } else {
801                        // Case III ---- v != 0 : insert v into "empty" x[i,j] ----
802    
803                        // extend the  i  and  x  slot by one entry : ---------------------
804    
805                        if(nnz+1 > nnz_x) { // need to reallocate:
806    #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE
807                            if(verbose) REprintf(" Realloc()ing: nnz_x=%d", nnz_x);
808    #endif
809                            // do it "only" 1x,..4x at the very most increasing by the
810                            // nnz-length of "value":
811                            nnz_x += (1 + nnz_val / 4);
812    #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE
813                            if(verbose) REprintf("(nnz_v=%d) --> %d ", nnz_val, nnz_x);
814    #endif
815                            // C doc on realloc() says that the old content is *preserve*d
816                            ri = Realloc(ri, nnz_x, int);
817                            rx = Realloc(rx, nnz_x, double);
818                        }
819    
820                        // 3) fill them ...
821    
822                        int i1 = ind;
823    #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE
824                        if(verbose)
825                            REprintf(" INSERT p12=(%d,%d) -> ind=%d -> i1 = %d\n",
826                                     p1,p2, ind, i1);
827    #endif
828    
829  // ....                      // shift the "upper values" *before* the insertion:
830  // ....                      for(int l = nnz-1; l >= i1; l--) {
831  // ....                          ri[l+1] = ri[l];
832  // ....                          rx[l+1] = rx[l];
833  // ....                      }
834                        ri[i1] = i__;
835                        rx[i1] = v;
836                        nnz++;
837    
838                        // the columns j "right" of the current one :
839                        for(k=j__ + 1; k <= ncol; k++)
840                            rp[k]++;
841      }      }
842      UNPROTECT(3);              }
843    #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE
844                else if(verbose) REprintf("M_ij == v = %g\n", v);
845    #endif
846            }// for( ii )
847        }// for( jj )
848    
849        if(ctype_x == 1) { // triangularMatrix: copy the 'diag' and 'uplo' slots
850            SET_SLOT(ans, Matrix_uploSym, duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym)));
851            SET_SLOT(ans, Matrix_diagSym, duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));
852        }
853        // now assign the i- and x- slots,  free memory and return :
854        Memcpy(INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_iSym,  INTSXP, nnz)), ri, nnz);
855        Memcpy(   REAL(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_xSym, REALSXP, nnz)), rx, nnz);
856        Free(ri);
857        Free(rx);
858        UNPROTECT(4);
859      return ans;      return ans;
860  }  }
861    

Legend:
Removed from v.2673  
changed lines
  Added in v.2681

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business Powered By FusionForge