SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c
ViewVC logotype

Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 2673, Fri May 20 16:19:18 2011 UTC revision 2677, Sat Jun 25 19:18:12 2011 UTC
# Line 1  Line 1 
1                          /* Sparse matrices in compressed column-oriented form */                          /* Sparse matrices in compressed column-oriented form */
2    
3    #include <stdint.h> // C99 for int64_t
4  #include "Csparse.h"  #include "Csparse.h"
5  #include "Tsparse.h"  #include "Tsparse.h"
6  #include "chm_common.h"  #include "chm_common.h"
# Line 624  Line 626 
626   */   */
627  SEXP Csparse_subassign(SEXP x, SEXP i_, SEXP j_, SEXP value)  SEXP Csparse_subassign(SEXP x, SEXP i_, SEXP j_, SEXP value)
628  {  {
629        // TODO: for other classes consider using a trick as  RallocedReal() in ./chm_common.c
630      static const char      static const char
631          *valid_cM [] = {"dgCMatrix",// the only one, for "the moment", more later          *valid_cM [] = {"dgCMatrix",// the only one, for "the moment", .. TODO
632                          ""},                          ""},
633          *valid_spv[] = {"dsparseVector",          *valid_spv[] = {"dsparseVector",
634                          ""};                          ""};
# Line 638  Line 641 
641      if (ctype < 0)      if (ctype < 0)
642          error(_("invalid class of 'value' in Csparse_subassign()"));          error(_("invalid class of 'value' in Csparse_subassign()"));
643    
644      SEXP ans,      SEXP
         pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),  
645          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym),          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym),
646          i_cp = PROTECT((TYPEOF(i_) == INTSXP) ?          dimslot = GET_SLOT(x, Matrix_DimSym),
647                         duplicate(i_) : coerceVector(i_, INTSXP)),          i_cp = PROTECT(coerceVector(i_, INTSXP)),
648          j_cp = PROTECT((TYPEOF(j_) == INTSXP) ?          j_cp = PROTECT(coerceVector(j_, INTSXP));
                        duplicate(j_) : coerceVector(j_, INTSXP)),  
649          // for d.CMatrix and l.CMatrix  but not n.CMatrix:          // for d.CMatrix and l.CMatrix  but not n.CMatrix:
         xslot = GET_SLOT(x, Matrix_xSym);  
650    
651      int *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),      int *dims = INTEGER(dimslot),
652          nrow = dims[0],          ncol = dims[1], /* nrow = dims[0], */
653          ncol = dims[1],          *i = INTEGER(i_cp), len_i = LENGTH(i_cp),
654          *xp = INTEGER(pslot),          *j = INTEGER(j_cp), len_j = LENGTH(j_cp),
655          *xi = INTEGER(islot),          k,
656          *ii = INTEGER(i_cp), len_i = LENGTH(i_cp),          nnz_x = LENGTH(islot);
657          *jj = INTEGER(j_cp), len_j = LENGTH(j_cp),      int nnz = nnz_x;
658          i, j, k;  
659      int    *val_i = INTEGER(GET_SLOT(value, Matrix_iSym));  #define MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE
660    // Temporary hack for debugging --- remove eventually -- FIXME
661    #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE
662        Rboolean verbose = i[0] < 0;
663        if(verbose) i[0] = -i[0];
664    #endif
665    
666        SEXP val_i_slot;
667        PROTECT(val_i_slot = coerceVector(GET_SLOT(value, Matrix_iSym), REALSXP));
668        double *val_i = REAL(val_i_slot);
669        int nnz_val =  LENGTH(GET_SLOT(value, Matrix_iSym));
670      // for dsparseVector only:      // for dsparseVector only:
671      double *val_x =   REAL (GET_SLOT(value, Matrix_xSym));      double *val_x =   REAL (GET_SLOT(value, Matrix_xSym));
672      int len_val = asInteger(GET_SLOT(value, Matrix_lengthSym));      int64_t len_val = (int64_t) asReal(GET_SLOT(value, Matrix_lengthSym));
673      int p_last = xp[0];      /* llen_i = (int64_t) len_i; */
   
     // for d.CMatrix only:  
     double *xx = REAL(xslot);  
     double ind; // the index that goes all the way from 1:(len_i * len_j)  
   
     PROTECT(ans = duplicate(x));  
     for(j = 0; j < ncol; j++) {  
 // FIXME  
 // ....  
 // ....  
 // ....  
 // ....  
   
674    
675        double z_ans = 0.;
676    
677        SEXP ans;
678        /* Instead of simple "duplicate": PROTECT(ans = duplicate(x)) , build up: */
679        ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgCMatrix" /* <- TODO*/)));
680        SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym,      duplicate(dimslot));
681        SET_SLOT(ans, Matrix_DimNamesSym, duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));
682        SET_SLOT(ans, Matrix_pSym,        duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_pSym)));
683        SEXP r_pslot = GET_SLOT(ans, Matrix_pSym);
684        // and assign the i- and x- slots at the end, as they are potentially modified
685        // not just in content, but also in their *length*
686        int *rp = INTEGER(r_pslot),
687            *ri = Calloc(nnz_x, int);       // to contain the final i - slot
688        // for d.CMatrix only:
689        double *rx = Calloc(nnz_x, double); // to contain the final x - slot
690        Memcpy(ri, INTEGER(islot), nnz_x);
691        Memcpy(rx, REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)), nnz_x);
692        // NB:  nnz_x : will always be the "current allocated length" of (i, x) slots
693        // --   nnz   : the current *used* length; always   nnz <= nnz_x
694    
695        int jj, j_val = 0; // in "running" conceptionally through all value[i+ jj*len_i]
696        // values, we are "below"/"before" the (j_val)-th non-zero one.
697        // e.g. if value = (0,0,...,0), have nnz_val == 0, j_val must remain == 0
698        int64_t ii_val;// == "running" index (i + jj*len_i) % len_val for value[]
699        for(jj = 0, ii_val=0; jj < len_j; jj++) {
700            int j__ = j[jj];
701            /* int64_t j_l = jj * llen_i; */
702            R_CheckUserInterrupt();
703            for(int ii = 0; ii < len_i; ii++, ii_val++) {
704                int i__ = i[ii], p1, p2;
705                if(nnz_val && ii_val >= len_val) { // "recycle" indexing into value[]
706                    ii_val -= len_val; // = (ii + jj*len_i) % len_val
707                    j_val = 0;
708                }
709                int64_t ii_v1;//= ii_val + 1;
710                double v, /* := value[(ii + j_l) % len_val]
711                             = dsparseVector_sub((ii + j_l) % len_val,
712                                                 nnz_val, val_i, val_x, len_val)
713                          */
714                    M_ij;
715                int ind;
716                Rboolean have_entry = FALSE;
717    
718                // note that rp[]'s may have *changed* even when 'j' remained!
719                // "FIXME": do this only *when* rp[] has changed
720                p1 = rp[j__], p2 = rp[j__ + 1];
721    
722                // v :=  value[(ii + j_l) % len_val] = value[ii_val]
723                v = z_ans;
724                if(j_val < nnz_val) { // maybe find v := non-zero value[ii_val]
725                    ii_v1 = ii_val + 1;
726                    if(ii_v1 < val_i[j_val]) { // typical case: are still in zero-stretch
727                        v = z_ans; // v = 0
728                    } else if(ii_v1 == val_i[j_val]) { // have a match
729                        v = val_x[j_val];
730                        j_val++;// from now on, look at the next non-zero entry
731                    } else { //  ii_v1 > val_i[j_val]
732                        REprintf("programming thinko in Csparse_subassign(*, i=%d,j=%d): ii_v=%d, v@i[j_val=%ld]=%g\n",
733                                 i__,j__, ii_v1, j_val, val_i[j_val]);
734                        j_val++;// from now on, look at the next non-zero entry
735                    }
736                }
737                // --------------- M_ij := getM(i., j.) --------------------------------
738                M_ij = z_ans; // as in  ./t_sparseVector.c
739                for(ind = p1; ind < p2; ind++) {
740                    if(ri[ind] >= i__) {
741                        if(ri[ind] == i__) {
742                            M_ij = rx[ind];
743    #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE
744                            if(verbose) REprintf("have entry x[%d, %d] = %g\n",
745                                                 i__, j__, M_ij);
746    #endif
747                            have_entry = TRUE;
748                        } else { // ri[ind] > i__
749    #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE
750                            if(verbose)
751                                REprintf("@i > i__ = %d --> ind-- = %d\n", i__, ind);
752    #endif
753                        }
754                        break;
755                    }
756                }
757    
758                //-- R:  if(getM(i., j.) != (v <- getV(ii, jj)))
759    
760                if(M_ij != v) { // contents differ ==> value needs to be changed
761    #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE
762                    if(verbose)
763                        REprintf("setting x[%d, %d] <- %g", i__,j__, v);
764    #endif
765                    // (otherwise: nothing to do):
766                    // setM(i__, j__, v)
767                    // ----------------------------------------------------------
768    
769                    // Case I --------------------------------------------
770    /*              if(v == z_ans) { // remove x[i, j] = M_ij  which we know is *non*-zero */
771    /*                  // we know : have_entry = TRUE ; */
772    /*                  //  ri[ind] == i__; M_ij = rx[ind]; */
773    /* #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE */
774    /*                  if(verbose) */
775    /*                      REprintf(" rm ind=%d\n", ind); */
776    /* #endif */
777    /*                  // remove the 'ind'-th element from x@i and x@x : */
778    /*                  nnz-- ; */
779    /*                  for(k=ind; k < nnz; k++) { */
780    /*                      ri[k] = ri[k+1]; */
781    /*                      rx[k] = rx[k+1]; */
782    /*                  } */
783    /*                  for(k=j__ + 1; k <= ncol; k++) { */
784    /*                      rp[k] = rp[k] - 1; */
785    /*                  } */
786    /*              } */
787    /*              else  */
788                    if(have_entry) {
789                        // Case II ----- replace (non-empty) x[i,j] by v -------
790    #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE
791                        if(verbose)
792                            REprintf(" repl.  ind=%d\n", ind);
793    #endif
794                        rx[ind] = v;
795                    } else {
796                        // Case III ---- v != 0 : insert v into "empty" x[i,j] ----
797    
798                        // extend the  i  and  x  slot by one entry : ---------------------
799    
800                        if(nnz+1 > nnz_x) { // need to reallocate:
801    #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE
802                            if(verbose) REprintf(" Realloc()ing: nnz_x=%d", nnz_x);
803    #endif
804                            // do it "only" 1x,..4x at the very most increasing by the
805                            // nnz-length of "value":
806                            nnz_x += (1 + nnz_val / 4);
807    #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE
808                            if(verbose) REprintf("(nnz_v=%d) --> %d ", nnz_val, nnz_x);
809    #endif
810                            // C doc on realloc() says that the old content is *preserve*d
811                            ri = Realloc(ri, nnz_x, int);
812                            rx = Realloc(rx, nnz_x, double);
813                        }
814    
815                        // 3) fill them ...
816    
817                        int i1 = ind;
818    #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE
819                        if(verbose)
820                            REprintf(" INSERT p12=(%d,%d) -> ind=%d -> i1 = %d\n",
821                                     p1,p2, ind, i1);
822    #endif
823    
824  // ....                      // shift the "upper values" *before* the insertion:
825  // ....                      for(int l = nnz-1; l >= i1; l--) {
826  // ....                          ri[l+1] = ri[l];
827  // ....                          rx[l+1] = rx[l];
828  // ....                      }
829                        ri[i1] = i__;
830                        rx[i1] = v;
831                        nnz++;
832    
833                        // the columns j "right" of the current one :
834                        for(k=j__ + 1; k <= ncol; k++)
835                            rp[k]++;
836      }      }
837      UNPROTECT(3);              }
838    #ifdef MATRIX_SUBASSIGN_VERBOSE
839                else if(verbose) REprintf("M_ij == v = %g\n", v);
840    #endif
841            }// for( ii )
842        }// for( jj )
843    
844        // now assign the i- and x- slots,  free memory and return :
845        Memcpy(INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_iSym,  INTSXP, nnz)), ri, nnz);
846        Memcpy(   REAL(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_xSym, REALSXP, nnz)), rx, nnz);
847        Free(ri);
848        Free(rx);
849        UNPROTECT(4);
850      return ans;      return ans;
851  }  }
852    

Legend:
Removed from v.2673  
changed lines
  Added in v.2677

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business University of Wisconsin - Madison Powered By FusionForge