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[matrix] Diff of /pkg/Matrix/R/diagMatrix.R
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Diff of /pkg/Matrix/R/diagMatrix.R

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pkg/R/diagMatrix.R revision 2544, Wed Jun 2 09:29:01 2010 UTC pkg/Matrix/R/diagMatrix.R revision 2904, Tue Sep 10 19:43:53 2013 UTC
# Line 5  Line 5 
5  ##          but *not* diag() extractor!  ##          but *not* diag() extractor!
6  Diagonal <- function(n, x = NULL)  Diagonal <- function(n, x = NULL)
7  {  {
8      ## Allow  Diagonal(4)  and  Diagonal(x=1:5)      ## Allow  Diagonal(4), Diagonal(x=1:5), and  Diagonal(4, TRUE)
9      if(missing(n))      n <- if(missing(n)) length(x) else {
         n <- length(x)  
     else {  
10          stopifnot(length(n) == 1, n == as.integer(n), n >= 0)          stopifnot(length(n) == 1, n == as.integer(n), n >= 0)
11          n <- as.integer(n)          as.integer(n)
12      }      }
13    
14      if(missing(x)) ## unit diagonal matrix      if(missing(x)) ## unit diagonal matrix
15          new("ddiMatrix", Dim = c(n,n), diag = "U")          new("ddiMatrix", Dim = c(n,n), diag = "U")
16      else {      else {
17          lx <- length(x)          lx <- length(x)
18          stopifnot(lx == 1 || lx == n) # but keep 'x' short for now          lx.1 <- lx == 1L
19            stopifnot(lx.1 || lx == n) # but keep 'x' short for now
20          if(is.logical(x))          if(is.logical(x))
21              cl <- "ldiMatrix"              cl <- "ldiMatrix"
22          else if(is.numeric(x)) {          else if(is.numeric(x)) {
# Line 27  Line 26 
26          else if(is.complex(x)) {          else if(is.complex(x)) {
27              cl <- "zdiMatrix"  # will not yet work              cl <- "zdiMatrix"  # will not yet work
28          } else stop("'x' has invalid data type")          } else stop("'x' has invalid data type")
29            if(lx.1 && !is.na(x) && x == 1) # cheap check for uni-diagonal..
30                new(cl, Dim = c(n,n), diag = "U")
31            else
32          new(cl, Dim = c(n,n), diag = "N",          new(cl, Dim = c(n,n), diag = "N",
33              x = if(lx == 1) rep.int(x,n) else x)                  x = if(lx.1) rep.int(x,n) else x)
34      }      }
35  }  }
36    
37  .sparseDiagonal <- function(n, x = rep.int(1,m), uplo = "U",  .sparseDiagonal <- function(n, x = 1, uplo = "U",
38                              shape = if(missing(cols)) "t" else "g",                              shape = if(missing(cols)) "t" else "g",
39                              kind, cols = if(n) 0:(n - 1L) else integer(0))                              unitri, kind,
40                                cols = if(n) 0:(n - 1L) else integer(0))
41  {  {
42      stopifnot(n == (n. <- as.integer(n)), (n <- n.) >= 0)      stopifnot(n == (n. <- as.integer(n)), (n <- n.) >= 0)
43      if(!missing(cols))      if(!(mcols <- missing(cols)))
44          stopifnot(0 <= (cols <- as.integer(cols)), cols < n)          stopifnot(0 <= (cols <- as.integer(cols)), cols < n)
45      m <- length(cols)      m <- length(cols)
46      if(missing(kind))      if(missing(kind))
# Line 49  Line 52 
52                  "d"                  "d"
53              }              }
54      else stopifnot(any(kind == c("d","l","n")))      else stopifnot(any(kind == c("d","l","n")))
     if(kind != "n") {  
         if((lx <- length(x)) == 1) x <- rep.int(x, m)  
         else if(lx != m) stop("length(x) must be either 1 or #{cols}")  
     }  
55      stopifnot(is.character(shape), nchar(shape) == 1,      stopifnot(is.character(shape), nchar(shape) == 1,
56                any(shape == c("t","s","g"))) # triangular / symmetric / general                any(shape == c("t","s","g"))) # triangular / symmetric / general
57      if(kind == "n") {      if((missing(unitri) || unitri) && shape == "t" &&
58           (mcols || cols == 0:(n-1L)) &&
59           ((any(kind == c("l", "n")) && allTrue(x)) ||
60            (    kind == "d"          && allTrue(x == 1)))) { ## uni-triangular
61            new(paste0(kind,"tCMatrix"), Dim = c(n,n),
62                       uplo = uplo, diag = "U", p = rep.int(0L, n+1L))
63        }
64        else if(kind == "n") {
65          if(shape == "g")          if(shape == "g")
66              new("ngCMatrix", Dim = c(n,m), i = cols, p = 0:m)              new("ngCMatrix", Dim = c(n,m), i = cols, p = 0:m)
67          else new(paste0("n", shape, "CMatrix"), Dim = c(n,m), uplo = uplo,          else new(paste0("n", shape, "CMatrix"), Dim = c(n,m), uplo = uplo,
68                   i = cols, p = 0:m)                   i = cols, p = 0:m)
69      }      }
70      ## kind != "n" -- have x slot :      else { ## kind != "n" -- have x slot :
71      else if(shape == "g")          if((lx <- length(x)) == 1) x <- rep.int(x, m)
72            else if(lx != m) stop("length(x) must be either 1 or #{cols}")
73            if(shape == "g")
74          new(paste0(kind, "gCMatrix"), Dim = c(n,m),          new(paste0(kind, "gCMatrix"), Dim = c(n,m),
75              x = x, i = cols, p = 0:m)              x = x, i = cols, p = 0:m)
76      else new(paste0(kind, shape, "CMatrix"), Dim = c(n,m), uplo = uplo,      else new(paste0(kind, shape, "CMatrix"), Dim = c(n,m), uplo = uplo,
77               x = x, i = cols, p = 0:m)               x = x, i = cols, p = 0:m)
78  }  }
79    }
80    
81  ## Pkg 'spdep' had (relatively slow) versions of this as_dsCMatrix_I()  ## Pkg 'spdep' had (relatively slow) versions of this as_dsCMatrix_I()
82  .symDiagonal <- function(n, x = rep.int(1,n), uplo = "U")  .symDiagonal <- function(n, x = rep.int(1,n), uplo = "U")
83      .sparseDiagonal(n, x, uplo, shape = "s")      .sparseDiagonal(n, x, uplo, shape = "s")
84    
85  ## instead of   diagU2N(as(Diagonal(n), "CsparseMatrix")), diag = "N" in any case:  # instead of   diagU2N(as(Diagonal(n), "CsparseMatrix")), diag = "N" in any case:
86  .trDiagonal <- function(n, x = rep.int(1,n), uplo = "U")  .trDiagonal <- function(n, x = 1, uplo = "U", unitri=TRUE)
87      .sparseDiagonal(n, x, uplo, shape = "t")      .sparseDiagonal(n, x, uplo, shape = "t", unitri=unitri)
88    
89    
90  ### This is modified from a post of Bert Gunter to R-help on  1 Sep 2005.  ## This is modified from a post of Bert Gunter to R-help on  1 Sep 2005.
91  ### Bert's code built on a post by Andy Liaw who most probably was influenced  ## Bert's code built on a post by Andy Liaw who most probably was influenced
92  ### by earlier posts, notably one by Scott Chasalow on S-news, 16 Jan 2002  ## by earlier posts, notably one by Scott Chasalow on S-news, 16 Jan 2002
93  ### who posted his bdiag() function written in December 1995.  ## who posted his bdiag() function written in December 1995.
94  if(FALSE)##--- no longer used:  if(FALSE)##--- no longer used:
95  .bdiag <- function(lst) {  .bdiag <- function(lst) {
96      ### block-diagonal matrix [a dgTMatrix] from list of matrices      ## block-diagonal matrix [a dgTMatrix] from list of matrices
97      stopifnot(is.list(lst), length(lst) >= 1)      stopifnot(is.list(lst), length(lst) >= 1)
98      dims <- sapply(lst, dim, USE.NAMES=FALSE)      dims <- vapply(lst, dim, 1L, USE.NAMES=FALSE)
99      ## make sure we had all matrices:      ## make sure we had all matrices:
100      if(!(is.matrix(dims) && nrow(dims) == 2))      if(!(is.matrix(dims) && nrow(dims) == 2))
101          stop("some arguments are not matrices")          stop("some arguments are not matrices")
# Line 111  Line 120 
120      ## block-diagonal matrix [a dgTMatrix] from list of matrices      ## block-diagonal matrix [a dgTMatrix] from list of matrices
121      stopifnot(is.list(lst), (nl <- length(lst)) >= 1)      stopifnot(is.list(lst), (nl <- length(lst)) >= 1)
122    
123      Tlst <- lapply(lapply(lst, Matrix:::as_Csp2), # includes "diagU2N"      Tlst <- lapply(lapply(lst, as_Csp2), # includes "diagU2N"
124                     as, "TsparseMatrix")                     as, "TsparseMatrix")
125      if(nl == 1) return(Tlst[[1]])      if(nl == 1) return(Tlst[[1]])
126      ## else      ## else
127      i_off <- c(0L, cumsum(sapply(Tlst, nrow)))      i_off <- c(0L, cumsum(vapply(Tlst, nrow, 1L)))
128      j_off <- c(0L, cumsum(sapply(Tlst, ncol)))      j_off <- c(0L, cumsum(vapply(Tlst, ncol, 1L)))
129    
130      clss <- sapply(Tlst, class)      clss <- vapply(Tlst, class, "")
131      knds <- substr(clss, 2, 2)      typ <- substr(clss, 2, 2)
132      sym  <- knds == "s" # symmetric ones      knd <- substr(clss, 1, 1)
133      tri  <- knds == "t" # triangular ones      sym <- typ == "s" # symmetric ones
134      use.n <- any(is.n <- substr(clss,1,1) == "n")      tri <- typ == "t" # triangular ones
135      if(use.n && !(use.n <- all(is.n)))      use.n <- any(is.n <- knd == "n")
136        if(use.n && !(use.n <- all(is.n))) {
137          Tlst[is.n] <- lapply(Tlst[is.n], as, "lMatrix")          Tlst[is.n] <- lapply(Tlst[is.n], as, "lMatrix")
138            knd [is.n] <- "l"
139        }
140        use.l <- !use.n && all(knd == "l")
141      if(all(sym)) { ## result should be *symmetric*      if(all(sym)) { ## result should be *symmetric*
142          uplos <- sapply(Tlst, slot, "uplo") ## either "U" or "L"          uplos <- vapply(Tlst, slot, ".", "uplo") ## either "U" or "L"
143          tLU <- table(uplos)# of length 1 or 2 ..          tLU <- table(uplos)# of length 1 or 2 ..
144          if(length(tLU) == 1) { ## all "U" or all "L"          if(length(tLU) == 1) { ## all "U" or all "L"
145              useU <- uplos[1] == "U"              useU <- uplos[1] == "U"
# Line 140  Line 153 
153          if(use.n) { ## return nsparseMatrix :          if(use.n) { ## return nsparseMatrix :
154              r <- new("nsTMatrix")              r <- new("nsTMatrix")
155          } else {          } else {
156              r <- new("dsTMatrix")              r <- new(paste0(if(use.l) "l" else "d", "sTMatrix"))
157              r@x <- unlist(lapply(Tlst, slot, "x"))              r@x <- unlist(lapply(Tlst, slot, "x"))
158          }          }
159          r@uplo <- if(useU) "U" else "L"          r@uplo <- if(useU) "U" else "L"
160      }      }
161      else if(all(tri) && { ULs <- sapply(Tlst, slot, "uplo")##  "U" or "L"      else if(all(tri) && { ULs <- vapply(Tlst, slot, ".", "uplo")##  "U" or "L"
162                            all(ULs[1L] == ULs[-1L]) } ## all upper or all lower                            all(ULs[1L] == ULs[-1L]) } ## all upper or all lower
163         ){ ## *triangular* result         ){ ## *triangular* result
164    
165          if(use.n) { ## return nsparseMatrix :          if(use.n) { ## return nsparseMatrix :
166              r <- new("ntTMatrix")              r <- new("ntTMatrix")
167          } else {          } else {
168              r <- new("dtTMatrix")              r <- new(paste0(if(use.l) "l" else "d", "tTMatrix"))
169              r@x <- unlist(lapply(Tlst, slot, "x"))              r@x <- unlist(lapply(Tlst, slot, "x"))
170          }          }
171          r@uplo <- ULs[1L]          r@uplo <- ULs[1L]
# Line 163  Line 176 
176          if(use.n) { ## return nsparseMatrix :          if(use.n) { ## return nsparseMatrix :
177              r <- new("ngTMatrix")              r <- new("ngTMatrix")
178          } else {          } else {
179              r <- new("dgTMatrix")              r <- new(paste0(if(use.l) "l" else "d", "gTMatrix"))
180              r@x <- unlist(lapply(Tlst, slot, "x"))              r@x <- unlist(lapply(Tlst, slot, "x"))
181          }          }
182      }      }
# Line 189  Line 202 
202  .diag2tT <- function(from, uplo = "U", kind = .M.kind(from)) {  .diag2tT <- function(from, uplo = "U", kind = .M.kind(from)) {
203      ## to triangular Tsparse      ## to triangular Tsparse
204      i <- if(from@diag == "U") integer(0) else seq_len(from@Dim[1]) - 1L      i <- if(from@diag == "U") integer(0) else seq_len(from@Dim[1]) - 1L
205      new(paste(kind, "tTMatrix", sep=''),      new(paste0(kind, "tTMatrix"),
206          diag = from@diag, Dim = from@Dim, Dimnames = from@Dimnames,          diag = from@diag, Dim = from@Dim, Dimnames = from@Dimnames,
207          uplo = uplo,          uplo = uplo,
208          x = from@x, # <- ok for diag = "U" and "N" (!)          x = from@x, # <- ok for diag = "U" and "N" (!)
# Line 200  Line 213 
213      ## to symmetric Tsparse      ## to symmetric Tsparse
214      n <- from@Dim[1]      n <- from@Dim[1]
215      i <- seq_len(n) - 1L      i <- seq_len(n) - 1L
216      new(paste(kind, "sTMatrix", sep=''),      new(paste0(kind, "sTMatrix"),
217          Dim = from@Dim, Dimnames = from@Dimnames,          Dim = from@Dim, Dimnames = from@Dimnames,
218          i = i, j = i, uplo = uplo,          i = i, j = i, uplo = uplo,
219          x = if(from@diag == "N") from@x else ## "U"-diag          x = if(from@diag == "N") from@x else ## "U"-diag
# Line 209  Line 222 
222                         "l" =,                         "l" =,
223                         "n" = TRUE,                         "n" = TRUE,
224                         ## otherwise                         ## otherwise
225                         stop("'", kind,"' kind not yet implemented")), n))                         stop(gettextf("%s kind not yet implemented",
226                                         sQuote(kind)), domain=NA)),
227                    n))
228  }  }
229    
230  ## diagonal -> triangular,  upper / lower depending on "partner":  ## diagonal -> triangular,  upper / lower depending on "partner":
# Line 225  Line 240 
240          .diag2tT(d, uplo = if(extends(clx,"triangularMatrix")) x@uplo else "U", kind)          .diag2tT(d, uplo = if(extends(clx,"triangularMatrix")) x@uplo else "U", kind)
241  }  }
242    
243    ## FIXME: should not be needed {when ddi* is dsparse* etc}:
244    setMethod("is.finite", signature(x = "diagonalMatrix"),
245              function(x) is.finite(.diag2tT(x)))
246    setMethod("is.infinite", signature(x = "diagonalMatrix"),
247              function(x) is.infinite(.diag2tT(x)))
248    
249  ## In order to evade method dispatch ambiguity warnings,  ## In order to evade method dispatch ambiguity warnings,
250  ## and because we can save a .M.kind() call, we use this explicit  ## and because we can save a .M.kind() call, we use this explicit
# Line 268  Line 288 
288  ## Cheap fast substitute for diag() which *does* preserve the mode of x :  ## Cheap fast substitute for diag() which *does* preserve the mode of x :
289  mkDiag <- function(x, n) {  mkDiag <- function(x, n) {
290      y <- matrix(as0(mod=mode(x)), n,n)      y <- matrix(as0(mod=mode(x)), n,n)
291      if (n > 0) y[1L + 0:(n - 1L) * (n + 1L)] <- x      if (n > 0) y[1L + 0:(n - 1L) * (n + 1)] <- x
292      y      y
293  }  }
294    
# Line 285  Line 305 
305                mod.x <- mode(x@x)                mod.x <- mode(x@x)
306                r <- vector(mod.x, length = n^2)                r <- vector(mod.x, length = n^2)
307                if(n)                if(n)
308                    r[1 + 0:(n - 1) * (n + 1)] <-                    r[1 + 0:(n - 1L) * (n + 1)] <-
309                        if(x@diag == "U") as1(mod=mod.x) else x@x                        if(x@diag == "U") as1(mod=mod.x) else x@x
310                r                r
311            })            })
# Line 296  Line 316 
316  setAs("diagonalMatrix", "denseMatrix",  setAs("diagonalMatrix", "denseMatrix",
317        function(from) as(as(from, "CsparseMatrix"), "denseMatrix"))        function(from) as(as(from, "CsparseMatrix"), "denseMatrix"))
318    
319    ..diag.x <- function(m)                   rep.int(as1(m@x), m@Dim[1])
320  .diag.x <- function(m) if(m@diag == "U") rep.int(as1(m@x), m@Dim[1]) else m@x  .diag.x <- function(m) if(m@diag == "U") rep.int(as1(m@x), m@Dim[1]) else m@x
321    
322  .diag.2N <- function(m) {  .diag.2N <- function(m) {
# Line 316  Line 337 
337            d <- dim(from)            d <- dim(from)
338            if(d[1] != (n <- d[2])) stop("non-square matrix")            if(d[1] != (n <- d[2])) stop("non-square matrix")
339            if(any(from[row(from) != col(from)] != 0))            if(any(from[row(from) != col(from)] != 0))
340                stop("matrix with non-zero off-diagonals cannot be coerced to diagonalMatrix")                stop("matrix with non-zero off-diagonals cannot be coerced to \"diagonalMatrix\"")
341            x <- diag(from)            x <- diag(from)
342            if(is.logical(x)) {            if(is.logical(x)) {
343                cl <- "ldiMatrix"                cl <- "ldiMatrix"
# Line 385  Line 406 
406  ## FIXME: this now fails because the "denseMatrix" methods come first in dispatch  ## FIXME: this now fails because the "denseMatrix" methods come first in dispatch
407  ## Only(?) current bug:  x[i] <- value  is wrong when  i is *vector*  ## Only(?) current bug:  x[i] <- value  is wrong when  i is *vector*
408  replDiag <- function(x, i, j, ..., value) {  replDiag <- function(x, i, j, ..., value) {
409      x <- as(x, "TsparseMatrix")      x <- as(x, "CsparseMatrix")# was "Tsparse.." till 2012-07
410      if(missing(i))      if(missing(i))
411          x[, j] <- value          x[, j] <- value
412      else if(missing(j)) { ##  x[i , ] <- v  *OR*   x[i] <- v      else if(missing(j)) { ##  x[i , ] <- v  *OR*   x[i] <- v
# Line 395  Line 416 
416              x[i, ] <- value              x[i, ] <- value
417          else if(na == 3)          else if(na == 3)
418              x[i] <- value              x[i] <- value
419          else stop("Internal bug: nargs()=",na,"; please report")          else stop(gettextf("Internal bug: nargs()=%d; please report",
420                               na), domain=NA)
421      } else      } else
422          x[i,j] <- value          x[i,j] <- value
423      if(isDiagonal(x)) as(x, "diagonalMatrix") else x      if(isDiagonal(x)) as(x, "diagonalMatrix") else x
# Line 414  Line 436 
436                           replDiag(x, i=i, , value=value)                           replDiag(x, i=i, , value=value)
437                   })                   })
438    
439    setReplaceMethod("[", signature(x = "diagonalMatrix", i = "missing",
440                                    j = "index", value = "replValue"),
441                     function(x,i,j, ..., value) replDiag(x, j=j, value=value))
442    
443    ## x[] <- value :
444    setReplaceMethod("[", signature(x = "diagonalMatrix", i = "missing",
445                                    j = "missing", value = "ANY"),
446                     function(x,i,j, ..., value)
447                 {
448                  if(all0(value)) { # be faster
449                      r <- new(paste0(.M.kindC(getClassDef(class(x))),"tTMatrix"))# of all "0"
450                      r@Dim <- x@Dim
451                      r@Dimnames <- x@Dimnames
452                      r
453                  } else { ## typically non-sense: assigning to full sparseMatrix
454                      x[TRUE] <- value
455                      x
456                  }
457              })
458    
459    
460  setReplaceMethod("[", signature(x = "diagonalMatrix",  setReplaceMethod("[", signature(x = "diagonalMatrix",
461                                  i = "matrix", # 2-col.matrix                                  i = "matrix", # 2-col.matrix
462                                  j = "missing", value = "replValue"),                                  j = "missing", value = "replValue"),
# Line 425  Line 468 
468                                   if(any(value != one | is.na(value))) {                                   if(any(value != one | is.na(value))) {
469                                       x@diag <- "N"                                       x@diag <- "N"
470                                       x@x <- rep.int(one, x@Dim[1])                                       x@x <- rep.int(one, x@Dim[1])
471                                   }                                   } else return(x)
472                               }                               }
473                               x@x[ii] <- value                               x@x[ii] <- value
474                               x                               x
# Line 442  Line 485 
485                       }                       }
486                   })                   })
487    
 setReplaceMethod("[", signature(x = "diagonalMatrix", i = "missing",  
                                 j = "index", value = "replValue"),  
                  function(x,i,j, ..., value) replDiag(x, j=j, value=value))  
488    
489    ## value = "sparseMatrix":
490  setReplaceMethod("[", signature(x = "diagonalMatrix", i = "missing", j = "index",  setReplaceMethod("[", signature(x = "diagonalMatrix", i = "missing", j = "index",
491                                  value = "sparseMatrix"),                                  value = "sparseMatrix"),
492                   function (x, i, j, ..., value)                   function (x, i, j, ..., value)
# Line 459  Line 500 
500                   function (x, i, j, ..., value)                   function (x, i, j, ..., value)
501                   callGeneric(x=x, i=i, j=j, value = as(value, "sparseVector")))                   callGeneric(x=x, i=i, j=j, value = as(value, "sparseVector")))
502    
503    ## value = "sparseVector":
504  setReplaceMethod("[", signature(x = "diagonalMatrix", i = "missing", j = "index",  setReplaceMethod("[", signature(x = "diagonalMatrix", i = "missing", j = "index",
505                                  value = "sparseVector"),                                  value = "sparseVector"),
506                   replDiag)                   replDiag)
# Line 473  Line 515 
515  setMethod("t", signature(x = "diagonalMatrix"),  setMethod("t", signature(x = "diagonalMatrix"),
516            function(x) { x@Dimnames <- x@Dimnames[2:1] ; x })            function(x) { x@Dimnames <- x@Dimnames[2:1] ; x })
517    
518  setMethod("isDiagonal", signature(object = "diagonalMatrix"),  setMethod("isDiagonal",   "diagonalMatrix", function(object) TRUE)
519            function(object) TRUE)  setMethod("isTriangular", "diagonalMatrix", function(object, ...) TRUE)
520  setMethod("isTriangular", signature(object = "diagonalMatrix"),  setMethod("isSymmetric",  "diagonalMatrix", function(object, ...) TRUE)
           function(object) TRUE)  
 setMethod("isSymmetric", signature(object = "diagonalMatrix"),  
           function(object, ...) TRUE)  
521    
522  setMethod("symmpart", signature(x = "diagonalMatrix"), function(x) x)  setMethod("symmpart", signature(x = "diagonalMatrix"), function(x) x)
523  setMethod("skewpart", signature(x = "diagonalMatrix"), setZero)  setMethod("skewpart", signature(x = "diagonalMatrix"), setZero)
# Line 515  Line 554 
554  ##       ---------------------  ##       ---------------------
555  ## Note that "ldi" logical are treated as numeric  ## Note that "ldi" logical are treated as numeric
556  diagdiagprod <- function(x, y) {  diagdiagprod <- function(x, y) {
557      n <- dimCheck(x,y)[1]      dimCheck(x,y)
558      if(x@diag != "U") {      if(x@diag != "U") {
559          if(y@diag != "U") {          if(y@diag != "U") {
560              nx <- x@x * y@x              nx <- x@x * y@x
# Line 547  Line 586 
586      dx <- dim(x)      dx <- dim(x)
587      dy <- dim(y)      dy <- dim(y)
588      if(dx[2] != dy[1]) stop("non-matching dimensions")      if(dx[2] != dy[1]) stop("non-matching dimensions")
     n <- dx[1]  
589      as(if(x@diag == "U") y else x@x * y, "Matrix")      as(if(x@diag == "U") y else x@x * y, "Matrix")
590  }  }
591  setMethod("%*%", signature(x = "diagonalMatrix", y = "matrix"),  setMethod("%*%", signature(x = "diagonalMatrix", y = "matrix"),
# Line 620  Line 658 
658      dx <- dim(x <- .Call(Csparse_diagU2N, x))      dx <- dim(x <- .Call(Csparse_diagU2N, x))
659      dy <- dim(y)      dy <- dim(y)
660      if(dx[2] != dy[1]) stop("non-matching dimensions")      if(dx[2] != dy[1]) stop("non-matching dimensions")
661        if(y@diag == "N") {
662            if(!all(y@x[1L] == y@x[-1L]) && is(x, "symmetricMatrix"))
663                x <- as(x, "generalMatrix")
664      ind <- rep.int(seq_len(dx[2]), x@p[-1] - x@p[-dx[2]-1L])      ind <- rep.int(seq_len(dx[2]), x@p[-1] - x@p[-dx[2]-1L])
     if(y@diag == "N")  
665          x@x <- x@x * y@x[ind]          x@x <- x@x * y@x[ind]
666        }
667        if(is(x, "compMatrix") && length(xf <- x@factors)) {
668            ## instead of dropping all factors, be smart about some
669            ## TODO ......
670            x@factors <- list()
671        }
672      x      x
673  }  }
674    
# Line 630  Line 676 
676      dx <- dim(x)      dx <- dim(x)
677      dy <- dim(y <- .Call(Csparse_diagU2N, y))      dy <- dim(y <- .Call(Csparse_diagU2N, y))
678      if(dx[2] != dy[1]) stop("non-matching dimensions")      if(dx[2] != dy[1]) stop("non-matching dimensions")
679      if(x@diag == "N")      if(x@diag == "N") {
680            if(!all(x@x[1L] == x@x[-1L]) && is(y, "symmetricMatrix"))
681                y <- as(y, "generalMatrix")
682          y@x <- y@x * x@x[y@i + 1L]          y@x <- y@x * x@x[y@i + 1L]
683        }
684        if(is(y, "compMatrix") && length(yf <- y@factors)) {
685            ## instead of dropping all factors, be smart about some
686            ## TODO
687            keep <- character()
688            if(iLU <- names(yf) == "LU") {
689                ## TODO keep <- "LU"
690            }
691            y@factors <- yf[keep]
692        }
693      y      y
694  }  }
695    
# Line 684  Line 742 
742            })            })
743    
744  solveDiag <- function(a, b, ...) {  solveDiag <- function(a, b, ...) {
745      if((n <- a@Dim[1]) != nrow(b))      if(a@Dim[1] != nrow(b))
746          stop("incompatible matrix dimensions")          stop("incompatible matrix dimensions")
747      ## trivially invert a 'in place' and multiply:      ## trivially invert a 'in place' and multiply:
748      a@x <- 1/ a@x      a@x <- 1/ a@x
# Line 703  Line 761 
761  ###---------------- <Ops> (<Arith>, <Logic>, <Compare> ) ----------------------  ###---------------- <Ops> (<Arith>, <Logic>, <Compare> ) ----------------------
762    
763  ## Use function for several signatures, in order to evade  ## Use function for several signatures, in order to evade
 ## ambiguous dispatch for "ddi", since there's also Arith(ddense., ddense.)  
764  diagOdiag <- function(e1,e2) {  diagOdiag <- function(e1,e2) {
765      ## result should also be diagonal _ if possible _      ## result should also be diagonal _ if possible _
766      r <- callGeneric(.diag.x(e1), .diag.x(e2)) # error if not "compatible"      r <- callGeneric(.diag.x(e1), .diag.x(e2)) # error if not "compatible"
# Line 711  Line 768 
768      r00 <- callGeneric(if(is.numeric(e1@x)) 0 else FALSE,      r00 <- callGeneric(if(is.numeric(e1@x)) 0 else FALSE,
769                         if(is.numeric(e2@x)) 0 else FALSE)                         if(is.numeric(e2@x)) 0 else FALSE)
770      if(is0(r00)) { ##  r00 == 0 or FALSE --- result *is* diagonal      if(is0(r00)) { ##  r00 == 0 or FALSE --- result *is* diagonal
771          if(is.numeric(r)) {          if(is.numeric(r)) { # "double" *or* "integer"
772              if(is.numeric(e2@x)) {              if(is.numeric(e2@x)) {
773                  e2@x <- r; return(.diag.2N(e2)) }                  e2@x <- r; return(.diag.2N(e2)) }
774              if(!is.numeric(e1@x))              if(!is.numeric(e1@x))
775                  ## e.g. e1, e2 are logical;                  ## e.g. e1, e2 are logical;
776                  e1 <- as(e1, "dMatrix")                  e1 <- as(e1, "dMatrix")
777                if(!is.double(r)) r <- as.double(r)
778          }          }
779          else if(is.logical(r))          else if(is.logical(r))
780              e1 <- as(e1, "lMatrix")              e1 <- as(e1, "lMatrix")
781          else stop("intermediate 'r' is of type", typeof(r))          else stop(gettextf("intermediate 'r' is of type %s",
782                               typeof(r)), domain=NA)
783          e1@x <- r          e1@x <- r
784          .diag.2N(e1)          .diag.2N(e1)
785      }      }
# Line 732  Line 791 
791          d <- e1@Dim          d <- e1@Dim
792          n <- d[1]          n <- d[1]
793          stopifnot(length(r) == n)          stopifnot(length(r) == n)
794            if(isNum && !is.double(r)) r <- as.double(r)
795          xx <- as.vector(matrix(rbind(r, matrix(r00,n,n)), n,n))          xx <- as.vector(matrix(rbind(r, matrix(r00,n,n)), n,n))
796          newcl <-          newcl <-
797              paste(if(isNum) "d" else if(isLog) {              paste0(if(isNum) "d" else if(isLog) {
798                  if(!any(is.na(r)) && !any(is.na(r00))) "n" else "l"                  if(!any(is.na(r)) && !any(is.na(r00))) "n" else "l"
799              } else stop("not yet implemented .. please report")              } else stop("not yet implemented .. please report"), "syMatrix")
                   ,  
                   "syMatrix", sep='')  
800    
801          new(newcl, Dim = e1@Dim, Dimnames = e1@Dimnames, x = xx)          new(newcl, Dim = e1@Dim, Dimnames = e1@Dimnames, x = xx)
802      }      }
# Line 760  Line 818 
818  ## diagonal  o  symmetric   |-->  symmetric  ## diagonal  o  symmetric   |-->  symmetric
819  ##    {also when other is sparse: do these "here" --  ##    {also when other is sparse: do these "here" --
820  ##     before conversion to sparse, since that loses "diagonality"}  ##     before conversion to sparse, since that loses "diagonality"}
821    diagOtri <- function(e1,e2) {
822        ## result must be triangular
823        r <- callGeneric(d1 <- .diag.x(e1), diag(e2)) # error if not "compatible"
824        ## Check what happens with non-diagonals, i.e. (0 o 0), (FALSE o 0), ...:
825        e1.0 <- if(.n1 <- is.numeric(d1   )) 0 else FALSE
826        r00 <- callGeneric(e1.0, if(.n2 <- is.numeric(e2[0])) 0 else FALSE)
827        if(is0(r00)) { ##  r00 == 0 or FALSE --- result *is* triangular
828            diag(e2) <- r
829            ## check what happens "in the triangle"
830            e2.2 <- if(.n2) 2 else TRUE
831            if(!callGeneric(e1.0, e2.2) == e2.2) { # values "in triangle" can change:
832                n <- dim(e2)[1L]
833                it <- indTri(n, upper = (e2@uplo == "U"))
834                e2[it] <- callGeneric(e1.0, e2[it])
835            }
836            e2
837        }
838        else { ## result not triangular ---> general
839            rr <- as(e2, "generalMatrix")
840            diag(rr) <- r
841            rr
842        }
843    }
844    
845    
846    setMethod("Ops", signature(e1 = "diagonalMatrix", e2 = "triangularMatrix"),
847              diagOtri)
848    ## For the reverse,  Ops == "Arith" | "Compare" | "Logic"
849    ##   'Arith'  :=  '"+"', '"-"', '"*"', '"^"', '"%%"', '"%/%"', '"/"'
850    setMethod("Arith", signature(e1 = "triangularMatrix", e2 = "diagonalMatrix"),
851              function(e1,e2)
852          { ## this must only trigger for *dense* e1
853              switch(.Generic,
854                     "+" = .Call(dtrMatrix_addDiag, as(e1,"dtrMatrix"),   .diag.x(e2)),
855                     "-" = .Call(dtrMatrix_addDiag, as(e1,"dtrMatrix"), - .diag.x(e2)),
856                     "*" = {
857                         n <- e2@Dim[1L]
858                         d2 <- if(e2@diag == "U") { # unit-diagonal
859                             d <- rep.int(as1(e2@x), n)
860                             e2@x <- d
861                             e2@diag <- "N"
862                             d
863                         } else e2@x
864                         e2@x <- diag(e1) * d2
865                         e2
866                     },
867                     "^" = { ## will be dense ( as  <ANY> ^ 0 == 1 ):
868                         e1 ^ as(e2, "denseMatrix")
869                     },
870                     ## otherwise:
871                     callGeneric(e1, diag2Tsmart(e2,e1)))
872    })
873    
874    ## Compare --> 'swap' (e.g.   e1 < e2   <==>  e2 > e1 ):
875    setMethod("Compare", signature(e1 = "triangularMatrix", e2 = "diagonalMatrix"),
876              .Cmp.swap)
877    ## '&' and "|'  are commutative:
878    setMethod("Logic", signature(e1 = "triangularMatrix", e2 = "diagonalMatrix"),
879              function(e1,e2) callGeneric(e2, e1))
880    
881  ## For almost everything else, diag* shall be treated "as sparse" :  ## For almost everything else, diag* shall be treated "as sparse" :
882  ## These are cheap implementations via coercion  ## These are cheap implementations via coercion
# Line 783  Line 900 
900  ##       Compare --> logical  ##       Compare --> logical
901  ##       Logic   --> logical: "lMatrix"  ##       Logic   --> logical: "lMatrix"
902    
903  ##  other = "numeric" : stay diagonal if possible  ## Other = "numeric" : stay diagonal if possible
904  ## ddi*: Arith: result numeric, potentially ddiMatrix  ## ddi*: Arith: result numeric, potentially ddiMatrix
905  setMethod("Arith", signature(e1 = "ddiMatrix", e2 = "numeric"),  for(arg2 in c("numeric","logical"))
906    setMethod("Arith", signature(e1 = "ddiMatrix", e2 = arg2),
907            function(e1,e2) {            function(e1,e2) {
908                n <- e1@Dim[1]; nsq <- n^2                n <- e1@Dim[1]
909                f0 <- callGeneric(0, e2)                f0 <- callGeneric(0, e2)
910                if(all(is0(f0))) { # remain diagonal                if(all(is0(f0))) { # remain diagonal
911                    L1 <- (le <- length(e2)) == 1L                    L1 <- (le <- length(e2)) == 1L
912                    if(!L1 && le != nsq) e2 <- rep(e2, length.out = nsq)                    if(e1@diag == "U") {
913                    if(e1@diag == "U" && any((r <- callGeneric(1, e2)) != 1)) {                        if(any((r <- callGeneric(1, e2)) != 1)) {
914                        e1@diag <- "N"                        e1@diag <- "N"
915                        if(L1) r <- rep.int(r, n)                            e1@x[seq_len(n)] <- r # possibly recycling r
916                    } else                        } ## else: result = e1  (is "U" diag)
917                      } else {
918                        r <- callGeneric(e1@x, e2)                        r <- callGeneric(e1@x, e2)
919                    e1@x <- if(L1) r else r[1L + (n+1L)*(0:(n-1L))]                        ## "future fixme": if we have idiMatrix, and r is 'integer', use idiMatrix
920                    return(e1)                        e1@x[] <- if(L1) r else r[1L + ((n+1)*(0:(n-1L))) %% le]
921                }                }
922                      e1
923                  } else
924                callGeneric(diag2tT.u(e1,e2, "d"), e2)                callGeneric(diag2tT.u(e1,e2, "d"), e2)
925            })            })
926    
927  setMethod("Arith", signature(e1 = "numeric", e2 = "ddiMatrix"),  for(arg1 in c("numeric","logical"))
928    setMethod("Arith", signature(e1 = arg1, e2 = "ddiMatrix"),
929            function(e1,e2) {            function(e1,e2) {
930                n <- e2@Dim[1]; nsq <- n^2                n <- e2@Dim[1]
931                f0 <- callGeneric(e1, 0)                f0 <- callGeneric(e1, 0)
932                if(all(is0(f0))) { # remain diagonal                if(all(is0(f0))) { # remain diagonal
933                    L1 <- (le <- length(e1)) == 1L                    L1 <- (le <- length(e1)) == 1L
934                    if(!L1 && le != nsq) e1 <- rep(e1, length.out = nsq)                    if(e2@diag == "U") {
935                    if(e2@diag == "U" && any((r <- callGeneric(e1, 1)) != 1)) {                        if(any((r <- callGeneric(e1, 1)) != 1)) {
936                        e2@diag <- "N"                        e2@diag <- "N"
937                        if(L1) r <- rep.int(r, n)                            e2@x[seq_len(n)] <- r # possibly recycling r
938                    } else                        } ## else: result = e2  (is "U" diag)
939                      } else {
940                        r <- callGeneric(e1, e2@x)                        r <- callGeneric(e1, e2@x)
941                    e2@x <- if(L1) r else r[1L + (n+1L)*(0:(n-1L))]                        ## "future fixme": if we have idiMatrix, and r is 'integer', use idiMatrix
942                    return(e2)                        e2@x[] <- if(L1) r else r[1L + ((n+1)*(0:(n-1L))) %% le]
943                }                }
944                      e2
945                  } else
946                callGeneric(e1, diag2tT.u(e2,e1, "d"))                callGeneric(e1, diag2tT.u(e2,e1, "d"))
947            })            })
948    
949  ## ldi* Arith --> result numeric, potentially ddiMatrix  ## ldi* Arith --> result numeric, potentially ddiMatrix
950  setMethod("Arith", signature(e1 = "ldiMatrix", e2 = "numeric"),  for(arg2 in c("numeric","logical"))
951    setMethod("Arith", signature(e1 = "ldiMatrix", e2 = arg2),
952            function(e1,e2) {            function(e1,e2) {
953                n <- e1@Dim[1]; nsq <- n^2                n <- e1@Dim[1]
954                f0 <- callGeneric(0, e2)                f0 <- callGeneric(0, e2)
955                if(all(is0(f0))) { # remain diagonal                if(all(is0(f0))) { # remain diagonal
956                    L1 <- (le <- length(e2)) == 1L                    L1 <- (le <- length(e2)) == 1L
957                    if(!L1 && le != nsq) e2 <- rep(e2, length.out = nsq)                    E <- copyClass(e1, "ddiMatrix", c("diag", "Dim", "Dimnames"))#FIXME: if ok, check=FALSE
958                    if(e1@diag == "U" && any((r <- callGeneric(1, e2)) != 1)) {                    ## E <- copyClass(e1, "ddiMatrix", check=FALSE)
959                        e1@diag <- "N"                    ## storage.mode(E@x) <- "double"
960                        if(L1) r <- rep.int(r, n)                    if(e1@diag == "U") {
961                    } else                        if(any((r <- callGeneric(1, e2)) != 1)) {
962                              E@diag <- "N"
963                              E@x[seq_len(n)] <- r # possibly recycling r
964                          } ## else: result = E  (is "U" diag)
965                      } else {
966                        r <- callGeneric(e1@x, e2)                        r <- callGeneric(e1@x, e2)
967                    e1 <- copyClass(e1, "ddiMatrix", c("diag", "Dim", "Dimnames"))                        ## "future fixme": if we have idiMatrix, and r is 'integer', use idiMatrix
968                    e1@x <- if(L1) r else r[1L + (n+1L)*(0:(n-1L))]                        E@x[seq_len(n)] <- if(L1) r else r[1L + ((n+1)*(0:(n-1L))) %% le]
                   return(e1)  
969                }                }
970                callGeneric(diag2tT.u(e1,e2, "d"), e2)                    E
971                  } else
972                      callGeneric(diag2tT.u(e1,e2, "l"), e2)
973            })            })
974    
975  setMethod("Arith", signature(e1 = "numeric", e2 = "ldiMatrix"),  for(arg1 in c("numeric","logical"))
976    setMethod("Arith", signature(e1 = arg1, e2 = "ldiMatrix"),
977            function(e1,e2) {            function(e1,e2) {
978                n <- e2@Dim[1]; nsq <- n^2                n <- e2@Dim[1]
979                f0 <- callGeneric(e1, 0)                f0 <- callGeneric(e1, 0)
980                if(all(is0(f0))) { # remain diagonal                if(all(is0(f0))) { # remain diagonal
981                    L1 <- (le <- length(e1)) == 1L                    L1 <- (le <- length(e1)) == 1L
982                    if(!L1 && le != nsq) e1 <- rep(e1, length.out = nsq)                    E <- copyClass(e2, "ddiMatrix", c("diag", "Dim", "Dimnames"))#FIXME: if ok, check=FALSE
983                    if(e2@diag == "U" && any((r <- callGeneric(e1, 1)) != 1)) {                    ## E <- copyClass(e2, "ddiMatrix", check=FALSE)
984                        e2@diag <- "N"                    ## storage.mode(E@x) <- "double"
985                        if(L1) r <- rep.int(r, n)                    if(e2@diag == "U") {
986                    } else                        if(any((r <- callGeneric(e1, 1)) != 1)) {
987                              E@diag <- "N"
988                              E@x[seq_len(n)] <- r # possibly recycling r
989                          } ## else: result = E  (is "U" diag)
990                      } else {
991                        r <- callGeneric(e1, e2@x)                        r <- callGeneric(e1, e2@x)
992                    e2 <- copyClass(e2, "ddiMatrix", c("diag", "Dim", "Dimnames"))                        ## "future fixme": if we have idiMatrix, and r is 'integer', use idiMatrix
993                    e2@x <- if(L1) r else r[1L + (n+1L)*(0:(n-1L))]                        E@x[seq_len(n)] <- if(L1) r else r[1L + ((n+1)*(0:(n-1L))) %% le]
                   return(e2)  
994                }                }
995                callGeneric(e1, diag2tT.u(e2,e1, "d"))                    E
996                  } else
997                      callGeneric(e1, diag2tT.u(e2,e1, "l"))
998            })            })
999    
1000  ## ddi*: for "Ops" without Arith --> result logical, potentially ldi  ## ddi*: for "Ops" without "Arith": <Compare> or <Logic> --> result logical, potentially ldi
1001  setMethod("Ops", signature(e1 = "ddiMatrix", e2 = "numeric"),  ##
1002    ## Note that  ("numeric", "ddiMatrix")  is simply swapped, e.g.,
1003    if(FALSE) {
1004        selectMethod("<", c("numeric","lMatrix"))# Compare
1005        selectMethod("&", c("numeric","lMatrix"))# Logic
1006    } ## so we don't need to define a method here :
1007    
1008    for(arg2 in c("numeric","logical"))
1009    setMethod("Ops", signature(e1 = "ddiMatrix", e2 = arg2),
1010            function(e1,e2) {            function(e1,e2) {
1011                n <- e1@Dim[1]; nsq <- n^2                n <- e1@Dim[1]
1012                f0 <- callGeneric(0, e2)                f0 <- callGeneric(0, e2)
1013                if(all(is0(f0))) { # remain diagonal                if(all(is0(f0))) { # remain diagonal
1014                    L1 <- (le <- length(e2)) == 1L                    L1 <- (le <- length(e2)) == 1L
1015                    if(!L1 && le != nsq) e2 <- rep(e2, length.out = nsq)                    E <- copyClass(e1, "ldiMatrix", c("diag", "Dim", "Dimnames"))#FIXME: if ok, check=FALSE
1016                    if(e1@diag == "U" && any((r <- callGeneric(1, e2)) != 1)) {                    ## E <- copyClass(e1, "ldiMatrix", check=FALSE)
1017                        e1@diag <- "N"                    ## storage.mode(E@x) <- "logical"
1018                        if(L1) r <- rep.int(r, n)                    if(e1@diag == "U") {
1019                    } else                        if(any((r <- callGeneric(1, e2)) != 1)) {
1020                              E@diag <- "N"
1021                              E@x[seq_len(n)] <- r # possibly recycling r
1022                          } ## else: result = E  (is "U" diag)
1023                      } else {
1024                        r <- callGeneric(e1@x, e2)                        r <- callGeneric(e1@x, e2)
1025                    e1 <- copyClass(e1, "ldiMatrix", c("diag", "Dim", "Dimnames"))                        ## "future fixme": if we have idiMatrix, and r is 'integer', use idiMatrix
1026                    e1@x <- if(L1) r else r[1L + (n+1L)*(0:(n-1L))]                        E@x[seq_len(n)] <- if(L1) r else r[1L + ((n+1)*(0:(n-1L))) %% le]
                   return(e1)  
1027                }                }
1028                callGeneric(diag2tT.u(e1,e2, "l"), e2)                    E
           })  
   
 setMethod("Ops", signature(e1 = "numeric", e2 = "ddiMatrix"),  
           function(e1,e2) {  
               n <- e2@Dim[1]; nsq <- n^2  
               f0 <- callGeneric(e1, 0)  
               if(all(is0(f0))) { # remain diagonal  
                   L1 <- (le <- length(e1)) == 1L  
                   if(!L1 && le != nsq) e1 <- rep(e1, length.out = nsq)  
                   if(e2@diag == "U" && any((r <- callGeneric(e1, 1)) != 1)) {  
                       e2@diag <- "N"  
                       if(L1) r <- rep.int(r, n)  
1029                    } else                    } else
1030                        r <- callGeneric(e1, e2@x)                    callGeneric(diag2tT.u(e1,e2, "d"), e2)
                   e2 <- copyClass(e2, "ldiMatrix", c("diag", "Dim", "Dimnames"))  
                   e2@x <- if(L1) r else r[1L + (n+1L)*(0:(n-1L))]  
                   return(e2)  
               }  
               callGeneric(e1, diag2tT.u(e2,e1, "l"))  
1031            })            })
1032    
1033  ## ldi*: for "Ops" without Arith --> result logical, potentially ldi  ## ldi*: for "Ops" without "Arith": <Compare> or <Logic> --> result logical, potentially ldi
1034  setMethod("Ops", signature(e1 = "ldiMatrix", e2 = "numeric"),  for(arg2 in c("numeric","logical"))
1035    setMethod("Ops", signature(e1 = "ldiMatrix", e2 = arg2),
1036            function(e1,e2) {            function(e1,e2) {
1037                n <- e1@Dim[1]; nsq <- n^2                n <- e1@Dim[1]
1038                f0 <- callGeneric(FALSE, e2)                f0 <- callGeneric(FALSE, e2)
1039                if(all(is0(f0))) { # remain diagonal                if(all(is0(f0))) { # remain diagonal
1040                    L1 <- (le <- length(e2)) == 1L                    L1 <- (le <- length(e2)) == 1L
1041                    if(!L1 && le != nsq) e2 <- rep(e2, length.out = nsq)  
1042                    if(e1@diag == "U" && any((r <- callGeneric(TRUE, e2)) != 1)) {                    if(e1@diag == "U") {
1043                          if(any((r <- callGeneric(TRUE, e2)) != 1)) {
1044                        e1@diag <- "N"                        e1@diag <- "N"
1045                        if(L1) r <- rep.int(r, n)                            e1@x[seq_len(n)] <- r # possibly recycling r
1046                    } else                        } ## else: result = e1  (is "U" diag)
1047                      } else {
1048                        r <- callGeneric(e1@x, e2)                        r <- callGeneric(e1@x, e2)
1049                    e1@x <- if(L1) r else r[1L + (n+1L)*(0:(n-1L))]                        ## "future fixme": if we have idiMatrix, and r is 'integer', use idiMatrix
1050                    return(e1)                        e1@x[] <- if(L1) r else r[1L + ((n+1)*(0:(n-1L))) %% le]
1051                }                }
1052                callGeneric(diag2tT.u(e1,e2, "l"), e2)                    e1
           })  
   
 setMethod("Ops", signature(e1 = "numeric", e2 = "ldiMatrix"),  
           function(e1,e2) {  
               n <- e2@Dim[1]; nsq <- n^2  
               f0 <- callGeneric(e1, FALSE)  
               if(all(is0(f0))) { # remain diagonal  
                   L1 <- (le <- length(e1)) == 1L  
                   if(!L1 && le != nsq) e1 <- rep(e1, length.out = nsq)  
                   if(e2@diag == "U" && any((r <- callGeneric(e1, TRUE)) != 1)) {  
                       e2@diag <- "N"  
                       if(L1) r <- rep.int(r, n)  
1053                    } else                    } else
1054                        r <- callGeneric(e1, e2@x)                    callGeneric(diag2tT.u(e1,e2, "l"), e2)
                   e2@x <- if(L1) r else r[1L + (n+1L)*(0:(n-1L))]  
                   return(e2)  
               }  
               callGeneric(e1, diag2tT.u(e2,e1, "l"))  
1055            })            })
1056    
1057    
   
1058  ## Not {"sparseMatrix", "numeric} :  {"denseMatrix", "matrix", ... }  ## Not {"sparseMatrix", "numeric} :  {"denseMatrix", "matrix", ... }
1059  for(other in c("ANY", "Matrix", "dMatrix")) {  for(other in c("ANY", "Matrix", "dMatrix")) {
1060      ## ddi*:      ## ddi*:
# Line 953  Line 1070 
1070  }  }
1071    
1072  ## Direct subclasses of "denseMatrix": currently ddenseMatrix, ldense... :  ## Direct subclasses of "denseMatrix": currently ddenseMatrix, ldense... :
 if(FALSE)## too general, would contain  denseModelMatrix:  
1073  dense.subCl <- local({ dM.scl <- getClass("denseMatrix")@subclasses  dense.subCl <- local({ dM.scl <- getClass("denseMatrix")@subclasses
1074                         names(dM.scl)[sapply(dM.scl, slot, "distance") == 1] })                         names(dM.scl)[vapply(dM.scl, slot, 0, "distance") == 1] })
 dense.subCl <- paste(c("d","l","n"), "denseMatrix", sep="")  
1075  for(DI in diCls) {  for(DI in diCls) {
1076        dMeth <- if(extends(DI, "dMatrix"))
1077            function(e1,e2) callGeneric(diag2Tsmart(e1,e2, "d"), e2)
1078        else # "lMatrix", the only other kind for now
1079            function(e1,e2) callGeneric(diag2Tsmart(e1,e2, "l"), e2)
1080      for(c2 in c(dense.subCl, "Matrix")) {      for(c2 in c(dense.subCl, "Matrix")) {
1081          for(Fun in c("*", "^", "&")) {          for(Fun in c("*", "&")) {
1082              setMethod(Fun, signature(e1 = DI, e2 = c2),              setMethod(Fun, signature(e1 = DI, e2 = c2),
1083                        function(e1,e2) callGeneric(e1, Diagonal(x = diag(e2))))                        function(e1,e2) callGeneric(e1, Diagonal(x = diag(e2))))
1084              setMethod(Fun, signature(e1 = c2, e2 = DI),              setMethod(Fun, signature(e1 = c2, e2 = DI),
1085                        function(e1,e2) callGeneric(Diagonal(x = diag(e1)), e2))                        function(e1,e2) callGeneric(Diagonal(x = diag(e1)), e2))
1086          }          }
1087          ## NB: This arguably implicitly uses  0/0 :== 0  to keep diagonality          setMethod("^", signature(e1 = c2, e2 = DI),
1088          for(Fun in c("%%", "%/%", "/")) {                    function(e1,e2) callGeneric(Diagonal(x = diag(e1)), e2))
1089              setMethod(Fun, signature(e1 = DI, e2 = c2),          for(Fun in c("%%", "%/%", "/")) ## 0 <op> 0 |--> NaN  for these.
1090                        function(e1,e2) callGeneric(e1, Diagonal(x = diag(e2))))              setMethod(Fun, signature(e1 = DI, e2 = c2), dMeth)
         }  
1091      }      }
1092  }  }
1093    
# Line 1051  Line 1169 
1169                    invisible(object)                    invisible(object)
1170                }                }
1171            })            })
1172    
1173    rm(arg1, arg2, other, DI, cl, c1, c2,
1174       dense.subCl, diCls)# not used elsewhere
1175    
1176    setMethod("summary", signature(object = "diagonalMatrix"),
1177              function(object, ...) {
1178                  d <- dim(object)
1179                  r <- summary(object@x, ...)
1180                  attr(r, "header") <-
1181                      sprintf('%d x %d diagonal Matrix of class "%s"',
1182                              d[1], d[2], class(object))
1183                  ## use ole' S3 technology for such a simple case
1184                  class(r) <- c("diagSummary", class(r))
1185                  r
1186              })
1187    
1188    print.diagSummary <- function (x, ...) {
1189        cat(attr(x, "header"),"\n")
1190        class(x) <- class(x)[-1]
1191        print(x, ...)
1192        invisible(x)
1193    }

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changed lines
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