SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c
ViewVC logotype

Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1568, Sat Sep 16 15:17:27 2006 UTC revision 1867, Mon Jun 4 17:13:02 2007 UTC
# Line 4  Line 4 
4    
5  SEXP Csparse_validate(SEXP x)  SEXP Csparse_validate(SEXP x)
6  {  {
7      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      /* NB: we do *NOT* check a potential 'x' slot here, at all */
8      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
9          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
10      int j, k, ncol = length(pslot) - 1,      int j, k, sorted,
11          *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),          *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
12          nrow, sorted, *xp = INTEGER(pslot),          nrow = dims[0],
13            ncol = dims[1],
14            *xp = INTEGER(pslot),
15          *xi = INTEGER(islot);          *xi = INTEGER(islot);
16    
17      nrow = dims[0];      if (length(pslot) != dims[1] + 1)
18      if (length(pslot) <= 0)          return mkString(_("slot p must have length = ncol(.) + 1"));
         return mkString(_("slot p must have length > 0"));  
19      if (xp[0] != 0)      if (xp[0] != 0)
20          return mkString(_("first element of slot p must be zero"));          return mkString(_("first element of slot p must be zero"));
21      if (length(islot) != xp[ncol])      if (length(islot) != xp[ncol])
# Line 31  Line 32 
32          for (k = xp[j] + 1; k < xp[j + 1]; k++)          for (k = xp[j] + 1; k < xp[j + 1]; k++)
33              if (xi[k] < xi[k - 1]) sorted = FALSE;              if (xi[k] < xi[k - 1]) sorted = FALSE;
34      }      }
35      if (!sorted) cholmod_sort(chx, &c);      if (!sorted) {
36            cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
37            cholmod_sort(chx, &c);
38      Free(chx);      Free(chx);
39        }
40      return ScalarLogical(1);      return ScalarLogical(1);
41  }  }
42    
43    /* Called from ../R/Csparse.R : */
44    /* Can only return [dln]geMatrix (no symm/triang);
45     * FIXME: replace by non-CHOLMOD code ! */
46  SEXP Csparse_to_dense(SEXP x)  SEXP Csparse_to_dense(SEXP x)
47  {  {
48      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
49        /* This loses the symmetry property, since cholmod_dense has none,
50         * BUT, much worse (FIXME!), it also transforms CHOLMOD_PATTERN ("n") matrices
51         * to numeric (CHOLMOD_REAL) ones : */
52      cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);      cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
53        int Rkind = (chxs->xtype == CHOLMOD_PATTERN)? -1 : Real_kind(x);
54    
55      Free(chxs);      Free(chxs);
56      return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1, Real_kind(x));      return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1, Rkind, GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
57  }  }
58    
59  SEXP Csparse_to_nz_pattern(SEXP x, SEXP tri)  SEXP Csparse_to_nz_pattern(SEXP x, SEXP tri)
# Line 50  Line 61 
61      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
62      cholmod_sparse      cholmod_sparse
63          *chxcp = cholmod_copy(chxs, chxs->stype, CHOLMOD_PATTERN, &c);          *chxcp = cholmod_copy(chxs, chxs->stype, CHOLMOD_PATTERN, &c);
64      int uploT = 0; char *diag = "";      int tr = asLogical(tri);
65    
66      Free(chxs);      Free(chxs);
67      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */      return chm_sparse_to_SEXP(chxcp, 1,
68          uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?                                tr ? ((*uplo_P(x) == 'U') ? 1 : -1) : 0,
69              -1 : 1;                                0, tr ? diag_P(x) : "",
         diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));  
     }  
     return chm_sparse_to_SEXP(chxcp, 1, uploT, 0, diag,  
70                                GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));                                GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
71  }  }
72    
# Line 76  Line 84 
84  {  {
85      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
86      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);
87      int uploT = 0;      int tr = asLogical(tri);
88      char *diag = "";      int Rkind = (chxs->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
     int Rkind = (chxs->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;  
89    
90      Free(chxs);      Free(chxs);
91      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */      return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1,
92          uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;                                 tr ? ((*uplo_P(x) == 'U') ? 1 : -1) : 0,
93          diag = diag_P(x);                                 Rkind, tr ? diag_P(x) : "",
     }  
     return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1, uploT, Rkind, diag,  
94                                 GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));                                 GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
95  }  }
96    
# Line 93  Line 98 
98  SEXP Csparse_symmetric_to_general(SEXP x)  SEXP Csparse_symmetric_to_general(SEXP x)
99  {  {
100      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;
101      int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;      int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
102    
103      if (!(chx->stype))      if (!(chx->stype))
104          error(_("Nonsymmetric matrix in Csparse_symmetric_to_general"));          error(_("Nonsymmetric matrix in Csparse_symmetric_to_general"));
# Line 104  Line 109 
109                                GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));                                GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
110  }  }
111    
112    SEXP Csparse_general_to_symmetric(SEXP x, SEXP uplo)
113    {
114        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;
115        int uploT = (*CHAR(asChar(uplo)) == 'U') ? 1 : -1;
116        int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
117    
118        chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ uploT, chx->xtype, &c);
119        /* xtype: pattern, "real", complex or .. */
120        Free(chx);
121        return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "",
122                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
123    }
124    
125  SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)  SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)
126  {  {
127      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
128      int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;      int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
129      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);
130      SEXP dn = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))), tmp;      SEXP dn = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))), tmp;
131      int uploT = 0; char *diag = "";      int tr = asLogical(tri);
132    
133      Free(chx);      Free(chx);
134      tmp = VECTOR_ELT(dn, 0);    /* swap the dimnames */      tmp = VECTOR_ELT(dn, 0);    /* swap the dimnames */
135      SET_VECTOR_ELT(dn, 0, VECTOR_ELT(dn, 1));      SET_VECTOR_ELT(dn, 0, VECTOR_ELT(dn, 1));
136      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, tmp);      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, tmp);
137      UNPROTECT(1);      UNPROTECT(1);
138      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */      return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, /* SWAP 'uplo' for triangular */
139          uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;                                tr ? ((*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1) : 0,
140          diag = diag_P(x);                                Rkind, tr ? diag_P(x) : "", dn);
     }  
     return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, uploT, Rkind, diag, dn);  
141  }  }
142    
143  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)
144  {  {
145      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),      cholmod_sparse
146            *cha = as_cholmod_sparse(a),
147          *chb = as_cholmod_sparse(b);          *chb = as_cholmod_sparse(b);
148      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);
149      SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);      SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
# Line 139  Line 156 
156      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, 0, "", dn);      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, 0, "", dn);
157  }  }
158    
159    SEXP Csparse_Csparse_crossprod(SEXP a, SEXP b, SEXP trans)
160    {
161        int tr = asLogical(trans);
162        cholmod_sparse
163            *cha = as_cholmod_sparse(a),
164            *chb = as_cholmod_sparse(b);
165        cholmod_sparse *chTr, *chc;
166        SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
167    
168    /*     cholmod_sparse *chTr = cholmod_transpose(cha, 1, &c); */
169    /*     cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(chTr, chb, 0, cha->xtype, 1, &c); */
170    
171        if (tr)
172            chTr = cholmod_transpose(chb, chb->xtype, &c);
173        else
174            chTr = cholmod_transpose(cha, cha->xtype, &c);
175        chc = cholmod_ssmult((tr) ? cha : chTr, (tr) ? chTr : chb,
176                             0, cha->xtype, 1, &c);
177    
178        Free(cha); Free(chb); cholmod_free_sparse(&chTr, &c);
179    
180        SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
181                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), (tr) ? 0 : 1)));
182        SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
183                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), (tr) ? 0 : 1)));
184        return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, 0, "", dn);
185    }
186    
187  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)
188  {  {
189      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
190      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b)));      SEXP b_M = PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b));
191        cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b_M);
192      cholmod_dense *chc =      cholmod_dense *chc =
193          cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol, cha->nrow, chb->xtype, &c);          cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol, cha->nrow, chb->xtype, &c);
194        SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
195      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
196    
197      cholmod_sdmult(cha, 0, alpha, beta, chb, chc, &c);      cholmod_sdmult(cha, 0, alpha, beta, chb, chc, &c);
198      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
199      UNPROTECT(1);      UNPROTECT(1);
200      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0);      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
201                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));
202        SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
203                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b_M, Matrix_DimNamesSym), 1)));
204        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0, dn);
205  }  }
206    
207  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)
208  {  {
209      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
210      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b)));      SEXP b_M = PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b));
211        cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b_M);
212      cholmod_dense *chc =      cholmod_dense *chc =
213          cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol, cha->ncol, chb->xtype, &c);          cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol, cha->ncol, chb->xtype, &c);
214        SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
215      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
216    
217      cholmod_sdmult(cha, 1, alpha, beta, chb, chc, &c);      cholmod_sdmult(cha, 1, alpha, beta, chb, chc, &c);
218      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
219      UNPROTECT(1);      UNPROTECT(1);
220      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0);      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
221                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 1)));
222        SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
223                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b_M, Matrix_DimNamesSym), 1)));
224        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0, dn);
225  }  }
226    
227    /* Computes   x'x  or  x x'  -- see Csparse_Csparse_crossprod above for  x'y and x y' */
228  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)
229  {  {
230      int trip = asLogical(triplet),      int trip = asLogical(triplet),
# Line 182  Line 240 
240          chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);          chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);
241      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);
242      if(!chcp)      if(!chcp)
243          error("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()");          error(_("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()"));
244      cholmod_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);      cholmod_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);
245      chcp->stype = 1;      chcp->stype = 1;
246      if (trip) {      if (trip) {
# Line 195  Line 253 
253                                  /* create dimnames */                                  /* create dimnames */
254      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,
255                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym),                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym),
256                                          (tr) ? 1 : 0)));                                          (tr) ? 0 : 1)));
257      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));
258      UNPROTECT(1);      UNPROTECT(1);
259      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, 0, "", dn);      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, 0, "", dn);
260  }  }
261    
262    SEXP Csparse_drop(SEXP x, SEXP tol)
263    {
264        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
265            *ans = cholmod_copy(chx, chx->stype, chx->xtype, &c);
266        double dtol = asReal(tol);
267        int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
268    
269        if(!cholmod_drop(dtol, ans, &c))
270            error(_("cholmod_drop() failed"));
271        Free(chx);
272        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "",
273                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
274    }
275    
276    
277  SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)  SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)
278  {  {
279      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
# Line 228  Line 301 
301  SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)  SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)
302  {  {
303      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *ans;      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *ans;
304      int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;      int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
305    
306      ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);      ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);
307      Free(chx);      Free(chx);
308      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "",
309                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
310  }  }
311    
312  SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)  SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)
313  {  {
314        if (*diag_P(x) != 'U') {/* "trivially fast" when there's no 'diag' slot at all */
315            return (x);
316        }
317        else {
318      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
319      cholmod_sparse *eye = cholmod_speye(chx->nrow, chx->ncol, chx->xtype, &c);      cholmod_sparse *eye = cholmod_speye(chx->nrow, chx->ncol, chx->xtype, &c);
320      double one[] = {1, 0};      double one[] = {1, 0};
321      cholmod_sparse *ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);      cholmod_sparse *ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);
322      int uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?          int uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? 1 : -1;
323          -1 : 1;          int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
     int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;  
324    
325      Free(chx); cholmod_free_sparse(&eye, &c);      Free(chx); cholmod_free_sparse(&eye, &c);
326      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, Rkind, "N",      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, Rkind, "N",
327                                duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));                                    GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
328        }
329  }  }
330    
331  SEXP Csparse_submatrix(SEXP x, SEXP i, SEXP j)  SEXP Csparse_submatrix(SEXP x, SEXP i, SEXP j)
# Line 255  Line 333 
333      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
334      int rsize = (isNull(i)) ? -1 : LENGTH(i),      int rsize = (isNull(i)) ? -1 : LENGTH(i),
335          csize = (isNull(j)) ? -1 : LENGTH(j);          csize = (isNull(j)) ? -1 : LENGTH(j);
336      int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;      int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
337    
338      if (rsize >= 0 && !isInteger(i))      if (rsize >= 0 && !isInteger(i))
339          error(_("Index i must be NULL or integer"));          error(_("Index i must be NULL or integer"));
340      if (csize >= 0 && !isInteger(j))      if (csize >= 0 && !isInteger(j))
341          error(_("Index j must be NULL or integer"));          error(_("Index j must be NULL or integer"));
342    
343      return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx, INTEGER(i), rsize,      return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx, INTEGER(i), rsize,
344                                                  INTEGER(j), csize,                                                  INTEGER(j), csize,
345                                                  TRUE, TRUE, &c),                                                  TRUE, TRUE, &c),
346                                1, 0, Rkind, "", R_NilValue);                                1, 0, Rkind, "",
347                                  /* FIXME: drops dimnames */ R_NilValue);
348  }  }

Legend:
Removed from v.1568  
changed lines
  Added in v.1867

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business University of Wisconsin - Madison Powered By FusionForge