SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c
ViewVC logotype

Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

pkg/src/Csparse.c revision 1657, Wed Nov 1 16:29:53 2006 UTC pkg/Matrix/src/Csparse.c revision 3072, Fri Mar 27 15:10:48 2015 UTC
# Line 1  Line 1 
1                          /* Sparse matrices in compressed column-oriented form */                          /* Sparse matrices in compressed column-oriented form */
2    
3  #include "Csparse.h"  #include "Csparse.h"
4    #include "Tsparse.h"
5  #include "chm_common.h"  #include "chm_common.h"
6    
7  SEXP Csparse_validate(SEXP x)  /** "Cheap" C version of  Csparse_validate() - *not* sorting : */
8    Rboolean isValid_Csparse(SEXP x)
9  {  {
10      /* NB: we do *NOT* check a potential 'x' slot here, at all */      /* NB: we do *NOT* check a potential 'x' slot here, at all */
11      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
12          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
13      int j, k, ncol, nrow, sorted,      int *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)), j,
14          *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),          nrow = dims[0],
15            ncol = dims[1],
16          *xp = INTEGER(pslot),          *xp = INTEGER(pslot),
17          *xi = INTEGER(islot);          *xi = INTEGER(islot);
18    
     nrow = dims[0];  
     ncol = dims[1];  
19      if (length(pslot) != dims[1] + 1)      if (length(pslot) != dims[1] + 1)
20          return mkString(_("slot p must have length = ncol(.) + 1"));          return FALSE;
21      if (xp[0] != 0)      if (xp[0] != 0)
22          return mkString(_("first element of slot p must be zero"));          return FALSE;
23      if (length(islot) != xp[ncol])      if (length(islot) < xp[ncol]) /* allow larger slots from over-allocation!*/
24          return          return FALSE;
25              mkString(_("last element of slot p must match length of slots i and x"));      for (j = 0; j < xp[ncol]; j++) {
     for (j = 0; j < length(islot); j++) {  
26          if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)          if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)
27              return mkString(_("all row indices must be between 0 and nrow-1"));              return FALSE;
28      }      }
     sorted = TRUE;  
29      for (j = 0; j < ncol; j++) {      for (j = 0; j < ncol; j++) {
30          if (xp[j] > xp[j+1])          if (xp[j] > xp[j+1])
31                return FALSE;
32        }
33        return TRUE;
34    }
35    
36    SEXP Csparse_validate(SEXP x) {
37        return Csparse_validate_(x, FALSE);
38    }
39    
40    
41    #define _t_Csparse_validate
42    #include "t_Csparse_validate.c"
43    
44    #define _t_Csparse_sort
45    #include "t_Csparse_validate.c"
46    
47    // R: .validateCsparse(x, sort.if.needed = FALSE) :
48    SEXP Csparse_validate2(SEXP x, SEXP maybe_modify) {
49        return Csparse_validate_(x, asLogical(maybe_modify));
50    }
51    
52    // R: Matrix:::.sortCsparse(x) :
53    SEXP Csparse_sort (SEXP x) {
54       int ok = Csparse_sort_2(x, TRUE); // modifying x directly
55       if(!ok) warning(_("Csparse_sort(x): x is not a valid (apart from sorting) CsparseMatrix"));
56       return x;
57    }
58    
59    SEXP Rsparse_validate(SEXP x)
60    {
61        /* NB: we do *NOT* check a potential 'x' slot here, at all */
62        SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
63            jslot = GET_SLOT(x, Matrix_jSym);
64        Rboolean sorted, strictly;
65        int i, k,
66            *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
67            nrow = dims[0],
68            ncol = dims[1],
69            *xp = INTEGER(pslot),
70            *xj = INTEGER(jslot);
71    
72        if (length(pslot) != dims[0] + 1)
73            return mkString(_("slot p must have length = nrow(.) + 1"));
74        if (xp[0] != 0)
75            return mkString(_("first element of slot p must be zero"));
76        if (length(jslot) < xp[nrow]) /* allow larger slots from over-allocation!*/
77            return
78                mkString(_("last element of slot p must match length of slots j and x"));
79        for (i = 0; i < length(jslot); i++) {
80            if (xj[i] < 0 || xj[i] >= ncol)
81                return mkString(_("all column indices must be between 0 and ncol-1"));
82        }
83        sorted = TRUE; strictly = TRUE;
84        for (i = 0; i < nrow; i++) {
85            if (xp[i] > xp[i+1])
86              return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));              return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));
87          for (k = xp[j] + 1; k < xp[j + 1]; k++)          if(sorted)
88              if (xi[k] < xi[k - 1]) sorted = FALSE;              for (k = xp[i] + 1; k < xp[i + 1]; k++) {
89                    if (xj[k] < xj[k - 1])
90                        sorted = FALSE;
91                    else if (xj[k] == xj[k - 1])
92                        strictly = FALSE;
93      }      }
     if (!sorted) {  
         cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);  
         cholmod_sort(chx, &c);  
         Free(chx);  
94      }      }
95        if (!sorted)
96            /* cannot easily use cholmod_sort(.) ... -> "error out" :*/
97            return mkString(_("slot j is not increasing inside a column"));
98        else if(!strictly) /* sorted, but not strictly */
99            return mkString(_("slot j is not *strictly* increasing inside a column"));
100    
101      return ScalarLogical(1);      return ScalarLogical(1);
102  }  }
103    
104  SEXP Csparse_to_dense(SEXP x)  /**
105     * From a CsparseMatrix, produce a dense one.
106     * Directly deals with symmetric, triangular and general.
107     * Called from ../R/Csparse.R's  C2dense()
108     *
109     * @param x a CsparseMatrix: currently all 9 of  "[dln][gst]CMatrix"
110     * @param symm_or_tri integer (NA, < 0, > 0, = 0) specifying the knowledge of the caller about x:
111     *      NA  : unknown => will be determined
112     *      = 0 : "generalMatrix" (not symm or tri);
113     *      < 0 : "triangularMatrix"
114     *      > 0 : "symmetricMatrix"
115     *
116     * @return a "denseMatrix"
117     */
118    SEXP Csparse_to_dense(SEXP x, SEXP symm_or_tri)
119  {  {
120      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      Rboolean is_sym, is_tri;
121      cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);      int is_sym_or_tri = asInteger(symm_or_tri),
122            ctype = 0; // <- default = "dgC"
123      Free(chxs);      static const char *valid[] = { MATRIX_VALID_Csparse, ""};
124      return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1, Real_kind(x));      if(is_sym_or_tri == NA_INTEGER) { // find if  is(x, "symmetricMatrix") :
125            ctype = Matrix_check_class_etc(x, valid);
126            is_sym = (ctype % 3 == 1);
127            is_tri = (ctype % 3 == 2);
128        } else {
129            is_sym = is_sym_or_tri > 0;
130            is_tri = is_sym_or_tri < 0;
131            // => both are FALSE  iff  is_.. == 0
132            if(is_sym || is_tri)
133                ctype = Matrix_check_class_etc(x, valid);
134        }
135        CHM_SP chxs = AS_CHM_SP__(x);// -> chxs->stype = +- 1 <==> symmetric
136        R_CheckStack();
137        if(is_tri && *diag_P(x) == 'U') { // ==>  x := diagU2N(x), directly for chxs
138            CHM_SP eye = cholmod_speye(chxs->nrow, chxs->ncol, chxs->xtype, &c);
139            double one[] = {1, 0};
140            CHM_SP ans = cholmod_add(chxs, eye, one, one,
141                                     /* values: */ ((ctype / 3) != 2), // TRUE iff not "nMatrix"
142                                     TRUE, &c);
143            cholmod_free_sparse(&eye, &c);
144            chxs = cholmod_copy_sparse(ans, &c);
145            cholmod_free_sparse(&ans, &c);
146        }
147        /* The following loses the symmetry property, since cholmod_dense has none,
148         * BUT, much worse (FIXME!), it also transforms CHOLMOD_PATTERN ("n") matrices
149         * to numeric (CHOLMOD_REAL) ones {and we "revert" via chm_dense_to_SEXP()}: */
150        CHM_DN chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
151        int Rkind = (chxs->xtype == CHOLMOD_PATTERN)? -1 : Real_kind(x);
152    
153        SEXP ans = chm_dense_to_SEXP(chxd, 1, Rkind, GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym),
154                                     /* transp: */ FALSE);
155        // -> a [dln]geMatrix
156        if(is_sym) { // ==> want  [dln]syMatrix
157            const char cl1 = class_P(ans)[0];
158            PROTECT(ans);
159            SEXP aa = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS((cl1 == 'd') ? "dsyMatrix" :
160                                                    ((cl1 == 'l') ? "lsyMatrix" : "nsyMatrix"))));
161            // No need to duplicate() as slots of ans are freshly allocated and ans will not be used
162            SET_SLOT(aa, Matrix_xSym,       GET_SLOT(ans, Matrix_xSym));
163            SET_SLOT(aa, Matrix_DimSym,     GET_SLOT(ans, Matrix_DimSym));
164            SET_SLOT(aa, Matrix_DimNamesSym,GET_SLOT(ans, Matrix_DimNamesSym));
165            SET_SLOT(aa, Matrix_uploSym, mkString((chxs->stype > 0) ? "U" : "L"));
166            UNPROTECT(2);
167            return aa;
168        }
169        else if(is_tri) { // ==> want  [dln]trMatrix
170            const char cl1 = class_P(ans)[0];
171            PROTECT(ans);
172            SEXP aa = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS((cl1 == 'd') ? "dtrMatrix" :
173                                                    ((cl1 == 'l') ? "ltrMatrix" : "ntrMatrix"))));
174            // No need to duplicate() as slots of ans are freshly allocated and ans will not be used
175            SET_SLOT(aa, Matrix_xSym,       GET_SLOT(ans, Matrix_xSym));
176            SET_SLOT(aa, Matrix_DimSym,     GET_SLOT(ans, Matrix_DimSym));
177            SET_SLOT(aa, Matrix_DimNamesSym,GET_SLOT(ans, Matrix_DimNamesSym));
178            slot_dup(aa, x, Matrix_uploSym);
179            /* already by NEW_OBJECT(..) above:
180               SET_SLOT(aa, Matrix_diagSym, mkString("N")); */
181            UNPROTECT(2);
182            return aa;
183        }
184        else
185            return ans;
186  }  }
187    
188    // FIXME: do not go via CHM (should not be too hard, to just *drop* the x-slot, right?
189    SEXP Csparse2nz(SEXP x, Rboolean tri)
190    {
191        CHM_SP chxs = AS_CHM_SP__(x);
192        CHM_SP chxcp = cholmod_copy(chxs, chxs->stype, CHOLMOD_PATTERN, &c);
193        R_CheckStack();
194    
195        return chm_sparse_to_SEXP(chxcp, 1/*do_free*/,
196                                  tri ? ((*uplo_P(x) == 'U') ? 1 : -1) : 0,
197                                  /* Rkind: pattern */ 0,
198                                  /* diag = */ tri ? diag_P(x) : "",
199                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
200    }
201  SEXP Csparse_to_nz_pattern(SEXP x, SEXP tri)  SEXP Csparse_to_nz_pattern(SEXP x, SEXP tri)
202  {  {
203      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      int tr_ = asLogical(tri);
204      cholmod_sparse      if(tr_ == NA_LOGICAL) {
205          *chxcp = cholmod_copy(chxs, chxs->stype, CHOLMOD_PATTERN, &c);          warning(_("Csparse_to_nz_pattern(x, tri = NA): 'tri' is taken as TRUE"));
206      int uploT = 0; char *diag = "";          tr_ = TRUE;
   
     Free(chxs);  
     if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */  
         uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?  
             -1 : 1;  
         diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));  
207      }      }
208      return chm_sparse_to_SEXP(chxcp, 1, uploT, 0, diag,      return Csparse2nz(x, (Rboolean) tr_);
                               GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));  
209  }  }
210    
211  SEXP Csparse_to_matrix(SEXP x)  // n.CMatrix --> [dli].CMatrix  (not going through CHM!)
212    SEXP nz_pattern_to_Csparse(SEXP x, SEXP res_kind)
213  {  {
214      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      return nz2Csparse(x, asInteger(res_kind));
215      cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);  }
216    
217      Free(chxs);  // n.CMatrix --> [dli].CMatrix  (not going through CHM!)
218      return chm_dense_to_matrix(chxd, 1,  // NOTE: use chm_MOD_xtype(() to change type of  'cholmod_sparse' matrix
219                                 GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));  SEXP nz2Csparse(SEXP x, enum x_slot_kind r_kind)
220    {
221        const char *cl_x = class_P(x);
222        if(cl_x[0] != 'n') error(_("not a 'n.CMatrix'"));
223        if(cl_x[2] != 'C') error(_("not a CsparseMatrix"));
224        int nnz = LENGTH(GET_SLOT(x, Matrix_iSym));
225        SEXP ans;
226        char *ncl = alloca(strlen(cl_x) + 1); /* not much memory required */
227        strcpy(ncl, cl_x);
228        double *dx_x; int *ix_x;
229        ncl[0] = (r_kind == x_double ? 'd' :
230                  (r_kind == x_logical ? 'l' :
231                   /* else (for now):  r_kind == x_integer : */ 'i'));
232        PROTECT(ans = NEW_OBJECT(MAKE_CLASS(ncl)));
233        // create a correct 'x' slot:
234        switch(r_kind) {
235            int i;
236        case x_double: // 'd'
237            dx_x = REAL(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_xSym, REALSXP, nnz));
238            for (i=0; i < nnz; i++) dx_x[i] = 1.;
239            break;
240        case x_logical: // 'l'
241            ix_x = LOGICAL(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_xSym, LGLSXP, nnz));
242            for (i=0; i < nnz; i++) ix_x[i] = TRUE;
243            break;
244        case x_integer: // 'i'
245            ix_x = INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_xSym, INTSXP, nnz));
246            for (i=0; i < nnz; i++) ix_x[i] = 1;
247            break;
248    
249        default:
250            error(_("nz2Csparse(): invalid/non-implemented r_kind = %d"),
251                  r_kind);
252        }
253    
254        // now copy all other slots :
255        slot_dup(ans, x, Matrix_iSym);
256        slot_dup(ans, x, Matrix_pSym);
257        slot_dup(ans, x, Matrix_DimSym);
258        slot_dup(ans, x, Matrix_DimNamesSym);
259        if(ncl[1] != 'g') { // symmetric or triangular ...
260            slot_dup_if_has(ans, x, Matrix_uploSym);
261            slot_dup_if_has(ans, x, Matrix_diagSym);
262        }
263        UNPROTECT(1);
264        return ans;
265    }
266    
267    SEXP Csparse_to_matrix(SEXP x, SEXP chk, SEXP symm)
268    {
269        int is_sym = asLogical(symm);
270        if(is_sym == NA_LOGICAL) { // find if  is(x, "symmetricMatrix") :
271            static const char *valid[] = { MATRIX_VALID_Csparse, ""};
272            int ctype = Matrix_check_class_etc(x, valid);
273            is_sym = (ctype % 3 == 1);
274        }
275        return chm_dense_to_matrix(
276            cholmod_sparse_to_dense(AS_CHM_SP2(x, asLogical(chk)), &c),
277            1 /*do_free*/,
278            (is_sym
279             ? symmetric_DimNames(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))
280             :                    GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));
281    }
282    
283    SEXP Csparse_to_vector(SEXP x)
284    {
285        return chm_dense_to_vector(cholmod_sparse_to_dense(AS_CHM_SP__(x), &c), 1);
286  }  }
287    
288  SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x, SEXP tri)  SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x, SEXP tri)
289  {  {
290      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      CHM_SP chxs = AS_CHM_SP__(x);
291      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);      CHM_TR chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);
292      int uploT = 0;      int tr = asLogical(tri);
293      char *diag = "";      int Rkind = (chxs->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
294      int Rkind = (chxs->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;      R_CheckStack();
295    
296        return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1,
297                                   tr ? ((*uplo_P(x) == 'U') ? 1 : -1) : 0,
298                                   Rkind, tr ? diag_P(x) : "",
299                                   GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
300    }
301    
302      Free(chxs);  SEXP Csparse_to_tCsparse(SEXP x, SEXP uplo, SEXP diag)
303      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */  {
304          uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;      CHM_SP chxs = AS_CHM_SP__(x);
305          diag = diag_P(x);      int Rkind = (chxs->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
306        R_CheckStack();
307        return chm_sparse_to_SEXP(chxs, /* dofree = */ 0,
308                                  /* uploT = */ (*CHAR(asChar(uplo)) == 'U')? 1: -1,
309                                   Rkind, /* diag = */ CHAR(STRING_ELT(diag, 0)),
310                                   GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
311      }      }
312      return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1, uploT, Rkind, diag,  
313    SEXP Csparse_to_tTsparse(SEXP x, SEXP uplo, SEXP diag)
314    {
315        CHM_SP chxs = AS_CHM_SP__(x);
316        CHM_TR chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);
317        int Rkind = (chxs->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
318        R_CheckStack();
319        return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1,
320                                  /* uploT = */ (*CHAR(asChar(uplo)) == 'U')? 1: -1,
321                                   Rkind, /* diag = */ CHAR(STRING_ELT(diag, 0)),
322                                 GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));                                 GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
323  }  }
324    
325  /* this used to be called  sCMatrix_to_gCMatrix(..)   [in ./dsCMatrix.c ]: */  
326  SEXP Csparse_symmetric_to_general(SEXP x)  SEXP Csparse_symmetric_to_general(SEXP x)
327  {  {
328      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;      CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(x), chgx;
329      int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;      int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
330        R_CheckStack();
331    
332      if (!(chx->stype))      if (!(chx->stype))
333          error(_("Nonsymmetric matrix in Csparse_symmetric_to_general"));          error(_("Nonsymmetric matrix in Csparse_symmetric_to_general"));
334      chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ 0, chx->xtype, &c);      chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ 0, chx->xtype, &c);
335      /* xtype: pattern, "real", complex or .. */      /* xtype: pattern, "real", complex or .. */
     Free(chx);  
336      return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "",      return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "",
337                                GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));                                symmetric_DimNames(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));
338  }  }
339    
340  SEXP Csparse_general_to_symmetric(SEXP x, SEXP uplo)  SEXP Csparse_general_to_symmetric(SEXP x, SEXP uplo, SEXP sym_dmns)
341  {  {
342      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;      int *adims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)), n = adims[0];
343      int uploT = (*CHAR(asChar(uplo)) == 'U') ? -1 : 1;      if(n != adims[1]) {
344      int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;          error(_("Csparse_general_to_symmetric(): matrix is not square!"));
345            return R_NilValue; /* -Wall */
346        }
347        CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(x), chgx;
348        int uploT = (*CHAR(asChar(uplo)) == 'U') ? 1 : -1;
349        int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
350        R_CheckStack();
351      chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ uploT, chx->xtype, &c);      chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ uploT, chx->xtype, &c);
352    
353        SEXP dns = GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym);
354        if(asLogical(sym_dmns))
355            dns = symmetric_DimNames(dns);
356        else if((!isNull(VECTOR_ELT(dns, 0)) &&
357                 !isNull(VECTOR_ELT(dns, 1))) ||
358                !isNull(getAttrib(dns, R_NamesSymbol))) {
359            /* symmetrize them if both are not NULL
360             * or names(dimnames(.)) is asymmetric : */
361            dns = PROTECT(duplicate(dns));
362            if(!equal_string_vectors(VECTOR_ELT(dns, 0),
363                                     VECTOR_ELT(dns, 1))) {
364                if(uploT == 1)
365                    SET_VECTOR_ELT(dns, 0, VECTOR_ELT(dns,1));
366                else
367                    SET_VECTOR_ELT(dns, 1, VECTOR_ELT(dns,0));
368            }
369            SEXP nms_dns = getAttrib(dns, R_NamesSymbol);
370            if(!isNull(nms_dns) &&  // names(dimnames(.)) :
371               !R_compute_identical(STRING_ELT(nms_dns, 0),
372                                    STRING_ELT(nms_dns, 1), 16)) {
373                if(uploT == 1)
374                    SET_STRING_ELT(nms_dns, 0, STRING_ELT(nms_dns,1));
375                else
376                    SET_STRING_ELT(nms_dns, 1, STRING_ELT(nms_dns,0));
377                setAttrib(dns, R_NamesSymbol, nms_dns);
378            }
379            UNPROTECT(1);
380        }
381      /* xtype: pattern, "real", complex or .. */      /* xtype: pattern, "real", complex or .. */
382      Free(chx);      return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "", dns);
     return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "",  
                               GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));  
383  }  }
384    
385  SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)  SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)
386  {  {
387      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      /* TODO: lgCMatrix & igC* currently go via double prec. cholmod -
388      int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;       *       since cholmod (& cs) lacks sparse 'int' matrices */
389      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);      CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(x);
390        int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
391        CHM_SP chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);
392      SEXP dn = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))), tmp;      SEXP dn = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))), tmp;
393      int uploT = 0; char *diag = "";      int tr = asLogical(tri);
394        R_CheckStack();
395    
     Free(chx);  
396      tmp = VECTOR_ELT(dn, 0);    /* swap the dimnames */      tmp = VECTOR_ELT(dn, 0);    /* swap the dimnames */
397      SET_VECTOR_ELT(dn, 0, VECTOR_ELT(dn, 1));      SET_VECTOR_ELT(dn, 0, VECTOR_ELT(dn, 1));
398      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, tmp);      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, tmp);
399        if(!isNull(tmp = getAttrib(dn, R_NamesSymbol))) { // swap names(dimnames(.)):
400            SEXP nms_dns = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));
401            SET_VECTOR_ELT(nms_dns, 1, STRING_ELT(tmp, 0));
402            SET_VECTOR_ELT(nms_dns, 0, STRING_ELT(tmp, 1));
403            setAttrib(dn, R_NamesSymbol, nms_dns);
404      UNPROTECT(1);      UNPROTECT(1);
     if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */  
         uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;  
         diag = diag_P(x);  
     }  
     return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, uploT, Rkind, diag, dn);  
405  }  }
406        UNPROTECT(1);
407        return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, /* SWAP 'uplo' for triangular */
408                                  tr ? ((*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1) : 0,
409                                  Rkind, tr ? diag_P(x) : "", dn);
410    }
411    
412    /* NOTA BENE:  cholmod_ssmult(A,B, ...) ->  ./CHOLMOD/MatrixOps/cholmod_ssmult.c
413     * ---------  computes a patter*n* matrix __always_ when
414     * *one* of A or B is pattern*n*, because of this (line 73-74):
415       ---------------------------------------------------------------------------
416        values = values &&
417            (A->xtype != CHOLMOD_PATTERN) && (B->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ;
418       ---------------------------------------------------------------------------
419     * ==> Often need to copy the patter*n* to a *l*ogical matrix first !!!
420     */
421    
422  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b, SEXP bool_arith)
423  {  {
424      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),      CHM_SP
425          *chb = as_cholmod_sparse(b);          cha = AS_CHM_SP(a),
426      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);          chb = AS_CHM_SP(b), chc;
427      SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);      R_CheckStack();
428        // const char *cl_a = class_P(a), *cl_b = class_P(b);
429        static const char *valid_tri[] = { MATRIX_VALID_tri_Csparse, "" };
430        char diag[] = {'\0', '\0'};
431        int uploT = 0, nprot = 1,
432            do_bool = asLogical(bool_arith); // TRUE / NA / FALSE
433        Rboolean
434            a_is_n = (cha->xtype == CHOLMOD_PATTERN),
435            b_is_n = (chb->xtype == CHOLMOD_PATTERN),
436            force_num = (do_bool == FALSE),
437            maybe_bool= (do_bool == NA_LOGICAL);
438    
439    #ifdef DEBUG_Matrix_verbose
440        Rprintf("DBG Csparse_C*_prod(%s, %s)\n", class_P(a), class_P(b));
441    #endif
442    
443        if(a_is_n && (force_num || (maybe_bool && !b_is_n))) {
444            /* coerce 'a' to  double;
445             * have no CHOLMOD function (pattern -> logical) --> use "our" code */
446            SEXP da = PROTECT(nz2Csparse(a, x_double)); nprot++;
447            cha = AS_CHM_SP(da);
448            R_CheckStack();
449            a_is_n = FALSE;
450        }
451        else if(b_is_n && (force_num || (maybe_bool && !a_is_n))) {
452            // coerce 'b' to  double
453            SEXP db = PROTECT(nz2Csparse(b, x_double)); nprot++;
454            chb = AS_CHM_SP(db);
455            R_CheckStack();
456            b_is_n = FALSE;
457        }
458        chc = cholmod_ssmult(cha, chb, /*out_stype:*/ 0,
459                             /* values : */ do_bool != TRUE,
460                             /* sorted = TRUE: */ 1, &c);
461    
462        /* Preserve triangularity and even unit-triangularity if appropriate.
463         * Note that in that case, the multiplication itself should happen
464         * faster.  But there's no support for that in CHOLMOD */
465    
466        if(Matrix_check_class_etc(a, valid_tri) >= 0 &&
467           Matrix_check_class_etc(b, valid_tri) >= 0)
468            if(*uplo_P(a) == *uplo_P(b)) { /* both upper, or both lower tri. */
469                uploT = (*uplo_P(a) == 'U') ? 1 : -1;
470                if(*diag_P(a) == 'U' && *diag_P(b) == 'U') { /* return UNIT-triag. */
471                    /* "remove the diagonal entries": */
472                    chm_diagN2U(chc, uploT, /* do_realloc */ FALSE);
473                    diag[0]= 'U';
474                }
475                else diag[0]= 'N';
476            }
477    
478      Free(cha); Free(chb);      SEXP dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));
479      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
480                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));
481      SET_VECTOR_ELT(dn, 1,      SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
482                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));
483      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, 0, "", dn);      UNPROTECT(nprot);
484        return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, uploT, /*Rkind*/0, diag, dn);
485  }  }
486    
487  SEXP Csparse_Csparse_crossprod(SEXP a, SEXP b)  /* trans = FALSE:  crossprod(a,b)
488     * trans = TRUE : tcrossprod(a,b) */
489    SEXP Csparse_Csparse_crossprod(SEXP a, SEXP b, SEXP trans, SEXP bool_arith)
490  {  {
491      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),      int tr = asLogical(trans), nprot = 1,
492          *chb = as_cholmod_sparse(b);          do_bool = asLogical(bool_arith); // TRUE / NA / FALSE
493      cholmod_sparse *chta = cholmod_transpose(cha, 1, &c);      CHM_SP
494      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(chta, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);          cha = AS_CHM_SP(a),
495      SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);          chb = AS_CHM_SP(b),
496            chTr, chc;
497        R_CheckStack();
498        static const char *valid_tri[] = { MATRIX_VALID_tri_Csparse, "" };
499        char diag[] = {'\0', '\0'};
500        int uploT = 0;
501        Rboolean
502            a_is_n = (cha->xtype == CHOLMOD_PATTERN),
503            b_is_n = (chb->xtype == CHOLMOD_PATTERN),
504            force_num = (do_bool == FALSE),
505            maybe_bool= (do_bool == NA_LOGICAL);
506    
507        if(a_is_n && (force_num || (maybe_bool && !b_is_n))) {
508            // coerce 'a' to  double
509            SEXP da = PROTECT(nz2Csparse(a, x_double)); nprot++;
510            cha = AS_CHM_SP(da);
511            R_CheckStack();
512            // a_is_n = FALSE;
513        }
514        else if(b_is_n && (force_num || (maybe_bool && !a_is_n))) {
515            // coerce 'b' to  double
516            SEXP db = PROTECT(nz2Csparse(b, x_double)); nprot++;
517            chb = AS_CHM_SP(db);
518            R_CheckStack();
519            // b_is_n = FALSE;
520        }
521        else if(do_bool == TRUE) { // Want boolean arithmetic: sufficient if *one* is pattern:
522            if(!a_is_n && !b_is_n) {
523                // coerce 'a' to pattern
524                SEXP da = PROTECT(Csparse2nz(a, /* tri = */
525                                             Matrix_check_class_etc(a, valid_tri) >= 0)); nprot++;
526                cha = AS_CHM_SP(da);
527                R_CheckStack();
528                // a_is_n = TRUE;
529            }
530        }
531        chTr = cholmod_transpose((tr) ? chb : cha, chb->xtype, &c);
532        chc = cholmod_ssmult((tr) ? cha : chTr, (tr) ? chTr : chb,
533                             /*out_stype:*/ 0, /* values : */ do_bool != TRUE,
534                             /* sorted = TRUE: */ 1, &c);
535        cholmod_free_sparse(&chTr, &c);
536    
537        /* Preserve triangularity and unit-triangularity if appropriate;
538         * see Csparse_Csparse_prod() for comments */
539        if(Matrix_check_class_etc(a, valid_tri) >= 0 &&
540           Matrix_check_class_etc(b, valid_tri) >= 0)
541            if(*uplo_P(a) != *uplo_P(b)) { /* one 'U', the other 'L' */
542                uploT = (*uplo_P(b) == 'U') ? 1 : -1;
543                if(*diag_P(a) == 'U' && *diag_P(b) == 'U') { /* return UNIT-triag. */
544                    chm_diagN2U(chc, uploT, /* do_realloc */ FALSE);
545                    diag[0]= 'U';
546                }
547                else diag[0]= 'N';
548            }
549    
550      Free(cha); Free(chb); cholmod_free_sparse(&chta, &c);      SEXP dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));
551      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
552                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 1)));                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym),
553                                            (tr) ? 0 : 1)));
554      SET_VECTOR_ELT(dn, 1,      SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
555                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym),
556      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, 0, "", dn);                                          (tr) ? 0 : 1)));
557        UNPROTECT(nprot);
558        return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, uploT, /*Rkind*/0, diag, dn);
559    }
560    
561    /**
562     * All (dense * sparse)  Matrix products and cross products
563     *
564     *   f( f(<Csparse>)  %*%  f(<dense>) )   for  f in {t(), identity()}
565     *
566     * @param a CsparseMatrix  (n x m)
567     * @param b numeric vector, matrix, or denseMatrix (m x k) or (k x m)  if `transp` is '2' or 'B'
568     * @param transp character.
569     *        = " " : nothing transposed {apart from a}
570     *        = "2" : "transpose 2nd arg": use  t(b) instead of b (= 2nd argument)
571     *        = "c" : "transpose c":       Return  t(c) instead of c
572     *        = "B" : "transpose both":    use t(b) and return t(c) instead of c
573     * NB: For "2", "c", "B", need to transpose a *dense* matrix, B or C --> chm_transpose_dense()
574     *
575     * @return a dense matrix, the matrix product c = g(a,b) :
576     *
577     *                                                Condition (R)   Condition (C)
578     *   R notation            Math notation          cross  transp   t.a t.b t.ans
579     *   ~~~~~~~~~~~~~~~~~     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~     ~~~~~~~~~~~~~   ~~~~~~~~~~~~~
580     *   c <-   a %*%   b      C :=      A B            .       " "    .   .   .
581     *   c <-   a %*% t(b)     C :=      A B'           .       "2"    .   |   .
582     *   c <- t(a %*%   b)     C := (A B)'  = B'A'      .       "c"    .   .   |
583     *   c <- t(a %*% t(b))    C := (A B')' = B A'      .       "B"    .   |   |
584     *
585     *   c <-   t(a) %*%   b   C :=      A'B           TRUE     " "    |   .   .
586     *   c <-   t(a) %*% t(b)  C :=      A'B'          TRUE     "2"    |   |   .
587     *   c <- t(t(a) %*%   b)  C := (A'B)'  = B'A      TRUE     "c"    |   .   |
588     *   c <- t(t(a) %*% t(b)) C := (A'B')' = B A      TRUE     "B"    |   |   |
589     */
590    SEXP Csp_dense_products(SEXP a, SEXP b,
591                            Rboolean transp_a, Rboolean transp_b, Rboolean transp_ans)
592    {
593        CHM_SP cha = AS_CHM_SP(a);
594        int a_nc = transp_a ? cha->nrow : cha->ncol,
595            a_nr = transp_a ? cha->ncol : cha->nrow;
596        Rboolean
597            maybe_transp_b = (a_nc == 1),
598            b_is_vector = FALSE;
599        /* NOTE: trans_b {<--> "use t(b) instead of b" }
600           ----  "interferes" with the  case automatic treatment of *vector* b.
601           In that case,  t(b) or b is used "whatever make more sense",
602           according to the general R philosophy of treating vectors in matrix products.
603        */
604    
605        /* repeating a "cheap part" of  mMatrix_as_dgeMatrix2(b, .)  to see if
606         * we have a vector that we might 'transpose_if_vector' : */
607        static const char *valid[] = {"_NOT_A_CLASS_", MATRIX_VALID_ddense, ""};
608        /* int ctype = Matrix_check_class_etc(b, valid);
609         * if (ctype > 0)   /.* a ddenseMatrix object */
610        if (Matrix_check_class_etc(b, valid) < 0) {
611            // not a ddenseM*:  is.matrix() or vector:
612            b_is_vector = !isMatrix(b);
613        }
614    
615        if(b_is_vector) {
616            /* determine *if* we want/need to transpose at all:
617             * if (length(b) == ncol(A)) have match: use dim = c(n, 1) (<=> do *not* transp);
618             *  otherwise, try to transpose: ok  if (ncol(A) == 1) [see also above]:  */
619            maybe_transp_b = (LENGTH(b) != a_nc);
620            // Here, we transpose already in mMatrix_as_dge*()  ==> don't do it later:
621            transp_b = FALSE;
622        }
623        SEXP b_M = PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix2(b, maybe_transp_b));
624    
625        CHM_DN chb = AS_CHM_DN(b_M), b_t;
626        R_CheckStack();
627        int ncol_b;
628        if(transp_b) { // transpose b:
629            b_t = cholmod_allocate_dense(chb->ncol, chb->nrow, chb->ncol, chb->xtype, &c);
630            chm_transpose_dense(b_t, chb);
631            ncol_b = b_t->ncol;
632        } else
633            ncol_b = chb->ncol;
634        // Result C {with dim() before it may be transposed}:
635        CHM_DN chc = cholmod_allocate_dense(a_nr, ncol_b, a_nr, chb->xtype, &c);
636        double one[] = {1,0}, zero[] = {0,0};
637        int nprot = 2;
638    
639        /* Tim Davis, please FIXME:  currently (2010-11) *fails* when  a  is a pattern matrix:*/
640        if(cha->xtype == CHOLMOD_PATTERN) {
641            /* warning(_("Csparse_dense_prod(): cholmod_sdmult() not yet implemented for pattern./ ngCMatrix" */
642            /*        " --> slightly inefficient coercion")); */
643    
644            // This *fails* to produce a CHOLMOD_REAL ..
645            // CHM_SP chd = cholmod_l_copy(cha, cha->stype, CHOLMOD_REAL, &c);
646            // --> use our Matrix-classes
647            SEXP da = PROTECT(nz2Csparse(a, x_double)); nprot++;
648            cha = AS_CHM_SP(da);
649        }
650    
651        /* cholmod_sdmult(A, transp, alpha, beta, X,  Y,  &c): depending on transp == 0 / != 0:
652         *  Y := alpha*(A*X) + beta*Y or alpha*(A'*X) + beta*Y;  here, alpha = 1, beta = 0:
653         *  Y := A*X  or  A'*X
654         *                       NB: always  <sparse> %*% <dense> !
655         */
656        cholmod_sdmult(cha, transp_a, one, zero, (transp_b ? b_t : chb), /* -> */ chc, &c);
657    
658        SEXP dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));  /* establish dimnames */
659        SET_VECTOR_ELT(dn, transp_ans ? 1 : 0,
660                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), transp_a ? 1 : 0)));
661        SET_VECTOR_ELT(dn, transp_ans ? 0 : 1,
662                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b_M, Matrix_DimNamesSym),
663                                            transp_b ? 0 : 1)));
664        if(transp_b) cholmod_free_dense(&b_t, &c);
665        UNPROTECT(nprot);
666        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0, dn, transp_ans);
667  }  }
668    
 SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)  
 {  
     cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);  
     cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b)));  
     cholmod_dense *chc =  
         cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol, cha->nrow, chb->xtype, &c);  
     double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};  
669    
670      cholmod_sdmult(cha, 0, alpha, beta, chb, chc, &c);  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b, SEXP transp)
671      Free(cha); Free(chb);  {
672      UNPROTECT(1);      return
673      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0);          Csp_dense_products(a, b,
674                    /* transp_a = */ FALSE,
675                    /* transp_b   = */ (*CHAR(asChar(transp)) == '2' || *CHAR(asChar(transp)) == 'B'),
676                    /* transp_ans = */ (*CHAR(asChar(transp)) == 'c' || *CHAR(asChar(transp)) == 'B'));
677  }  }
678    
679  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b, SEXP transp)
680  {  {
681      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      return
682      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b)));          Csp_dense_products(a, b,
683      cholmod_dense *chc =                  /* transp_a = */ TRUE,
684          cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol, cha->ncol, chb->xtype, &c);                  /* transp_b   = */ (*CHAR(asChar(transp)) == '2' || *CHAR(asChar(transp)) == 'B'),
685      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};                  /* transp_ans = */ (*CHAR(asChar(transp)) == 'c' || *CHAR(asChar(transp)) == 'B'));
   
     cholmod_sdmult(cha, 1, alpha, beta, chb, chc, &c);  
     Free(cha); Free(chb);  
     UNPROTECT(1);  
     return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0);  
686  }  }
687    
688  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)  
689    /* Computes   x'x  or  x x' -- *also* for Tsparse (triplet = TRUE)
690       see Csparse_Csparse_crossprod above for  x'y and x y' */
691    SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet, SEXP bool_arith)
692  {  {
693      int trip = asLogical(triplet),      int tripl = asLogical(triplet),
694          tr   = asLogical(trans); /* gets reversed because _aat is tcrossprod */          tr   = asLogical(trans), /* gets reversed because _aat is tcrossprod */
695      cholmod_triplet          do_bool = asLogical(bool_arith); // TRUE / NA / FALSE
696          *cht = trip ? as_cholmod_triplet(x) : (cholmod_triplet*) NULL;  #ifdef AS_CHM_DIAGU2N_FIXED_FINALLY
697      cholmod_sparse *chcp, *chxt,      CHM_TR cht = tripl ? AS_CHM_TR(x) : (CHM_TR) NULL;  int nprot = 1;
698          *chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)  #else /* workaround needed:*/
699          : as_cholmod_sparse(x);      SEXP xx = PROTECT(Tsparse_diagU2N(x));
700        CHM_TR cht = tripl ? AS_CHM_TR__(xx) : (CHM_TR) NULL; int nprot = 2;
701    #endif
702        CHM_SP chcp, chxt,
703            chx = (tripl ?
704                   cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c) :
705                   AS_CHM_SP(x));
706      SEXP dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));      SEXP dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));
707        R_CheckStack();
708      if (!tr)      Rboolean
709          chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);          x_is_n = (chx->xtype == CHOLMOD_PATTERN),
710      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);          force_num = (do_bool == FALSE);
711      if(!chcp)  
712        if(x_is_n && force_num) {
713            // coerce 'x' to  double
714            SEXP dx = PROTECT(nz2Csparse(x, x_double)); nprot++;
715            chx = AS_CHM_SP(dx);
716            R_CheckStack();
717        }
718        else if(do_bool == TRUE && !x_is_n) { // Want boolean arithmetic; need patter[n]
719            // coerce 'x' to pattern
720            static const char *valid_tri[] = { MATRIX_VALID_tri_Csparse, "" };
721            SEXP dx = PROTECT(Csparse2nz(x, /* tri = */
722                                         Matrix_check_class_etc(x, valid_tri) >= 0)); nprot++;
723            chx = AS_CHM_SP(dx);
724            R_CheckStack();
725        }
726    
727        if (!tr) chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);
728    
729        chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0,
730                           /* mode: */ chx->xtype, &c);
731        if(!chcp) {
732            UNPROTECT(1);
733          error(_("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()"));          error(_("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()"));
     cholmod_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);  
     chcp->stype = 1;  
     if (trip) {  
         cholmod_free_sparse(&chx, &c);  
         Free(cht);  
     } else {  
         Free(chx);  
734      }      }
735        cholmod_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);
736        chcp->stype = 1; // symmetric
737        if (tripl) cholmod_free_sparse(&chx, &c);
738      if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);      if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);
739                                  /* create dimnames */      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
     SET_VECTOR_ELT(dn, 0,  
740                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym),                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym),
741                                          (tr) ? 1 : 0)));                                          (tr) ? 0 : 1)));
742      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));
743      UNPROTECT(1);      UNPROTECT(nprot);
744        // FIXME: uploT for symmetric ?
745      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, 0, "", dn);      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, 0, "", dn);
746  }  }
747    
748    /* Csparse_drop(x, tol):  drop entries with absolute value < tol, i.e,
749    *  at least all "explicit" zeros */
750  SEXP Csparse_drop(SEXP x, SEXP tol)  SEXP Csparse_drop(SEXP x, SEXP tol)
751  {  {
752      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),      const char *cl = class_P(x);
753          *ans = cholmod_copy(chx, chx->stype, chx->xtype, &c);      /* dtCMatrix, etc; [1] = the second character =?= 't' for triangular */
754        int tr = (cl[1] == 't');
755        CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(x);
756        CHM_SP ans = cholmod_copy(chx, chx->stype, chx->xtype, &c);
757      double dtol = asReal(tol);      double dtol = asReal(tol);
758      int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;      int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
759        R_CheckStack();
760    
761      if(!cholmod_drop(dtol, ans, &c))      if(!cholmod_drop(dtol, ans, &c))
762          error(_("cholmod_drop() failed"));          error(_("cholmod_drop() failed"));
763      Free(chx);     return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1,
764      /* FIXME: currently drops dimnames */                                tr ? ((*uplo_P(x) == 'U') ? 1 : -1) : 0,
765      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);                                Rkind, tr ? diag_P(x) : "",
766                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
767  }  }
768    
   
769  SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)  SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)
770  {  {
771      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),  #define CSPARSE_CAT(_KIND_)                                             \
772          *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;      CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(x), chy = AS_CHM_SP__(y);                  \
773      int Rkind = 0; /* only for "d" - FIXME */      R_CheckStack();                                                     \
774        int Rk_x = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : -3,     \
775      ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);          Rk_y = (chy->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(y) : -3, Rkind; \
776      Free(chx); Free(chy);      if(Rk_x == -3 || Rk_y == -3) { /* at least one of them is patter"n" */ \
777      /* FIXME: currently drops dimnames */          if(Rk_x == -3 && Rk_y == -3) { /* fine */                       \
778      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);          } else { /* only one is a patter"n"                             \
779                      * "Bug" in cholmod_horzcat()/vertcat(): returns patter"n" matrix if one of them is */ \
780                Rboolean ok;                                                \
781                if(Rk_x == -3) {                                            \
782                    ok = chm_MOD_xtype(CHOLMOD_REAL, chx, &c); Rk_x = 0;    \
783                } else if(Rk_y == -3) {                                     \
784                    ok = chm_MOD_xtype(CHOLMOD_REAL, chy, &c); Rk_y = 0;    \
785                } else                                                      \
786                    error(_("Impossible Rk_x/Rk_y in Csparse_%s(), please report"), _KIND_); \
787                if(!ok)                                                     \
788                    error(_("chm_MOD_xtype() was not successful in Csparse_%s(), please report"), \
789                          _KIND_);                                          \
790            }                                                               \
791        }                                                                   \
792        Rkind = /* logical if both x and y are */ (Rk_x == 1 && Rk_y == 1) ? 1 : 0
793    
794        CSPARSE_CAT("horzcat");
795        // TODO: currently drops dimnames - and we fix at R level;
796    
797        return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c),
798                                  1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
799  }  }
800    
801  SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)  SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)
802  {  {
803      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),      CSPARSE_CAT("vertcat");
804          *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;      // TODO: currently drops dimnames - and we fix at R level;
805      int Rkind = 0; /* only for "d" - FIXME */  
806        return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c),
807      ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);                                1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
     Free(chx); Free(chy);  
     /* FIXME: currently drops dimnames */  
     return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);  
808  }  }
809    
810  SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)  SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)
811  {  {
812      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *ans;      CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(x);
813      int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;      int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
814        CHM_SP ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);
815        R_CheckStack();
816    
817      ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "",
818      Free(chx);                                GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
     return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);  
819  }  }
820    
821  SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)  SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)
822  {  {
823      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      const char *cl = class_P(x);
824      cholmod_sparse *eye = cholmod_speye(chx->nrow, chx->ncol, chx->xtype, &c);      /* dtCMatrix, etc; [1] = the second character =?= 't' for triangular */
825        if (cl[1] != 't' || *diag_P(x) != 'U') {
826            /* "trivially fast" when not triangular (<==> no 'diag' slot),
827               or not *unit* triangular */
828            return (x);
829        }
830        else { /* unit triangular (diag='U'): "fill the diagonal" & diag:= "N" */
831            CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(x);
832            CHM_SP eye = cholmod_speye(chx->nrow, chx->ncol, chx->xtype, &c);
833      double one[] = {1, 0};      double one[] = {1, 0};
834      cholmod_sparse *ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);          CHM_SP ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);
835      int uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?          int uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? 1 : -1;
836          -1 : 1;          int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
     int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;  
837    
838      Free(chx); cholmod_free_sparse(&eye, &c);          R_CheckStack();
839            cholmod_free_sparse(&eye, &c);
840      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, Rkind, "N",      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, Rkind, "N",
841                                duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));                                    GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
842        }
843  }  }
844    
845    SEXP Csparse_diagN2U(SEXP x)
846    {
847        const char *cl = class_P(x);
848        /* dtCMatrix, etc; [1] = the second character =?= 't' for triangular */
849        if (cl[1] != 't' || *diag_P(x) != 'N') {
850            /* "trivially fast" when not triangular (<==> no 'diag' slot),
851               or already *unit* triangular */
852            return (x);
853        }
854        else { /* triangular with diag='N'): now drop the diagonal */
855            /* duplicate, since chx will be modified: */
856            SEXP xx = PROTECT(duplicate(x));
857            CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(xx);
858            int uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? 1 : -1,
859                Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
860            R_CheckStack();
861    
862            chm_diagN2U(chx, uploT, /* do_realloc */ FALSE);
863    
864            SEXP ans = chm_sparse_to_SEXP(chx, /*dofree*/ 0/* or 1 ?? */,
865                                          uploT, Rkind, "U",
866                                          GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
867            UNPROTECT(1);// only now !
868            return ans;
869        }
870    }
871    
872    /**
873     * "Indexing" aka subsetting : Compute  x[i,j], also for vectors i and j
874     * Working via CHOLMOD_submatrix, see ./CHOLMOD/MatrixOps/cholmod_submatrix.c
875     * @param x CsparseMatrix
876     * @param i row     indices (0-origin), or NULL (R's)
877     * @param j columns indices (0-origin), or NULL
878     *
879     * @return x[i,j]  still CsparseMatrix --- currently, this loses dimnames
880     */
881  SEXP Csparse_submatrix(SEXP x, SEXP i, SEXP j)  SEXP Csparse_submatrix(SEXP x, SEXP i, SEXP j)
882  {  {
883      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      CHM_SP chx = AS_CHM_SP(x); /* << does diagU2N() when needed */
884      int rsize = (isNull(i)) ? -1 : LENGTH(i),      int rsize = (isNull(i)) ? -1 : LENGTH(i),
885          csize = (isNull(j)) ? -1 : LENGTH(j);          csize = (isNull(j)) ? -1 : LENGTH(j);
886      int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;      int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
887        R_CheckStack();
888    
889      if (rsize >= 0 && !isInteger(i))      if (rsize >= 0 && !isInteger(i))
890          error(_("Index i must be NULL or integer"));          error(_("Index i must be NULL or integer"));
891      if (csize >= 0 && !isInteger(j))      if (csize >= 0 && !isInteger(j))
892          error(_("Index j must be NULL or integer"));          error(_("Index j must be NULL or integer"));
893      return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx, INTEGER(i), rsize,  
894                                                  INTEGER(j), csize,  #define CHM_SUB(_M_, _i_, _j_)                                  \
895                                                  TRUE, TRUE, &c),      cholmod_submatrix(_M_,                                      \
896                                1, 0, Rkind, "", R_NilValue);                        (rsize < 0) ? NULL : INTEGER(_i_), rsize, \
897                          (csize < 0) ? NULL : INTEGER(_j_), csize, \
898                          TRUE, TRUE, &c)
899        CHM_SP ans;
900        if (!chx->stype) {/* non-symmetric Matrix */
901            ans = CHM_SUB(chx, i, j);
902        }
903        else {
904            /* for now, cholmod_submatrix() only accepts "generalMatrix" */
905            CHM_SP tmp = cholmod_copy(chx, /* stype: */ 0, chx->xtype, &c);
906            ans = CHM_SUB(tmp, i, j);
907            cholmod_free_sparse(&tmp, &c);
908        }
909    
910        // "FIXME": currently dropping dimnames, and adding them afterwards in R :
911        /* // dimnames: */
912        /* SEXP x_dns = GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym), */
913        /*  dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2)); */
914        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", /* dimnames: */ R_NilValue);
915    }
916    
917    #define _d_Csp_
918    #include "t_Csparse_subassign.c"
919    
920    #define _l_Csp_
921    #include "t_Csparse_subassign.c"
922    
923    #define _i_Csp_
924    #include "t_Csparse_subassign.c"
925    
926    #define _n_Csp_
927    #include "t_Csparse_subassign.c"
928    
929    #define _z_Csp_
930    #include "t_Csparse_subassign.c"
931    
932    
933    
934    SEXP Csparse_MatrixMarket(SEXP x, SEXP fname)
935    {
936        FILE *f = fopen(CHAR(asChar(fname)), "w");
937    
938        if (!f)
939            error(_("failure to open file \"%s\" for writing"),
940                  CHAR(asChar(fname)));
941        if (!cholmod_write_sparse(f, AS_CHM_SP(x),
942                                  (CHM_SP)NULL, (char*) NULL, &c))
943            error(_("cholmod_write_sparse returned error code"));
944        fclose(f);
945        return R_NilValue;
946    }
947    
948    
949    /**
950     * Extract the diagonal entries from *triangular* Csparse matrix  __or__ a
951     * cholmod_sparse factor (LDL = TRUE).
952     *
953     * @param n  dimension of the matrix.
954     * @param x_p  'p' (column pointer) slot contents
955     * @param x_x  'x' (non-zero entries) slot contents
956     * @param perm 'perm' (= permutation vector) slot contents; only used for "diagBack"
957     * @param resultKind a (SEXP) string indicating which kind of result is desired.
958     *
959     * @return  a SEXP, either a (double) number or a length n-vector of diagonal entries
960     */
961    SEXP diag_tC_ptr(int n, int *x_p, double *x_x, Rboolean is_U, int *perm,
962    /*                                ^^^^^^ FIXME[Generalize] to int / ... */
963                     SEXP resultKind)
964    {
965        const char* res_ch = CHAR(STRING_ELT(resultKind,0));
966        enum diag_kind { diag, diag_backpermuted, trace, prod, sum_log, min, max, range
967        } res_kind = ((!strcmp(res_ch, "trace")) ? trace :
968                      ((!strcmp(res_ch, "sumLog")) ? sum_log :
969                       ((!strcmp(res_ch, "prod")) ? prod :
970                        ((!strcmp(res_ch, "min")) ? min :
971                         ((!strcmp(res_ch, "max")) ? max :
972                          ((!strcmp(res_ch, "range")) ? range :
973                           ((!strcmp(res_ch, "diag")) ? diag :
974                            ((!strcmp(res_ch, "diagBack")) ? diag_backpermuted :
975                             -1))))))));
976        int i, n_x, i_from;
977        SEXP ans = PROTECT(allocVector(REALSXP,
978    /*                                 ^^^^  FIXME[Generalize] */
979                                       (res_kind == diag ||
980                                        res_kind == diag_backpermuted) ? n :
981                                       (res_kind == range ? 2 : 1)));
982        double *v = REAL(ans);
983    /*  ^^^^^^      ^^^^  FIXME[Generalize] */
984    
985        i_from = (is_U ? -1 : 0);
986    
987    #define for_DIAG(v_ASSIGN)                                      \
988        for(i = 0; i < n; i++) {                                    \
989            /* looking at i-th column */                            \
990            n_x = x_p[i+1] - x_p[i];/* #{entries} in this column */ \
991            if( is_U) i_from += n_x;                                \
992            v_ASSIGN;                                               \
993            if(!is_U) i_from += n_x;                                \
994        }
995    
996        /* NOTA BENE: we assume  -- uplo = "L" i.e. lower triangular matrix
997         *            for uplo = "U" (makes sense with a "dtCMatrix" !),
998         *            should use  x_x[i_from + (n_x - 1)] instead of x_x[i_from],
999         *            where n_x = (x_p[i+1] - x_p[i])
1000         */
1001    
1002        switch(res_kind) {
1003        case trace: // = sum
1004            v[0] = 0.;
1005            for_DIAG(v[0] += x_x[i_from]);
1006            break;
1007    
1008        case sum_log:
1009            v[0] = 0.;
1010            for_DIAG(v[0] += log(x_x[i_from]));
1011            break;
1012    
1013        case prod:
1014            v[0] = 1.;
1015            for_DIAG(v[0] *= x_x[i_from]);
1016            break;
1017    
1018        case min:
1019            v[0] = R_PosInf;
1020            for_DIAG(if(v[0] > x_x[i_from]) v[0] = x_x[i_from]);
1021            break;
1022    
1023        case max:
1024            v[0] = R_NegInf;
1025            for_DIAG(if(v[0] < x_x[i_from]) v[0] = x_x[i_from]);
1026            break;
1027    
1028        case range:
1029            v[0] = R_PosInf;
1030            v[1] = R_NegInf;
1031            for_DIAG(if(v[0] > x_x[i_from]) v[0] = x_x[i_from];
1032                     if(v[1] < x_x[i_from]) v[1] = x_x[i_from]);
1033            break;
1034    
1035        case diag:
1036            for_DIAG(v[i] = x_x[i_from]);
1037            break;
1038    
1039        case diag_backpermuted:
1040            for_DIAG(v[i] = x_x[i_from]);
1041    
1042            warning(_("%s = '%s' (back-permuted) is experimental"),
1043                    "resultKind", "diagBack");
1044            /* now back_permute : */
1045            for(i = 0; i < n; i++) {
1046                double tmp = v[i]; v[i] = v[perm[i]]; v[perm[i]] = tmp;
1047                /*^^^^ FIXME[Generalize] */
1048            }
1049            break;
1050    
1051        default: /* -1 from above */
1052            error(_("diag_tC(): invalid 'resultKind'"));
1053            /* Wall: */ ans = R_NilValue; v = REAL(ans);
1054        }
1055    
1056        UNPROTECT(1);
1057        return ans;
1058    }
1059    
1060    /**
1061     * Extract the diagonal entries from *triangular* Csparse matrix  __or__ a
1062     * cholmod_sparse factor (LDL = TRUE).
1063     *
1064     * @param obj -- now a cholmod_sparse factor or a dtCMatrix
1065     * @param pslot  'p' (column pointer)   slot of Csparse matrix/factor
1066     * @param xslot  'x' (non-zero entries) slot of Csparse matrix/factor
1067     * @param perm_slot  'perm' (= permutation vector) slot of corresponding CHMfactor;
1068     *                   only used for "diagBack"
1069     * @param resultKind a (SEXP) string indicating which kind of result is desired.
1070     *
1071     * @return  a SEXP, either a (double) number or a length n-vector of diagonal entries
1072     */
1073    SEXP diag_tC(SEXP obj, SEXP resultKind)
1074    {
1075    
1076        SEXP
1077            pslot = GET_SLOT(obj, Matrix_pSym),
1078            xslot = GET_SLOT(obj, Matrix_xSym);
1079        Rboolean is_U = (R_has_slot(obj, Matrix_uploSym) &&
1080                         *CHAR(asChar(GET_SLOT(obj, Matrix_uploSym))) == 'U');
1081        int n = length(pslot) - 1, /* n = ncol(.) = nrow(.) */
1082            *x_p  = INTEGER(pslot), pp = -1, *perm;
1083        double *x_x = REAL(xslot);
1084    /*  ^^^^^^        ^^^^ FIXME[Generalize] to INTEGER(.) / LOGICAL(.) / ... xslot !*/
1085    
1086        if(R_has_slot(obj, Matrix_permSym))
1087            perm = INTEGER(GET_SLOT(obj, Matrix_permSym));
1088        else perm = &pp;
1089    
1090        return diag_tC_ptr(n, x_p, x_x, is_U, perm, resultKind);
1091    }
1092    
1093    
1094    /**
1095     * Create a Csparse matrix object from indices and/or pointers.
1096     *
1097     * @param cls name of actual class of object to create
1098     * @param i optional integer vector of length nnz of row indices
1099     * @param j optional integer vector of length nnz of column indices
1100     * @param p optional integer vector of length np of row or column pointers
1101     * @param np length of integer vector p.  Must be zero if p == (int*)NULL
1102     * @param x optional vector of values
1103     * @param nnz length of vectors i, j and/or x, whichever is to be used
1104     * @param dims optional integer vector of length 2 to be used as
1105     *     dimensions.  If dims == (int*)NULL then the maximum row and column
1106     *     index are used as the dimensions.
1107     * @param dimnames optional list of length 2 to be used as dimnames
1108     * @param index1 indicator of 1-based indices
1109     *
1110     * @return an SEXP of class cls inheriting from CsparseMatrix.
1111     */
1112    SEXP create_Csparse(char* cls, int* i, int* j, int* p, int np,
1113                        void* x, int nnz, int* dims, SEXP dimnames,
1114                        int index1)
1115    {
1116        SEXP ans;
1117        int *ij = (int*)NULL, *tri, *trj,
1118            mi, mj, mp, nrow = -1, ncol = -1;
1119        int xtype = -1;             /* -Wall */
1120        CHM_TR T;
1121        CHM_SP A;
1122    
1123        if (np < 0 || nnz < 0)
1124            error(_("negative vector lengths not allowed: np = %d, nnz = %d"),
1125                  np, nnz);
1126        if (1 != ((mi = (i == (int*)NULL)) +
1127                  (mj = (j == (int*)NULL)) +
1128                  (mp = (p == (int*)NULL))))
1129            error(_("exactly 1 of 'i', 'j' or 'p' must be NULL"));
1130        if (mp) {
1131            if (np) error(_("np = %d, must be zero when p is NULL"), np);
1132        } else {
1133            if (np) {               /* Expand p to form i or j */
1134                if (!(p[0])) error(_("p[0] = %d, should be zero"), p[0]);
1135                for (int ii = 0; ii < np; ii++)
1136                    if (p[ii] > p[ii + 1])
1137                        error(_("p must be non-decreasing"));
1138                if (p[np] != nnz)
1139                    error("p[np] = %d != nnz = %d", p[np], nnz);
1140                ij = Calloc(nnz, int);
1141                if (mi) {
1142                    i = ij;
1143                    nrow = np;
1144                } else {
1145                    j = ij;
1146                    ncol = np;
1147                }
1148                /* Expand p to 0-based indices */
1149                for (int ii = 0; ii < np; ii++)
1150                    for (int jj = p[ii]; jj < p[ii + 1]; jj++) ij[jj] = ii;
1151            } else {
1152                if (nnz)
1153                    error(_("Inconsistent dimensions: np = 0 and nnz = %d"),
1154                          nnz);
1155            }
1156        }
1157        /* calculate nrow and ncol */
1158        if (nrow < 0) {
1159            for (int ii = 0; ii < nnz; ii++) {
1160                int i1 = i[ii] + (index1 ? 0 : 1); /* 1-based index */
1161                if (i1 < 1) error(_("invalid row index at position %d"), ii);
1162                if (i1 > nrow) nrow = i1;
1163            }
1164        }
1165        if (ncol < 0) {
1166            for (int jj = 0; jj < nnz; jj++) {
1167                int j1 = j[jj] + (index1 ? 0 : 1);
1168                if (j1 < 1) error(_("invalid column index at position %d"), jj);
1169                if (j1 > ncol) ncol = j1;
1170            }
1171        }
1172        if (dims != (int*)NULL) {
1173            if (dims[0] > nrow) nrow = dims[0];
1174            if (dims[1] > ncol) ncol = dims[1];
1175        }
1176        /* check the class name */
1177        if (strlen(cls) != 8)
1178            error(_("strlen of cls argument = %d, should be 8"), strlen(cls));
1179        if (!strcmp(cls + 2, "CMatrix"))
1180            error(_("cls = \"%s\" does not end in \"CMatrix\""), cls);
1181        switch(cls[0]) {
1182        case 'd':
1183        case 'l':
1184            xtype = CHOLMOD_REAL;
1185        break;
1186        case 'n':
1187            xtype = CHOLMOD_PATTERN;
1188            break;
1189        default:
1190            error(_("cls = \"%s\" must begin with 'd', 'l' or 'n'"), cls);
1191        }
1192        if (cls[1] != 'g')
1193            error(_("Only 'g'eneral sparse matrix types allowed"));
1194        /* allocate and populate the triplet */
1195        T = cholmod_allocate_triplet((size_t)nrow, (size_t)ncol, (size_t)nnz, 0,
1196                                     xtype, &c);
1197        T->x = x;
1198        tri = (int*)T->i;
1199        trj = (int*)T->j;
1200        for (int ii = 0; ii < nnz; ii++) {
1201            tri[ii] = i[ii] - ((!mi && index1) ? 1 : 0);
1202            trj[ii] = j[ii] - ((!mj && index1) ? 1 : 0);
1203        }
1204        /* create the cholmod_sparse structure */
1205        A = cholmod_triplet_to_sparse(T, nnz, &c);
1206        cholmod_free_triplet(&T, &c);
1207        /* copy the information to the SEXP */
1208        ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS(cls)));
1209    // FIXME: This has been copied from chm_sparse_to_SEXP in  chm_common.c
1210        /* allocate and copy common slots */
1211        nnz = cholmod_nnz(A, &c);
1212        dims = INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_DimSym, INTSXP, 2));
1213        dims[0] = A->nrow; dims[1] = A->ncol;
1214        Memcpy(INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_pSym, INTSXP, A->ncol + 1)), (int*)A->p, A->ncol + 1);
1215        Memcpy(INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_iSym, INTSXP, nnz)), (int*)A->i, nnz);
1216        switch(cls[1]) {
1217        case 'd':
1218            Memcpy(REAL(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_xSym, REALSXP, nnz)), (double*)A->x, nnz);
1219            break;
1220        case 'l':
1221            error(_("code not yet written for cls = \"lgCMatrix\""));
1222        }
1223    /* FIXME: dimnames are *NOT* put there yet (if non-NULL) */
1224        cholmod_free_sparse(&A, &c);
1225        UNPROTECT(1);
1226        return ans;
1227  }  }

Legend:
Removed from v.1657  
changed lines
  Added in v.3072

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business Powered By FusionForge