SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c
ViewVC logotype

Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1059, Wed Nov 23 22:20:13 2005 UTC revision 1598, Fri Sep 29 09:39:34 2006 UTC
# Line 1  Line 1 
1                          /* Sparse matrices in compress column-oriented form */                          /* Sparse matrices in compressed column-oriented form */
2  #include "Csparse.h"  #include "Csparse.h"
3  #include "chm_common.h"  #include "chm_common.h"
4    
5  SEXP Csparse_validate(SEXP x)  SEXP Csparse_validate(SEXP x)
6  {  {
7        /* NB: we do *NOT* check a potential 'x' slot here, at all */
8        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
9      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
10          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
11      int j, ncol = length(pslot) - 1,      int j, k, ncol = length(pslot) - 1,
12          *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),          *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
13          nrow, *xp = INTEGER(pslot),          nrow, sorted, *xp = INTEGER(pslot),
14          *xi = INTEGER(islot);          *xi = INTEGER(islot);
15    
16      nrow = dims[0];      nrow = dims[0];
# Line 17  Line 19 
19      if (xp[0] != 0)      if (xp[0] != 0)
20          return mkString(_("first element of slot p must be zero"));          return mkString(_("first element of slot p must be zero"));
21      if (length(islot) != xp[ncol])      if (length(islot) != xp[ncol])
22          return mkString(_("last element of slot p must match length of slots i and x"));          return
23      for (j = 0; j < ncol; j++) {              mkString(_("last element of slot p must match length of slots i and x"));
         if (xp[j] > xp[j+1])  
             return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));  
     }  
24      for (j = 0; j < length(islot); j++) {      for (j = 0; j < length(islot); j++) {
25          if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)          if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)
26              return mkString(_("all row indices must be between 0 and nrow-1"));              return mkString(_("all row indices must be between 0 and nrow-1"));
27      }      }
28        sorted = TRUE;
29        for (j = 0; j < ncol; j++) {
30            if (xp[j] > xp[j+1])
31                return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));
32            for (k = xp[j] + 1; k < xp[j + 1]; k++)
33                if (xi[k] < xi[k - 1]) sorted = FALSE;
34        }
35        if (!sorted) cholmod_sort(chx, &c);
36        Free(chx);
37      return ScalarLogical(1);      return ScalarLogical(1);
38  }  }
39    
# Line 34  Line 42 
42      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
43      cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);      cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
44    
45      free(chxs);      Free(chxs);
46      return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1);      return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1, Real_kind(x));
47    }
48    
49    SEXP Csparse_to_nz_pattern(SEXP x, SEXP tri)
50    {
51        cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
52        cholmod_sparse
53            *chxcp = cholmod_copy(chxs, chxs->stype, CHOLMOD_PATTERN, &c);
54        int uploT = 0; char *diag = "";
55    
56        Free(chxs);
57        if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
58            uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
59                -1 : 1;
60            diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));
61        }
62        return chm_sparse_to_SEXP(chxcp, 1, uploT, 0, diag,
63                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
64    }
65    
66    SEXP Csparse_to_matrix(SEXP x)
67    {
68        cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
69        cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
70    
71        Free(chxs);
72        return chm_dense_to_matrix(chxd, 1,
73                                   GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
74  }  }
75    
76  SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x)  SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x, SEXP tri)
77  {  {
78      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
79      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);
80        int uploT = 0;
81        char *diag = "";
82        int Rkind = (chxs->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
83    
84        Free(chxs);
85        if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
86            uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;
87            diag = diag_P(x);
88        }
89        return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1, uploT, Rkind, diag,
90                                   GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
91    }
92    
93    /* this used to be called  sCMatrix_to_gCMatrix(..)   [in ./dsCMatrix.c ]: */
94    SEXP Csparse_symmetric_to_general(SEXP x)
95    {
96        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;
97        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
98    
99        if (!(chx->stype))
100            error(_("Nonsymmetric matrix in Csparse_symmetric_to_general"));
101        chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ 0, chx->xtype, &c);
102        /* xtype: pattern, "real", complex or .. */
103        Free(chx);
104        return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "",
105                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
106    }
107    
108      free(chxs);  #ifdef _not_yet_FIXME_
109      return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1);  /* MM: This would seem useful; e.g. lsC* can hardly be coerced to ! */
110    SEXP Csparse_general_to_symmetric(SEXP x,
111                                      int stype)/*-1 : "L", +1 : "U" */
112    {
113        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;
114        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
115    
116        chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ stype, chx->xtype, &c);
117        /* xtype: pattern, "real", complex or .. */
118        Free(chx);
119        return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "",
120                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
121  }  }
122    
123  SEXP Csparse_transpose(SEXP x)  #endif
124    
125    SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)
126  {  {
127      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
128        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
129      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);
130        SEXP dn = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))), tmp;
131        int uploT = 0; char *diag = "";
132    
133      free(chx);      Free(chx);
134      return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1);      tmp = VECTOR_ELT(dn, 0);    /* swap the dimnames */
135        SET_VECTOR_ELT(dn, 0, VECTOR_ELT(dn, 1));
136        SET_VECTOR_ELT(dn, 1, tmp);
137        UNPROTECT(1);
138        if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
139            uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;
140            diag = diag_P(x);
141        }
142        return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, uploT, Rkind, diag, dn);
143  }  }
144    
145  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)
# Line 61  Line 147 
147      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),
148          *chb = as_cholmod_sparse(b);          *chb = as_cholmod_sparse(b);
149      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);
150        SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
151    
152      free(cha); free(chb);      Free(cha); Free(chb);
153      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1);      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
154                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));
155        SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
156                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));
157        return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, 0, "", dn);
158  }  }
159    
160  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)
161  {  {
162      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
163      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b)));
164      cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol,      cholmod_dense *chc =
165                                                  cha->nrow, chb->xtype, &c);          cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol, cha->nrow, chb->xtype, &c);
166      double alpha = 1, beta = 0;      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
167    
168      cholmod_sdmult(cha, 0, &alpha, &beta, chb, chc, &c);      cholmod_sdmult(cha, 0, alpha, beta, chb, chc, &c);
169      free(cha); free(chb);      Free(cha); Free(chb);
170      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);      UNPROTECT(1);
171        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0);
172    }
173    
174    SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)
175    {
176        cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
177        cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b)));
178        cholmod_dense *chc =
179            cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol, cha->ncol, chb->xtype, &c);
180        double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
181    
182        cholmod_sdmult(cha, 1, alpha, beta, chb, chc, &c);
183        Free(cha); Free(chb);
184        UNPROTECT(1);
185        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0);
186  }  }
187    
188  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)
# Line 88  Line 194 
194      cholmod_sparse *chcp, *chxt,      cholmod_sparse *chcp, *chxt,
195          *chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)          *chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)
196          : as_cholmod_sparse(x);          : as_cholmod_sparse(x);
197        SEXP dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));
198    
199      if (!tr)      if (!tr)
200          chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);          chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);
201      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);
202      if(!chcp)      if(!chcp)
203          error("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()");          error("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()");
204        cholmod_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);
205        chcp->stype = 1;
206      if (trip) {      if (trip) {
207          cholmod_free_sparse(&chx, &c);          cholmod_free_sparse(&chx, &c);
208          free(cht);          Free(cht);
209      } else {      } else {
210          free(chx);          Free(chx);
211      }      }
212      if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);      if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);
213      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1);                                  /* create dimnames */
214        SET_VECTOR_ELT(dn, 0,
215                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym),
216                                            (tr) ? 1 : 0)));
217        SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));
218        UNPROTECT(1);
219        return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, 0, "", dn);
220    }
221    
222    SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)
223    {
224        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
225            *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
226        int Rkind = 0; /* only for "d" - FIXME */
227    
228        ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);
229        Free(chx); Free(chy);
230        /* FIXME: currently drops dimnames */
231        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
232    }
233    
234    SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)
235    {
236        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
237            *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
238        int Rkind = 0; /* only for "d" - FIXME */
239    
240        ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);
241        Free(chx); Free(chy);
242        /* FIXME: currently drops dimnames */
243        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
244  }  }
245    
246    SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)
247    {
248        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *ans;
249        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
250    
251        ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);
252        Free(chx);
253        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
254    }
255    
256    SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)
257    {
258        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
259        cholmod_sparse *eye = cholmod_speye(chx->nrow, chx->ncol, chx->xtype, &c);
260        double one[] = {1, 0};
261        cholmod_sparse *ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);
262        int uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
263            -1 : 1;
264        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
265    
266        Free(chx); cholmod_free_sparse(&eye, &c);
267        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, Rkind, "N",
268                                  duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));
269    }
270    
271    SEXP Csparse_submatrix(SEXP x, SEXP i, SEXP j)
272    {
273        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
274        int rsize = (isNull(i)) ? -1 : LENGTH(i),
275            csize = (isNull(j)) ? -1 : LENGTH(j);
276        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
277    
278        if (rsize >= 0 && !isInteger(i))
279            error(_("Index i must be NULL or integer"));
280        if (csize >= 0 && !isInteger(j))
281            error(_("Index j must be NULL or integer"));
282        return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx, INTEGER(i), rsize,
283                                                    INTEGER(j), csize,
284                                                    TRUE, TRUE, &c),
285                                  1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
286    }

Legend:
Removed from v.1059  
changed lines
  Added in v.1598

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business University of Wisconsin - Madison Powered By FusionForge