SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/Matrix/R/diagMatrix.R
ViewVC logotype

Diff of /pkg/Matrix/R/diagMatrix.R

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 2608, Tue Aug 10 08:23:48 2010 UTC revision 2820, Mon Aug 20 14:06:23 2012 UTC
# Line 5  Line 5 
5  ##          but *not* diag() extractor!  ##          but *not* diag() extractor!
6  Diagonal <- function(n, x = NULL)  Diagonal <- function(n, x = NULL)
7  {  {
8      ## Allow  Diagonal(4)  and  Diagonal(x=1:5)      ## Allow  Diagonal(4), Diagonal(x=1:5), and  Diagonal(4, TRUE)
9      if(missing(n))      if(missing(n))
10          n <- length(x)          n <- length(x)
11      else {      else {
# Line 17  Line 17 
17          new("ddiMatrix", Dim = c(n,n), diag = "U")          new("ddiMatrix", Dim = c(n,n), diag = "U")
18      else {      else {
19          lx <- length(x)          lx <- length(x)
20          stopifnot(lx == 1 || lx == n) # but keep 'x' short for now          lx.1 <- lx == 1L
21            stopifnot(lx.1 || lx == n) # but keep 'x' short for now
22          if(is.logical(x))          if(is.logical(x))
23              cl <- "ldiMatrix"              cl <- "ldiMatrix"
24          else if(is.numeric(x)) {          else if(is.numeric(x)) {
# Line 27  Line 28 
28          else if(is.complex(x)) {          else if(is.complex(x)) {
29              cl <- "zdiMatrix"  # will not yet work              cl <- "zdiMatrix"  # will not yet work
30          } else stop("'x' has invalid data type")          } else stop("'x' has invalid data type")
31            if(lx.1 && !is.na(x) && x == 1) # cheap check for uni-diagonal..
32                new(cl, Dim = c(n,n), diag = "U")
33            else
34          new(cl, Dim = c(n,n), diag = "N",          new(cl, Dim = c(n,n), diag = "N",
35              x = if(lx == 1) rep.int(x,n) else x)                  x = if(lx.1) rep.int(x,n) else x)
36      }      }
37  }  }
38    
# Line 78  Line 82 
82      .sparseDiagonal(n, x, uplo, shape = "t")      .sparseDiagonal(n, x, uplo, shape = "t")
83    
84    
85  ### This is modified from a post of Bert Gunter to R-help on  1 Sep 2005.  ## This is modified from a post of Bert Gunter to R-help on  1 Sep 2005.
86  ### Bert's code built on a post by Andy Liaw who most probably was influenced  ## Bert's code built on a post by Andy Liaw who most probably was influenced
87  ### by earlier posts, notably one by Scott Chasalow on S-news, 16 Jan 2002  ## by earlier posts, notably one by Scott Chasalow on S-news, 16 Jan 2002
88  ### who posted his bdiag() function written in December 1995.  ## who posted his bdiag() function written in December 1995.
89  if(FALSE)##--- no longer used:  if(FALSE)##--- no longer used:
90  .bdiag <- function(lst) {  .bdiag <- function(lst) {
91      ### block-diagonal matrix [a dgTMatrix] from list of matrices      ## block-diagonal matrix [a dgTMatrix] from list of matrices
92      stopifnot(is.list(lst), length(lst) >= 1)      stopifnot(is.list(lst), length(lst) >= 1)
93      dims <- sapply(lst, dim, USE.NAMES=FALSE)      dims <- vapply(lst, dim, 1L, USE.NAMES=FALSE)
94      ## make sure we had all matrices:      ## make sure we had all matrices:
95      if(!(is.matrix(dims) && nrow(dims) == 2))      if(!(is.matrix(dims) && nrow(dims) == 2))
96          stop("some arguments are not matrices")          stop("some arguments are not matrices")
# Line 115  Line 119 
119                     as, "TsparseMatrix")                     as, "TsparseMatrix")
120      if(nl == 1) return(Tlst[[1]])      if(nl == 1) return(Tlst[[1]])
121      ## else      ## else
122      i_off <- c(0L, cumsum(sapply(Tlst, nrow)))      i_off <- c(0L, cumsum(vapply(Tlst, nrow, 1L)))
123      j_off <- c(0L, cumsum(sapply(Tlst, ncol)))      j_off <- c(0L, cumsum(vapply(Tlst, ncol, 1L)))
124    
125      clss <- sapply(Tlst, class)      clss <- vapply(Tlst, class, "")
126      knds <- substr(clss, 2, 2)      typ <- substr(clss, 2, 2)
127      sym  <- knds == "s" # symmetric ones      knd <- substr(clss, 1, 1)
128      tri  <- knds == "t" # triangular ones      sym <- typ == "s" # symmetric ones
129      use.n <- any(is.n <- substr(clss,1,1) == "n")      tri <- typ == "t" # triangular ones
130      if(use.n && !(use.n <- all(is.n)))      use.n <- any(is.n <- knd == "n")
131        if(use.n && !(use.n <- all(is.n))) {
132          Tlst[is.n] <- lapply(Tlst[is.n], as, "lMatrix")          Tlst[is.n] <- lapply(Tlst[is.n], as, "lMatrix")
133            knd [is.n] <- "l"
134        }
135        use.l <- !use.n && all(knd == "l")
136      if(all(sym)) { ## result should be *symmetric*      if(all(sym)) { ## result should be *symmetric*
137          uplos <- sapply(Tlst, slot, "uplo") ## either "U" or "L"          uplos <- vapply(Tlst, slot, ".", "uplo") ## either "U" or "L"
138          tLU <- table(uplos)# of length 1 or 2 ..          tLU <- table(uplos)# of length 1 or 2 ..
139          if(length(tLU) == 1) { ## all "U" or all "L"          if(length(tLU) == 1) { ## all "U" or all "L"
140              useU <- uplos[1] == "U"              useU <- uplos[1] == "U"
# Line 140  Line 148 
148          if(use.n) { ## return nsparseMatrix :          if(use.n) { ## return nsparseMatrix :
149              r <- new("nsTMatrix")              r <- new("nsTMatrix")
150          } else {          } else {
151              r <- new("dsTMatrix")              r <- new(paste0(if(use.l) "l" else "d", "sTMatrix"))
152              r@x <- unlist(lapply(Tlst, slot, "x"))              r@x <- unlist(lapply(Tlst, slot, "x"))
153          }          }
154          r@uplo <- if(useU) "U" else "L"          r@uplo <- if(useU) "U" else "L"
155      }      }
156      else if(all(tri) && { ULs <- sapply(Tlst, slot, "uplo")##  "U" or "L"      else if(all(tri) && { ULs <- vapply(Tlst, slot, ".", "uplo")##  "U" or "L"
157                            all(ULs[1L] == ULs[-1L]) } ## all upper or all lower                            all(ULs[1L] == ULs[-1L]) } ## all upper or all lower
158         ){ ## *triangular* result         ){ ## *triangular* result
159    
160          if(use.n) { ## return nsparseMatrix :          if(use.n) { ## return nsparseMatrix :
161              r <- new("ntTMatrix")              r <- new("ntTMatrix")
162          } else {          } else {
163              r <- new("dtTMatrix")              r <- new(paste0(if(use.l) "l" else "d", "tTMatrix"))
164              r@x <- unlist(lapply(Tlst, slot, "x"))              r@x <- unlist(lapply(Tlst, slot, "x"))
165          }          }
166          r@uplo <- ULs[1L]          r@uplo <- ULs[1L]
# Line 163  Line 171 
171          if(use.n) { ## return nsparseMatrix :          if(use.n) { ## return nsparseMatrix :
172              r <- new("ngTMatrix")              r <- new("ngTMatrix")
173          } else {          } else {
174              r <- new("dgTMatrix")              r <- new(paste0(if(use.l) "l" else "d", "gTMatrix"))
175              r@x <- unlist(lapply(Tlst, slot, "x"))              r@x <- unlist(lapply(Tlst, slot, "x"))
176          }          }
177      }      }
# Line 189  Line 197 
197  .diag2tT <- function(from, uplo = "U", kind = .M.kind(from)) {  .diag2tT <- function(from, uplo = "U", kind = .M.kind(from)) {
198      ## to triangular Tsparse      ## to triangular Tsparse
199      i <- if(from@diag == "U") integer(0) else seq_len(from@Dim[1]) - 1L      i <- if(from@diag == "U") integer(0) else seq_len(from@Dim[1]) - 1L
200      new(paste(kind, "tTMatrix", sep=''),      new(paste0(kind, "tTMatrix"),
201          diag = from@diag, Dim = from@Dim, Dimnames = from@Dimnames,          diag = from@diag, Dim = from@Dim, Dimnames = from@Dimnames,
202          uplo = uplo,          uplo = uplo,
203          x = from@x, # <- ok for diag = "U" and "N" (!)          x = from@x, # <- ok for diag = "U" and "N" (!)
# Line 200  Line 208 
208      ## to symmetric Tsparse      ## to symmetric Tsparse
209      n <- from@Dim[1]      n <- from@Dim[1]
210      i <- seq_len(n) - 1L      i <- seq_len(n) - 1L
211      new(paste(kind, "sTMatrix", sep=''),      new(paste0(kind, "sTMatrix"),
212          Dim = from@Dim, Dimnames = from@Dimnames,          Dim = from@Dim, Dimnames = from@Dimnames,
213          i = i, j = i, uplo = uplo,          i = i, j = i, uplo = uplo,
214          x = if(from@diag == "N") from@x else ## "U"-diag          x = if(from@diag == "N") from@x else ## "U"-diag
# Line 225  Line 233 
233          .diag2tT(d, uplo = if(extends(clx,"triangularMatrix")) x@uplo else "U", kind)          .diag2tT(d, uplo = if(extends(clx,"triangularMatrix")) x@uplo else "U", kind)
234  }  }
235    
236    ## FIXME: should not be needed {when ddi* is dsparse* etc}:
237    setMethod("is.finite", signature(x = "diagonalMatrix"),
238              function(x) is.finite(.diag2tT(x)))
239    setMethod("is.infinite", signature(x = "diagonalMatrix"),
240              function(x) is.infinite(.diag2tT(x)))
241    
242  ## In order to evade method dispatch ambiguity warnings,  ## In order to evade method dispatch ambiguity warnings,
243  ## and because we can save a .M.kind() call, we use this explicit  ## and because we can save a .M.kind() call, we use this explicit
# Line 268  Line 281 
281  ## Cheap fast substitute for diag() which *does* preserve the mode of x :  ## Cheap fast substitute for diag() which *does* preserve the mode of x :
282  mkDiag <- function(x, n) {  mkDiag <- function(x, n) {
283      y <- matrix(as0(mod=mode(x)), n,n)      y <- matrix(as0(mod=mode(x)), n,n)
284      if (n > 0) y[1L + 0:(n - 1L) * (n + 1L)] <- x      if (n > 0) y[1L + 0:(n - 1L) * (n + 1)] <- x
285      y      y
286  }  }
287    
# Line 285  Line 298 
298                mod.x <- mode(x@x)                mod.x <- mode(x@x)
299                r <- vector(mod.x, length = n^2)                r <- vector(mod.x, length = n^2)
300                if(n)                if(n)
301                    r[1 + 0:(n - 1) * (n + 1)] <-                    r[1 + 0:(n - 1L) * (n + 1)] <-
302                        if(x@diag == "U") as1(mod=mod.x) else x@x                        if(x@diag == "U") as1(mod=mod.x) else x@x
303                r                r
304            })            })
# Line 385  Line 398 
398  ## FIXME: this now fails because the "denseMatrix" methods come first in dispatch  ## FIXME: this now fails because the "denseMatrix" methods come first in dispatch
399  ## Only(?) current bug:  x[i] <- value  is wrong when  i is *vector*  ## Only(?) current bug:  x[i] <- value  is wrong when  i is *vector*
400  replDiag <- function(x, i, j, ..., value) {  replDiag <- function(x, i, j, ..., value) {
401      x <- as(x, "TsparseMatrix")      x <- as(x, "CsparseMatrix")# was "Tsparse.." till 2012-07
402      if(missing(i))      if(missing(i))
403          x[, j] <- value          x[, j] <- value
404      else if(missing(j)) { ##  x[i , ] <- v  *OR*   x[i] <- v      else if(missing(j)) { ##  x[i , ] <- v  *OR*   x[i] <- v
# Line 425  Line 438 
438                                   if(any(value != one | is.na(value))) {                                   if(any(value != one | is.na(value))) {
439                                       x@diag <- "N"                                       x@diag <- "N"
440                                       x@x <- rep.int(one, x@Dim[1])                                       x@x <- rep.int(one, x@Dim[1])
441                                   }                                   } else return(x)
442                               }                               }
443                               x@x[ii] <- value                               x@x[ii] <- value
444                               x                               x
# Line 515  Line 528 
528  ##       ---------------------  ##       ---------------------
529  ## Note that "ldi" logical are treated as numeric  ## Note that "ldi" logical are treated as numeric
530  diagdiagprod <- function(x, y) {  diagdiagprod <- function(x, y) {
531      n <- dimCheck(x,y)[1]      dimCheck(x,y)
532      if(x@diag != "U") {      if(x@diag != "U") {
533          if(y@diag != "U") {          if(y@diag != "U") {
534              nx <- x@x * y@x              nx <- x@x * y@x
# Line 547  Line 560 
560      dx <- dim(x)      dx <- dim(x)
561      dy <- dim(y)      dy <- dim(y)
562      if(dx[2] != dy[1]) stop("non-matching dimensions")      if(dx[2] != dy[1]) stop("non-matching dimensions")
     n <- dx[1]  
563      as(if(x@diag == "U") y else x@x * y, "Matrix")      as(if(x@diag == "U") y else x@x * y, "Matrix")
564  }  }
565  setMethod("%*%", signature(x = "diagonalMatrix", y = "matrix"),  setMethod("%*%", signature(x = "diagonalMatrix", y = "matrix"),
# Line 620  Line 632 
632      dx <- dim(x <- .Call(Csparse_diagU2N, x))      dx <- dim(x <- .Call(Csparse_diagU2N, x))
633      dy <- dim(y)      dy <- dim(y)
634      if(dx[2] != dy[1]) stop("non-matching dimensions")      if(dx[2] != dy[1]) stop("non-matching dimensions")
635        if(y@diag == "N") {
636            if(!all(y@x[1L] == y@x[-1L]) && is(x, "symmetricMatrix"))
637                x <- as(x, "generalMatrix")
638      ind <- rep.int(seq_len(dx[2]), x@p[-1] - x@p[-dx[2]-1L])      ind <- rep.int(seq_len(dx[2]), x@p[-1] - x@p[-dx[2]-1L])
     if(y@diag == "N")  
639          x@x <- x@x * y@x[ind]          x@x <- x@x * y@x[ind]
640        }
641      if(is(x, "compMatrix") && length(xf <- x@factors)) {      if(is(x, "compMatrix") && length(xf <- x@factors)) {
642          ## instead of dropping all factors, be smart about some          ## instead of dropping all factors, be smart about some
643          ## TODO ......          ## TODO ......
# Line 635  Line 650 
650      dx <- dim(x)      dx <- dim(x)
651      dy <- dim(y <- .Call(Csparse_diagU2N, y))      dy <- dim(y <- .Call(Csparse_diagU2N, y))
652      if(dx[2] != dy[1]) stop("non-matching dimensions")      if(dx[2] != dy[1]) stop("non-matching dimensions")
653      if(x@diag == "N")      if(x@diag == "N") {
654            if(!all(x@x[1L] == x@x[-1L]) && is(y, "symmetricMatrix"))
655                y <- as(y, "generalMatrix")
656          y@x <- y@x * x@x[y@i + 1L]          y@x <- y@x * x@x[y@i + 1L]
657        }
658      if(is(y, "compMatrix") && length(yf <- y@factors)) {      if(is(y, "compMatrix") && length(yf <- y@factors)) {
659          ## instead of dropping all factors, be smart about some          ## instead of dropping all factors, be smart about some
660          ## TODO          ## TODO
# Line 698  Line 716 
716            })            })
717    
718  solveDiag <- function(a, b, ...) {  solveDiag <- function(a, b, ...) {
719      if((n <- a@Dim[1]) != nrow(b))      if(a@Dim[1] != nrow(b))
720          stop("incompatible matrix dimensions")          stop("incompatible matrix dimensions")
721      ## trivially invert a 'in place' and multiply:      ## trivially invert a 'in place' and multiply:
722      a@x <- 1/ a@x      a@x <- 1/ a@x
# Line 717  Line 735 
735  ###---------------- <Ops> (<Arith>, <Logic>, <Compare> ) ----------------------  ###---------------- <Ops> (<Arith>, <Logic>, <Compare> ) ----------------------
736    
737  ## Use function for several signatures, in order to evade  ## Use function for several signatures, in order to evade
 ## ambiguous dispatch for "ddi", since there's also Arith(ddense., ddense.)  
738  diagOdiag <- function(e1,e2) {  diagOdiag <- function(e1,e2) {
739      ## result should also be diagonal _ if possible _      ## result should also be diagonal _ if possible _
740      r <- callGeneric(.diag.x(e1), .diag.x(e2)) # error if not "compatible"      r <- callGeneric(.diag.x(e1), .diag.x(e2)) # error if not "compatible"
# Line 725  Line 742 
742      r00 <- callGeneric(if(is.numeric(e1@x)) 0 else FALSE,      r00 <- callGeneric(if(is.numeric(e1@x)) 0 else FALSE,
743                         if(is.numeric(e2@x)) 0 else FALSE)                         if(is.numeric(e2@x)) 0 else FALSE)
744      if(is0(r00)) { ##  r00 == 0 or FALSE --- result *is* diagonal      if(is0(r00)) { ##  r00 == 0 or FALSE --- result *is* diagonal
745          if(is.numeric(r)) {          if(is.numeric(r)) { # "double" *or* "integer"
746              if(is.numeric(e2@x)) {              if(is.numeric(e2@x)) {
747                  e2@x <- r; return(.diag.2N(e2)) }                  e2@x <- r; return(.diag.2N(e2)) }
748              if(!is.numeric(e1@x))              if(!is.numeric(e1@x))
749                  ## e.g. e1, e2 are logical;                  ## e.g. e1, e2 are logical;
750                  e1 <- as(e1, "dMatrix")                  e1 <- as(e1, "dMatrix")
751                if(!is.double(r)) r <- as.double(r)
752          }          }
753          else if(is.logical(r))          else if(is.logical(r))
754              e1 <- as(e1, "lMatrix")              e1 <- as(e1, "lMatrix")
# Line 746  Line 764 
764          d <- e1@Dim          d <- e1@Dim
765          n <- d[1]          n <- d[1]
766          stopifnot(length(r) == n)          stopifnot(length(r) == n)
767            if(isNum && !is.double(r)) r <- as.double(r)
768          xx <- as.vector(matrix(rbind(r, matrix(r00,n,n)), n,n))          xx <- as.vector(matrix(rbind(r, matrix(r00,n,n)), n,n))
769          newcl <-          newcl <-
770              paste(if(isNum) "d" else if(isLog) {              paste0(if(isNum) "d" else if(isLog) {
771                  if(!any(is.na(r)) && !any(is.na(r00))) "n" else "l"                  if(!any(is.na(r)) && !any(is.na(r00))) "n" else "l"
772              } else stop("not yet implemented .. please report")              } else stop("not yet implemented .. please report"), "syMatrix")
                   ,  
                   "syMatrix", sep='')  
773    
774          new(newcl, Dim = e1@Dim, Dimnames = e1@Dimnames, x = xx)          new(newcl, Dim = e1@Dim, Dimnames = e1@Dimnames, x = xx)
775      }      }
# Line 774  Line 791 
791  ## diagonal  o  symmetric   |-->  symmetric  ## diagonal  o  symmetric   |-->  symmetric
792  ##    {also when other is sparse: do these "here" --  ##    {also when other is sparse: do these "here" --
793  ##     before conversion to sparse, since that loses "diagonality"}  ##     before conversion to sparse, since that loses "diagonality"}
794    diagOtri <- function(e1,e2) {
795        ## result must be triangular
796        r <- callGeneric(d1 <- .diag.x(e1), diag(e2)) # error if not "compatible"
797        ## Check what happens with non-diagonals, i.e. (0 o 0), (FALSE o 0), ...:
798        e1.0 <- if(.n1 <- is.numeric(d1   )) 0 else FALSE
799        r00 <- callGeneric(e1.0, if(.n2 <- is.numeric(e2[0])) 0 else FALSE)
800        if(is0(r00)) { ##  r00 == 0 or FALSE --- result *is* triangular
801            diag(e2) <- r
802            ## check what happens "in the triangle"
803            e2.2 <- if(.n2) 2 else TRUE
804            if(!callGeneric(e1.0, e2.2) == e2.2) { # values "in triangle" can change:
805                n <- dim(e2)[1L]
806                it <- indTri(n, upper = (e2@uplo == "U"))
807                e2[it] <- callGeneric(e1.0, e2[it])
808            }
809            e2
810        }
811        else { ## result not triangular ---> general
812            rr <- as(e2, "generalMatrix")
813            diag(rr) <- r
814            rr
815        }
816    }
817    
818    
819    setMethod("Ops", signature(e1 = "diagonalMatrix", e2 = "triangularMatrix"),
820              diagOtri)
821    ## For the reverse,  Ops == "Arith" | "Compare" | "Logic"
822    ##   'Arith'  :=  '"+"', '"-"', '"*"', '"^"', '"%%"', '"%/%"', '"/"'
823    setMethod("Arith", signature(e1 = "triangularMatrix", e2 = "diagonalMatrix"),
824              function(e1,e2)
825          { ## this must only trigger for *dense* e1
826              switch(.Generic,
827                     "+" = .Call(dtrMatrix_addDiag, as(e1,"dtrMatrix"),   .diag.x(e2)),
828                     "-" = .Call(dtrMatrix_addDiag, as(e1,"dtrMatrix"), - .diag.x(e2)),
829                     "*" = {
830                         n <- e2@Dim[1L]
831                         d2 <- if(e2@diag == "U") { # unit-diagonal
832                             d <- rep.int(as1(e2@x), n)
833                             e2@x <- d
834                             e2@diag <- "N"
835                             d
836                         } else e2@x
837                         e2@x <- diag(e1) * d2
838                         e2
839                     },
840                     "^" = { ## will be dense ( as  <ANY> ^ 0 == 1 ):
841                         e1 ^ as(e2, "denseMatrix")
842                     },
843                     ## otherwise:
844                     callGeneric(e1, diag2Tsmart(e2,e1)))
845    })
846    
847    ## Compare --> 'swap' (e.g.   e1 < e2   <==>  e2 > e1 ):
848    setMethod("Compare", signature(e1 = "triangularMatrix", e2 = "diagonalMatrix"),
849              .Cmp.swap)
850    ## '&' and "|'  are commutative:
851    setMethod("Logic", signature(e1 = "triangularMatrix", e2 = "diagonalMatrix"),
852              function(e1,e2) callGeneric(e2, e1))
853    
854  ## For almost everything else, diag* shall be treated "as sparse" :  ## For almost everything else, diag* shall be treated "as sparse" :
855  ## These are cheap implementations via coercion  ## These are cheap implementations via coercion
# Line 797  Line 873 
873  ##       Compare --> logical  ##       Compare --> logical
874  ##       Logic   --> logical: "lMatrix"  ##       Logic   --> logical: "lMatrix"
875    
876  ##  other = "numeric" : stay diagonal if possible  ## Other = "numeric" : stay diagonal if possible
877  ## ddi*: Arith: result numeric, potentially ddiMatrix  ## ddi*: Arith: result numeric, potentially ddiMatrix
878  setMethod("Arith", signature(e1 = "ddiMatrix", e2 = "numeric"),  for(arg2 in c("numeric","logical"))
879    setMethod("Arith", signature(e1 = "ddiMatrix", e2 = arg2),
880            function(e1,e2) {            function(e1,e2) {
881                n <- e1@Dim[1]; nsq <- n^2                n <- e1@Dim[1]
882                f0 <- callGeneric(0, e2)                f0 <- callGeneric(0, e2)
883                if(all(is0(f0))) { # remain diagonal                if(all(is0(f0))) { # remain diagonal
884                    L1 <- (le <- length(e2)) == 1L                    L1 <- (le <- length(e2)) == 1L
885                    if(!L1 && le != nsq) e2 <- rep(e2, length.out = nsq)                    if(e1@diag == "U") {
886                    if(e1@diag == "U" && any((r <- callGeneric(1, e2)) != 1)) {                        if(any((r <- callGeneric(1, e2)) != 1)) {
887                        e1@diag <- "N"                        e1@diag <- "N"
888                        if(L1) r <- rep.int(r, n)                            e1@x[seq_len(n)] <- r # possibly recycling r
889                    } else                        } ## else: result = e1  (is "U" diag)
890                      } else {
891                        r <- callGeneric(e1@x, e2)                        r <- callGeneric(e1@x, e2)
892                    e1@x <- if(L1) r else r[1L + (n+1L)*(0:(n-1L))]                        ## "future fixme": if we have idiMatrix, and r is 'integer', use idiMatrix
893                    return(e1)                        e1@x[] <- if(L1) r else r[1L + ((n+1)*(0:(n-1L))) %% le]
894                }                }
895                      e1
896                  } else
897                callGeneric(diag2tT.u(e1,e2, "d"), e2)                callGeneric(diag2tT.u(e1,e2, "d"), e2)
898            })            })
899    
900  setMethod("Arith", signature(e1 = "numeric", e2 = "ddiMatrix"),  for(arg1 in c("numeric","logical"))
901    setMethod("Arith", signature(e1 = arg1, e2 = "ddiMatrix"),
902            function(e1,e2) {            function(e1,e2) {
903                n <- e2@Dim[1]; nsq <- n^2                n <- e2@Dim[1]
904                f0 <- callGeneric(e1, 0)                f0 <- callGeneric(e1, 0)
905                if(all(is0(f0))) { # remain diagonal                if(all(is0(f0))) { # remain diagonal
906                    L1 <- (le <- length(e1)) == 1L                    L1 <- (le <- length(e1)) == 1L
907                    if(!L1 && le != nsq) e1 <- rep(e1, length.out = nsq)                    if(e2@diag == "U") {
908                    if(e2@diag == "U" && any((r <- callGeneric(e1, 1)) != 1)) {                        if(any((r <- callGeneric(e1, 1)) != 1)) {
909                        e2@diag <- "N"                        e2@diag <- "N"
910                        if(L1) r <- rep.int(r, n)                            e2@x[seq_len(n)] <- r # possibly recycling r
911                    } else                        } ## else: result = e2  (is "U" diag)
912                      } else {
913                        r <- callGeneric(e1, e2@x)                        r <- callGeneric(e1, e2@x)
914                    e2@x <- if(L1) r else r[1L + (n+1L)*(0:(n-1L))]                        ## "future fixme": if we have idiMatrix, and r is 'integer', use idiMatrix
915                    return(e2)                        e2@x[] <- if(L1) r else r[1L + ((n+1)*(0:(n-1L))) %% le]
916                }                }
917                      e2
918                  } else
919                callGeneric(e1, diag2tT.u(e2,e1, "d"))                callGeneric(e1, diag2tT.u(e2,e1, "d"))
920            })            })
921    
922  ## ldi* Arith --> result numeric, potentially ddiMatrix  ## ldi* Arith --> result numeric, potentially ddiMatrix
923  setMethod("Arith", signature(e1 = "ldiMatrix", e2 = "numeric"),  for(arg2 in c("numeric","logical"))
924    setMethod("Arith", signature(e1 = "ldiMatrix", e2 = arg2),
925            function(e1,e2) {            function(e1,e2) {
926                n <- e1@Dim[1]; nsq <- n^2                n <- e1@Dim[1]
927                f0 <- callGeneric(0, e2)                f0 <- callGeneric(0, e2)
928                if(all(is0(f0))) { # remain diagonal                if(all(is0(f0))) { # remain diagonal
929                    L1 <- (le <- length(e2)) == 1L                    L1 <- (le <- length(e2)) == 1L
930                    if(!L1 && le != nsq) e2 <- rep(e2, length.out = nsq)                    E <- copyClass(e1, "ddiMatrix", c("diag", "Dim", "Dimnames"))#FIXME: if ok, check=FALSE
931                    if(e1@diag == "U" && any((r <- callGeneric(1, e2)) != 1)) {                    ## E <- copyClass(e1, "ddiMatrix", check=FALSE)
932                        e1@diag <- "N"                    ## storage.mode(E@x) <- "double"
933                        if(L1) r <- rep.int(r, n)                    if(e1@diag == "U") {
934                    } else                        if(any((r <- callGeneric(1, e2)) != 1)) {
935                              E@diag <- "N"
936                              E@x[seq_len(n)] <- r # possibly recycling r
937                          } ## else: result = E  (is "U" diag)
938                      } else {
939                        r <- callGeneric(e1@x, e2)                        r <- callGeneric(e1@x, e2)
940                    e1 <- copyClass(e1, "ddiMatrix", c("diag", "Dim", "Dimnames"))                        ## "future fixme": if we have idiMatrix, and r is 'integer', use idiMatrix
941                    e1@x <- if(L1) r else r[1L + (n+1L)*(0:(n-1L))]                        E@x[seq_len(n)] <- if(L1) r else r[1L + ((n+1)*(0:(n-1L))) %% le]
                   return(e1)  
942                }                }
943                callGeneric(diag2tT.u(e1,e2, "d"), e2)                    E
944                  } else
945                      callGeneric(diag2tT.u(e1,e2, "l"), e2)
946            })            })
947    
948  setMethod("Arith", signature(e1 = "numeric", e2 = "ldiMatrix"),  for(arg1 in c("numeric","logical"))
949    setMethod("Arith", signature(e1 = arg1, e2 = "ldiMatrix"),
950            function(e1,e2) {            function(e1,e2) {
951                n <- e2@Dim[1]; nsq <- n^2                n <- e2@Dim[1]
952                f0 <- callGeneric(e1, 0)                f0 <- callGeneric(e1, 0)
953                if(all(is0(f0))) { # remain diagonal                if(all(is0(f0))) { # remain diagonal
954                    L1 <- (le <- length(e1)) == 1L                    L1 <- (le <- length(e1)) == 1L
955                    if(!L1 && le != nsq) e1 <- rep(e1, length.out = nsq)                    E <- copyClass(e2, "ddiMatrix", c("diag", "Dim", "Dimnames"))#FIXME: if ok, check=FALSE
956                    if(e2@diag == "U" && any((r <- callGeneric(e1, 1)) != 1)) {                    ## E <- copyClass(e2, "ddiMatrix", check=FALSE)
957                        e2@diag <- "N"                    ## storage.mode(E@x) <- "double"
958                        if(L1) r <- rep.int(r, n)                    if(e2@diag == "U") {
959                    } else                        if(any((r <- callGeneric(e1, 1)) != 1)) {
960                              E@diag <- "N"
961                              E@x[seq_len(n)] <- r # possibly recycling r
962                          } ## else: result = E  (is "U" diag)
963                      } else {
964                        r <- callGeneric(e1, e2@x)                        r <- callGeneric(e1, e2@x)
965                    e2 <- copyClass(e2, "ddiMatrix", c("diag", "Dim", "Dimnames"))                        ## "future fixme": if we have idiMatrix, and r is 'integer', use idiMatrix
966                    e2@x <- if(L1) r else r[1L + (n+1L)*(0:(n-1L))]                        E@x[seq_len(n)] <- if(L1) r else r[1L + ((n+1)*(0:(n-1L))) %% le]
                   return(e2)  
967                }                }
968                callGeneric(e1, diag2tT.u(e2,e1, "d"))                    E
969                  } else
970                      callGeneric(e1, diag2tT.u(e2,e1, "l"))
971            })            })
972    
973  ## ddi*: for "Ops" without Arith --> result logical, potentially ldi  ## ddi*: for "Ops" without "Arith": <Compare> or <Logic> --> result logical, potentially ldi
974  setMethod("Ops", signature(e1 = "ddiMatrix", e2 = "numeric"),  ##
975    ## Note that  ("numeric", "ddiMatrix")  is simply swapped, e.g.,
976    if(FALSE) {
977        selectMethod("<", c("numeric","lMatrix"))# Compare
978        selectMethod("&", c("numeric","lMatrix"))# Logic
979    } ## so we don't need to define a method here :
980    
981    for(arg2 in c("numeric","logical"))
982    setMethod("Ops", signature(e1 = "ddiMatrix", e2 = arg2),
983            function(e1,e2) {            function(e1,e2) {
984                n <- e1@Dim[1]; nsq <- n^2                n <- e1@Dim[1]
985                f0 <- callGeneric(0, e2)                f0 <- callGeneric(0, e2)
986                if(all(is0(f0))) { # remain diagonal                if(all(is0(f0))) { # remain diagonal
987                    L1 <- (le <- length(e2)) == 1L                    L1 <- (le <- length(e2)) == 1L
988                    if(!L1 && le != nsq) e2 <- rep(e2, length.out = nsq)                    E <- copyClass(e1, "ldiMatrix", c("diag", "Dim", "Dimnames"))#FIXME: if ok, check=FALSE
989                    if(e1@diag == "U" && any((r <- callGeneric(1, e2)) != 1)) {                    ## E <- copyClass(e1, "ldiMatrix", check=FALSE)
990                        e1@diag <- "N"                    ## storage.mode(E@x) <- "logical"
991                        if(L1) r <- rep.int(r, n)                    if(e1@diag == "U") {
992                    } else                        if(any((r <- callGeneric(1, e2)) != 1)) {
993                              E@diag <- "N"
994                              E@x[seq_len(n)] <- r # possibly recycling r
995                          } ## else: result = E  (is "U" diag)
996                      } else {
997                        r <- callGeneric(e1@x, e2)                        r <- callGeneric(e1@x, e2)
998                    e1 <- copyClass(e1, "ldiMatrix", c("diag", "Dim", "Dimnames"))                        ## "future fixme": if we have idiMatrix, and r is 'integer', use idiMatrix
999                    e1@x <- if(L1) r else r[1L + (n+1L)*(0:(n-1L))]                        E@x[seq_len(n)] <- if(L1) r else r[1L + ((n+1)*(0:(n-1L))) %% le]
                   return(e1)  
1000                }                }
1001                callGeneric(diag2tT.u(e1,e2, "l"), e2)                    E
           })  
   
 setMethod("Ops", signature(e1 = "numeric", e2 = "ddiMatrix"),  
           function(e1,e2) {  
               n <- e2@Dim[1]; nsq <- n^2  
               f0 <- callGeneric(e1, 0)  
               if(all(is0(f0))) { # remain diagonal  
                   L1 <- (le <- length(e1)) == 1L  
                   if(!L1 && le != nsq) e1 <- rep(e1, length.out = nsq)  
                   if(e2@diag == "U" && any((r <- callGeneric(e1, 1)) != 1)) {  
                       e2@diag <- "N"  
                       if(L1) r <- rep.int(r, n)  
1002                    } else                    } else
1003                        r <- callGeneric(e1, e2@x)                    callGeneric(diag2tT.u(e1,e2, "d"), e2)
                   e2 <- copyClass(e2, "ldiMatrix", c("diag", "Dim", "Dimnames"))  
                   e2@x <- if(L1) r else r[1L + (n+1L)*(0:(n-1L))]  
                   return(e2)  
               }  
               callGeneric(e1, diag2tT.u(e2,e1, "l"))  
1004            })            })
1005    
1006  ## ldi*: for "Ops" without Arith --> result logical, potentially ldi  ## ldi*: for "Ops" without "Arith": <Compare> or <Logic> --> result logical, potentially ldi
1007  setMethod("Ops", signature(e1 = "ldiMatrix", e2 = "numeric"),  for(arg2 in c("numeric","logical"))
1008    setMethod("Ops", signature(e1 = "ldiMatrix", e2 = arg2),
1009            function(e1,e2) {            function(e1,e2) {
1010                n <- e1@Dim[1]; nsq <- n^2                n <- e1@Dim[1]
1011                f0 <- callGeneric(FALSE, e2)                f0 <- callGeneric(FALSE, e2)
1012                if(all(is0(f0))) { # remain diagonal                if(all(is0(f0))) { # remain diagonal
1013                    L1 <- (le <- length(e2)) == 1L                    L1 <- (le <- length(e2)) == 1L
1014                    if(!L1 && le != nsq) e2 <- rep(e2, length.out = nsq)  
1015                    if(e1@diag == "U" && any((r <- callGeneric(TRUE, e2)) != 1)) {                    if(e1@diag == "U") {
1016                          if(any((r <- callGeneric(TRUE, e2)) != 1)) {
1017                        e1@diag <- "N"                        e1@diag <- "N"
1018                        if(L1) r <- rep.int(r, n)                            e1@x[seq_len(n)] <- r # possibly recycling r
1019                    } else                        } ## else: result = e1  (is "U" diag)
1020                      } else {
1021                        r <- callGeneric(e1@x, e2)                        r <- callGeneric(e1@x, e2)
1022                    e1@x <- if(L1) r else r[1L + (n+1L)*(0:(n-1L))]                        ## "future fixme": if we have idiMatrix, and r is 'integer', use idiMatrix
1023                    return(e1)                        e1@x[] <- if(L1) r else r[1L + ((n+1)*(0:(n-1L))) %% le]
1024                }                }
1025                callGeneric(diag2tT.u(e1,e2, "l"), e2)                    e1
           })  
   
 setMethod("Ops", signature(e1 = "numeric", e2 = "ldiMatrix"),  
           function(e1,e2) {  
               n <- e2@Dim[1]; nsq <- n^2  
               f0 <- callGeneric(e1, FALSE)  
               if(all(is0(f0))) { # remain diagonal  
                   L1 <- (le <- length(e1)) == 1L  
                   if(!L1 && le != nsq) e1 <- rep(e1, length.out = nsq)  
                   if(e2@diag == "U" && any((r <- callGeneric(e1, TRUE)) != 1)) {  
                       e2@diag <- "N"  
                       if(L1) r <- rep.int(r, n)  
1026                    } else                    } else
1027                        r <- callGeneric(e1, e2@x)                    callGeneric(diag2tT.u(e1,e2, "l"), e2)
                   e2@x <- if(L1) r else r[1L + (n+1L)*(0:(n-1L))]  
                   return(e2)  
               }  
               callGeneric(e1, diag2tT.u(e2,e1, "l"))  
1028            })            })
1029    
1030    
   
1031  ## Not {"sparseMatrix", "numeric} :  {"denseMatrix", "matrix", ... }  ## Not {"sparseMatrix", "numeric} :  {"denseMatrix", "matrix", ... }
1032  for(other in c("ANY", "Matrix", "dMatrix")) {  for(other in c("ANY", "Matrix", "dMatrix")) {
1033      ## ddi*:      ## ddi*:
# Line 967  Line 1043 
1043  }  }
1044    
1045  ## Direct subclasses of "denseMatrix": currently ddenseMatrix, ldense... :  ## Direct subclasses of "denseMatrix": currently ddenseMatrix, ldense... :
 if(FALSE)## too general, would contain  denseModelMatrix:  
1046  dense.subCl <- local({ dM.scl <- getClass("denseMatrix")@subclasses  dense.subCl <- local({ dM.scl <- getClass("denseMatrix")@subclasses
1047                         names(dM.scl)[sapply(dM.scl, slot, "distance") == 1] })                         names(dM.scl)[vapply(dM.scl, slot, 0, "distance") == 1] })
 dense.subCl <- paste(c("d","l","n"), "denseMatrix", sep="")  
1048  for(DI in diCls) {  for(DI in diCls) {
1049        dMeth <- if(extends(DI, "dMatrix"))
1050            function(e1,e2) callGeneric(diag2Tsmart(e1,e2, "d"), e2)
1051        else # "lMatrix", the only other kind for now
1052            function(e1,e2) callGeneric(diag2Tsmart(e1,e2, "l"), e2)
1053      for(c2 in c(dense.subCl, "Matrix")) {      for(c2 in c(dense.subCl, "Matrix")) {
1054          for(Fun in c("*", "^", "&")) {          for(Fun in c("*", "&")) {
1055              setMethod(Fun, signature(e1 = DI, e2 = c2),              setMethod(Fun, signature(e1 = DI, e2 = c2),
1056                        function(e1,e2) callGeneric(e1, Diagonal(x = diag(e2))))                        function(e1,e2) callGeneric(e1, Diagonal(x = diag(e2))))
1057              setMethod(Fun, signature(e1 = c2, e2 = DI),              setMethod(Fun, signature(e1 = c2, e2 = DI),
1058                        function(e1,e2) callGeneric(Diagonal(x = diag(e1)), e2))                        function(e1,e2) callGeneric(Diagonal(x = diag(e1)), e2))
1059          }          }
1060          ## NB: This arguably implicitly uses  0/0 :== 0  to keep diagonality          setMethod("^", signature(e1 = c2, e2 = DI),
1061          for(Fun in c("%%", "%/%", "/")) {                    function(e1,e2) callGeneric(Diagonal(x = diag(e1)), e2))
1062              setMethod(Fun, signature(e1 = DI, e2 = c2),          for(Fun in c("%%", "%/%", "/")) ## 0 <op> 0 |--> NaN  for these.
1063                        function(e1,e2) callGeneric(e1, Diagonal(x = diag(e2))))              setMethod(Fun, signature(e1 = DI, e2 = c2), dMeth)
         }  
1064      }      }
1065  }  }
1066    
# Line 1065  Line 1142 
1142                    invisible(object)                    invisible(object)
1143                }                }
1144            })            })
1145    
1146    rm(dense.subCl, diCls)# not used elsewhere
1147    
1148    setMethod("summary", signature(object = "diagonalMatrix"),
1149              function(object, ...) {
1150                  d <- dim(object)
1151                  r <- summary(object@x, ...)
1152                  attr(r, "header") <-
1153                      sprintf('%d x %d diagonal Matrix of class "%s"',
1154                              d[1], d[2], class(object))
1155                  ## use ole' S3 technology for such a simple case
1156                  class(r) <- c("diagSummary", class(r))
1157                  r
1158              })
1159    
1160    print.diagSummary <- function (x, ...) {
1161        cat(attr(x, "header"),"\n")
1162        class(x) <- class(x)[-1]
1163        print(x, ...)
1164        invisible(x)
1165    }

Legend:
Removed from v.2608  
changed lines
  Added in v.2820

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business Powered By FusionForge