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[matrix] Annotation of /pkg/Matrix/src/Csparse.c
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Annotation of /pkg/Matrix/src/Csparse.c

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Revision 2889 - (view) (download) (as text)

1 : bates 1218 /* Sparse matrices in compressed column-oriented form */
2 : mmaechler 2677
3 : bates 922 #include "Csparse.h"
4 : maechler 2120 #include "Tsparse.h"
5 : bates 922 #include "chm_common.h"
6 :    
7 : mmaechler 2279 /** "Cheap" C version of Csparse_validate() - *not* sorting : */
8 :     Rboolean isValid_Csparse(SEXP x)
9 :     {
10 :     /* NB: we do *NOT* check a potential 'x' slot here, at all */
11 :     SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
12 :     islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
13 :     int *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)), j,
14 :     nrow = dims[0],
15 :     ncol = dims[1],
16 :     *xp = INTEGER(pslot),
17 :     *xi = INTEGER(islot);
18 :    
19 :     if (length(pslot) != dims[1] + 1)
20 :     return FALSE;
21 :     if (xp[0] != 0)
22 :     return FALSE;
23 :     if (length(islot) < xp[ncol]) /* allow larger slots from over-allocation!*/
24 :     return FALSE;
25 :     for (j = 0; j < xp[ncol]; j++) {
26 :     if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)
27 :     return FALSE;
28 :     }
29 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
30 :     if (xp[j] > xp[j + 1])
31 :     return FALSE;
32 :     }
33 :     return TRUE;
34 :     }
35 :    
36 : mmaechler 2312 SEXP Csparse_validate(SEXP x) {
37 :     return Csparse_validate_(x, FALSE);
38 :     }
39 :    
40 : mmaechler 2889
41 :     #define _t_Csparse_validate
42 :     #include "t_Csparse_validate.c"
43 :    
44 :     #define _t_Csparse_sort
45 :     #include "t_Csparse_validate.c"
46 :    
47 :     // R: .validateCsparse(x, sort.if.needed = FALSE) :
48 : mmaechler 2312 SEXP Csparse_validate2(SEXP x, SEXP maybe_modify) {
49 :     return Csparse_validate_(x, asLogical(maybe_modify));
50 :     }
51 :    
52 : mmaechler 2889 // R: Matrix:::.sortCsparse(x) :
53 :     SEXP Csparse_sort (SEXP x) {
54 :     int ok = Csparse_sort_2(x, TRUE); // modifying x directly
55 :     if(!ok) warning(_("Csparse_sort(x): x is not a valid (apart from sorting) CsparseMatrix"));
56 :     return x;
57 : bates 922 }
58 :    
59 : maechler 1968 SEXP Rsparse_validate(SEXP x)
60 :     {
61 :     /* NB: we do *NOT* check a potential 'x' slot here, at all */
62 :     SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
63 :     jslot = GET_SLOT(x, Matrix_jSym);
64 :     Rboolean sorted, strictly;
65 :     int i, k,
66 :     *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
67 :     nrow = dims[0],
68 :     ncol = dims[1],
69 :     *xp = INTEGER(pslot),
70 :     *xj = INTEGER(jslot);
71 :    
72 :     if (length(pslot) != dims[0] + 1)
73 :     return mkString(_("slot p must have length = nrow(.) + 1"));
74 :     if (xp[0] != 0)
75 :     return mkString(_("first element of slot p must be zero"));
76 :     if (length(jslot) < xp[nrow]) /* allow larger slots from over-allocation!*/
77 :     return
78 :     mkString(_("last element of slot p must match length of slots j and x"));
79 :     for (i = 0; i < length(jslot); i++) {
80 :     if (xj[i] < 0 || xj[i] >= ncol)
81 :     return mkString(_("all column indices must be between 0 and ncol-1"));
82 :     }
83 :     sorted = TRUE; strictly = TRUE;
84 :     for (i = 0; i < nrow; i++) {
85 :     if (xp[i] > xp[i+1])
86 :     return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));
87 :     if(sorted)
88 :     for (k = xp[i] + 1; k < xp[i + 1]; k++) {
89 :     if (xj[k] < xj[k - 1])
90 :     sorted = FALSE;
91 :     else if (xj[k] == xj[k - 1])
92 :     strictly = FALSE;
93 :     }
94 :     }
95 :     if (!sorted)
96 : mmaechler 2661 /* cannot easily use cholmod_sort(.) ... -> "error out" :*/
97 : maechler 1968 return mkString(_("slot j is not increasing inside a column"));
98 :     else if(!strictly) /* sorted, but not strictly */
99 :     return mkString(_("slot j is not *strictly* increasing inside a column"));
100 :    
101 :     return ScalarLogical(1);
102 :     }
103 :    
104 :    
105 : maechler 1751 /* Called from ../R/Csparse.R : */
106 :     /* Can only return [dln]geMatrix (no symm/triang);
107 :     * FIXME: replace by non-CHOLMOD code ! */
108 : bates 1059 SEXP Csparse_to_dense(SEXP x)
109 :     {
110 : mmaechler 2223 CHM_SP chxs = AS_CHM_SP__(x);
111 : maechler 1751 /* This loses the symmetry property, since cholmod_dense has none,
112 :     * BUT, much worse (FIXME!), it also transforms CHOLMOD_PATTERN ("n") matrices
113 :     * to numeric (CHOLMOD_REAL) ones : */
114 : mmaechler 2661 CHM_DN chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
115 : maechler 1751 int Rkind = (chxs->xtype == CHOLMOD_PATTERN)? -1 : Real_kind(x);
116 : maechler 1960 R_CheckStack();
117 : bates 1059
118 : maechler 1736 return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1, Rkind, GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
119 : bates 1059 }
120 :    
121 : mmaechler 2628 // FIXME: do not go via CHM (should not be too hard, to just *drop* the x-slot, right?
122 : maechler 1548 SEXP Csparse_to_nz_pattern(SEXP x, SEXP tri)
123 : bates 1371 {
124 : mmaechler 2223 CHM_SP chxs = AS_CHM_SP__(x);
125 : mmaechler 2661 CHM_SP chxcp = cholmod_copy(chxs, chxs->stype, CHOLMOD_PATTERN, &c);
126 : bates 1867 int tr = asLogical(tri);
127 : maechler 1960 R_CheckStack();
128 : bates 1371
129 : maechler 1960 return chm_sparse_to_SEXP(chxcp, 1/*do_free*/,
130 : bates 1867 tr ? ((*uplo_P(x) == 'U') ? 1 : -1) : 0,
131 :     0, tr ? diag_P(x) : "",
132 : maechler 1548 GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
133 : bates 1371 }
134 :    
135 : mmaechler 2628 // n.CMatrix --> [dli].CMatrix (not going through CHM!)
136 :     SEXP nz_pattern_to_Csparse(SEXP x, SEXP res_kind)
137 :     {
138 :     return nz2Csparse(x, asInteger(res_kind));
139 :     }
140 :     // n.CMatrix --> [dli].CMatrix (not going through CHM!)
141 :     SEXP nz2Csparse(SEXP x, enum x_slot_kind r_kind)
142 :     {
143 :     const char *cl_x = class_P(x);
144 :     if(cl_x[0] != 'n') error(_("not a 'n.CMatrix'"));
145 :     if(cl_x[2] != 'C') error(_("not a CsparseMatrix"));
146 :     int nnz = LENGTH(GET_SLOT(x, Matrix_iSym));
147 :     SEXP ans;
148 : dmbates 2804 char *ncl = alloca(strlen(cl_x) + 1); /* not much memory required */
149 :     strcpy(ncl, cl_x);
150 : mmaechler 2628 double *dx_x; int *ix_x;
151 :     ncl[0] = (r_kind == x_double ? 'd' :
152 :     (r_kind == x_logical ? 'l' :
153 :     /* else (for now): r_kind == x_integer : */ 'i'));
154 :     PROTECT(ans = NEW_OBJECT(MAKE_CLASS(ncl)));
155 :     // create a correct 'x' slot:
156 :     switch(r_kind) {
157 :     int i;
158 :     case x_double: // 'd'
159 :     dx_x = REAL(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_xSym, REALSXP, nnz));
160 :     for (i=0; i < nnz; i++) dx_x[i] = 1.;
161 :     break;
162 :     case x_logical: // 'l'
163 :     ix_x = LOGICAL(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_xSym, LGLSXP, nnz));
164 :     for (i=0; i < nnz; i++) ix_x[i] = TRUE;
165 :     break;
166 :     case x_integer: // 'i'
167 :     ix_x = INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_xSym, INTSXP, nnz));
168 :     for (i=0; i < nnz; i++) ix_x[i] = 1;
169 :     break;
170 :    
171 :     default:
172 :     error(_("nz2Csparse(): invalid/non-implemented r_kind = %d"),
173 :     r_kind);
174 :     }
175 :    
176 :     // now copy all other slots :
177 :     slot_dup(ans, x, Matrix_iSym);
178 :     slot_dup(ans, x, Matrix_pSym);
179 :     slot_dup(ans, x, Matrix_DimSym);
180 :     slot_dup(ans, x, Matrix_DimNamesSym);
181 :     if(ncl[1] != 'g') { // symmetric or triangular ...
182 :     slot_dup_if_has(ans, x, Matrix_uploSym);
183 :     slot_dup_if_has(ans, x, Matrix_diagSym);
184 :     }
185 :     UNPROTECT(1);
186 :     return ans;
187 :     }
188 :    
189 : bates 1366 SEXP Csparse_to_matrix(SEXP x)
190 : bates 922 {
191 : mmaechler 2661 return chm_dense_to_matrix(cholmod_sparse_to_dense(AS_CHM_SP__(x), &c),
192 : maechler 1960 1 /*do_free*/, GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
193 : bates 1366 }
194 :    
195 :     SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x, SEXP tri)
196 :     {
197 : mmaechler 2223 CHM_SP chxs = AS_CHM_SP__(x);
198 : mmaechler 2661 CHM_TR chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);
199 : bates 1867 int tr = asLogical(tri);
200 : maechler 1736 int Rkind = (chxs->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
201 : maechler 1960 R_CheckStack();
202 : bates 922
203 : bates 1867 return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1,
204 :     tr ? ((*uplo_P(x) == 'U') ? 1 : -1) : 0,
205 :     Rkind, tr ? diag_P(x) : "",
206 : bates 1371 GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
207 : bates 922 }
208 :    
209 : bates 1448 /* this used to be called sCMatrix_to_gCMatrix(..) [in ./dsCMatrix.c ]: */
210 : bates 1371 SEXP Csparse_symmetric_to_general(SEXP x)
211 :     {
212 : mmaechler 2223 CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(x), chgx;
213 : maechler 1736 int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
214 : maechler 1960 R_CheckStack();
215 : bates 1371
216 :     if (!(chx->stype))
217 : maechler 1548 error(_("Nonsymmetric matrix in Csparse_symmetric_to_general"));
218 : mmaechler 2661 chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ 0, chx->xtype, &c);
219 : maechler 1375 /* xtype: pattern, "real", complex or .. */
220 : maechler 1548 return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "",
221 : bates 1371 GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
222 :     }
223 :    
224 : maechler 1618 SEXP Csparse_general_to_symmetric(SEXP x, SEXP uplo)
225 : maechler 1598 {
226 : mmaechler 2817 int *adims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)), n = adims[0];
227 :     if(n != adims[1]) {
228 :     error(_("Csparse_general_to_symmetric(): matrix is not square!"));
229 :     return R_NilValue; /* -Wall */
230 :     }
231 : mmaechler 2223 CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(x), chgx;
232 : maechler 2113 int uploT = (*CHAR(STRING_ELT(uplo,0)) == 'U') ? 1 : -1;
233 : maechler 1736 int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
234 : maechler 1960 R_CheckStack();
235 : mmaechler 2661 chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ uploT, chx->xtype, &c);
236 : maechler 1598 /* xtype: pattern, "real", complex or .. */
237 :     return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "",
238 :     GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
239 :     }
240 :    
241 : bates 1369 SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)
242 : bates 922 {
243 : maechler 1921 /* TODO: lgCMatrix & igC* currently go via double prec. cholmod -
244 :     * since cholmod (& cs) lacks sparse 'int' matrices */
245 : mmaechler 2223 CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(x);
246 : maechler 1736 int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
247 : mmaechler 2661 CHM_SP chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);
248 : bates 1366 SEXP dn = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))), tmp;
249 : bates 1867 int tr = asLogical(tri);
250 : maechler 1960 R_CheckStack();
251 : bates 1369
252 : bates 1366 tmp = VECTOR_ELT(dn, 0); /* swap the dimnames */
253 :     SET_VECTOR_ELT(dn, 0, VECTOR_ELT(dn, 1));
254 :     SET_VECTOR_ELT(dn, 1, tmp);
255 :     UNPROTECT(1);
256 : bates 1867 return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, /* SWAP 'uplo' for triangular */
257 :     tr ? ((*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1) : 0,
258 :     Rkind, tr ? diag_P(x) : "", dn);
259 : bates 922 }
260 :    
261 :     SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)
262 :     {
263 : maechler 2120 CHM_SP
264 : mmaechler 2223 cha = AS_CHM_SP(a),
265 :     chb = AS_CHM_SP(b),
266 : mmaechler 2661 chc = cholmod_ssmult(cha, chb, /*out_stype:*/ 0,
267 : mmaechler 2490 /* values:= is_numeric (T/F) */ cha->xtype > 0,
268 :     /*out sorted:*/ 1, &c);
269 : maechler 2125 const char *cl_a = class_P(a), *cl_b = class_P(b);
270 :     char diag[] = {'\0', '\0'};
271 :     int uploT = 0;
272 : mmaechler 2495 SEXP dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));
273 : maechler 1960 R_CheckStack();
274 : bates 922
275 : mmaechler 2494 #ifdef DEBUG_Matrix_verbose
276 : mmaechler 2490 Rprintf("DBG Csparse_C*_prod(%s, %s)\n", cl_a, cl_b);
277 :     #endif
278 :    
279 : maechler 2125 /* Preserve triangularity and even unit-triangularity if appropriate.
280 :     * Note that in that case, the multiplication itself should happen
281 :     * faster. But there's no support for that in CHOLMOD */
282 :    
283 :     /* UGLY hack -- rather should have (fast!) C-level version of
284 :     * is(a, "triangularMatrix") etc */
285 :     if (cl_a[1] == 't' && cl_b[1] == 't')
286 :     /* FIXME: fails for "Cholesky","BunchKaufmann"..*/
287 :     if(*uplo_P(a) == *uplo_P(b)) { /* both upper, or both lower tri. */
288 :     uploT = (*uplo_P(a) == 'U') ? 1 : -1;
289 :     if(*diag_P(a) == 'U' && *diag_P(b) == 'U') { /* return UNIT-triag. */
290 :     /* "remove the diagonal entries": */
291 :     chm_diagN2U(chc, uploT, /* do_realloc */ FALSE);
292 :     diag[0]= 'U';
293 :     }
294 :     else diag[0]= 'N';
295 :     }
296 : bates 1366 SET_VECTOR_ELT(dn, 0, /* establish dimnames */
297 :     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));
298 :     SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
299 :     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));
300 : mmaechler 2495 UNPROTECT(1);
301 : maechler 2125 return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, uploT, /*Rkind*/0, diag, dn);
302 : bates 922 }
303 :    
304 : maechler 1659 SEXP Csparse_Csparse_crossprod(SEXP a, SEXP b, SEXP trans)
305 : bates 1657 {
306 : maechler 1659 int tr = asLogical(trans);
307 : maechler 2120 CHM_SP
308 : mmaechler 2223 cha = AS_CHM_SP(a),
309 :     chb = AS_CHM_SP(b),
310 : maechler 2120 chTr, chc;
311 : maechler 2125 const char *cl_a = class_P(a), *cl_b = class_P(b);
312 :     char diag[] = {'\0', '\0'};
313 :     int uploT = 0;
314 : mmaechler 2495 SEXP dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));
315 : maechler 1960 R_CheckStack();
316 : bates 1657
317 : mmaechler 2661 chTr = cholmod_transpose((tr) ? chb : cha, chb->xtype, &c);
318 :     chc = cholmod_ssmult((tr) ? cha : chTr, (tr) ? chTr : chb,
319 : maechler 2125 /*out_stype:*/ 0, cha->xtype, /*out sorted:*/ 1, &c);
320 : mmaechler 2661 cholmod_free_sparse(&chTr, &c);
321 : maechler 1659
322 : maechler 2125 /* Preserve triangularity and unit-triangularity if appropriate;
323 :     * see Csparse_Csparse_prod() for comments */
324 :     if (cl_a[1] == 't' && cl_b[1] == 't')
325 :     if(*uplo_P(a) != *uplo_P(b)) { /* one 'U', the other 'L' */
326 :     uploT = (*uplo_P(b) == 'U') ? 1 : -1;
327 :     if(*diag_P(a) == 'U' && *diag_P(b) == 'U') { /* return UNIT-triag. */
328 :     chm_diagN2U(chc, uploT, /* do_realloc */ FALSE);
329 :     diag[0]= 'U';
330 :     }
331 :     else diag[0]= 'N';
332 :     }
333 : bates 1657 SET_VECTOR_ELT(dn, 0, /* establish dimnames */
334 : maechler 1659 duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), (tr) ? 0 : 1)));
335 : bates 1657 SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
336 : maechler 1659 duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), (tr) ? 0 : 1)));
337 : mmaechler 2495 UNPROTECT(1);
338 : maechler 2125 return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, uploT, /*Rkind*/0, diag, dn);
339 : bates 1657 }
340 :    
341 : bates 922 SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)
342 :     {
343 : mmaechler 2223 CHM_SP cha = AS_CHM_SP(a);
344 : maechler 1660 SEXP b_M = PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b));
345 : maechler 1960 CHM_DN chb = AS_CHM_DN(b_M);
346 : mmaechler 2661 CHM_DN chc = cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol, cha->nrow,
347 : maechler 1960 chb->xtype, &c);
348 :     SEXP dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));
349 :     double one[] = {1,0}, zero[] = {0,0};
350 : mmaechler 2628 int nprot = 2;
351 : maechler 1960 R_CheckStack();
352 : mmaechler 2628 /* Tim Davis, please FIXME: currently (2010-11) *fails* when a is a pattern matrix:*/
353 :     if(cha->xtype == CHOLMOD_PATTERN) {
354 :     /* warning(_("Csparse_dense_prod(): cholmod_sdmult() not yet implemented for pattern./ ngCMatrix" */
355 :     /* " --> slightly inefficient coercion")); */
356 : bates 922
357 : mmaechler 2628 // This *fails* to produce a CHOLMOD_REAL ..
358 :     // CHM_SP chd = cholmod_l_copy(cha, cha->stype, CHOLMOD_REAL, &c);
359 :     // --> use our Matrix-classes
360 :     SEXP da = PROTECT(nz2Csparse(a, x_double)); nprot++;
361 :     cha = AS_CHM_SP(da);
362 :     }
363 : mmaechler 2661 cholmod_sdmult(cha, 0, one, zero, chb, chc, &c);
364 : maechler 1660 SET_VECTOR_ELT(dn, 0, /* establish dimnames */
365 :     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));
366 :     SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
367 :     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b_M, Matrix_DimNamesSym), 1)));
368 : mmaechler 2628 UNPROTECT(nprot);
369 : maechler 1660 return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0, dn);
370 : bates 922 }
371 : maechler 925
372 : bates 1067 SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)
373 :     {
374 : mmaechler 2223 CHM_SP cha = AS_CHM_SP(a);
375 : maechler 1660 SEXP b_M = PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b));
376 : maechler 1960 CHM_DN chb = AS_CHM_DN(b_M);
377 : mmaechler 2661 CHM_DN chc = cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol, cha->ncol,
378 : maechler 1960 chb->xtype, &c);
379 : mmaechler 2629 SEXP dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2)); int nprot = 2;
380 : maechler 1960 double one[] = {1,0}, zero[] = {0,0};
381 :     R_CheckStack();
382 : mmaechler 2629 // -- see Csparse_dense_prod() above :
383 :     if(cha->xtype == CHOLMOD_PATTERN) {
384 :     SEXP da = PROTECT(nz2Csparse(a, x_double)); nprot++;
385 :     cha = AS_CHM_SP(da);
386 :     }
387 : mmaechler 2661 cholmod_sdmult(cha, 1, one, zero, chb, chc, &c);
388 : maechler 1660 SET_VECTOR_ELT(dn, 0, /* establish dimnames */
389 :     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 1)));
390 :     SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
391 :     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b_M, Matrix_DimNamesSym), 1)));
392 : mmaechler 2629 UNPROTECT(nprot);
393 : maechler 1660 return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0, dn);
394 : bates 1067 }
395 :    
396 : maechler 2125 /* Computes x'x or x x' -- *also* for Tsparse (triplet = TRUE)
397 :     see Csparse_Csparse_crossprod above for x'y and x y' */
398 : bates 928 SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)
399 : bates 922 {
400 : maechler 957 int trip = asLogical(triplet),
401 :     tr = asLogical(trans); /* gets reversed because _aat is tcrossprod */
402 : mmaechler 2491 #ifdef AS_CHM_DIAGU2N_FIXED_FINALLY
403 : mmaechler 2223 CHM_TR cht = trip ? AS_CHM_TR(x) : (CHM_TR) NULL;
404 : mmaechler 2491 #else /* workaround needed:*/
405 : mmaechler 2516 SEXP xx = PROTECT(Tsparse_diagU2N(x));
406 :     CHM_TR cht = trip ? AS_CHM_TR__(xx) : (CHM_TR) NULL;
407 : mmaechler 2491 #endif
408 : maechler 1960 CHM_SP chcp, chxt,
409 : maechler 2120 chx = (trip ?
410 : mmaechler 2661 cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c) :
411 : mmaechler 2223 AS_CHM_SP(x));
412 : bates 1366 SEXP dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));
413 : maechler 1960 R_CheckStack();
414 : bates 922
415 : mmaechler 2661 if (!tr) chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);
416 :     chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);
417 : maechler 2120 if(!chcp) {
418 :     UNPROTECT(1);
419 : mmaechler 2661 error(_("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()"));
420 : maechler 2120 }
421 : mmaechler 2661 cholmod_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);
422 : bates 1360 chcp->stype = 1;
423 : mmaechler 2661 if (trip) cholmod_free_sparse(&chx, &c);
424 :     if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);
425 : maechler 1960 SET_VECTOR_ELT(dn, 0, /* establish dimnames */
426 : bates 1366 duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym),
427 : maechler 1660 (tr) ? 0 : 1)));
428 : bates 1366 SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));
429 : mmaechler 2516 #ifdef AS_CHM_DIAGU2N_FIXED_FINALLY
430 : bates 1366 UNPROTECT(1);
431 : mmaechler 2516 #else
432 :     UNPROTECT(2);
433 :     #endif
434 : maechler 1548 return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, 0, "", dn);
435 : bates 922 }
436 : bates 923
437 : mmaechler 2646 /* Csparse_drop(x, tol): drop entries with absolute value < tol, i.e,
438 :     * at least all "explicit" zeros */
439 : maechler 1618 SEXP Csparse_drop(SEXP x, SEXP tol)
440 :     {
441 : mmaechler 2175 const char *cl = class_P(x);
442 :     /* dtCMatrix, etc; [1] = the second character =?= 't' for triangular */
443 :     int tr = (cl[1] == 't');
444 : mmaechler 2223 CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(x);
445 : mmaechler 2661 CHM_SP ans = cholmod_copy(chx, chx->stype, chx->xtype, &c);
446 : maechler 1618 double dtol = asReal(tol);
447 : maechler 1736 int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
448 : maechler 1960 R_CheckStack();
449 : maechler 1618
450 : mmaechler 2661 if(!cholmod_drop(dtol, ans, &c))
451 :     error(_("cholmod_drop() failed"));
452 : mmaechler 2725 return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1,
453 : mmaechler 2175 tr ? ((*uplo_P(x) == 'U') ? 1 : -1) : 0,
454 :     Rkind, tr ? diag_P(x) : "",
455 : maechler 1736 GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
456 : maechler 1618 }
457 :    
458 : bates 1218 SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)
459 :     {
460 : mmaechler 2223 CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(x), chy = AS_CHM_SP__(y);
461 : mmaechler 2540 int Rk_x = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0,
462 :     Rk_y = (chy->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(y) : 0,
463 :     Rkind = /* logical if both x and y are */ (Rk_x == 1 && Rk_y == 1) ? 1 : 0;
464 : maechler 1960 R_CheckStack();
465 : maechler 1375
466 : mmaechler 2540 /* TODO: currently drops dimnames - and we fix at R level */
467 : mmaechler 2661 return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c),
468 : maechler 1960 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
469 : bates 1218 }
470 :    
471 :     SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)
472 :     {
473 : mmaechler 2223 CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(x), chy = AS_CHM_SP__(y);
474 : mmaechler 2540 int Rk_x = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0,
475 :     Rk_y = (chy->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(y) : 0,
476 :     Rkind = /* logical if both x and y are */ (Rk_x == 1 && Rk_y == 1) ? 1 : 0;
477 : maechler 1960 R_CheckStack();
478 : maechler 1375
479 : mmaechler 2540 /* TODO: currently drops dimnames - and we fix at R level */
480 : mmaechler 2661 return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c),
481 : maechler 1960 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
482 : bates 1218 }
483 : bates 1265
484 :     SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)
485 :     {
486 : mmaechler 2223 CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(x);
487 : maechler 1736 int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
488 : mmaechler 2661 CHM_SP ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);
489 : maechler 1960 R_CheckStack();
490 : bates 1265
491 : maechler 1736 return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "",
492 :     GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
493 : bates 1265 }
494 : bates 1366
495 :     SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)
496 :     {
497 : maechler 2120 const char *cl = class_P(x);
498 :     /* dtCMatrix, etc; [1] = the second character =?= 't' for triangular */
499 :     if (cl[1] != 't' || *diag_P(x) != 'U') {
500 : maechler 2125 /* "trivially fast" when not triangular (<==> no 'diag' slot),
501 :     or not *unit* triangular */
502 : maechler 1708 return (x);
503 :     }
504 : maechler 2125 else { /* unit triangular (diag='U'): "fill the diagonal" & diag:= "N" */
505 : mmaechler 2223 CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(x);
506 : mmaechler 2661 CHM_SP eye = cholmod_speye(chx->nrow, chx->ncol, chx->xtype, &c);
507 : maechler 1708 double one[] = {1, 0};
508 : mmaechler 2661 CHM_SP ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);
509 : maechler 1710 int uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? 1 : -1;
510 : maechler 1736 int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
511 : bates 1366
512 : maechler 1960 R_CheckStack();
513 : mmaechler 2661 cholmod_free_sparse(&eye, &c);
514 : maechler 1708 return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, Rkind, "N",
515 : maechler 1736 GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
516 : maechler 1708 }
517 : bates 1366 }
518 :    
519 : maechler 2125 SEXP Csparse_diagN2U(SEXP x)
520 :     {
521 :     const char *cl = class_P(x);
522 :     /* dtCMatrix, etc; [1] = the second character =?= 't' for triangular */
523 :     if (cl[1] != 't' || *diag_P(x) != 'N') {
524 :     /* "trivially fast" when not triangular (<==> no 'diag' slot),
525 :     or already *unit* triangular */
526 :     return (x);
527 :     }
528 :     else { /* triangular with diag='N'): now drop the diagonal */
529 :     /* duplicate, since chx will be modified: */
530 : mmaechler 2772 SEXP xx = PROTECT(duplicate(x));
531 :     CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(xx);
532 : maechler 2125 int uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? 1 : -1,
533 :     Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
534 :     R_CheckStack();
535 :    
536 :     chm_diagN2U(chx, uploT, /* do_realloc */ FALSE);
537 :    
538 : mmaechler 2834 SEXP ans = chm_sparse_to_SEXP(chx, /*dofree*/ 0/* or 1 ?? */,
539 :     uploT, Rkind, "U",
540 :     GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
541 :     UNPROTECT(1);// only now !
542 :     return ans;
543 : maechler 2125 }
544 :     }
545 :    
546 : mmaechler 2519 /**
547 :     * "Indexing" aka subsetting : Compute x[i,j], also for vectors i and j
548 :     * Working via CHOLMOD_submatrix, see ./CHOLMOD/MatrixOps/cholmod_submatrix.c
549 :     * @param x CsparseMatrix
550 :     * @param i row indices (0-origin), or NULL (R's)
551 :     * @param j columns indices (0-origin), or NULL
552 :     *
553 :     * @return x[i,j] still CsparseMatrix --- currently, this loses dimnames
554 :     */
555 : bates 1366 SEXP Csparse_submatrix(SEXP x, SEXP i, SEXP j)
556 :     {
557 : mmaechler 2519 CHM_SP chx = AS_CHM_SP(x); /* << does diagU2N() when needed */
558 : bates 1366 int rsize = (isNull(i)) ? -1 : LENGTH(i),
559 :     csize = (isNull(j)) ? -1 : LENGTH(j);
560 : maechler 1736 int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
561 : maechler 1960 R_CheckStack();
562 : bates 1366
563 :     if (rsize >= 0 && !isInteger(i))
564 :     error(_("Index i must be NULL or integer"));
565 :     if (csize >= 0 && !isInteger(j))
566 :     error(_("Index j must be NULL or integer"));
567 : maechler 1736
568 : dmbates 2731 if (!chx->stype) {/* non-symmetric Matrix */
569 :     return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx,
570 :     (rsize < 0) ? NULL : INTEGER(i), rsize,
571 :     (csize < 0) ? NULL : INTEGER(j), csize,
572 :     TRUE, TRUE, &c),
573 :     1, 0, Rkind, "",
574 :     /* FIXME: drops dimnames */ R_NilValue);
575 :     }
576 :     /* for now, cholmod_submatrix() only accepts "generalMatrix" */
577 :     CHM_SP tmp = cholmod_copy(chx, /* stype: */ 0, chx->xtype, &c);
578 :     CHM_SP ans = cholmod_submatrix(tmp,
579 :     (rsize < 0) ? NULL : INTEGER(i), rsize,
580 :     (csize < 0) ? NULL : INTEGER(j), csize,
581 :     TRUE, TRUE, &c);
582 :     cholmod_free_sparse(&tmp, &c);
583 :     return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
584 : bates 1366 }
585 : bates 2049
586 : mmaechler 2684 #define _d_Csp_
587 :     #include "t_Csparse_subassign.c"
588 : mmaechler 2661
589 : mmaechler 2684 #define _l_Csp_
590 :     #include "t_Csparse_subassign.c"
591 : mmaechler 2661
592 : mmaechler 2684 #define _i_Csp_
593 :     #include "t_Csparse_subassign.c"
594 : mmaechler 2661
595 : mmaechler 2684 #define _n_Csp_
596 :     #include "t_Csparse_subassign.c"
597 : mmaechler 2677
598 : mmaechler 2684 #define _z_Csp_
599 :     #include "t_Csparse_subassign.c"
600 : mmaechler 2677
601 : mmaechler 2661
602 : mmaechler 2677
603 : bates 2049 SEXP Csparse_MatrixMarket(SEXP x, SEXP fname)
604 :     {
605 :     FILE *f = fopen(CHAR(asChar(fname)), "w");
606 :    
607 :     if (!f)
608 :     error(_("failure to open file \"%s\" for writing"),
609 :     CHAR(asChar(fname)));
610 : mmaechler 2661 if (!cholmod_write_sparse(f, AS_CHM_SP(x),
611 : maechler 2120 (CHM_SP)NULL, (char*) NULL, &c))
612 : mmaechler 2661 error(_("cholmod_write_sparse returned error code"));
613 : bates 2049 fclose(f);
614 :     return R_NilValue;
615 :     }
616 : maechler 2137
617 :    
618 :     /**
619 :     * Extract the diagonal entries from *triangular* Csparse matrix __or__ a
620 :     * cholmod_sparse factor (LDL = TRUE).
621 :     *
622 :     * @param n dimension of the matrix.
623 :     * @param x_p 'p' (column pointer) slot contents
624 :     * @param x_x 'x' (non-zero entries) slot contents
625 : mmaechler 2175 * @param perm 'perm' (= permutation vector) slot contents; only used for "diagBack"
626 : maechler 2137 * @param resultKind a (SEXP) string indicating which kind of result is desired.
627 :     *
628 :     * @return a SEXP, either a (double) number or a length n-vector of diagonal entries
629 :     */
630 :     SEXP diag_tC_ptr(int n, int *x_p, double *x_x, int *perm, SEXP resultKind)
631 :     /* ^^^^^^ FIXME[Generalize] to int / ... */
632 :     {
633 :     const char* res_ch = CHAR(STRING_ELT(resultKind,0));
634 :     enum diag_kind { diag, diag_backpermuted, trace, prod, sum_log
635 :     } res_kind = ((!strcmp(res_ch, "trace")) ? trace :
636 :     ((!strcmp(res_ch, "sumLog")) ? sum_log :
637 :     ((!strcmp(res_ch, "prod")) ? prod :
638 :     ((!strcmp(res_ch, "diag")) ? diag :
639 :     ((!strcmp(res_ch, "diagBack")) ? diag_backpermuted :
640 :     -1)))));
641 :     int i, n_x, i_from = 0;
642 :     SEXP ans = PROTECT(allocVector(REALSXP,
643 :     /* ^^^^ FIXME[Generalize] */
644 :     (res_kind == diag ||
645 :     res_kind == diag_backpermuted) ? n : 1));
646 :     double *v = REAL(ans);
647 :     /* ^^^^^^ ^^^^ FIXME[Generalize] */
648 :    
649 : mmaechler 2784 #define for_DIAG(v_ASSIGN) \
650 :     for(i = 0; i < n; i++, i_from += n_x) { \
651 :     /* looking at i-th column */ \
652 : maechler 2137 n_x = x_p[i+1] - x_p[i];/* #{entries} in this column */ \
653 : mmaechler 2784 v_ASSIGN; \
654 : maechler 2137 }
655 :    
656 :     /* NOTA BENE: we assume -- uplo = "L" i.e. lower triangular matrix
657 :     * for uplo = "U" (makes sense with a "dtCMatrix" !),
658 :     * should use x_x[i_from + (nx - 1)] instead of x_x[i_from],
659 :     * where nx = (x_p[i+1] - x_p[i])
660 :     */
661 :    
662 :     switch(res_kind) {
663 :     case trace:
664 :     v[0] = 0.;
665 :     for_DIAG(v[0] += x_x[i_from]);
666 :     break;
667 :    
668 :     case sum_log:
669 :     v[0] = 0.;
670 :     for_DIAG(v[0] += log(x_x[i_from]));
671 :     break;
672 :    
673 :     case prod:
674 :     v[0] = 1.;
675 :     for_DIAG(v[0] *= x_x[i_from]);
676 :     break;
677 :    
678 :     case diag:
679 :     for_DIAG(v[i] = x_x[i_from]);
680 :     break;
681 :    
682 :     case diag_backpermuted:
683 :     for_DIAG(v[i] = x_x[i_from]);
684 :    
685 : mmaechler 2784 warning(_("%s = '%s' (back-permuted) is experimental"),
686 :     "resultKind", "diagBack");
687 : maechler 2144 /* now back_permute : */
688 :     for(i = 0; i < n; i++) {
689 :     double tmp = v[i]; v[i] = v[perm[i]]; v[perm[i]] = tmp;
690 :     /*^^^^ FIXME[Generalize] */
691 :     }
692 : maechler 2137 break;
693 :    
694 :     default: /* -1 from above */
695 : mmaechler 2387 error(_("diag_tC(): invalid 'resultKind'"));
696 : maechler 2137 /* Wall: */ ans = R_NilValue; v = REAL(ans);
697 :     }
698 :    
699 :     UNPROTECT(1);
700 :     return ans;
701 :     }
702 :    
703 :     /**
704 :     * Extract the diagonal entries from *triangular* Csparse matrix __or__ a
705 :     * cholmod_sparse factor (LDL = TRUE).
706 :     *
707 :     * @param pslot 'p' (column pointer) slot of Csparse matrix/factor
708 :     * @param xslot 'x' (non-zero entries) slot of Csparse matrix/factor
709 : mmaechler 2175 * @param perm_slot 'perm' (= permutation vector) slot of corresponding CHMfactor;
710 :     * only used for "diagBack"
711 : maechler 2137 * @param resultKind a (SEXP) string indicating which kind of result is desired.
712 :     *
713 :     * @return a SEXP, either a (double) number or a length n-vector of diagonal entries
714 :     */
715 :     SEXP diag_tC(SEXP pslot, SEXP xslot, SEXP perm_slot, SEXP resultKind)
716 :     {
717 :     int n = length(pslot) - 1, /* n = ncol(.) = nrow(.) */
718 :     *x_p = INTEGER(pslot),
719 :     *perm = INTEGER(perm_slot);
720 :     double *x_x = REAL(xslot);
721 :     /* ^^^^^^ ^^^^ FIXME[Generalize] to INTEGER(.) / LOGICAL(.) / ... xslot !*/
722 :    
723 :     return diag_tC_ptr(n, x_p, x_x, perm, resultKind);
724 :     }
725 : dmbates 2319
726 :     /**
727 :     * Create a Csparse matrix object from indices and/or pointers.
728 :     *
729 :     * @param cls name of actual class of object to create
730 :     * @param i optional integer vector of length nnz of row indices
731 :     * @param j optional integer vector of length nnz of column indices
732 :     * @param p optional integer vector of length np of row or column pointers
733 :     * @param np length of integer vector p. Must be zero if p == (int*)NULL
734 :     * @param x optional vector of values
735 :     * @param nnz length of vectors i, j and/or x, whichever is to be used
736 :     * @param dims optional integer vector of length 2 to be used as
737 :     * dimensions. If dims == (int*)NULL then the maximum row and column
738 :     * index are used as the dimensions.
739 :     * @param dimnames optional list of length 2 to be used as dimnames
740 :     * @param index1 indicator of 1-based indices
741 :     *
742 :     * @return an SEXP of class cls inheriting from CsparseMatrix.
743 :     */
744 :     SEXP create_Csparse(char* cls, int* i, int* j, int* p, int np,
745 :     void* x, int nnz, int* dims, SEXP dimnames,
746 :     int index1)
747 :     {
748 :     SEXP ans;
749 :     int *ij = (int*)NULL, *tri, *trj,
750 :     mi, mj, mp, nrow = -1, ncol = -1;
751 :     int xtype = -1; /* -Wall */
752 :     CHM_TR T;
753 :     CHM_SP A;
754 :    
755 :     if (np < 0 || nnz < 0)
756 :     error(_("negative vector lengths not allowed: np = %d, nnz = %d"),
757 :     np, nnz);
758 :     if (1 != ((mi = (i == (int*)NULL)) +
759 :     (mj = (j == (int*)NULL)) +
760 :     (mp = (p == (int*)NULL))))
761 :     error(_("exactly 1 of 'i', 'j' or 'p' must be NULL"));
762 :     if (mp) {
763 :     if (np) error(_("np = %d, must be zero when p is NULL"), np);
764 :     } else {
765 :     if (np) { /* Expand p to form i or j */
766 :     if (!(p[0])) error(_("p[0] = %d, should be zero"), p[0]);
767 :     for (int ii = 0; ii < np; ii++)
768 :     if (p[ii] > p[ii + 1])
769 :     error(_("p must be non-decreasing"));
770 :     if (p[np] != nnz)
771 : mmaechler 2387 error("p[np] = %d != nnz = %d", p[np], nnz);
772 : dmbates 2319 ij = Calloc(nnz, int);
773 :     if (mi) {
774 :     i = ij;
775 :     nrow = np;
776 :     } else {
777 :     j = ij;
778 :     ncol = np;
779 :     }
780 : mmaechler 2661 /* Expand p to 0-based indices */
781 : dmbates 2319 for (int ii = 0; ii < np; ii++)
782 :     for (int jj = p[ii]; jj < p[ii + 1]; jj++) ij[jj] = ii;
783 :     } else {
784 :     if (nnz)
785 :     error(_("Inconsistent dimensions: np = 0 and nnz = %d"),
786 :     nnz);
787 :     }
788 :     }
789 : mmaechler 2661 /* calculate nrow and ncol */
790 : dmbates 2319 if (nrow < 0) {
791 :     for (int ii = 0; ii < nnz; ii++) {
792 :     int i1 = i[ii] + (index1 ? 0 : 1); /* 1-based index */
793 :     if (i1 < 1) error(_("invalid row index at position %d"), ii);
794 :     if (i1 > nrow) nrow = i1;
795 :     }
796 :     }
797 :     if (ncol < 0) {
798 :     for (int jj = 0; jj < nnz; jj++) {
799 :     int j1 = j[jj] + (index1 ? 0 : 1);
800 : mmaechler 2387 if (j1 < 1) error(_("invalid column index at position %d"), jj);
801 : dmbates 2319 if (j1 > ncol) ncol = j1;
802 :     }
803 :     }
804 :     if (dims != (int*)NULL) {
805 :     if (dims[0] > nrow) nrow = dims[0];
806 :     if (dims[1] > ncol) ncol = dims[1];
807 :     }
808 : mmaechler 2661 /* check the class name */
809 : dmbates 2319 if (strlen(cls) != 8)
810 :     error(_("strlen of cls argument = %d, should be 8"), strlen(cls));
811 :     if (!strcmp(cls + 2, "CMatrix"))
812 :     error(_("cls = \"%s\" does not end in \"CMatrix\""), cls);
813 :     switch(cls[0]) {
814 :     case 'd':
815 :     case 'l':
816 : mmaechler 2661 xtype = CHOLMOD_REAL;
817 :     break;
818 : dmbates 2319 case 'n':
819 : mmaechler 2661 xtype = CHOLMOD_PATTERN;
820 :     break;
821 : dmbates 2319 default:
822 : mmaechler 2661 error(_("cls = \"%s\" must begin with 'd', 'l' or 'n'"), cls);
823 : dmbates 2319 }
824 :     if (cls[1] != 'g')
825 :     error(_("Only 'g'eneral sparse matrix types allowed"));
826 : mmaechler 2661 /* allocate and populate the triplet */
827 :     T = cholmod_allocate_triplet((size_t)nrow, (size_t)ncol, (size_t)nnz, 0,
828 :     xtype, &c);
829 : dmbates 2319 T->x = x;
830 :     tri = (int*)T->i;
831 :     trj = (int*)T->j;
832 :     for (int ii = 0; ii < nnz; ii++) {
833 :     tri[ii] = i[ii] - ((!mi && index1) ? 1 : 0);
834 :     trj[ii] = j[ii] - ((!mj && index1) ? 1 : 0);
835 :     }
836 : mmaechler 2661 /* create the cholmod_sparse structure */
837 :     A = cholmod_triplet_to_sparse(T, nnz, &c);
838 :     cholmod_free_triplet(&T, &c);
839 :     /* copy the information to the SEXP */
840 : dmbates 2319 ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS(cls)));
841 :     /* FIXME: This has been copied from chm_sparse_to_SEXP in chm_common.c */
842 : mmaechler 2661 /* allocate and copy common slots */
843 :     nnz = cholmod_nnz(A, &c);
844 : dmbates 2319 dims = INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_DimSym, INTSXP, 2));
845 :     dims[0] = A->nrow; dims[1] = A->ncol;
846 :     Memcpy(INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_pSym, INTSXP, A->ncol + 1)), (int*)A->p, A->ncol + 1);
847 :     Memcpy(INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_iSym, INTSXP, nnz)), (int*)A->i, nnz);
848 :     switch(cls[1]) {
849 :     case 'd':
850 :     Memcpy(REAL(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_xSym, REALSXP, nnz)), (double*)A->x, nnz);
851 :     break;
852 :     case 'l':
853 :     error(_("code not yet written for cls = \"lgCMatrix\""));
854 :     }
855 : mmaechler 2646 /* FIXME: dimnames are *NOT* put there yet (if non-NULL) */
856 : mmaechler 2661 cholmod_free_sparse(&A, &c);
857 : dmbates 2319 UNPROTECT(1);
858 :     return ans;
859 :     }

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