SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c
ViewVC logotype

Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1568, Sat Sep 16 15:17:27 2006 UTC revision 1660, Thu Nov 2 11:05:35 2006 UTC
# Line 4  Line 4 
4    
5  SEXP Csparse_validate(SEXP x)  SEXP Csparse_validate(SEXP x)
6  {  {
7      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      /* NB: we do *NOT* check a potential 'x' slot here, at all */
8      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
9          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
10      int j, k, ncol = length(pslot) - 1,      int j, k, sorted,
11          *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),          *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
12          nrow, sorted, *xp = INTEGER(pslot),          nrow = dims[0],
13            ncol = dims[1],
14            *xp = INTEGER(pslot),
15          *xi = INTEGER(islot);          *xi = INTEGER(islot);
16    
17      nrow = dims[0];      if (length(pslot) != dims[1] + 1)
18      if (length(pslot) <= 0)          return mkString(_("slot p must have length = ncol(.) + 1"));
         return mkString(_("slot p must have length > 0"));  
19      if (xp[0] != 0)      if (xp[0] != 0)
20          return mkString(_("first element of slot p must be zero"));          return mkString(_("first element of slot p must be zero"));
21      if (length(islot) != xp[ncol])      if (length(islot) != xp[ncol])
# Line 31  Line 32 
32          for (k = xp[j] + 1; k < xp[j + 1]; k++)          for (k = xp[j] + 1; k < xp[j + 1]; k++)
33              if (xi[k] < xi[k - 1]) sorted = FALSE;              if (xi[k] < xi[k - 1]) sorted = FALSE;
34      }      }
35      if (!sorted) cholmod_sort(chx, &c);      if (!sorted) {
36            cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
37            cholmod_sort(chx, &c);
38      Free(chx);      Free(chx);
39        }
40      return ScalarLogical(1);      return ScalarLogical(1);
41  }  }
42    
# Line 42  Line 46 
46      cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);      cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
47    
48      Free(chxs);      Free(chxs);
49      return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1, Real_kind(x));      return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1, Real_kind(x),
50                                 GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
51  }  }
52    
53  SEXP Csparse_to_nz_pattern(SEXP x, SEXP tri)  SEXP Csparse_to_nz_pattern(SEXP x, SEXP tri)
# Line 104  Line 109 
109                                GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));                                GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
110  }  }
111    
112    SEXP Csparse_general_to_symmetric(SEXP x, SEXP uplo)
113    {
114        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;
115        int uploT = (*CHAR(asChar(uplo)) == 'U') ? -1 : 1;
116        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
117    
118        chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ uploT, chx->xtype, &c);
119        /* xtype: pattern, "real", complex or .. */
120        Free(chx);
121        return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "",
122                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
123    }
124    
125  SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)  SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)
126  {  {
127      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
# Line 126  Line 144 
144    
145  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)
146  {  {
147      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),      cholmod_sparse
148            *cha = as_cholmod_sparse(a),
149          *chb = as_cholmod_sparse(b);          *chb = as_cholmod_sparse(b);
150      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);
151      SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);      SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
# Line 139  Line 158 
158      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, 0, "", dn);      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, 0, "", dn);
159  }  }
160    
161    SEXP Csparse_Csparse_crossprod(SEXP a, SEXP b, SEXP trans)
162    {
163        int tr = asLogical(trans);
164        cholmod_sparse
165            *cha = as_cholmod_sparse(a),
166            *chb = as_cholmod_sparse(b);
167        cholmod_sparse *chTr, *chc;
168        SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
169    
170    /*     cholmod_sparse *chTr = cholmod_transpose(cha, 1, &c); */
171    /*     cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(chTr, chb, 0, cha->xtype, 1, &c); */
172    
173        if (tr)
174            chTr = cholmod_transpose(chb, chb->xtype, &c);
175        else
176            chTr = cholmod_transpose(cha, cha->xtype, &c);
177        chc = cholmod_ssmult((tr) ? cha : chTr, (tr) ? chTr : chb,
178                             0, cha->xtype, 1, &c);
179    
180        Free(cha); Free(chb); cholmod_free_sparse(&chTr, &c);
181    
182        SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
183                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), (tr) ? 0 : 1)));
184        SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
185                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), (tr) ? 0 : 1)));
186        return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, 0, "", dn);
187    }
188    
189  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)
190  {  {
191      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
192      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b)));      SEXP b_M = PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b));
193        cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b_M);
194      cholmod_dense *chc =      cholmod_dense *chc =
195          cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol, cha->nrow, chb->xtype, &c);          cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol, cha->nrow, chb->xtype, &c);
196        SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
197      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
198    
199      cholmod_sdmult(cha, 0, alpha, beta, chb, chc, &c);      cholmod_sdmult(cha, 0, alpha, beta, chb, chc, &c);
200      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
201      UNPROTECT(1);      UNPROTECT(1);
202      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0);      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
203                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));
204        SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
205                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b_M, Matrix_DimNamesSym), 1)));
206        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0, dn);
207  }  }
208    
209  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)
210  {  {
211      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
212      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b)));      SEXP b_M = PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b));
213        cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b_M);
214      cholmod_dense *chc =      cholmod_dense *chc =
215          cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol, cha->ncol, chb->xtype, &c);          cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol, cha->ncol, chb->xtype, &c);
216        SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
217      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
218    
219      cholmod_sdmult(cha, 1, alpha, beta, chb, chc, &c);      cholmod_sdmult(cha, 1, alpha, beta, chb, chc, &c);
220      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
221      UNPROTECT(1);      UNPROTECT(1);
222      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0);      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
223                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 1)));
224        SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
225                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b_M, Matrix_DimNamesSym), 1)));
226        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0, dn);
227  }  }
228    
229    /* Computes   x'x  or  x x'  -- see Csparse_Csparse_crossprod above for  x'y and x y' */
230  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)
231  {  {
232      int trip = asLogical(triplet),      int trip = asLogical(triplet),
# Line 182  Line 242 
242          chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);          chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);
243      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);
244      if(!chcp)      if(!chcp)
245          error("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()");          error(_("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()"));
246      cholmod_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);      cholmod_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);
247      chcp->stype = 1;      chcp->stype = 1;
248      if (trip) {      if (trip) {
# Line 195  Line 255 
255                                  /* create dimnames */                                  /* create dimnames */
256      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,
257                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym),                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym),
258                                          (tr) ? 1 : 0)));                                          (tr) ? 0 : 1)));
259      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));
260      UNPROTECT(1);      UNPROTECT(1);
261      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, 0, "", dn);      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, 0, "", dn);
262  }  }
263    
264    SEXP Csparse_drop(SEXP x, SEXP tol)
265    {
266        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
267            *ans = cholmod_copy(chx, chx->stype, chx->xtype, &c);
268        double dtol = asReal(tol);
269        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
270    
271        if(!cholmod_drop(dtol, ans, &c))
272            error(_("cholmod_drop() failed"));
273        Free(chx);
274        /* FIXME: currently drops dimnames */
275        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
276    }
277    
278    
279  SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)  SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)
280  {  {
281      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),

Legend:
Removed from v.1568  
changed lines
  Added in v.1660

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business Powered By FusionForge