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[matrix] Annotation of /pkg/Matrix/src/Csparse.c
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Annotation of /pkg/Matrix/src/Csparse.c

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Revision 3076 - (view) (download) (as text)

1 : mmaechler 3076 /** @file Csparse.c
2 :     * The "CsparseMatrix" class from R package Matrix:
3 :     *
4 :     * Sparse matrices in compressed column-oriented form
5 :     */
6 : bates 922 #include "Csparse.h"
7 : maechler 2120 #include "Tsparse.h"
8 : bates 922 #include "chm_common.h"
9 :    
10 : mmaechler 2279 /** "Cheap" C version of Csparse_validate() - *not* sorting : */
11 :     Rboolean isValid_Csparse(SEXP x)
12 :     {
13 :     /* NB: we do *NOT* check a potential 'x' slot here, at all */
14 :     SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
15 :     islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
16 :     int *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)), j,
17 :     nrow = dims[0],
18 :     ncol = dims[1],
19 :     *xp = INTEGER(pslot),
20 :     *xi = INTEGER(islot);
21 :    
22 :     if (length(pslot) != dims[1] + 1)
23 :     return FALSE;
24 :     if (xp[0] != 0)
25 :     return FALSE;
26 :     if (length(islot) < xp[ncol]) /* allow larger slots from over-allocation!*/
27 :     return FALSE;
28 :     for (j = 0; j < xp[ncol]; j++) {
29 :     if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)
30 :     return FALSE;
31 :     }
32 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
33 :     if (xp[j] > xp[j + 1])
34 :     return FALSE;
35 :     }
36 :     return TRUE;
37 :     }
38 :    
39 : mmaechler 2312 SEXP Csparse_validate(SEXP x) {
40 :     return Csparse_validate_(x, FALSE);
41 :     }
42 :    
43 : mmaechler 2889
44 :     #define _t_Csparse_validate
45 :     #include "t_Csparse_validate.c"
46 :    
47 :     #define _t_Csparse_sort
48 :     #include "t_Csparse_validate.c"
49 :    
50 :     // R: .validateCsparse(x, sort.if.needed = FALSE) :
51 : mmaechler 2312 SEXP Csparse_validate2(SEXP x, SEXP maybe_modify) {
52 :     return Csparse_validate_(x, asLogical(maybe_modify));
53 :     }
54 :    
55 : mmaechler 2889 // R: Matrix:::.sortCsparse(x) :
56 :     SEXP Csparse_sort (SEXP x) {
57 :     int ok = Csparse_sort_2(x, TRUE); // modifying x directly
58 :     if(!ok) warning(_("Csparse_sort(x): x is not a valid (apart from sorting) CsparseMatrix"));
59 :     return x;
60 : bates 922 }
61 :    
62 : maechler 1968 SEXP Rsparse_validate(SEXP x)
63 :     {
64 :     /* NB: we do *NOT* check a potential 'x' slot here, at all */
65 :     SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
66 :     jslot = GET_SLOT(x, Matrix_jSym);
67 :     Rboolean sorted, strictly;
68 :     int i, k,
69 :     *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
70 :     nrow = dims[0],
71 :     ncol = dims[1],
72 :     *xp = INTEGER(pslot),
73 :     *xj = INTEGER(jslot);
74 :    
75 :     if (length(pslot) != dims[0] + 1)
76 :     return mkString(_("slot p must have length = nrow(.) + 1"));
77 :     if (xp[0] != 0)
78 :     return mkString(_("first element of slot p must be zero"));
79 :     if (length(jslot) < xp[nrow]) /* allow larger slots from over-allocation!*/
80 :     return
81 :     mkString(_("last element of slot p must match length of slots j and x"));
82 :     for (i = 0; i < length(jslot); i++) {
83 :     if (xj[i] < 0 || xj[i] >= ncol)
84 :     return mkString(_("all column indices must be between 0 and ncol-1"));
85 :     }
86 :     sorted = TRUE; strictly = TRUE;
87 :     for (i = 0; i < nrow; i++) {
88 :     if (xp[i] > xp[i+1])
89 :     return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));
90 :     if(sorted)
91 :     for (k = xp[i] + 1; k < xp[i + 1]; k++) {
92 :     if (xj[k] < xj[k - 1])
93 :     sorted = FALSE;
94 :     else if (xj[k] == xj[k - 1])
95 :     strictly = FALSE;
96 :     }
97 :     }
98 :     if (!sorted)
99 : mmaechler 2661 /* cannot easily use cholmod_sort(.) ... -> "error out" :*/
100 : maechler 1968 return mkString(_("slot j is not increasing inside a column"));
101 :     else if(!strictly) /* sorted, but not strictly */
102 :     return mkString(_("slot j is not *strictly* increasing inside a column"));
103 :    
104 :     return ScalarLogical(1);
105 :     }
106 :    
107 : mmaechler 3076 /** @brief From a CsparseMatrix, produce a dense one.
108 :     *
109 : mmaechler 3055 * Directly deals with symmetric, triangular and general.
110 :     * Called from ../R/Csparse.R's C2dense()
111 :     *
112 :     * @param x a CsparseMatrix: currently all 9 of "[dln][gst]CMatrix"
113 :     * @param symm_or_tri integer (NA, < 0, > 0, = 0) specifying the knowledge of the caller about x:
114 :     * NA : unknown => will be determined
115 :     * = 0 : "generalMatrix" (not symm or tri);
116 :     * < 0 : "triangularMatrix"
117 :     * > 0 : "symmetricMatrix"
118 :     *
119 :     * @return a "denseMatrix"
120 :     */
121 :     SEXP Csparse_to_dense(SEXP x, SEXP symm_or_tri)
122 : bates 1059 {
123 : mmaechler 3055 Rboolean is_sym, is_tri;
124 :     int is_sym_or_tri = asInteger(symm_or_tri),
125 :     ctype = 0; // <- default = "dgC"
126 :     static const char *valid[] = { MATRIX_VALID_Csparse, ""};
127 :     if(is_sym_or_tri == NA_INTEGER) { // find if is(x, "symmetricMatrix") :
128 :     ctype = Matrix_check_class_etc(x, valid);
129 :     is_sym = (ctype % 3 == 1);
130 :     is_tri = (ctype % 3 == 2);
131 :     } else {
132 :     is_sym = is_sym_or_tri > 0;
133 :     is_tri = is_sym_or_tri < 0;
134 :     // => both are FALSE iff is_.. == 0
135 :     if(is_sym || is_tri)
136 :     ctype = Matrix_check_class_etc(x, valid);
137 :     }
138 :     CHM_SP chxs = AS_CHM_SP__(x);// -> chxs->stype = +- 1 <==> symmetric
139 :     R_CheckStack();
140 :     if(is_tri && *diag_P(x) == 'U') { // ==> x := diagU2N(x), directly for chxs
141 :     CHM_SP eye = cholmod_speye(chxs->nrow, chxs->ncol, chxs->xtype, &c);
142 :     double one[] = {1, 0};
143 :     CHM_SP ans = cholmod_add(chxs, eye, one, one,
144 :     /* values: */ ((ctype / 3) != 2), // TRUE iff not "nMatrix"
145 :     TRUE, &c);
146 :     cholmod_free_sparse(&eye, &c);
147 :     chxs = cholmod_copy_sparse(ans, &c);
148 :     cholmod_free_sparse(&ans, &c);
149 :     }
150 :     /* The following loses the symmetry property, since cholmod_dense has none,
151 : maechler 1751 * BUT, much worse (FIXME!), it also transforms CHOLMOD_PATTERN ("n") matrices
152 : mmaechler 3055 * to numeric (CHOLMOD_REAL) ones {and we "revert" via chm_dense_to_SEXP()}: */
153 : mmaechler 2661 CHM_DN chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
154 : maechler 1751 int Rkind = (chxs->xtype == CHOLMOD_PATTERN)? -1 : Real_kind(x);
155 : bates 1059
156 : mmaechler 3069 SEXP ans = chm_dense_to_SEXP(chxd, 1, Rkind, GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym),
157 :     /* transp: */ FALSE);
158 : mmaechler 3055 // -> a [dln]geMatrix
159 :     if(is_sym) { // ==> want [dln]syMatrix
160 :     const char cl1 = class_P(ans)[0];
161 :     PROTECT(ans);
162 :     SEXP aa = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS((cl1 == 'd') ? "dsyMatrix" :
163 :     ((cl1 == 'l') ? "lsyMatrix" : "nsyMatrix"))));
164 :     // No need to duplicate() as slots of ans are freshly allocated and ans will not be used
165 :     SET_SLOT(aa, Matrix_xSym, GET_SLOT(ans, Matrix_xSym));
166 :     SET_SLOT(aa, Matrix_DimSym, GET_SLOT(ans, Matrix_DimSym));
167 :     SET_SLOT(aa, Matrix_DimNamesSym,GET_SLOT(ans, Matrix_DimNamesSym));
168 :     SET_SLOT(aa, Matrix_uploSym, mkString((chxs->stype > 0) ? "U" : "L"));
169 :     UNPROTECT(2);
170 :     return aa;
171 :     }
172 :     else if(is_tri) { // ==> want [dln]trMatrix
173 :     const char cl1 = class_P(ans)[0];
174 :     PROTECT(ans);
175 :     SEXP aa = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS((cl1 == 'd') ? "dtrMatrix" :
176 :     ((cl1 == 'l') ? "ltrMatrix" : "ntrMatrix"))));
177 :     // No need to duplicate() as slots of ans are freshly allocated and ans will not be used
178 :     SET_SLOT(aa, Matrix_xSym, GET_SLOT(ans, Matrix_xSym));
179 :     SET_SLOT(aa, Matrix_DimSym, GET_SLOT(ans, Matrix_DimSym));
180 :     SET_SLOT(aa, Matrix_DimNamesSym,GET_SLOT(ans, Matrix_DimNamesSym));
181 :     slot_dup(aa, x, Matrix_uploSym);
182 :     /* already by NEW_OBJECT(..) above:
183 :     SET_SLOT(aa, Matrix_diagSym, mkString("N")); */
184 :     UNPROTECT(2);
185 :     return aa;
186 :     }
187 :     else
188 :     return ans;
189 : bates 1059 }
190 :    
191 : mmaechler 2628 // FIXME: do not go via CHM (should not be too hard, to just *drop* the x-slot, right?
192 : mmaechler 3072 SEXP Csparse2nz(SEXP x, Rboolean tri)
193 : bates 1371 {
194 : mmaechler 2223 CHM_SP chxs = AS_CHM_SP__(x);
195 : mmaechler 2661 CHM_SP chxcp = cholmod_copy(chxs, chxs->stype, CHOLMOD_PATTERN, &c);
196 : maechler 1960 R_CheckStack();
197 : bates 1371
198 : maechler 1960 return chm_sparse_to_SEXP(chxcp, 1/*do_free*/,
199 : mmaechler 3072 tri ? ((*uplo_P(x) == 'U') ? 1 : -1) : 0,
200 : mmaechler 3069 /* Rkind: pattern */ 0,
201 : mmaechler 3072 /* diag = */ tri ? diag_P(x) : "",
202 : maechler 1548 GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
203 : bates 1371 }
204 : mmaechler 3072 SEXP Csparse_to_nz_pattern(SEXP x, SEXP tri)
205 :     {
206 :     int tr_ = asLogical(tri);
207 :     if(tr_ == NA_LOGICAL) {
208 :     warning(_("Csparse_to_nz_pattern(x, tri = NA): 'tri' is taken as TRUE"));
209 :     tr_ = TRUE;
210 :     }
211 :     return Csparse2nz(x, (Rboolean) tr_);
212 :     }
213 : bates 1371
214 : mmaechler 2628 // n.CMatrix --> [dli].CMatrix (not going through CHM!)
215 :     SEXP nz_pattern_to_Csparse(SEXP x, SEXP res_kind)
216 :     {
217 :     return nz2Csparse(x, asInteger(res_kind));
218 :     }
219 : mmaechler 3055
220 : mmaechler 2628 // n.CMatrix --> [dli].CMatrix (not going through CHM!)
221 : mmaechler 3055 // NOTE: use chm_MOD_xtype(() to change type of 'cholmod_sparse' matrix
222 : mmaechler 2628 SEXP nz2Csparse(SEXP x, enum x_slot_kind r_kind)
223 :     {
224 :     const char *cl_x = class_P(x);
225 :     if(cl_x[0] != 'n') error(_("not a 'n.CMatrix'"));
226 :     if(cl_x[2] != 'C') error(_("not a CsparseMatrix"));
227 :     int nnz = LENGTH(GET_SLOT(x, Matrix_iSym));
228 :     SEXP ans;
229 : dmbates 2804 char *ncl = alloca(strlen(cl_x) + 1); /* not much memory required */
230 :     strcpy(ncl, cl_x);
231 : mmaechler 2628 double *dx_x; int *ix_x;
232 :     ncl[0] = (r_kind == x_double ? 'd' :
233 :     (r_kind == x_logical ? 'l' :
234 :     /* else (for now): r_kind == x_integer : */ 'i'));
235 :     PROTECT(ans = NEW_OBJECT(MAKE_CLASS(ncl)));
236 :     // create a correct 'x' slot:
237 :     switch(r_kind) {
238 :     int i;
239 :     case x_double: // 'd'
240 :     dx_x = REAL(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_xSym, REALSXP, nnz));
241 :     for (i=0; i < nnz; i++) dx_x[i] = 1.;
242 :     break;
243 :     case x_logical: // 'l'
244 :     ix_x = LOGICAL(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_xSym, LGLSXP, nnz));
245 :     for (i=0; i < nnz; i++) ix_x[i] = TRUE;
246 :     break;
247 :     case x_integer: // 'i'
248 :     ix_x = INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_xSym, INTSXP, nnz));
249 :     for (i=0; i < nnz; i++) ix_x[i] = 1;
250 :     break;
251 :    
252 :     default:
253 :     error(_("nz2Csparse(): invalid/non-implemented r_kind = %d"),
254 :     r_kind);
255 :     }
256 :    
257 :     // now copy all other slots :
258 :     slot_dup(ans, x, Matrix_iSym);
259 :     slot_dup(ans, x, Matrix_pSym);
260 :     slot_dup(ans, x, Matrix_DimSym);
261 :     slot_dup(ans, x, Matrix_DimNamesSym);
262 :     if(ncl[1] != 'g') { // symmetric or triangular ...
263 :     slot_dup_if_has(ans, x, Matrix_uploSym);
264 :     slot_dup_if_has(ans, x, Matrix_diagSym);
265 :     }
266 :     UNPROTECT(1);
267 :     return ans;
268 :     }
269 :    
270 : mmaechler 3055 SEXP Csparse_to_matrix(SEXP x, SEXP chk, SEXP symm)
271 : bates 922 {
272 : mmaechler 3055 int is_sym = asLogical(symm);
273 :     if(is_sym == NA_LOGICAL) { // find if is(x, "symmetricMatrix") :
274 :     static const char *valid[] = { MATRIX_VALID_Csparse, ""};
275 :     int ctype = Matrix_check_class_etc(x, valid);
276 :     is_sym = (ctype % 3 == 1);
277 :     }
278 :     return chm_dense_to_matrix(
279 :     cholmod_sparse_to_dense(AS_CHM_SP2(x, asLogical(chk)), &c),
280 :     1 /*do_free*/,
281 :     (is_sym
282 :     ? symmetric_DimNames(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))
283 :     : GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));
284 : bates 1366 }
285 : mmaechler 3055
286 : mmaechler 2901 SEXP Csparse_to_vector(SEXP x)
287 :     {
288 :     return chm_dense_to_vector(cholmod_sparse_to_dense(AS_CHM_SP__(x), &c), 1);
289 :     }
290 : bates 1366
291 :     SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x, SEXP tri)
292 :     {
293 : mmaechler 2223 CHM_SP chxs = AS_CHM_SP__(x);
294 : mmaechler 2661 CHM_TR chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);
295 : bates 1867 int tr = asLogical(tri);
296 : maechler 1736 int Rkind = (chxs->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
297 : maechler 1960 R_CheckStack();
298 : bates 922
299 : bates 1867 return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1,
300 :     tr ? ((*uplo_P(x) == 'U') ? 1 : -1) : 0,
301 :     Rkind, tr ? diag_P(x) : "",
302 : bates 1371 GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
303 : bates 922 }
304 :    
305 : mmaechler 3023 SEXP Csparse_to_tCsparse(SEXP x, SEXP uplo, SEXP diag)
306 :     {
307 :     CHM_SP chxs = AS_CHM_SP__(x);
308 :     int Rkind = (chxs->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
309 :     R_CheckStack();
310 :     return chm_sparse_to_SEXP(chxs, /* dofree = */ 0,
311 :     /* uploT = */ (*CHAR(asChar(uplo)) == 'U')? 1: -1,
312 :     Rkind, /* diag = */ CHAR(STRING_ELT(diag, 0)),
313 :     GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
314 :     }
315 :    
316 :     SEXP Csparse_to_tTsparse(SEXP x, SEXP uplo, SEXP diag)
317 :     {
318 :     CHM_SP chxs = AS_CHM_SP__(x);
319 :     CHM_TR chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);
320 :     int Rkind = (chxs->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
321 :     R_CheckStack();
322 :     return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1,
323 :     /* uploT = */ (*CHAR(asChar(uplo)) == 'U')? 1: -1,
324 :     Rkind, /* diag = */ CHAR(STRING_ELT(diag, 0)),
325 :     GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
326 :     }
327 :    
328 :    
329 : bates 1371 SEXP Csparse_symmetric_to_general(SEXP x)
330 :     {
331 : mmaechler 2223 CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(x), chgx;
332 : maechler 1736 int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
333 : maechler 1960 R_CheckStack();
334 : bates 1371
335 :     if (!(chx->stype))
336 : maechler 1548 error(_("Nonsymmetric matrix in Csparse_symmetric_to_general"));
337 : mmaechler 2661 chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ 0, chx->xtype, &c);
338 : maechler 1375 /* xtype: pattern, "real", complex or .. */
339 : maechler 1548 return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "",
340 : mmaechler 3055 symmetric_DimNames(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));
341 : bates 1371 }
342 :    
343 : mmaechler 3055 SEXP Csparse_general_to_symmetric(SEXP x, SEXP uplo, SEXP sym_dmns)
344 : maechler 1598 {
345 : mmaechler 2817 int *adims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)), n = adims[0];
346 :     if(n != adims[1]) {
347 :     error(_("Csparse_general_to_symmetric(): matrix is not square!"));
348 :     return R_NilValue; /* -Wall */
349 :     }
350 : mmaechler 2223 CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(x), chgx;
351 : mmaechler 3020 int uploT = (*CHAR(asChar(uplo)) == 'U') ? 1 : -1;
352 : maechler 1736 int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
353 : maechler 1960 R_CheckStack();
354 : mmaechler 2661 chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ uploT, chx->xtype, &c);
355 : mmaechler 3020
356 : mmaechler 3055 SEXP dns = GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym);
357 :     if(asLogical(sym_dmns))
358 :     dns = symmetric_DimNames(dns);
359 :     else if((!isNull(VECTOR_ELT(dns, 0)) &&
360 :     !isNull(VECTOR_ELT(dns, 1))) ||
361 :     !isNull(getAttrib(dns, R_NamesSymbol))) {
362 :     /* symmetrize them if both are not NULL
363 :     * or names(dimnames(.)) is asymmetric : */
364 :     dns = PROTECT(duplicate(dns));
365 :     if(!equal_string_vectors(VECTOR_ELT(dns, 0),
366 :     VECTOR_ELT(dns, 1))) {
367 :     if(uploT == 1)
368 :     SET_VECTOR_ELT(dns, 0, VECTOR_ELT(dns,1));
369 :     else
370 :     SET_VECTOR_ELT(dns, 1, VECTOR_ELT(dns,0));
371 :     }
372 :     SEXP nms_dns = getAttrib(dns, R_NamesSymbol);
373 :     if(!isNull(nms_dns) && // names(dimnames(.)) :
374 :     !R_compute_identical(STRING_ELT(nms_dns, 0),
375 :     STRING_ELT(nms_dns, 1), 16)) {
376 :     if(uploT == 1)
377 :     SET_STRING_ELT(nms_dns, 0, STRING_ELT(nms_dns,1));
378 :     else
379 :     SET_STRING_ELT(nms_dns, 1, STRING_ELT(nms_dns,0));
380 :     setAttrib(dns, R_NamesSymbol, nms_dns);
381 :     }
382 :     UNPROTECT(1);
383 : mmaechler 3020 }
384 : maechler 1598 /* xtype: pattern, "real", complex or .. */
385 : mmaechler 3020 return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "", dns);
386 : maechler 1598 }
387 :    
388 : bates 1369 SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)
389 : bates 922 {
390 : maechler 1921 /* TODO: lgCMatrix & igC* currently go via double prec. cholmod -
391 :     * since cholmod (& cs) lacks sparse 'int' matrices */
392 : mmaechler 2223 CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(x);
393 : maechler 1736 int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
394 : mmaechler 2661 CHM_SP chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);
395 : bates 1366 SEXP dn = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))), tmp;
396 : bates 1867 int tr = asLogical(tri);
397 : maechler 1960 R_CheckStack();
398 : bates 1369
399 : bates 1366 tmp = VECTOR_ELT(dn, 0); /* swap the dimnames */
400 :     SET_VECTOR_ELT(dn, 0, VECTOR_ELT(dn, 1));
401 :     SET_VECTOR_ELT(dn, 1, tmp);
402 : mmaechler 3020 if(!isNull(tmp = getAttrib(dn, R_NamesSymbol))) { // swap names(dimnames(.)):
403 :     SEXP nms_dns = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));
404 :     SET_VECTOR_ELT(nms_dns, 1, STRING_ELT(tmp, 0));
405 :     SET_VECTOR_ELT(nms_dns, 0, STRING_ELT(tmp, 1));
406 :     setAttrib(dn, R_NamesSymbol, nms_dns);
407 :     UNPROTECT(1);
408 :     }
409 : bates 1366 UNPROTECT(1);
410 : bates 1867 return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, /* SWAP 'uplo' for triangular */
411 :     tr ? ((*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1) : 0,
412 :     Rkind, tr ? diag_P(x) : "", dn);
413 : bates 922 }
414 :    
415 : mmaechler 3076 /** @brief A %*% B - for matrices of class CsparseMatrix (R package "Matrix")
416 :     *
417 :     * @param a
418 :     * @param b
419 :     * @param bool_arith
420 :     *
421 :     * @return
422 :     *
423 :     * NOTA BENE: cholmod_ssmult(A,B, ...) -> ./CHOLMOD/MatrixOps/cholmod_ssmult.c
424 : mmaechler 3069 * --------- computes a patter*n* matrix __always_ when
425 :     * *one* of A or B is pattern*n*, because of this (line 73-74):
426 :     ---------------------------------------------------------------------------
427 :     values = values &&
428 :     (A->xtype != CHOLMOD_PATTERN) && (B->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ;
429 :     ---------------------------------------------------------------------------
430 :     * ==> Often need to copy the patter*n* to a *l*ogical matrix first !!!
431 :     */
432 :     SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b, SEXP bool_arith)
433 : bates 922 {
434 : maechler 2120 CHM_SP
435 : mmaechler 2223 cha = AS_CHM_SP(a),
436 : mmaechler 3069 chb = AS_CHM_SP(b), chc;
437 :     R_CheckStack();
438 :     // const char *cl_a = class_P(a), *cl_b = class_P(b);
439 :     static const char *valid_tri[] = { MATRIX_VALID_tri_Csparse, "" };
440 : maechler 2125 char diag[] = {'\0', '\0'};
441 : mmaechler 3069 int uploT = 0, nprot = 1,
442 :     do_bool = asLogical(bool_arith); // TRUE / NA / FALSE
443 :     Rboolean
444 :     a_is_n = (cha->xtype == CHOLMOD_PATTERN),
445 :     b_is_n = (chb->xtype == CHOLMOD_PATTERN),
446 :     force_num = (do_bool == FALSE),
447 :     maybe_bool= (do_bool == NA_LOGICAL);
448 : bates 922
449 : mmaechler 2494 #ifdef DEBUG_Matrix_verbose
450 : mmaechler 3069 Rprintf("DBG Csparse_C*_prod(%s, %s)\n", class_P(a), class_P(b));
451 : mmaechler 2490 #endif
452 :    
453 : mmaechler 3069 if(a_is_n && (force_num || (maybe_bool && !b_is_n))) {
454 :     /* coerce 'a' to double;
455 :     * have no CHOLMOD function (pattern -> logical) --> use "our" code */
456 :     SEXP da = PROTECT(nz2Csparse(a, x_double)); nprot++;
457 :     cha = AS_CHM_SP(da);
458 :     R_CheckStack();
459 :     a_is_n = FALSE;
460 :     }
461 :     else if(b_is_n && (force_num || (maybe_bool && !a_is_n))) {
462 :     // coerce 'b' to double
463 :     SEXP db = PROTECT(nz2Csparse(b, x_double)); nprot++;
464 :     chb = AS_CHM_SP(db);
465 :     R_CheckStack();
466 :     b_is_n = FALSE;
467 :     }
468 :     chc = cholmod_ssmult(cha, chb, /*out_stype:*/ 0,
469 :     /* values : */ do_bool != TRUE,
470 :     /* sorted = TRUE: */ 1, &c);
471 :    
472 : maechler 2125 /* Preserve triangularity and even unit-triangularity if appropriate.
473 :     * Note that in that case, the multiplication itself should happen
474 :     * faster. But there's no support for that in CHOLMOD */
475 :    
476 : mmaechler 3069 if(Matrix_check_class_etc(a, valid_tri) >= 0 &&
477 :     Matrix_check_class_etc(b, valid_tri) >= 0)
478 : maechler 2125 if(*uplo_P(a) == *uplo_P(b)) { /* both upper, or both lower tri. */
479 :     uploT = (*uplo_P(a) == 'U') ? 1 : -1;
480 :     if(*diag_P(a) == 'U' && *diag_P(b) == 'U') { /* return UNIT-triag. */
481 :     /* "remove the diagonal entries": */
482 :     chm_diagN2U(chc, uploT, /* do_realloc */ FALSE);
483 :     diag[0]= 'U';
484 :     }
485 :     else diag[0]= 'N';
486 :     }
487 : mmaechler 3069
488 :     SEXP dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));
489 : bates 1366 SET_VECTOR_ELT(dn, 0, /* establish dimnames */
490 :     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));
491 :     SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
492 :     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));
493 : mmaechler 3069 UNPROTECT(nprot);
494 : maechler 2125 return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, uploT, /*Rkind*/0, diag, dn);
495 : bates 922 }
496 :    
497 : mmaechler 3076 /** @brief [t]crossprod (<Csparse>, <Csparse>)
498 :     *
499 :     * @param a a "CsparseMatrix" object
500 :     * @param b a "CsparseMatrix" object
501 :     * @param trans trans = FALSE: crossprod(a,b)
502 :     * trans = TRUE : tcrossprod(a,b)
503 :     * @param bool_arith logical (TRUE / NA / FALSE): Should boolean arithmetic be used.
504 :     *
505 :     * @return a CsparseMatrix, the (t)cross product of a and b.
506 :     */
507 : mmaechler 3069 SEXP Csparse_Csparse_crossprod(SEXP a, SEXP b, SEXP trans, SEXP bool_arith)
508 : bates 1657 {
509 : mmaechler 3069 int tr = asLogical(trans), nprot = 1,
510 :     do_bool = asLogical(bool_arith); // TRUE / NA / FALSE
511 : maechler 2120 CHM_SP
512 : mmaechler 2223 cha = AS_CHM_SP(a),
513 :     chb = AS_CHM_SP(b),
514 : maechler 2120 chTr, chc;
515 : mmaechler 3069 R_CheckStack();
516 :     static const char *valid_tri[] = { MATRIX_VALID_tri_Csparse, "" };
517 : maechler 2125 char diag[] = {'\0', '\0'};
518 :     int uploT = 0;
519 : mmaechler 3069 Rboolean
520 :     a_is_n = (cha->xtype == CHOLMOD_PATTERN),
521 :     b_is_n = (chb->xtype == CHOLMOD_PATTERN),
522 :     force_num = (do_bool == FALSE),
523 :     maybe_bool= (do_bool == NA_LOGICAL);
524 : bates 1657
525 : mmaechler 3069 if(a_is_n && (force_num || (maybe_bool && !b_is_n))) {
526 :     // coerce 'a' to double
527 :     SEXP da = PROTECT(nz2Csparse(a, x_double)); nprot++;
528 :     cha = AS_CHM_SP(da);
529 :     R_CheckStack();
530 : mmaechler 3072 // a_is_n = FALSE;
531 : mmaechler 3069 }
532 :     else if(b_is_n && (force_num || (maybe_bool && !a_is_n))) {
533 :     // coerce 'b' to double
534 :     SEXP db = PROTECT(nz2Csparse(b, x_double)); nprot++;
535 :     chb = AS_CHM_SP(db);
536 :     R_CheckStack();
537 : mmaechler 3072 // b_is_n = FALSE;
538 : mmaechler 3069 }
539 : mmaechler 3072 else if(do_bool == TRUE) { // Want boolean arithmetic: sufficient if *one* is pattern:
540 :     if(!a_is_n && !b_is_n) {
541 :     // coerce 'a' to pattern
542 :     SEXP da = PROTECT(Csparse2nz(a, /* tri = */
543 :     Matrix_check_class_etc(a, valid_tri) >= 0)); nprot++;
544 :     cha = AS_CHM_SP(da);
545 :     R_CheckStack();
546 :     // a_is_n = TRUE;
547 :     }
548 :     }
549 : mmaechler 2661 chTr = cholmod_transpose((tr) ? chb : cha, chb->xtype, &c);
550 :     chc = cholmod_ssmult((tr) ? cha : chTr, (tr) ? chTr : chb,
551 : mmaechler 3069 /*out_stype:*/ 0, /* values : */ do_bool != TRUE,
552 :     /* sorted = TRUE: */ 1, &c);
553 : mmaechler 2661 cholmod_free_sparse(&chTr, &c);
554 : maechler 1659
555 : maechler 2125 /* Preserve triangularity and unit-triangularity if appropriate;
556 :     * see Csparse_Csparse_prod() for comments */
557 : mmaechler 3069 if(Matrix_check_class_etc(a, valid_tri) >= 0 &&
558 :     Matrix_check_class_etc(b, valid_tri) >= 0)
559 : maechler 2125 if(*uplo_P(a) != *uplo_P(b)) { /* one 'U', the other 'L' */
560 :     uploT = (*uplo_P(b) == 'U') ? 1 : -1;
561 :     if(*diag_P(a) == 'U' && *diag_P(b) == 'U') { /* return UNIT-triag. */
562 :     chm_diagN2U(chc, uploT, /* do_realloc */ FALSE);
563 :     diag[0]= 'U';
564 :     }
565 :     else diag[0]= 'N';
566 :     }
567 : mmaechler 3069
568 :     SEXP dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));
569 : bates 1657 SET_VECTOR_ELT(dn, 0, /* establish dimnames */
570 : mmaechler 3069 duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym),
571 :     (tr) ? 0 : 1)));
572 : bates 1657 SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
573 : mmaechler 3069 duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym),
574 :     (tr) ? 0 : 1)));
575 :     UNPROTECT(nprot);
576 : maechler 2125 return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, uploT, /*Rkind*/0, diag, dn);
577 : bates 1657 }
578 :    
579 : mmaechler 3069 /**
580 :     * All (dense * sparse) Matrix products and cross products
581 :     *
582 : mmaechler 3076 * f( f(<Csparse>) %*% f(<dense>) ) where f () is either t () [tranpose] or the identity.
583 : mmaechler 3069 *
584 :     * @param a CsparseMatrix (n x m)
585 :     * @param b numeric vector, matrix, or denseMatrix (m x k) or (k x m) if `transp` is '2' or 'B'
586 :     * @param transp character.
587 :     * = " " : nothing transposed {apart from a}
588 :     * = "2" : "transpose 2nd arg": use t(b) instead of b (= 2nd argument)
589 :     * = "c" : "transpose c": Return t(c) instead of c
590 :     * = "B" : "transpose both": use t(b) and return t(c) instead of c
591 :     * NB: For "2", "c", "B", need to transpose a *dense* matrix, B or C --> chm_transpose_dense()
592 :     *
593 :     * @return a dense matrix, the matrix product c = g(a,b) :
594 :     *
595 :     * Condition (R) Condition (C)
596 :     * R notation Math notation cross transp t.a t.b t.ans
597 :     * ~~~~~~~~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~~~~
598 :     * c <- a %*% b C := A B . " " . . .
599 :     * c <- a %*% t(b) C := A B' . "2" . | .
600 :     * c <- t(a %*% b) C := (A B)' = B'A' . "c" . . |
601 :     * c <- t(a %*% t(b)) C := (A B')' = B A' . "B" . | |
602 :     *
603 :     * c <- t(a) %*% b C := A'B TRUE " " | . .
604 :     * c <- t(a) %*% t(b) C := A'B' TRUE "2" | | .
605 :     * c <- t(t(a) %*% b) C := (A'B)' = B'A TRUE "c" | . |
606 :     * c <- t(t(a) %*% t(b)) C := (A'B')' = B A TRUE "B" | | |
607 :     */
608 :     SEXP Csp_dense_products(SEXP a, SEXP b,
609 :     Rboolean transp_a, Rboolean transp_b, Rboolean transp_ans)
610 : bates 922 {
611 : mmaechler 2223 CHM_SP cha = AS_CHM_SP(a);
612 : mmaechler 3069 int a_nc = transp_a ? cha->nrow : cha->ncol,
613 :     a_nr = transp_a ? cha->ncol : cha->nrow;
614 :     Rboolean
615 :     maybe_transp_b = (a_nc == 1),
616 :     b_is_vector = FALSE;
617 :     /* NOTE: trans_b {<--> "use t(b) instead of b" }
618 :     ---- "interferes" with the case automatic treatment of *vector* b.
619 :     In that case, t(b) or b is used "whatever make more sense",
620 :     according to the general R philosophy of treating vectors in matrix products.
621 :     */
622 :    
623 :     /* repeating a "cheap part" of mMatrix_as_dgeMatrix2(b, .) to see if
624 :     * we have a vector that we might 'transpose_if_vector' : */
625 :     static const char *valid[] = {"_NOT_A_CLASS_", MATRIX_VALID_ddense, ""};
626 :     /* int ctype = Matrix_check_class_etc(b, valid);
627 :     * if (ctype > 0) /.* a ddenseMatrix object */
628 :     if (Matrix_check_class_etc(b, valid) < 0) {
629 :     // not a ddenseM*: is.matrix() or vector:
630 :     b_is_vector = !isMatrix(b);
631 :     }
632 :    
633 :     if(b_is_vector) {
634 :     /* determine *if* we want/need to transpose at all:
635 :     * if (length(b) == ncol(A)) have match: use dim = c(n, 1) (<=> do *not* transp);
636 :     * otherwise, try to transpose: ok if (ncol(A) == 1) [see also above]: */
637 :     maybe_transp_b = (LENGTH(b) != a_nc);
638 :     // Here, we transpose already in mMatrix_as_dge*() ==> don't do it later:
639 :     transp_b = FALSE;
640 :     }
641 :     SEXP b_M = PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix2(b, maybe_transp_b));
642 :    
643 :     CHM_DN chb = AS_CHM_DN(b_M), b_t;
644 :     R_CheckStack();
645 :     int ncol_b;
646 :     if(transp_b) { // transpose b:
647 :     b_t = cholmod_allocate_dense(chb->ncol, chb->nrow, chb->ncol, chb->xtype, &c);
648 :     chm_transpose_dense(b_t, chb);
649 :     ncol_b = b_t->ncol;
650 :     } else
651 :     ncol_b = chb->ncol;
652 :     // Result C {with dim() before it may be transposed}:
653 :     CHM_DN chc = cholmod_allocate_dense(a_nr, ncol_b, a_nr, chb->xtype, &c);
654 : maechler 1960 double one[] = {1,0}, zero[] = {0,0};
655 : mmaechler 2628 int nprot = 2;
656 : mmaechler 3069
657 : mmaechler 2628 /* Tim Davis, please FIXME: currently (2010-11) *fails* when a is a pattern matrix:*/
658 :     if(cha->xtype == CHOLMOD_PATTERN) {
659 :     /* warning(_("Csparse_dense_prod(): cholmod_sdmult() not yet implemented for pattern./ ngCMatrix" */
660 :     /* " --> slightly inefficient coercion")); */
661 : bates 922
662 : mmaechler 2628 // This *fails* to produce a CHOLMOD_REAL ..
663 :     // CHM_SP chd = cholmod_l_copy(cha, cha->stype, CHOLMOD_REAL, &c);
664 :     // --> use our Matrix-classes
665 :     SEXP da = PROTECT(nz2Csparse(a, x_double)); nprot++;
666 :     cha = AS_CHM_SP(da);
667 :     }
668 : mmaechler 3069
669 :     /* cholmod_sdmult(A, transp, alpha, beta, X, Y, &c): depending on transp == 0 / != 0:
670 :     * Y := alpha*(A*X) + beta*Y or alpha*(A'*X) + beta*Y; here, alpha = 1, beta = 0:
671 :     * Y := A*X or A'*X
672 :     * NB: always <sparse> %*% <dense> !
673 :     */
674 :     cholmod_sdmult(cha, transp_a, one, zero, (transp_b ? b_t : chb), /* -> */ chc, &c);
675 :    
676 :     SEXP dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2)); /* establish dimnames */
677 :     SET_VECTOR_ELT(dn, transp_ans ? 1 : 0,
678 :     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), transp_a ? 1 : 0)));
679 :     SET_VECTOR_ELT(dn, transp_ans ? 0 : 1,
680 :     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b_M, Matrix_DimNamesSym),
681 :     transp_b ? 0 : 1)));
682 :     if(transp_b) cholmod_free_dense(&b_t, &c);
683 : mmaechler 2628 UNPROTECT(nprot);
684 : mmaechler 3069 return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0, dn, transp_ans);
685 : bates 922 }
686 : maechler 925
687 : mmaechler 3069
688 :     SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b, SEXP transp)
689 : bates 1067 {
690 : mmaechler 3069 return
691 :     Csp_dense_products(a, b,
692 :     /* transp_a = */ FALSE,
693 :     /* transp_b = */ (*CHAR(asChar(transp)) == '2' || *CHAR(asChar(transp)) == 'B'),
694 :     /* transp_ans = */ (*CHAR(asChar(transp)) == 'c' || *CHAR(asChar(transp)) == 'B'));
695 : bates 1067 }
696 :    
697 : mmaechler 3069 SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b, SEXP transp)
698 :     {
699 :     return
700 :     Csp_dense_products(a, b,
701 :     /* transp_a = */ TRUE,
702 :     /* transp_b = */ (*CHAR(asChar(transp)) == '2' || *CHAR(asChar(transp)) == 'B'),
703 :     /* transp_ans = */ (*CHAR(asChar(transp)) == 'c' || *CHAR(asChar(transp)) == 'B'));
704 :     }
705 :    
706 :    
707 : mmaechler 3076 /** @brief Computes x'x or x x' -- *also* for Tsparse (triplet = TRUE)
708 :     see Csparse_Csparse_crossprod above for x'y and x y'
709 :     */
710 : mmaechler 3069 SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet, SEXP bool_arith)
711 : bates 922 {
712 : mmaechler 3069 int tripl = asLogical(triplet),
713 :     tr = asLogical(trans), /* gets reversed because _aat is tcrossprod */
714 :     do_bool = asLogical(bool_arith); // TRUE / NA / FALSE
715 : mmaechler 2491 #ifdef AS_CHM_DIAGU2N_FIXED_FINALLY
716 : mmaechler 3069 CHM_TR cht = tripl ? AS_CHM_TR(x) : (CHM_TR) NULL; int nprot = 1;
717 : mmaechler 2491 #else /* workaround needed:*/
718 : mmaechler 2516 SEXP xx = PROTECT(Tsparse_diagU2N(x));
719 : mmaechler 3069 CHM_TR cht = tripl ? AS_CHM_TR__(xx) : (CHM_TR) NULL; int nprot = 2;
720 : mmaechler 2491 #endif
721 : mmaechler 3076 CHM_SP chcp, chxt, chxc,
722 : mmaechler 3069 chx = (tripl ?
723 : mmaechler 2661 cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c) :
724 : mmaechler 2223 AS_CHM_SP(x));
725 : bates 1366 SEXP dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));
726 : maechler 1960 R_CheckStack();
727 : mmaechler 3069 Rboolean
728 :     x_is_n = (chx->xtype == CHOLMOD_PATTERN),
729 : mmaechler 3076 x_is_sym = chx->stype != 0,
730 : mmaechler 3069 force_num = (do_bool == FALSE);
731 : bates 922
732 : mmaechler 3069 if(x_is_n && force_num) {
733 :     // coerce 'x' to double
734 :     SEXP dx = PROTECT(nz2Csparse(x, x_double)); nprot++;
735 :     chx = AS_CHM_SP(dx);
736 :     R_CheckStack();
737 :     }
738 : mmaechler 3072 else if(do_bool == TRUE && !x_is_n) { // Want boolean arithmetic; need patter[n]
739 :     // coerce 'x' to pattern
740 :     static const char *valid_tri[] = { MATRIX_VALID_tri_Csparse, "" };
741 :     SEXP dx = PROTECT(Csparse2nz(x, /* tri = */
742 :     Matrix_check_class_etc(x, valid_tri) >= 0)); nprot++;
743 :     chx = AS_CHM_SP(dx);
744 :     R_CheckStack();
745 :     }
746 : mmaechler 3069
747 : mmaechler 2661 if (!tr) chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);
748 : mmaechler 3069
749 : mmaechler 3076 if (x_is_sym) // cholmod_aat() does not like symmetric
750 :     chxc = cholmod_copy(tr ? chx : chxt, /* stype: */ 0,
751 :     chx->xtype, &c);
752 :     // CHOLMOD/Core/cholmod_aat.c :
753 :     chcp = cholmod_aat(x_is_sym ? chxc : (tr ? chx : chxt),
754 :     (int *) NULL, 0, /* mode: */ chx->xtype, &c);
755 : maechler 2120 if(!chcp) {
756 :     UNPROTECT(1);
757 : mmaechler 2661 error(_("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()"));
758 : maechler 2120 }
759 : mmaechler 2661 cholmod_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);
760 : mmaechler 3069 chcp->stype = 1; // symmetric
761 :     if (tripl) cholmod_free_sparse(&chx, &c);
762 : mmaechler 2661 if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);
763 : maechler 1960 SET_VECTOR_ELT(dn, 0, /* establish dimnames */
764 : bates 1366 duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym),
765 : maechler 1660 (tr) ? 0 : 1)));
766 : bates 1366 SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));
767 : mmaechler 3069 UNPROTECT(nprot);
768 :     // FIXME: uploT for symmetric ?
769 : maechler 1548 return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, 0, "", dn);
770 : bates 922 }
771 : bates 923
772 : mmaechler 3076 /** @brief Csparse_drop(x, tol): drop entries with absolute value < tol, i.e,
773 :     * at least all "explicit" zeros. */
774 : maechler 1618 SEXP Csparse_drop(SEXP x, SEXP tol)
775 :     {
776 : mmaechler 2175 const char *cl = class_P(x);
777 :     /* dtCMatrix, etc; [1] = the second character =?= 't' for triangular */
778 :     int tr = (cl[1] == 't');
779 : mmaechler 2223 CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(x);
780 : mmaechler 2661 CHM_SP ans = cholmod_copy(chx, chx->stype, chx->xtype, &c);
781 : maechler 1618 double dtol = asReal(tol);
782 : maechler 1736 int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
783 : maechler 1960 R_CheckStack();
784 : maechler 1618
785 : mmaechler 2661 if(!cholmod_drop(dtol, ans, &c))
786 :     error(_("cholmod_drop() failed"));
787 : mmaechler 2725 return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1,
788 : mmaechler 2175 tr ? ((*uplo_P(x) == 'U') ? 1 : -1) : 0,
789 :     Rkind, tr ? diag_P(x) : "",
790 : maechler 1736 GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
791 : maechler 1618 }
792 :    
793 : mmaechler 3076 /** @brief Horizontal Concatenation - cbind( <Csparse>, <Csparse>)
794 :     */
795 : bates 1218 SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)
796 :     {
797 : mmaechler 3055 #define CSPARSE_CAT(_KIND_) \
798 :     CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(x), chy = AS_CHM_SP__(y); \
799 :     R_CheckStack(); \
800 :     int Rk_x = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : -3, \
801 :     Rk_y = (chy->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(y) : -3, Rkind; \
802 :     if(Rk_x == -3 || Rk_y == -3) { /* at least one of them is patter"n" */ \
803 :     if(Rk_x == -3 && Rk_y == -3) { /* fine */ \
804 :     } else { /* only one is a patter"n" \
805 :     * "Bug" in cholmod_horzcat()/vertcat(): returns patter"n" matrix if one of them is */ \
806 :     Rboolean ok; \
807 :     if(Rk_x == -3) { \
808 :     ok = chm_MOD_xtype(CHOLMOD_REAL, chx, &c); Rk_x = 0; \
809 :     } else if(Rk_y == -3) { \
810 :     ok = chm_MOD_xtype(CHOLMOD_REAL, chy, &c); Rk_y = 0; \
811 :     } else \
812 :     error(_("Impossible Rk_x/Rk_y in Csparse_%s(), please report"), _KIND_); \
813 :     if(!ok) \
814 :     error(_("chm_MOD_xtype() was not successful in Csparse_%s(), please report"), \
815 :     _KIND_); \
816 :     } \
817 :     } \
818 :     Rkind = /* logical if both x and y are */ (Rk_x == 1 && Rk_y == 1) ? 1 : 0
819 : maechler 1375
820 : mmaechler 3055 CSPARSE_CAT("horzcat");
821 :     // TODO: currently drops dimnames - and we fix at R level;
822 :    
823 : mmaechler 2661 return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c),
824 : maechler 1960 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
825 : bates 1218 }
826 :    
827 : mmaechler 3076 /** @brief Vertical Concatenation - rbind( <Csparse>, <Csparse>)
828 :     */
829 : bates 1218 SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)
830 :     {
831 : mmaechler 3055 CSPARSE_CAT("vertcat");
832 :     // TODO: currently drops dimnames - and we fix at R level;
833 : maechler 1375
834 : mmaechler 2661 return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c),
835 : maechler 1960 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
836 : bates 1218 }
837 : bates 1265
838 :     SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)
839 :     {
840 : mmaechler 2223 CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(x);
841 : maechler 1736 int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
842 : mmaechler 2661 CHM_SP ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);
843 : maechler 1960 R_CheckStack();
844 : bates 1265
845 : maechler 1736 return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "",
846 :     GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
847 : bates 1265 }
848 : bates 1366
849 :     SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)
850 :     {
851 : maechler 2120 const char *cl = class_P(x);
852 :     /* dtCMatrix, etc; [1] = the second character =?= 't' for triangular */
853 :     if (cl[1] != 't' || *diag_P(x) != 'U') {
854 : maechler 2125 /* "trivially fast" when not triangular (<==> no 'diag' slot),
855 :     or not *unit* triangular */
856 : maechler 1708 return (x);
857 :     }
858 : maechler 2125 else { /* unit triangular (diag='U'): "fill the diagonal" & diag:= "N" */
859 : mmaechler 2223 CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(x);
860 : mmaechler 2661 CHM_SP eye = cholmod_speye(chx->nrow, chx->ncol, chx->xtype, &c);
861 : maechler 1708 double one[] = {1, 0};
862 : mmaechler 2661 CHM_SP ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);
863 : maechler 1710 int uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? 1 : -1;
864 : maechler 1736 int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
865 : bates 1366
866 : maechler 1960 R_CheckStack();
867 : mmaechler 2661 cholmod_free_sparse(&eye, &c);
868 : maechler 1708 return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, Rkind, "N",
869 : maechler 1736 GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
870 : maechler 1708 }
871 : bates 1366 }
872 :    
873 : maechler 2125 SEXP Csparse_diagN2U(SEXP x)
874 :     {
875 :     const char *cl = class_P(x);
876 :     /* dtCMatrix, etc; [1] = the second character =?= 't' for triangular */
877 :     if (cl[1] != 't' || *diag_P(x) != 'N') {
878 :     /* "trivially fast" when not triangular (<==> no 'diag' slot),
879 :     or already *unit* triangular */
880 :     return (x);
881 :     }
882 :     else { /* triangular with diag='N'): now drop the diagonal */
883 :     /* duplicate, since chx will be modified: */
884 : mmaechler 2772 SEXP xx = PROTECT(duplicate(x));
885 :     CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(xx);
886 : maechler 2125 int uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? 1 : -1,
887 :     Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
888 :     R_CheckStack();
889 :    
890 :     chm_diagN2U(chx, uploT, /* do_realloc */ FALSE);
891 :    
892 : mmaechler 2834 SEXP ans = chm_sparse_to_SEXP(chx, /*dofree*/ 0/* or 1 ?? */,
893 :     uploT, Rkind, "U",
894 :     GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
895 :     UNPROTECT(1);// only now !
896 :     return ans;
897 : maechler 2125 }
898 :     }
899 :    
900 : mmaechler 2519 /**
901 : mmaechler 3076 * Indexing aka subsetting : Compute x[i,j], also for vectors i and j
902 : mmaechler 2519 * Working via CHOLMOD_submatrix, see ./CHOLMOD/MatrixOps/cholmod_submatrix.c
903 :     * @param x CsparseMatrix
904 : mmaechler 3076 * @param i row indices (0-origin), or NULL (R, not C)
905 : mmaechler 2519 * @param j columns indices (0-origin), or NULL
906 :     *
907 :     * @return x[i,j] still CsparseMatrix --- currently, this loses dimnames
908 :     */
909 : bates 1366 SEXP Csparse_submatrix(SEXP x, SEXP i, SEXP j)
910 :     {
911 : mmaechler 2519 CHM_SP chx = AS_CHM_SP(x); /* << does diagU2N() when needed */
912 : bates 1366 int rsize = (isNull(i)) ? -1 : LENGTH(i),
913 :     csize = (isNull(j)) ? -1 : LENGTH(j);
914 : maechler 1736 int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
915 : maechler 1960 R_CheckStack();
916 : bates 1366
917 :     if (rsize >= 0 && !isInteger(i))
918 :     error(_("Index i must be NULL or integer"));
919 :     if (csize >= 0 && !isInteger(j))
920 :     error(_("Index j must be NULL or integer"));
921 : maechler 1736
922 : mmaechler 3011 #define CHM_SUB(_M_, _i_, _j_) \
923 :     cholmod_submatrix(_M_, \
924 :     (rsize < 0) ? NULL : INTEGER(_i_), rsize, \
925 :     (csize < 0) ? NULL : INTEGER(_j_), csize, \
926 :     TRUE, TRUE, &c)
927 :     CHM_SP ans;
928 : dmbates 2731 if (!chx->stype) {/* non-symmetric Matrix */
929 : mmaechler 3011 ans = CHM_SUB(chx, i, j);
930 : dmbates 2731 }
931 : mmaechler 3011 else {
932 :     /* for now, cholmod_submatrix() only accepts "generalMatrix" */
933 :     CHM_SP tmp = cholmod_copy(chx, /* stype: */ 0, chx->xtype, &c);
934 :     ans = CHM_SUB(tmp, i, j);
935 :     cholmod_free_sparse(&tmp, &c);
936 :     }
937 : mmaechler 3018
938 : mmaechler 3011 // "FIXME": currently dropping dimnames, and adding them afterwards in R :
939 : mmaechler 3018 /* // dimnames: */
940 :     /* SEXP x_dns = GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym), */
941 :     /* dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2)); */
942 : mmaechler 3011 return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", /* dimnames: */ R_NilValue);
943 : bates 1366 }
944 : bates 2049
945 : mmaechler 2684 #define _d_Csp_
946 :     #include "t_Csparse_subassign.c"
947 : mmaechler 2661
948 : mmaechler 2684 #define _l_Csp_
949 :     #include "t_Csparse_subassign.c"
950 : mmaechler 2661
951 : mmaechler 2684 #define _i_Csp_
952 :     #include "t_Csparse_subassign.c"
953 : mmaechler 2661
954 : mmaechler 2684 #define _n_Csp_
955 :     #include "t_Csparse_subassign.c"
956 : mmaechler 2677
957 : mmaechler 2684 #define _z_Csp_
958 :     #include "t_Csparse_subassign.c"
959 : mmaechler 2677
960 : mmaechler 2661
961 : mmaechler 2677
962 : bates 2049 SEXP Csparse_MatrixMarket(SEXP x, SEXP fname)
963 :     {
964 :     FILE *f = fopen(CHAR(asChar(fname)), "w");
965 :    
966 :     if (!f)
967 :     error(_("failure to open file \"%s\" for writing"),
968 :     CHAR(asChar(fname)));
969 : mmaechler 2661 if (!cholmod_write_sparse(f, AS_CHM_SP(x),
970 : maechler 2120 (CHM_SP)NULL, (char*) NULL, &c))
971 : mmaechler 2661 error(_("cholmod_write_sparse returned error code"));
972 : bates 2049 fclose(f);
973 :     return R_NilValue;
974 :     }
975 : maechler 2137
976 :    
977 :     /**
978 :     * Extract the diagonal entries from *triangular* Csparse matrix __or__ a
979 :     * cholmod_sparse factor (LDL = TRUE).
980 :     *
981 :     * @param n dimension of the matrix.
982 :     * @param x_p 'p' (column pointer) slot contents
983 :     * @param x_x 'x' (non-zero entries) slot contents
984 : mmaechler 2175 * @param perm 'perm' (= permutation vector) slot contents; only used for "diagBack"
985 : maechler 2137 * @param resultKind a (SEXP) string indicating which kind of result is desired.
986 :     *
987 :     * @return a SEXP, either a (double) number or a length n-vector of diagonal entries
988 :     */
989 : mmaechler 2984 SEXP diag_tC_ptr(int n, int *x_p, double *x_x, Rboolean is_U, int *perm,
990 : maechler 2137 /* ^^^^^^ FIXME[Generalize] to int / ... */
991 : mmaechler 2984 SEXP resultKind)
992 : maechler 2137 {
993 :     const char* res_ch = CHAR(STRING_ELT(resultKind,0));
994 : mmaechler 2984 enum diag_kind { diag, diag_backpermuted, trace, prod, sum_log, min, max, range
995 : maechler 2137 } res_kind = ((!strcmp(res_ch, "trace")) ? trace :
996 :     ((!strcmp(res_ch, "sumLog")) ? sum_log :
997 :     ((!strcmp(res_ch, "prod")) ? prod :
998 : mmaechler 2984 ((!strcmp(res_ch, "min")) ? min :
999 :     ((!strcmp(res_ch, "max")) ? max :
1000 :     ((!strcmp(res_ch, "range")) ? range :
1001 :     ((!strcmp(res_ch, "diag")) ? diag :
1002 :     ((!strcmp(res_ch, "diagBack")) ? diag_backpermuted :
1003 :     -1))))))));
1004 :     int i, n_x, i_from;
1005 : maechler 2137 SEXP ans = PROTECT(allocVector(REALSXP,
1006 :     /* ^^^^ FIXME[Generalize] */
1007 :     (res_kind == diag ||
1008 : mmaechler 2984 res_kind == diag_backpermuted) ? n :
1009 :     (res_kind == range ? 2 : 1)));
1010 : maechler 2137 double *v = REAL(ans);
1011 :     /* ^^^^^^ ^^^^ FIXME[Generalize] */
1012 :    
1013 : mmaechler 2984 i_from = (is_U ? -1 : 0);
1014 :    
1015 : mmaechler 2784 #define for_DIAG(v_ASSIGN) \
1016 : mmaechler 2984 for(i = 0; i < n; i++) { \
1017 : mmaechler 2784 /* looking at i-th column */ \
1018 : maechler 2137 n_x = x_p[i+1] - x_p[i];/* #{entries} in this column */ \
1019 : mmaechler 2984 if( is_U) i_from += n_x; \
1020 : mmaechler 2784 v_ASSIGN; \
1021 : mmaechler 2984 if(!is_U) i_from += n_x; \
1022 : maechler 2137 }
1023 :    
1024 :     /* NOTA BENE: we assume -- uplo = "L" i.e. lower triangular matrix
1025 :     * for uplo = "U" (makes sense with a "dtCMatrix" !),
1026 : mmaechler 2984 * should use x_x[i_from + (n_x - 1)] instead of x_x[i_from],
1027 :     * where n_x = (x_p[i+1] - x_p[i])
1028 : maechler 2137 */
1029 :    
1030 :     switch(res_kind) {
1031 : mmaechler 2984 case trace: // = sum
1032 : maechler 2137 v[0] = 0.;
1033 :     for_DIAG(v[0] += x_x[i_from]);
1034 :     break;
1035 :    
1036 :     case sum_log:
1037 :     v[0] = 0.;
1038 :     for_DIAG(v[0] += log(x_x[i_from]));
1039 :     break;
1040 :    
1041 :     case prod:
1042 :     v[0] = 1.;
1043 :     for_DIAG(v[0] *= x_x[i_from]);
1044 :     break;
1045 :    
1046 : mmaechler 2984 case min:
1047 :     v[0] = R_PosInf;
1048 :     for_DIAG(if(v[0] > x_x[i_from]) v[0] = x_x[i_from]);
1049 :     break;
1050 :    
1051 :     case max:
1052 :     v[0] = R_NegInf;
1053 :     for_DIAG(if(v[0] < x_x[i_from]) v[0] = x_x[i_from]);
1054 :     break;
1055 :    
1056 :     case range:
1057 :     v[0] = R_PosInf;
1058 :     v[1] = R_NegInf;
1059 :     for_DIAG(if(v[0] > x_x[i_from]) v[0] = x_x[i_from];
1060 :     if(v[1] < x_x[i_from]) v[1] = x_x[i_from]);
1061 :     break;
1062 :    
1063 : maechler 2137 case diag:
1064 :     for_DIAG(v[i] = x_x[i_from]);
1065 :     break;
1066 :    
1067 :     case diag_backpermuted:
1068 :     for_DIAG(v[i] = x_x[i_from]);
1069 :    
1070 : mmaechler 2784 warning(_("%s = '%s' (back-permuted) is experimental"),
1071 :     "resultKind", "diagBack");
1072 : maechler 2144 /* now back_permute : */
1073 :     for(i = 0; i < n; i++) {
1074 :     double tmp = v[i]; v[i] = v[perm[i]]; v[perm[i]] = tmp;
1075 :     /*^^^^ FIXME[Generalize] */
1076 :     }
1077 : maechler 2137 break;
1078 :    
1079 :     default: /* -1 from above */
1080 : mmaechler 2387 error(_("diag_tC(): invalid 'resultKind'"));
1081 : maechler 2137 /* Wall: */ ans = R_NilValue; v = REAL(ans);
1082 :     }
1083 :    
1084 :     UNPROTECT(1);
1085 :     return ans;
1086 :     }
1087 :    
1088 :     /**
1089 :     * Extract the diagonal entries from *triangular* Csparse matrix __or__ a
1090 :     * cholmod_sparse factor (LDL = TRUE).
1091 :     *
1092 : mmaechler 2984 * @param obj -- now a cholmod_sparse factor or a dtCMatrix
1093 : maechler 2137 * @param pslot 'p' (column pointer) slot of Csparse matrix/factor
1094 :     * @param xslot 'x' (non-zero entries) slot of Csparse matrix/factor
1095 : mmaechler 2175 * @param perm_slot 'perm' (= permutation vector) slot of corresponding CHMfactor;
1096 :     * only used for "diagBack"
1097 : maechler 2137 * @param resultKind a (SEXP) string indicating which kind of result is desired.
1098 :     *
1099 :     * @return a SEXP, either a (double) number or a length n-vector of diagonal entries
1100 :     */
1101 : mmaechler 2984 SEXP diag_tC(SEXP obj, SEXP resultKind)
1102 : maechler 2137 {
1103 : mmaechler 2984
1104 :     SEXP
1105 :     pslot = GET_SLOT(obj, Matrix_pSym),
1106 :     xslot = GET_SLOT(obj, Matrix_xSym);
1107 :     Rboolean is_U = (R_has_slot(obj, Matrix_uploSym) &&
1108 :     *CHAR(asChar(GET_SLOT(obj, Matrix_uploSym))) == 'U');
1109 : maechler 2137 int n = length(pslot) - 1, /* n = ncol(.) = nrow(.) */
1110 : mmaechler 2984 *x_p = INTEGER(pslot), pp = -1, *perm;
1111 : maechler 2137 double *x_x = REAL(xslot);
1112 :     /* ^^^^^^ ^^^^ FIXME[Generalize] to INTEGER(.) / LOGICAL(.) / ... xslot !*/
1113 :    
1114 : mmaechler 2984 if(R_has_slot(obj, Matrix_permSym))
1115 :     perm = INTEGER(GET_SLOT(obj, Matrix_permSym));
1116 :     else perm = &pp;
1117 :    
1118 :     return diag_tC_ptr(n, x_p, x_x, is_U, perm, resultKind);
1119 : maechler 2137 }
1120 : dmbates 2319
1121 : mmaechler 2984
1122 : dmbates 2319 /**
1123 :     * Create a Csparse matrix object from indices and/or pointers.
1124 :     *
1125 :     * @param cls name of actual class of object to create
1126 :     * @param i optional integer vector of length nnz of row indices
1127 :     * @param j optional integer vector of length nnz of column indices
1128 :     * @param p optional integer vector of length np of row or column pointers
1129 :     * @param np length of integer vector p. Must be zero if p == (int*)NULL
1130 :     * @param x optional vector of values
1131 :     * @param nnz length of vectors i, j and/or x, whichever is to be used
1132 :     * @param dims optional integer vector of length 2 to be used as
1133 :     * dimensions. If dims == (int*)NULL then the maximum row and column
1134 :     * index are used as the dimensions.
1135 :     * @param dimnames optional list of length 2 to be used as dimnames
1136 :     * @param index1 indicator of 1-based indices
1137 :     *
1138 :     * @return an SEXP of class cls inheriting from CsparseMatrix.
1139 :     */
1140 :     SEXP create_Csparse(char* cls, int* i, int* j, int* p, int np,
1141 :     void* x, int nnz, int* dims, SEXP dimnames,
1142 :     int index1)
1143 :     {
1144 :     SEXP ans;
1145 :     int *ij = (int*)NULL, *tri, *trj,
1146 :     mi, mj, mp, nrow = -1, ncol = -1;
1147 :     int xtype = -1; /* -Wall */
1148 :     CHM_TR T;
1149 :     CHM_SP A;
1150 :    
1151 :     if (np < 0 || nnz < 0)
1152 :     error(_("negative vector lengths not allowed: np = %d, nnz = %d"),
1153 :     np, nnz);
1154 :     if (1 != ((mi = (i == (int*)NULL)) +
1155 :     (mj = (j == (int*)NULL)) +
1156 :     (mp = (p == (int*)NULL))))
1157 :     error(_("exactly 1 of 'i', 'j' or 'p' must be NULL"));
1158 :     if (mp) {
1159 :     if (np) error(_("np = %d, must be zero when p is NULL"), np);
1160 :     } else {
1161 :     if (np) { /* Expand p to form i or j */
1162 :     if (!(p[0])) error(_("p[0] = %d, should be zero"), p[0]);
1163 :     for (int ii = 0; ii < np; ii++)
1164 :     if (p[ii] > p[ii + 1])
1165 :     error(_("p must be non-decreasing"));
1166 :     if (p[np] != nnz)
1167 : mmaechler 2387 error("p[np] = %d != nnz = %d", p[np], nnz);
1168 : dmbates 2319 ij = Calloc(nnz, int);
1169 :     if (mi) {
1170 :     i = ij;
1171 :     nrow = np;
1172 :     } else {
1173 :     j = ij;
1174 :     ncol = np;
1175 :     }
1176 : mmaechler 2661 /* Expand p to 0-based indices */
1177 : dmbates 2319 for (int ii = 0; ii < np; ii++)
1178 :     for (int jj = p[ii]; jj < p[ii + 1]; jj++) ij[jj] = ii;
1179 :     } else {
1180 :     if (nnz)
1181 :     error(_("Inconsistent dimensions: np = 0 and nnz = %d"),
1182 :     nnz);
1183 :     }
1184 :     }
1185 : mmaechler 2661 /* calculate nrow and ncol */
1186 : dmbates 2319 if (nrow < 0) {
1187 :     for (int ii = 0; ii < nnz; ii++) {
1188 :     int i1 = i[ii] + (index1 ? 0 : 1); /* 1-based index */
1189 :     if (i1 < 1) error(_("invalid row index at position %d"), ii);
1190 :     if (i1 > nrow) nrow = i1;
1191 :     }
1192 :     }
1193 :     if (ncol < 0) {
1194 :     for (int jj = 0; jj < nnz; jj++) {
1195 :     int j1 = j[jj] + (index1 ? 0 : 1);
1196 : mmaechler 2387 if (j1 < 1) error(_("invalid column index at position %d"), jj);
1197 : dmbates 2319 if (j1 > ncol) ncol = j1;
1198 :     }
1199 :     }
1200 :     if (dims != (int*)NULL) {
1201 :     if (dims[0] > nrow) nrow = dims[0];
1202 :     if (dims[1] > ncol) ncol = dims[1];
1203 :     }
1204 : mmaechler 2661 /* check the class name */
1205 : dmbates 2319 if (strlen(cls) != 8)
1206 :     error(_("strlen of cls argument = %d, should be 8"), strlen(cls));
1207 :     if (!strcmp(cls + 2, "CMatrix"))
1208 :     error(_("cls = \"%s\" does not end in \"CMatrix\""), cls);
1209 :     switch(cls[0]) {
1210 :     case 'd':
1211 :     case 'l':
1212 : mmaechler 2661 xtype = CHOLMOD_REAL;
1213 :     break;
1214 : dmbates 2319 case 'n':
1215 : mmaechler 2661 xtype = CHOLMOD_PATTERN;
1216 :     break;
1217 : dmbates 2319 default:
1218 : mmaechler 2661 error(_("cls = \"%s\" must begin with 'd', 'l' or 'n'"), cls);
1219 : dmbates 2319 }
1220 :     if (cls[1] != 'g')
1221 :     error(_("Only 'g'eneral sparse matrix types allowed"));
1222 : mmaechler 2661 /* allocate and populate the triplet */
1223 :     T = cholmod_allocate_triplet((size_t)nrow, (size_t)ncol, (size_t)nnz, 0,
1224 :     xtype, &c);
1225 : dmbates 2319 T->x = x;
1226 :     tri = (int*)T->i;
1227 :     trj = (int*)T->j;
1228 :     for (int ii = 0; ii < nnz; ii++) {
1229 :     tri[ii] = i[ii] - ((!mi && index1) ? 1 : 0);
1230 :     trj[ii] = j[ii] - ((!mj && index1) ? 1 : 0);
1231 :     }
1232 : mmaechler 2661 /* create the cholmod_sparse structure */
1233 :     A = cholmod_triplet_to_sparse(T, nnz, &c);
1234 :     cholmod_free_triplet(&T, &c);
1235 :     /* copy the information to the SEXP */
1236 : dmbates 2319 ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS(cls)));
1237 : mmaechler 3055 // FIXME: This has been copied from chm_sparse_to_SEXP in chm_common.c
1238 : mmaechler 2661 /* allocate and copy common slots */
1239 :     nnz = cholmod_nnz(A, &c);
1240 : dmbates 2319 dims = INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_DimSym, INTSXP, 2));
1241 :     dims[0] = A->nrow; dims[1] = A->ncol;
1242 :     Memcpy(INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_pSym, INTSXP, A->ncol + 1)), (int*)A->p, A->ncol + 1);
1243 :     Memcpy(INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_iSym, INTSXP, nnz)), (int*)A->i, nnz);
1244 :     switch(cls[1]) {
1245 :     case 'd':
1246 :     Memcpy(REAL(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_xSym, REALSXP, nnz)), (double*)A->x, nnz);
1247 :     break;
1248 :     case 'l':
1249 :     error(_("code not yet written for cls = \"lgCMatrix\""));
1250 :     }
1251 : mmaechler 2646 /* FIXME: dimnames are *NOT* put there yet (if non-NULL) */
1252 : mmaechler 2661 cholmod_free_sparse(&A, &c);
1253 : dmbates 2319 UNPROTECT(1);
1254 :     return ans;
1255 :     }

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