SCM

SCM Repository

[matrix] Annotation of /pkg/Matrix/src/Csparse.c
ViewVC logotype

Annotation of /pkg/Matrix/src/Csparse.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log


Revision 1618 - (view) (download) (as text)
Original Path: pkg/src/Csparse.c

1 : bates 1218 /* Sparse matrices in compressed column-oriented form */
2 : bates 922 #include "Csparse.h"
3 :     #include "chm_common.h"
4 :    
5 :     SEXP Csparse_validate(SEXP x)
6 :     {
7 : maechler 1575 /* NB: we do *NOT* check a potential 'x' slot here, at all */
8 : bates 1555 cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
9 : bates 922 SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
10 :     islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
11 : bates 1555 int j, k, ncol = length(pslot) - 1,
12 : bates 922 *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
13 : bates 1555 nrow, sorted, *xp = INTEGER(pslot),
14 : bates 922 *xi = INTEGER(islot);
15 :    
16 :     nrow = dims[0];
17 :     if (length(pslot) <= 0)
18 :     return mkString(_("slot p must have length > 0"));
19 :     if (xp[0] != 0)
20 :     return mkString(_("first element of slot p must be zero"));
21 :     if (length(islot) != xp[ncol])
22 : bates 1555 return
23 :     mkString(_("last element of slot p must match length of slots i and x"));
24 :     for (j = 0; j < length(islot); j++) {
25 :     if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)
26 :     return mkString(_("all row indices must be between 0 and nrow-1"));
27 :     }
28 :     sorted = TRUE;
29 : bates 922 for (j = 0; j < ncol; j++) {
30 :     if (xp[j] > xp[j+1])
31 :     return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));
32 : bates 1555 for (k = xp[j] + 1; k < xp[j + 1]; k++)
33 :     if (xi[k] < xi[k - 1]) sorted = FALSE;
34 : bates 922 }
35 : bates 1555 if (!sorted) cholmod_sort(chx, &c);
36 :     Free(chx);
37 : bates 922 return ScalarLogical(1);
38 :     }
39 :    
40 : bates 1059 SEXP Csparse_to_dense(SEXP x)
41 :     {
42 :     cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
43 :     cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
44 :    
45 : bates 1141 Free(chxs);
46 : maechler 1548 return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1, Real_kind(x));
47 : bates 1059 }
48 :    
49 : maechler 1548 SEXP Csparse_to_nz_pattern(SEXP x, SEXP tri)
50 : bates 1371 {
51 :     cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
52 :     cholmod_sparse
53 :     *chxcp = cholmod_copy(chxs, chxs->stype, CHOLMOD_PATTERN, &c);
54 :     int uploT = 0; char *diag = "";
55 :    
56 :     Free(chxs);
57 :     if (asLogical(tri)) { /* triangular sparse matrices */
58 :     uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
59 :     -1 : 1;
60 :     diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));
61 :     }
62 : maechler 1548 return chm_sparse_to_SEXP(chxcp, 1, uploT, 0, diag,
63 :     GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
64 : bates 1371 }
65 :    
66 : bates 1366 SEXP Csparse_to_matrix(SEXP x)
67 : bates 922 {
68 : maechler 925 cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
69 : bates 1366 cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
70 :    
71 :     Free(chxs);
72 :     return chm_dense_to_matrix(chxd, 1,
73 :     GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
74 :     }
75 :    
76 :     SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x, SEXP tri)
77 :     {
78 :     cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
79 : bates 922 cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);
80 : maechler 1548 int uploT = 0;
81 :     char *diag = "";
82 :     int Rkind = (chxs->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
83 : bates 922
84 : bates 1141 Free(chxs);
85 : bates 1366 if (asLogical(tri)) { /* triangular sparse matrices */
86 : bates 1419 uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;
87 :     diag = diag_P(x);
88 : bates 1366 }
89 : maechler 1548 return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1, uploT, Rkind, diag,
90 : bates 1371 GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
91 : bates 922 }
92 :    
93 : bates 1448 /* this used to be called sCMatrix_to_gCMatrix(..) [in ./dsCMatrix.c ]: */
94 : bates 1371 SEXP Csparse_symmetric_to_general(SEXP x)
95 :     {
96 :     cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;
97 : maechler 1548 int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
98 : bates 1371
99 :     if (!(chx->stype))
100 : maechler 1548 error(_("Nonsymmetric matrix in Csparse_symmetric_to_general"));
101 : maechler 1375 chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ 0, chx->xtype, &c);
102 :     /* xtype: pattern, "real", complex or .. */
103 : bates 1371 Free(chx);
104 : maechler 1548 return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "",
105 : bates 1371 GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
106 :     }
107 :    
108 : maechler 1618 SEXP Csparse_general_to_symmetric(SEXP x, SEXP uplo)
109 : maechler 1598 {
110 :     cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;
111 : maechler 1618 int uploT = (*CHAR(asChar(uplo)) == 'U') ? -1 : 1;
112 : maechler 1598 int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
113 :    
114 : maechler 1618 chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ uploT, chx->xtype, &c);
115 : maechler 1598 /* xtype: pattern, "real", complex or .. */
116 :     Free(chx);
117 :     return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "",
118 :     GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
119 :     }
120 :    
121 : bates 1369 SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)
122 : bates 922 {
123 :     cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
124 : maechler 1568 int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
125 : bates 922 cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);
126 : bates 1366 SEXP dn = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))), tmp;
127 : bates 1369 int uploT = 0; char *diag = "";
128 :    
129 : bates 1141 Free(chx);
130 : bates 1366 tmp = VECTOR_ELT(dn, 0); /* swap the dimnames */
131 :     SET_VECTOR_ELT(dn, 0, VECTOR_ELT(dn, 1));
132 :     SET_VECTOR_ELT(dn, 1, tmp);
133 :     UNPROTECT(1);
134 : bates 1369 if (asLogical(tri)) { /* triangular sparse matrices */
135 : bates 1419 uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;
136 :     diag = diag_P(x);
137 : bates 1369 }
138 : maechler 1548 return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, uploT, Rkind, diag, dn);
139 : bates 922 }
140 :    
141 :     SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)
142 :     {
143 : bates 1059 cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),
144 :     *chb = as_cholmod_sparse(b);
145 :     cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);
146 : bates 1366 SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
147 : bates 922
148 : bates 1141 Free(cha); Free(chb);
149 : bates 1366 SET_VECTOR_ELT(dn, 0, /* establish dimnames */
150 :     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));
151 :     SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
152 :     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));
153 : maechler 1548 return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, 0, "", dn);
154 : bates 922 }
155 :    
156 :     SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)
157 :     {
158 :     cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
159 : bates 1461 cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b)));
160 : maechler 1548 cholmod_dense *chc =
161 : bates 1448 cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol, cha->nrow, chb->xtype, &c);
162 :     double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
163 : bates 922
164 : bates 1448 cholmod_sdmult(cha, 0, alpha, beta, chb, chc, &c);
165 : bates 1141 Free(cha); Free(chb);
166 : bates 1461 UNPROTECT(1);
167 : maechler 1548 return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0);
168 : bates 922 }
169 : maechler 925
170 : bates 1067 SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)
171 :     {
172 :     cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
173 : bates 1461 cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b)));
174 : bates 1448 cholmod_dense *chc =
175 :     cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol, cha->ncol, chb->xtype, &c);
176 :     double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
177 : bates 1067
178 : bates 1448 cholmod_sdmult(cha, 1, alpha, beta, chb, chc, &c);
179 : bates 1067 Free(cha); Free(chb);
180 : bates 1461 UNPROTECT(1);
181 : maechler 1548 return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0);
182 : bates 1067 }
183 :    
184 : bates 928 SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)
185 : bates 922 {
186 : maechler 957 int trip = asLogical(triplet),
187 :     tr = asLogical(trans); /* gets reversed because _aat is tcrossprod */
188 : bates 928 cholmod_triplet
189 :     *cht = trip ? as_cholmod_triplet(x) : (cholmod_triplet*) NULL;
190 :     cholmod_sparse *chcp, *chxt,
191 :     *chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)
192 :     : as_cholmod_sparse(x);
193 : bates 1366 SEXP dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));
194 : bates 922
195 : bates 923 if (!tr)
196 : bates 1353 chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);
197 : bates 928 chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);
198 : maechler 957 if(!chcp)
199 : maechler 1618 error(_("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()"));
200 : bates 1360 cholmod_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);
201 :     chcp->stype = 1;
202 : bates 930 if (trip) {
203 :     cholmod_free_sparse(&chx, &c);
204 : bates 1141 Free(cht);
205 : bates 930 } else {
206 : bates 1141 Free(chx);
207 : bates 930 }
208 : bates 923 if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);
209 : bates 1366 /* create dimnames */
210 :     SET_VECTOR_ELT(dn, 0,
211 :     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym),
212 :     (tr) ? 1 : 0)));
213 :     SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));
214 :     UNPROTECT(1);
215 : maechler 1548 return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, 0, "", dn);
216 : bates 922 }
217 : bates 923
218 : maechler 1618 SEXP Csparse_drop(SEXP x, SEXP tol)
219 :     {
220 :     cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
221 :     *ans = cholmod_copy(chx, chx->stype, chx->xtype, &c);
222 :     double dtol = asReal(tol);
223 :     int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
224 :    
225 :     if(!cholmod_drop(dtol, ans, &c))
226 :     error(_("cholmod_drop() failed"));
227 :     Free(chx);
228 :     /* FIXME: currently drops dimnames */
229 :     return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
230 :     }
231 :    
232 :    
233 : bates 1218 SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)
234 :     {
235 :     cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
236 :     *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
237 : maechler 1548 int Rkind = 0; /* only for "d" - FIXME */
238 : maechler 1375
239 : bates 1218 ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);
240 :     Free(chx); Free(chy);
241 : bates 1366 /* FIXME: currently drops dimnames */
242 : maechler 1548 return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
243 : bates 1218 }
244 :    
245 :     SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)
246 :     {
247 :     cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
248 :     *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
249 : maechler 1548 int Rkind = 0; /* only for "d" - FIXME */
250 : maechler 1375
251 : bates 1218 ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);
252 :     Free(chx); Free(chy);
253 : bates 1366 /* FIXME: currently drops dimnames */
254 : maechler 1548 return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
255 : bates 1218 }
256 : bates 1265
257 :     SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)
258 :     {
259 :     cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *ans;
260 : maechler 1548 int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
261 : bates 1265
262 :     ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);
263 :     Free(chx);
264 : maechler 1548 return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
265 : bates 1265 }
266 : bates 1366
267 :     SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)
268 :     {
269 :     cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
270 :     cholmod_sparse *eye = cholmod_speye(chx->nrow, chx->ncol, chx->xtype, &c);
271 :     double one[] = {1, 0};
272 :     cholmod_sparse *ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);
273 :     int uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
274 :     -1 : 1;
275 : maechler 1548 int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
276 : bates 1366
277 :     Free(chx); cholmod_free_sparse(&eye, &c);
278 : maechler 1548 return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, Rkind, "N",
279 : bates 1366 duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));
280 :     }
281 :    
282 :     SEXP Csparse_submatrix(SEXP x, SEXP i, SEXP j)
283 :     {
284 :     cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
285 :     int rsize = (isNull(i)) ? -1 : LENGTH(i),
286 :     csize = (isNull(j)) ? -1 : LENGTH(j);
287 : maechler 1548 int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
288 : bates 1366
289 :     if (rsize >= 0 && !isInteger(i))
290 :     error(_("Index i must be NULL or integer"));
291 :     if (csize >= 0 && !isInteger(j))
292 :     error(_("Index j must be NULL or integer"));
293 :     return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx, INTEGER(i), rsize,
294 : maechler 1375 INTEGER(j), csize,
295 : bates 1366 TRUE, TRUE, &c),
296 : maechler 1548 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
297 : bates 1366 }

R-Forge@R-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business University of Wisconsin - Madison Powered By FusionForge