SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c
ViewVC logotype

Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1568, Sat Sep 16 15:17:27 2006 UTC revision 1710, Tue Dec 26 15:57:06 2006 UTC
# Line 4  Line 4 
4    
5  SEXP Csparse_validate(SEXP x)  SEXP Csparse_validate(SEXP x)
6  {  {
7      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      /* NB: we do *NOT* check a potential 'x' slot here, at all */
8      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
9          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
10      int j, k, ncol = length(pslot) - 1,      int j, k, sorted,
11          *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),          *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
12          nrow, sorted, *xp = INTEGER(pslot),          nrow = dims[0],
13            ncol = dims[1],
14            *xp = INTEGER(pslot),
15          *xi = INTEGER(islot);          *xi = INTEGER(islot);
16    
17      nrow = dims[0];      if (length(pslot) != dims[1] + 1)
18      if (length(pslot) <= 0)          return mkString(_("slot p must have length = ncol(.) + 1"));
         return mkString(_("slot p must have length > 0"));  
19      if (xp[0] != 0)      if (xp[0] != 0)
20          return mkString(_("first element of slot p must be zero"));          return mkString(_("first element of slot p must be zero"));
21      if (length(islot) != xp[ncol])      if (length(islot) != xp[ncol])
# Line 31  Line 32 
32          for (k = xp[j] + 1; k < xp[j + 1]; k++)          for (k = xp[j] + 1; k < xp[j + 1]; k++)
33              if (xi[k] < xi[k - 1]) sorted = FALSE;              if (xi[k] < xi[k - 1]) sorted = FALSE;
34      }      }
35      if (!sorted) cholmod_sort(chx, &c);      if (!sorted) {
36            cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
37            cholmod_sort(chx, &c);
38      Free(chx);      Free(chx);
39        }
40      return ScalarLogical(1);      return ScalarLogical(1);
41  }  }
42    
# Line 42  Line 46 
46      cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);      cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
47    
48      Free(chxs);      Free(chxs);
49      return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1, Real_kind(x));      return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1, Real_kind(x),
50                                 GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
51  }  }
52    
53  SEXP Csparse_to_nz_pattern(SEXP x, SEXP tri)  SEXP Csparse_to_nz_pattern(SEXP x, SEXP tri)
# Line 54  Line 59 
59    
60      Free(chxs);      Free(chxs);
61      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
62          uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?          uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? 1 : -1;
             -1 : 1;  
63          diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));          diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));
64      }      }
65      return chm_sparse_to_SEXP(chxcp, 1, uploT, 0, diag,      return chm_sparse_to_SEXP(chxcp, 1, uploT, 0, diag,
# Line 82  Line 86 
86    
87      Free(chxs);      Free(chxs);
88      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
89          uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;          uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? 1 : -1;
90          diag = diag_P(x);          diag = diag_P(x);
91      }      }
92      return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1, uploT, Rkind, diag,      return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1, uploT, Rkind, diag,
# Line 104  Line 108 
108                                GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));                                GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
109  }  }
110    
111    SEXP Csparse_general_to_symmetric(SEXP x, SEXP uplo)
112    {
113        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;
114        int uploT = (*CHAR(asChar(uplo)) == 'U') ? 1 : -1;
115        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
116    
117        chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ uploT, chx->xtype, &c);
118        /* xtype: pattern, "real", complex or .. */
119        Free(chx);
120        return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "",
121                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
122    }
123    
124  SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)  SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)
125  {  {
126      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
# Line 117  Line 134 
134      SET_VECTOR_ELT(dn, 0, VECTOR_ELT(dn, 1));      SET_VECTOR_ELT(dn, 0, VECTOR_ELT(dn, 1));
135      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, tmp);      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, tmp);
136      UNPROTECT(1);      UNPROTECT(1);
137      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */      if (asLogical(tri)) { /* triangular sparse matrices : SWAP 'uplo' */
138          uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;          uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;
139          diag = diag_P(x);          diag = diag_P(x);
140      }      }
# Line 126  Line 143 
143    
144  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)
145  {  {
146      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),      cholmod_sparse
147            *cha = as_cholmod_sparse(a),
148          *chb = as_cholmod_sparse(b);          *chb = as_cholmod_sparse(b);
149      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);
150      SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);      SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
# Line 139  Line 157 
157      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, 0, "", dn);      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, 0, "", dn);
158  }  }
159    
160    SEXP Csparse_Csparse_crossprod(SEXP a, SEXP b, SEXP trans)
161    {
162        int tr = asLogical(trans);
163        cholmod_sparse
164            *cha = as_cholmod_sparse(a),
165            *chb = as_cholmod_sparse(b);
166        cholmod_sparse *chTr, *chc;
167        SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
168    
169    /*     cholmod_sparse *chTr = cholmod_transpose(cha, 1, &c); */
170    /*     cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(chTr, chb, 0, cha->xtype, 1, &c); */
171    
172        if (tr)
173            chTr = cholmod_transpose(chb, chb->xtype, &c);
174        else
175            chTr = cholmod_transpose(cha, cha->xtype, &c);
176        chc = cholmod_ssmult((tr) ? cha : chTr, (tr) ? chTr : chb,
177                             0, cha->xtype, 1, &c);
178    
179        Free(cha); Free(chb); cholmod_free_sparse(&chTr, &c);
180    
181        SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
182                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), (tr) ? 0 : 1)));
183        SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
184                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), (tr) ? 0 : 1)));
185        return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, 0, "", dn);
186    }
187    
188  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)
189  {  {
190      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
191      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b)));      SEXP b_M = PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b));
192        cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b_M);
193      cholmod_dense *chc =      cholmod_dense *chc =
194          cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol, cha->nrow, chb->xtype, &c);          cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol, cha->nrow, chb->xtype, &c);
195        SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
196      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
197    
198      cholmod_sdmult(cha, 0, alpha, beta, chb, chc, &c);      cholmod_sdmult(cha, 0, alpha, beta, chb, chc, &c);
199      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
200      UNPROTECT(1);      UNPROTECT(1);
201      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0);      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
202                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));
203        SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
204                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b_M, Matrix_DimNamesSym), 1)));
205        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0, dn);
206  }  }
207    
208  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)
209  {  {
210      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
211      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b)));      SEXP b_M = PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b));
212        cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b_M);
213      cholmod_dense *chc =      cholmod_dense *chc =
214          cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol, cha->ncol, chb->xtype, &c);          cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol, cha->ncol, chb->xtype, &c);
215        SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
216      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
217    
218      cholmod_sdmult(cha, 1, alpha, beta, chb, chc, &c);      cholmod_sdmult(cha, 1, alpha, beta, chb, chc, &c);
219      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
220      UNPROTECT(1);      UNPROTECT(1);
221      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0);      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
222                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 1)));
223        SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
224                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b_M, Matrix_DimNamesSym), 1)));
225        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0, dn);
226  }  }
227    
228    /* Computes   x'x  or  x x'  -- see Csparse_Csparse_crossprod above for  x'y and x y' */
229  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)
230  {  {
231      int trip = asLogical(triplet),      int trip = asLogical(triplet),
# Line 182  Line 241 
241          chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);          chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);
242      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);
243      if(!chcp)      if(!chcp)
244          error("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()");          error(_("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()"));
245      cholmod_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);      cholmod_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);
246      chcp->stype = 1;      chcp->stype = 1;
247      if (trip) {      if (trip) {
# Line 195  Line 254 
254                                  /* create dimnames */                                  /* create dimnames */
255      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,
256                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym),                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym),
257                                          (tr) ? 1 : 0)));                                          (tr) ? 0 : 1)));
258      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));
259      UNPROTECT(1);      UNPROTECT(1);
260      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, 0, "", dn);      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, 0, "", dn);
261  }  }
262    
263    SEXP Csparse_drop(SEXP x, SEXP tol)
264    {
265        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
266            *ans = cholmod_copy(chx, chx->stype, chx->xtype, &c);
267        double dtol = asReal(tol);
268        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
269    
270        if(!cholmod_drop(dtol, ans, &c))
271            error(_("cholmod_drop() failed"));
272        Free(chx);
273        /* FIXME: currently drops dimnames */
274        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
275    }
276    
277    
278  SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)  SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)
279  {  {
280      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
# Line 237  Line 311 
311    
312  SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)  SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)
313  {  {
314        if (*diag_P(x) != 'U') {/* "trivially fast" when there's no 'diag' slot at all */
315            return (x);
316        }
317        else {
318      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
319      cholmod_sparse *eye = cholmod_speye(chx->nrow, chx->ncol, chx->xtype, &c);      cholmod_sparse *eye = cholmod_speye(chx->nrow, chx->ncol, chx->xtype, &c);
320      double one[] = {1, 0};      double one[] = {1, 0};
321      cholmod_sparse *ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);      cholmod_sparse *ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);
322      int uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?          int uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? 1 : -1;
         -1 : 1;  
323      int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;      int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
324    
325      Free(chx); cholmod_free_sparse(&eye, &c);      Free(chx); cholmod_free_sparse(&eye, &c);
326      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, Rkind, "N",      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, Rkind, "N",
327                                duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));                                duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));
328  }  }
329    }
330    
331  SEXP Csparse_submatrix(SEXP x, SEXP i, SEXP j)  SEXP Csparse_submatrix(SEXP x, SEXP i, SEXP j)
332  {  {

Legend:
Removed from v.1568  
changed lines
  Added in v.1710

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business Powered By FusionForge