SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c
ViewVC logotype

Diff of /pkg/Matrix/src/Csparse.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1265, Mon May 15 22:36:59 2006 UTC revision 1548, Mon Sep 11 22:13:07 2006 UTC
# Line 35  Line 35 
35      cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);      cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
36    
37      Free(chxs);      Free(chxs);
38      return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1);      return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1, Real_kind(x));
39  }  }
40    
41  SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x)  SEXP Csparse_to_nz_pattern(SEXP x, SEXP tri)
42    {
43        cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
44        cholmod_sparse
45            *chxcp = cholmod_copy(chxs, chxs->stype, CHOLMOD_PATTERN, &c);
46        int uploT = 0; char *diag = "";
47    
48        Free(chxs);
49        if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
50            uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
51                -1 : 1;
52            diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));
53        }
54        return chm_sparse_to_SEXP(chxcp, 1, uploT, 0, diag,
55                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
56    }
57    
58    SEXP Csparse_to_matrix(SEXP x)
59    {
60        cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
61        cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
62    
63        Free(chxs);
64        return chm_dense_to_matrix(chxd, 1,
65                                   GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
66    }
67    
68    SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x, SEXP tri)
69  {  {
70      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
71      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);
72        int uploT = 0;
73        char *diag = "";
74        int Rkind = (chxs->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
75    
76      Free(chxs);      Free(chxs);
77      return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1);      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
78            uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;
79            diag = diag_P(x);
80        }
81        return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1, uploT, Rkind, diag,
82                                   GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
83  }  }
84    
85  SEXP Csparse_transpose(SEXP x)  /* this used to be called  sCMatrix_to_gCMatrix(..)   [in ./dsCMatrix.c ]: */
86    SEXP Csparse_symmetric_to_general(SEXP x)
87    {
88        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;
89        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
90    
91        if (!(chx->stype))
92            error(_("Nonsymmetric matrix in Csparse_symmetric_to_general"));
93        chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ 0, chx->xtype, &c);
94        /* xtype: pattern, "real", complex or .. */
95        Free(chx);
96        return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "",
97                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
98    }
99    
100    SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)
101  {  {
102      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
103      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);
104        SEXP dn = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))), tmp;
105        int uploT = 0; char *diag = "";
106        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
107    
108      Free(chx);      Free(chx);
109      return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1);      tmp = VECTOR_ELT(dn, 0);    /* swap the dimnames */
110        SET_VECTOR_ELT(dn, 0, VECTOR_ELT(dn, 1));
111        SET_VECTOR_ELT(dn, 1, tmp);
112        UNPROTECT(1);
113        if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
114            uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;
115            diag = diag_P(x);
116        }
117        return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, uploT, Rkind, diag, dn);
118  }  }
119    
120  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)
# Line 61  Line 122 
122      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),
123          *chb = as_cholmod_sparse(b);          *chb = as_cholmod_sparse(b);
124      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);
125        SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
126    
127      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
128      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1);      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
129                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));
130        SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
131                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));
132        return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, 0, "", dn);
133  }  }
134    
135  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)
136  {  {
137      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
138      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b)));
139      cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol,      cholmod_dense *chc =
140                                                  cha->nrow, chb->xtype, &c);          cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol, cha->nrow, chb->xtype, &c);
141      double alpha = 1, beta = 0;      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
142    
143      cholmod_sdmult(cha, 0, &alpha, &beta, chb, chc, &c);      cholmod_sdmult(cha, 0, alpha, beta, chb, chc, &c);
144      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
145      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);      UNPROTECT(1);
146        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0);
147  }  }
148    
149  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)
150  {  {
151      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
152      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b)));
153      cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol,      cholmod_dense *chc =
154                                                  cha->ncol, chb->xtype, &c);          cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol, cha->ncol, chb->xtype, &c);
155      double alpha = 1, beta = 0;      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
156    
157      cholmod_sdmult(cha, 1, &alpha, &beta, chb, chc, &c);      cholmod_sdmult(cha, 1, alpha, beta, chb, chc, &c);
158      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
159      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);      UNPROTECT(1);
160        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0);
161  }  }
162    
163  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)
# Line 101  Line 169 
169      cholmod_sparse *chcp, *chxt,      cholmod_sparse *chcp, *chxt,
170          *chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)          *chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)
171          : as_cholmod_sparse(x);          : as_cholmod_sparse(x);
172        SEXP dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));
173    
174      if (!tr)      if (!tr)
175          chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);          chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);
176      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);
177      if(!chcp)      if(!chcp)
178          error("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()");          error("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()");
179        cholmod_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);
180        chcp->stype = 1;
181      if (trip) {      if (trip) {
182          cholmod_free_sparse(&chx, &c);          cholmod_free_sparse(&chx, &c);
183          Free(cht);          Free(cht);
# Line 115  Line 185 
185          Free(chx);          Free(chx);
186      }      }
187      if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);      if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);
188      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1);                                  /* create dimnames */
189        SET_VECTOR_ELT(dn, 0,
190                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym),
191                                            (tr) ? 1 : 0)));
192        SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));
193        UNPROTECT(1);
194        return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, 0, "", dn);
195  }  }
196    
197  SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)  SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)
198  {  {
199      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
200          *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;          *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
201        int Rkind = 0; /* only for "d" - FIXME */
202    
203      ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);      ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);
204      Free(chx); Free(chy);      Free(chx); Free(chy);
205      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1);      /* FIXME: currently drops dimnames */
206        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
207  }  }
208    
209  SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)  SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)
210  {  {
211      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
212          *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;          *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
213        int Rkind = 0; /* only for "d" - FIXME */
214    
215      ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);      ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);
216      Free(chx); Free(chy);      Free(chx); Free(chy);
217      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1);      /* FIXME: currently drops dimnames */
218        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
219  }  }
220    
221  SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)  SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)
222  {  {
223      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *ans;      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *ans;
224        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
225    
226      ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);      ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);
227      Free(chx);      Free(chx);
228      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1);      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
229    }
230    
231    SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)
232    {
233        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
234        cholmod_sparse *eye = cholmod_speye(chx->nrow, chx->ncol, chx->xtype, &c);
235        double one[] = {1, 0};
236        cholmod_sparse *ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);
237        int uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
238            -1 : 1;
239        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
240    
241        Free(chx); cholmod_free_sparse(&eye, &c);
242        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, Rkind, "N",
243                                  duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));
244    }
245    
246    SEXP Csparse_submatrix(SEXP x, SEXP i, SEXP j)
247    {
248        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
249        int rsize = (isNull(i)) ? -1 : LENGTH(i),
250            csize = (isNull(j)) ? -1 : LENGTH(j);
251        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
252    
253        if (rsize >= 0 && !isInteger(i))
254            error(_("Index i must be NULL or integer"));
255        if (csize >= 0 && !isInteger(j))
256            error(_("Index j must be NULL or integer"));
257        return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx, INTEGER(i), rsize,
258                                                    INTEGER(j), csize,
259                                                    TRUE, TRUE, &c),
260                                  1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
261  }  }

Legend:
Removed from v.1265  
changed lines
  Added in v.1548

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business Powered By FusionForge