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[matrix] Annotation of /pkg/Matrix/src/Csparse.c
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Annotation of /pkg/Matrix/src/Csparse.c

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Revision 1369 - (view) (download) (as text)
Original Path: pkg/src/Csparse.c

1 : bates 1218 /* Sparse matrices in compressed column-oriented form */
2 : bates 922 #include "Csparse.h"
3 :     #include "chm_common.h"
4 :    
5 :     SEXP Csparse_validate(SEXP x)
6 :     {
7 :     SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
8 :     islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
9 :     int j, ncol = length(pslot) - 1,
10 :     *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
11 :     nrow, *xp = INTEGER(pslot),
12 :     *xi = INTEGER(islot);
13 :    
14 :     nrow = dims[0];
15 :     if (length(pslot) <= 0)
16 :     return mkString(_("slot p must have length > 0"));
17 :     if (xp[0] != 0)
18 :     return mkString(_("first element of slot p must be zero"));
19 :     if (length(islot) != xp[ncol])
20 :     return mkString(_("last element of slot p must match length of slots i and x"));
21 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
22 :     if (xp[j] > xp[j+1])
23 :     return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));
24 :     }
25 :     for (j = 0; j < length(islot); j++) {
26 :     if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)
27 :     return mkString(_("all row indices must be between 0 and nrow-1"));
28 :     }
29 :     return ScalarLogical(1);
30 :     }
31 :    
32 : bates 1059 SEXP Csparse_to_dense(SEXP x)
33 :     {
34 :     cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
35 :     cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
36 :    
37 : bates 1141 Free(chxs);
38 : bates 1059 return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1);
39 :     }
40 :    
41 : bates 1366 SEXP Csparse_to_matrix(SEXP x)
42 : bates 922 {
43 : maechler 925 cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
44 : bates 1366 cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
45 :    
46 :     Free(chxs);
47 :     return chm_dense_to_matrix(chxd, 1,
48 :     GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
49 :     }
50 :    
51 :     SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x, SEXP tri)
52 :     {
53 :     cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
54 : bates 922 cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);
55 : bates 1366 int uploT = 0; char *diag = "";
56 : bates 922
57 : bates 1141 Free(chxs);
58 : bates 1366 if (asLogical(tri)) { /* triangular sparse matrices */
59 :     uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
60 :     -1 : 1;
61 :     diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));
62 :     }
63 :     return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1, uploT, diag,
64 :     duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));
65 : bates 922 }
66 :    
67 : bates 1369 SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)
68 : bates 922 {
69 :     cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
70 :     cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);
71 : bates 1366 SEXP dn = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))), tmp;
72 : bates 1369 int uploT = 0; char *diag = "";
73 :    
74 : bates 1141 Free(chx);
75 : bates 1366 tmp = VECTOR_ELT(dn, 0); /* swap the dimnames */
76 :     SET_VECTOR_ELT(dn, 0, VECTOR_ELT(dn, 1));
77 :     SET_VECTOR_ELT(dn, 1, tmp);
78 :     UNPROTECT(1);
79 : bates 1369 if (asLogical(tri)) { /* triangular sparse matrices */
80 :     uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
81 :     1 : -1; /* switch upper and lower for transpose */
82 :     diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));
83 :     }
84 :     return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, uploT, diag, dn);
85 : bates 922 }
86 :    
87 :     SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)
88 :     {
89 : bates 1059 cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),
90 :     *chb = as_cholmod_sparse(b);
91 :     cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);
92 : bates 1366 SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
93 : bates 922
94 : bates 1141 Free(cha); Free(chb);
95 : bates 1366 SET_VECTOR_ELT(dn, 0, /* establish dimnames */
96 :     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));
97 :     SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
98 :     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));
99 :     return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, "", dn);
100 : bates 922 }
101 :    
102 :     SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)
103 :     {
104 :     cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
105 :     cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);
106 :     cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol,
107 :     cha->nrow, chb->xtype, &c);
108 :     double alpha = 1, beta = 0;
109 :    
110 :     cholmod_sdmult(cha, 0, &alpha, &beta, chb, chc, &c);
111 : bates 1141 Free(cha); Free(chb);
112 : bates 923 return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);
113 : bates 922 }
114 : maechler 925
115 : bates 1067 SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)
116 :     {
117 :     cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
118 :     cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);
119 :     cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol,
120 :     cha->ncol, chb->xtype, &c);
121 :     double alpha = 1, beta = 0;
122 :    
123 :     cholmod_sdmult(cha, 1, &alpha, &beta, chb, chc, &c);
124 :     Free(cha); Free(chb);
125 :     return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);
126 :     }
127 :    
128 : bates 928 SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)
129 : bates 922 {
130 : maechler 957 int trip = asLogical(triplet),
131 :     tr = asLogical(trans); /* gets reversed because _aat is tcrossprod */
132 : bates 928 cholmod_triplet
133 :     *cht = trip ? as_cholmod_triplet(x) : (cholmod_triplet*) NULL;
134 :     cholmod_sparse *chcp, *chxt,
135 :     *chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)
136 :     : as_cholmod_sparse(x);
137 : bates 1366 SEXP dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));
138 : bates 922
139 : bates 923 if (!tr)
140 : bates 1353 chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);
141 : bates 928 chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);
142 : maechler 957 if(!chcp)
143 :     error("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()");
144 : bates 1360 cholmod_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);
145 :     chcp->stype = 1;
146 : bates 930 if (trip) {
147 :     cholmod_free_sparse(&chx, &c);
148 : bates 1141 Free(cht);
149 : bates 930 } else {
150 : bates 1141 Free(chx);
151 : bates 930 }
152 : bates 923 if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);
153 : bates 1366 /* create dimnames */
154 :     SET_VECTOR_ELT(dn, 0,
155 :     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym),
156 :     (tr) ? 1 : 0)));
157 :     SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));
158 :     UNPROTECT(1);
159 :     return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, "", dn);
160 : bates 922 }
161 : bates 923
162 : bates 1218 SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)
163 :     {
164 :     cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
165 :     *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
166 :    
167 :     ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);
168 :     Free(chx); Free(chy);
169 : bates 1366 /* FIXME: currently drops dimnames */
170 :     return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);
171 : bates 1218 }
172 :    
173 :     SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)
174 :     {
175 :     cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
176 :     *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
177 :    
178 :     ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);
179 :     Free(chx); Free(chy);
180 : bates 1366 /* FIXME: currently drops dimnames */
181 :     return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);
182 : bates 1218 }
183 : bates 1265
184 :     SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)
185 :     {
186 :     cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *ans;
187 :    
188 :     ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);
189 :     Free(chx);
190 : bates 1366 return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);
191 : bates 1265 }
192 : bates 1366
193 :     SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)
194 :     {
195 :     cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
196 :     cholmod_sparse *eye = cholmod_speye(chx->nrow, chx->ncol, chx->xtype, &c);
197 :     double one[] = {1, 0};
198 :     cholmod_sparse *ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);
199 :     int uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
200 :     -1 : 1;
201 :    
202 :     Free(chx); cholmod_free_sparse(&eye, &c);
203 :     return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, "N",
204 :     duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));
205 :     }
206 :    
207 :     SEXP Csparse_submatrix(SEXP x, SEXP i, SEXP j)
208 :     {
209 :     cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
210 :     int rsize = (isNull(i)) ? -1 : LENGTH(i),
211 :     csize = (isNull(j)) ? -1 : LENGTH(j);
212 :    
213 :     if (rsize >= 0 && !isInteger(i))
214 :     error(_("Index i must be NULL or integer"));
215 :     if (csize >= 0 && !isInteger(j))
216 :     error(_("Index j must be NULL or integer"));
217 :     return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx, INTEGER(i), rsize,
218 :     INTEGER(j), csize,
219 :     TRUE, TRUE, &c),
220 :     1, 0, "", R_NilValue);
221 :     }

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