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[matrix] Diff of /pkg/Matrix/R/diagMatrix.R
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Diff of /pkg/Matrix/R/diagMatrix.R

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revision 2608, Tue Aug 10 08:23:48 2010 UTC revision 2814, Tue Jul 24 14:02:28 2012 UTC
# Line 78  Line 78 
78      .sparseDiagonal(n, x, uplo, shape = "t")      .sparseDiagonal(n, x, uplo, shape = "t")
79    
80    
81  ### This is modified from a post of Bert Gunter to R-help on  1 Sep 2005.  ## This is modified from a post of Bert Gunter to R-help on  1 Sep 2005.
82  ### Bert's code built on a post by Andy Liaw who most probably was influenced  ## Bert's code built on a post by Andy Liaw who most probably was influenced
83  ### by earlier posts, notably one by Scott Chasalow on S-news, 16 Jan 2002  ## by earlier posts, notably one by Scott Chasalow on S-news, 16 Jan 2002
84  ### who posted his bdiag() function written in December 1995.  ## who posted his bdiag() function written in December 1995.
85  if(FALSE)##--- no longer used:  if(FALSE)##--- no longer used:
86  .bdiag <- function(lst) {  .bdiag <- function(lst) {
87      ### block-diagonal matrix [a dgTMatrix] from list of matrices      ## block-diagonal matrix [a dgTMatrix] from list of matrices
88      stopifnot(is.list(lst), length(lst) >= 1)      stopifnot(is.list(lst), length(lst) >= 1)
89      dims <- sapply(lst, dim, USE.NAMES=FALSE)      dims <- vapply(lst, dim, 1L, USE.NAMES=FALSE)
90      ## make sure we had all matrices:      ## make sure we had all matrices:
91      if(!(is.matrix(dims) && nrow(dims) == 2))      if(!(is.matrix(dims) && nrow(dims) == 2))
92          stop("some arguments are not matrices")          stop("some arguments are not matrices")
# Line 115  Line 115 
115                     as, "TsparseMatrix")                     as, "TsparseMatrix")
116      if(nl == 1) return(Tlst[[1]])      if(nl == 1) return(Tlst[[1]])
117      ## else      ## else
118      i_off <- c(0L, cumsum(sapply(Tlst, nrow)))      i_off <- c(0L, cumsum(vapply(Tlst, nrow, 1L)))
119      j_off <- c(0L, cumsum(sapply(Tlst, ncol)))      j_off <- c(0L, cumsum(vapply(Tlst, ncol, 1L)))
120    
121      clss <- sapply(Tlst, class)      clss <- vapply(Tlst, class, "")
122      knds <- substr(clss, 2, 2)      typ <- substr(clss, 2, 2)
123      sym  <- knds == "s" # symmetric ones      knd <- substr(clss, 1, 1)
124      tri  <- knds == "t" # triangular ones      sym <- typ == "s" # symmetric ones
125      use.n <- any(is.n <- substr(clss,1,1) == "n")      tri <- typ == "t" # triangular ones
126      if(use.n && !(use.n <- all(is.n)))      use.n <- any(is.n <- knd == "n")
127        if(use.n && !(use.n <- all(is.n))) {
128          Tlst[is.n] <- lapply(Tlst[is.n], as, "lMatrix")          Tlst[is.n] <- lapply(Tlst[is.n], as, "lMatrix")
129            knd [is.n] <- "l"
130        }
131        use.l <- !use.n && all(knd == "l")
132      if(all(sym)) { ## result should be *symmetric*      if(all(sym)) { ## result should be *symmetric*
133          uplos <- sapply(Tlst, slot, "uplo") ## either "U" or "L"          uplos <- vapply(Tlst, slot, ".", "uplo") ## either "U" or "L"
134          tLU <- table(uplos)# of length 1 or 2 ..          tLU <- table(uplos)# of length 1 or 2 ..
135          if(length(tLU) == 1) { ## all "U" or all "L"          if(length(tLU) == 1) { ## all "U" or all "L"
136              useU <- uplos[1] == "U"              useU <- uplos[1] == "U"
# Line 140  Line 144 
144          if(use.n) { ## return nsparseMatrix :          if(use.n) { ## return nsparseMatrix :
145              r <- new("nsTMatrix")              r <- new("nsTMatrix")
146          } else {          } else {
147              r <- new("dsTMatrix")              r <- new(paste0(if(use.l) "l" else "d", "sTMatrix"))
148              r@x <- unlist(lapply(Tlst, slot, "x"))              r@x <- unlist(lapply(Tlst, slot, "x"))
149          }          }
150          r@uplo <- if(useU) "U" else "L"          r@uplo <- if(useU) "U" else "L"
151      }      }
152      else if(all(tri) && { ULs <- sapply(Tlst, slot, "uplo")##  "U" or "L"      else if(all(tri) && { ULs <- vapply(Tlst, slot, ".", "uplo")##  "U" or "L"
153                            all(ULs[1L] == ULs[-1L]) } ## all upper or all lower                            all(ULs[1L] == ULs[-1L]) } ## all upper or all lower
154         ){ ## *triangular* result         ){ ## *triangular* result
155    
156          if(use.n) { ## return nsparseMatrix :          if(use.n) { ## return nsparseMatrix :
157              r <- new("ntTMatrix")              r <- new("ntTMatrix")
158          } else {          } else {
159              r <- new("dtTMatrix")              r <- new(paste0(if(use.l) "l" else "d", "tTMatrix"))
160              r@x <- unlist(lapply(Tlst, slot, "x"))              r@x <- unlist(lapply(Tlst, slot, "x"))
161          }          }
162          r@uplo <- ULs[1L]          r@uplo <- ULs[1L]
# Line 163  Line 167 
167          if(use.n) { ## return nsparseMatrix :          if(use.n) { ## return nsparseMatrix :
168              r <- new("ngTMatrix")              r <- new("ngTMatrix")
169          } else {          } else {
170              r <- new("dgTMatrix")              r <- new(paste0(if(use.l) "l" else "d", "gTMatrix"))
171              r@x <- unlist(lapply(Tlst, slot, "x"))              r@x <- unlist(lapply(Tlst, slot, "x"))
172          }          }
173      }      }
# Line 189  Line 193 
193  .diag2tT <- function(from, uplo = "U", kind = .M.kind(from)) {  .diag2tT <- function(from, uplo = "U", kind = .M.kind(from)) {
194      ## to triangular Tsparse      ## to triangular Tsparse
195      i <- if(from@diag == "U") integer(0) else seq_len(from@Dim[1]) - 1L      i <- if(from@diag == "U") integer(0) else seq_len(from@Dim[1]) - 1L
196      new(paste(kind, "tTMatrix", sep=''),      new(paste0(kind, "tTMatrix"),
197          diag = from@diag, Dim = from@Dim, Dimnames = from@Dimnames,          diag = from@diag, Dim = from@Dim, Dimnames = from@Dimnames,
198          uplo = uplo,          uplo = uplo,
199          x = from@x, # <- ok for diag = "U" and "N" (!)          x = from@x, # <- ok for diag = "U" and "N" (!)
# Line 200  Line 204 
204      ## to symmetric Tsparse      ## to symmetric Tsparse
205      n <- from@Dim[1]      n <- from@Dim[1]
206      i <- seq_len(n) - 1L      i <- seq_len(n) - 1L
207      new(paste(kind, "sTMatrix", sep=''),      new(paste0(kind, "sTMatrix"),
208          Dim = from@Dim, Dimnames = from@Dimnames,          Dim = from@Dim, Dimnames = from@Dimnames,
209          i = i, j = i, uplo = uplo,          i = i, j = i, uplo = uplo,
210          x = if(from@diag == "N") from@x else ## "U"-diag          x = if(from@diag == "N") from@x else ## "U"-diag
# Line 225  Line 229 
229          .diag2tT(d, uplo = if(extends(clx,"triangularMatrix")) x@uplo else "U", kind)          .diag2tT(d, uplo = if(extends(clx,"triangularMatrix")) x@uplo else "U", kind)
230  }  }
231    
232    ## FIXME: should not be needed {when ddi* is dsparse* etc}:
233    setMethod("is.finite", signature(x = "diagonalMatrix"),
234              function(x) is.finite(.diag2tT(x)))
235    setMethod("is.infinite", signature(x = "diagonalMatrix"),
236              function(x) is.infinite(.diag2tT(x)))
237    
238  ## In order to evade method dispatch ambiguity warnings,  ## In order to evade method dispatch ambiguity warnings,
239  ## and because we can save a .M.kind() call, we use this explicit  ## and because we can save a .M.kind() call, we use this explicit
# Line 385  Line 394 
394  ## FIXME: this now fails because the "denseMatrix" methods come first in dispatch  ## FIXME: this now fails because the "denseMatrix" methods come first in dispatch
395  ## Only(?) current bug:  x[i] <- value  is wrong when  i is *vector*  ## Only(?) current bug:  x[i] <- value  is wrong when  i is *vector*
396  replDiag <- function(x, i, j, ..., value) {  replDiag <- function(x, i, j, ..., value) {
397      x <- as(x, "TsparseMatrix")      x <- as(x, "CsparseMatrix")# was "Tsparse.." till 2012-07
398      if(missing(i))      if(missing(i))
399          x[, j] <- value          x[, j] <- value
400      else if(missing(j)) { ##  x[i , ] <- v  *OR*   x[i] <- v      else if(missing(j)) { ##  x[i , ] <- v  *OR*   x[i] <- v
# Line 425  Line 434 
434                                   if(any(value != one | is.na(value))) {                                   if(any(value != one | is.na(value))) {
435                                       x@diag <- "N"                                       x@diag <- "N"
436                                       x@x <- rep.int(one, x@Dim[1])                                       x@x <- rep.int(one, x@Dim[1])
437                                   }                                   } else return(x)
438                               }                               }
439                               x@x[ii] <- value                               x@x[ii] <- value
440                               x                               x
# Line 515  Line 524 
524  ##       ---------------------  ##       ---------------------
525  ## Note that "ldi" logical are treated as numeric  ## Note that "ldi" logical are treated as numeric
526  diagdiagprod <- function(x, y) {  diagdiagprod <- function(x, y) {
527      n <- dimCheck(x,y)[1]      dimCheck(x,y)
528      if(x@diag != "U") {      if(x@diag != "U") {
529          if(y@diag != "U") {          if(y@diag != "U") {
530              nx <- x@x * y@x              nx <- x@x * y@x
# Line 547  Line 556 
556      dx <- dim(x)      dx <- dim(x)
557      dy <- dim(y)      dy <- dim(y)
558      if(dx[2] != dy[1]) stop("non-matching dimensions")      if(dx[2] != dy[1]) stop("non-matching dimensions")
     n <- dx[1]  
559      as(if(x@diag == "U") y else x@x * y, "Matrix")      as(if(x@diag == "U") y else x@x * y, "Matrix")
560  }  }
561  setMethod("%*%", signature(x = "diagonalMatrix", y = "matrix"),  setMethod("%*%", signature(x = "diagonalMatrix", y = "matrix"),
# Line 620  Line 628 
628      dx <- dim(x <- .Call(Csparse_diagU2N, x))      dx <- dim(x <- .Call(Csparse_diagU2N, x))
629      dy <- dim(y)      dy <- dim(y)
630      if(dx[2] != dy[1]) stop("non-matching dimensions")      if(dx[2] != dy[1]) stop("non-matching dimensions")
631        if(y@diag == "N") {
632            if(!all(y@x[1L] == y@x[-1L]) && is(x, "symmetricMatrix"))
633                x <- as(x, "generalMatrix")
634      ind <- rep.int(seq_len(dx[2]), x@p[-1] - x@p[-dx[2]-1L])      ind <- rep.int(seq_len(dx[2]), x@p[-1] - x@p[-dx[2]-1L])
     if(y@diag == "N")  
635          x@x <- x@x * y@x[ind]          x@x <- x@x * y@x[ind]
636        }
637      if(is(x, "compMatrix") && length(xf <- x@factors)) {      if(is(x, "compMatrix") && length(xf <- x@factors)) {
638          ## instead of dropping all factors, be smart about some          ## instead of dropping all factors, be smart about some
639          ## TODO ......          ## TODO ......
# Line 635  Line 646 
646      dx <- dim(x)      dx <- dim(x)
647      dy <- dim(y <- .Call(Csparse_diagU2N, y))      dy <- dim(y <- .Call(Csparse_diagU2N, y))
648      if(dx[2] != dy[1]) stop("non-matching dimensions")      if(dx[2] != dy[1]) stop("non-matching dimensions")
649      if(x@diag == "N")      if(x@diag == "N") {
650            if(!all(x@x[1L] == x@x[-1L]) && is(y, "symmetricMatrix"))
651                y <- as(y, "generalMatrix")
652          y@x <- y@x * x@x[y@i + 1L]          y@x <- y@x * x@x[y@i + 1L]
653        }
654      if(is(y, "compMatrix") && length(yf <- y@factors)) {      if(is(y, "compMatrix") && length(yf <- y@factors)) {
655          ## instead of dropping all factors, be smart about some          ## instead of dropping all factors, be smart about some
656          ## TODO          ## TODO
# Line 698  Line 712 
712            })            })
713    
714  solveDiag <- function(a, b, ...) {  solveDiag <- function(a, b, ...) {
715      if((n <- a@Dim[1]) != nrow(b))      if(a@Dim[1] != nrow(b))
716          stop("incompatible matrix dimensions")          stop("incompatible matrix dimensions")
717      ## trivially invert a 'in place' and multiply:      ## trivially invert a 'in place' and multiply:
718      a@x <- 1/ a@x      a@x <- 1/ a@x
# Line 717  Line 731 
731  ###---------------- <Ops> (<Arith>, <Logic>, <Compare> ) ----------------------  ###---------------- <Ops> (<Arith>, <Logic>, <Compare> ) ----------------------
732    
733  ## Use function for several signatures, in order to evade  ## Use function for several signatures, in order to evade
 ## ambiguous dispatch for "ddi", since there's also Arith(ddense., ddense.)  
734  diagOdiag <- function(e1,e2) {  diagOdiag <- function(e1,e2) {
735      ## result should also be diagonal _ if possible _      ## result should also be diagonal _ if possible _
736      r <- callGeneric(.diag.x(e1), .diag.x(e2)) # error if not "compatible"      r <- callGeneric(.diag.x(e1), .diag.x(e2)) # error if not "compatible"
# Line 725  Line 738 
738      r00 <- callGeneric(if(is.numeric(e1@x)) 0 else FALSE,      r00 <- callGeneric(if(is.numeric(e1@x)) 0 else FALSE,
739                         if(is.numeric(e2@x)) 0 else FALSE)                         if(is.numeric(e2@x)) 0 else FALSE)
740      if(is0(r00)) { ##  r00 == 0 or FALSE --- result *is* diagonal      if(is0(r00)) { ##  r00 == 0 or FALSE --- result *is* diagonal
741          if(is.numeric(r)) {          if(is.numeric(r)) { # "double" *or* "integer"
742              if(is.numeric(e2@x)) {              if(is.numeric(e2@x)) {
743                  e2@x <- r; return(.diag.2N(e2)) }                  e2@x <- r; return(.diag.2N(e2)) }
744              if(!is.numeric(e1@x))              if(!is.numeric(e1@x))
745                  ## e.g. e1, e2 are logical;                  ## e.g. e1, e2 are logical;
746                  e1 <- as(e1, "dMatrix")                  e1 <- as(e1, "dMatrix")
747                if(!is.double(r)) r <- as.double(r)
748          }          }
749          else if(is.logical(r))          else if(is.logical(r))
750              e1 <- as(e1, "lMatrix")              e1 <- as(e1, "lMatrix")
# Line 746  Line 760 
760          d <- e1@Dim          d <- e1@Dim
761          n <- d[1]          n <- d[1]
762          stopifnot(length(r) == n)          stopifnot(length(r) == n)
763            if(isNum && !is.double(r)) r <- as.double(r)
764          xx <- as.vector(matrix(rbind(r, matrix(r00,n,n)), n,n))          xx <- as.vector(matrix(rbind(r, matrix(r00,n,n)), n,n))
765          newcl <-          newcl <-
766              paste(if(isNum) "d" else if(isLog) {              paste0(if(isNum) "d" else if(isLog) {
767                  if(!any(is.na(r)) && !any(is.na(r00))) "n" else "l"                  if(!any(is.na(r)) && !any(is.na(r00))) "n" else "l"
768              } else stop("not yet implemented .. please report")              } else stop("not yet implemented .. please report"), "syMatrix")
                   ,  
                   "syMatrix", sep='')  
769    
770          new(newcl, Dim = e1@Dim, Dimnames = e1@Dimnames, x = xx)          new(newcl, Dim = e1@Dim, Dimnames = e1@Dimnames, x = xx)
771      }      }
# Line 774  Line 787 
787  ## diagonal  o  symmetric   |-->  symmetric  ## diagonal  o  symmetric   |-->  symmetric
788  ##    {also when other is sparse: do these "here" --  ##    {also when other is sparse: do these "here" --
789  ##     before conversion to sparse, since that loses "diagonality"}  ##     before conversion to sparse, since that loses "diagonality"}
790    diagOtri <- function(e1,e2) {
791        ## result must be triangular
792        r <- callGeneric(d1 <- .diag.x(e1), diag(e2)) # error if not "compatible"
793        ## Check what happens with non-diagonals, i.e. (0 o 0), (FALSE o 0), ...:
794        e1.0 <- if(.n1 <- is.numeric(d1   )) 0 else FALSE
795        r00 <- callGeneric(e1.0, if(.n2 <- is.numeric(e2[0])) 0 else FALSE)
796        if(is0(r00)) { ##  r00 == 0 or FALSE --- result *is* triangular
797            diag(e2) <- r
798            ## check what happens "in the triangle"
799            e2.2 <- if(.n2) 2 else TRUE
800            if(!callGeneric(e1.0, e2.2) == e2.2) { # values "in triangle" can change:
801                n <- dim(e2)[1L]
802                it <- indTri(n, upper = (e2@uplo == "U"))
803                e2[it] <- callGeneric(e1.0, e2[it])
804            }
805            e2
806        }
807        else { ## result not triangular ---> general
808            rr <- as(e2, "generalMatrix")
809            diag(rr) <- r
810            rr
811        }
812    }
813    
814    
815    setMethod("Ops", signature(e1 = "diagonalMatrix", e2 = "triangularMatrix"),
816              diagOtri)
817    ## For the reverse,  Ops == "Arith" | "Compare" | "Logic"
818    ##   'Arith'  :=  '"+"', '"-"', '"*"', '"^"', '"%%"', '"%/%"', '"/"'
819    setMethod("Arith", signature(e1 = "triangularMatrix", e2 = "diagonalMatrix"),
820              function(e1,e2)
821          { ## this must only trigger for *dense* e1
822              switch(.Generic,
823                     "+" = .Call(dtrMatrix_addDiag, as(e1,"dtrMatrix"),   .diag.x(e2)),
824                     "-" = .Call(dtrMatrix_addDiag, as(e1,"dtrMatrix"), - .diag.x(e2)),
825                     "*" = {
826                         n <- e2@Dim[1L]
827                         d2 <- if(e2@diag == "U") { # unit-diagonal
828                             d <- rep.int(as1(e2@x), n)
829                             e2@x <- d
830                             e2@diag <- "N"
831                             d
832                         } else e2@x
833                         e2@x <- diag(e1) * d2
834                         e2
835                     },
836                     "^" = { ## will be dense ( as  <ANY> ^ 0 == 1 ):
837                         e1 ^ as(e2, "denseMatrix")
838                     },
839                     ## otherwise:
840                     callGeneric(e1, diag2Tsmart(e2,e1)))
841    })
842    
843    ## Compare --> 'swap' (e.g.   e1 < e2   <==>  e2 > e1 ):
844    setMethod("Compare", signature(e1 = "triangularMatrix", e2 = "diagonalMatrix"),
845              .Cmp.swap)
846    ## '&' and "|'  are commutative:
847    setMethod("Logic", signature(e1 = "triangularMatrix", e2 = "diagonalMatrix"),
848              function(e1,e2) callGeneric(e2, e1))
849    
850  ## For almost everything else, diag* shall be treated "as sparse" :  ## For almost everything else, diag* shall be treated "as sparse" :
851  ## These are cheap implementations via coercion  ## These are cheap implementations via coercion
# Line 799  Line 871 
871    
872  ##  other = "numeric" : stay diagonal if possible  ##  other = "numeric" : stay diagonal if possible
873  ## ddi*: Arith: result numeric, potentially ddiMatrix  ## ddi*: Arith: result numeric, potentially ddiMatrix
874  setMethod("Arith", signature(e1 = "ddiMatrix", e2 = "numeric"),  for(arg2 in c("numeric","logical"))
875    setMethod("Arith", signature(e1 = "ddiMatrix", e2 = arg2),
876            function(e1,e2) {            function(e1,e2) {
877                n <- e1@Dim[1]; nsq <- n^2                n <- e1@Dim[1]; nsq <- n^2
878                f0 <- callGeneric(0, e2)                f0 <- callGeneric(0, e2)
# Line 811  Line 884 
884                        if(L1) r <- rep.int(r, n)                        if(L1) r <- rep.int(r, n)
885                    } else                    } else
886                        r <- callGeneric(e1@x, e2)                        r <- callGeneric(e1@x, e2)
887                      if(length(r))
888                    e1@x <- if(L1) r else r[1L + (n+1L)*(0:(n-1L))]                    e1@x <- if(L1) r else r[1L + (n+1L)*(0:(n-1L))]
889                    return(e1)                    return(e1)
890                }                }
891                callGeneric(diag2tT.u(e1,e2, "d"), e2)                callGeneric(diag2tT.u(e1,e2, "d"), e2)
892            })            })
893    
894  setMethod("Arith", signature(e1 = "numeric", e2 = "ddiMatrix"),  for(arg1 in c("numeric","logical"))
895    setMethod("Arith", signature(e1 = arg1, e2 = "ddiMatrix"),
896            function(e1,e2) {            function(e1,e2) {
897                n <- e2@Dim[1]; nsq <- n^2                n <- e2@Dim[1]; nsq <- n^2
898                f0 <- callGeneric(e1, 0)                f0 <- callGeneric(e1, 0)
# Line 829  Line 904 
904                        if(L1) r <- rep.int(r, n)                        if(L1) r <- rep.int(r, n)
905                    } else                    } else
906                        r <- callGeneric(e1, e2@x)                        r <- callGeneric(e1, e2@x)
907                      if(length(r))
908                    e2@x <- if(L1) r else r[1L + (n+1L)*(0:(n-1L))]                    e2@x <- if(L1) r else r[1L + (n+1L)*(0:(n-1L))]
909                    return(e2)                    return(e2)
910                }                }
# Line 836  Line 912 
912            })            })
913    
914  ## ldi* Arith --> result numeric, potentially ddiMatrix  ## ldi* Arith --> result numeric, potentially ddiMatrix
915  setMethod("Arith", signature(e1 = "ldiMatrix", e2 = "numeric"),  for(arg2 in c("numeric","logical"))
916    setMethod("Arith", signature(e1 = "ldiMatrix", e2 = arg2),
917            function(e1,e2) {            function(e1,e2) {
918                n <- e1@Dim[1]; nsq <- n^2                n <- e1@Dim[1]; nsq <- n^2
919                f0 <- callGeneric(0, e2)                f0 <- callGeneric(0, e2)
# Line 848  Line 925 
925                        if(L1) r <- rep.int(r, n)                        if(L1) r <- rep.int(r, n)
926                    } else                    } else
927                        r <- callGeneric(e1@x, e2)                        r <- callGeneric(e1@x, e2)
928                      ## "future fixme": if we have idiMatrix, and r is 'integer', use idiMatrix
929                    e1 <- copyClass(e1, "ddiMatrix", c("diag", "Dim", "Dimnames"))                    e1 <- copyClass(e1, "ddiMatrix", c("diag", "Dim", "Dimnames"))
930                      if(length(r)) {
931                          if(!is.double(r)) r <- as.double(r)
932                    e1@x <- if(L1) r else r[1L + (n+1L)*(0:(n-1L))]                    e1@x <- if(L1) r else r[1L + (n+1L)*(0:(n-1L))]
933                      }
934                    return(e1)                    return(e1)
935                }                }
936                callGeneric(diag2tT.u(e1,e2, "d"), e2)                callGeneric(diag2tT.u(e1,e2, "l"), e2)
937            })            })
938    
939  setMethod("Arith", signature(e1 = "numeric", e2 = "ldiMatrix"),  for(arg1 in c("numeric","logical"))
940    setMethod("Arith", signature(e1 = arg1, e2 = "ldiMatrix"),
941            function(e1,e2) {            function(e1,e2) {
942                n <- e2@Dim[1]; nsq <- n^2                n <- e2@Dim[1]; nsq <- n^2
943                f0 <- callGeneric(e1, 0)                f0 <- callGeneric(e1, 0)
# Line 867  Line 949 
949                        if(L1) r <- rep.int(r, n)                        if(L1) r <- rep.int(r, n)
950                    } else                    } else
951                        r <- callGeneric(e1, e2@x)                        r <- callGeneric(e1, e2@x)
952                      ## "future fixme": if we have idiMatrix, and r is 'integer', use idiMatrix
953                    e2 <- copyClass(e2, "ddiMatrix", c("diag", "Dim", "Dimnames"))                    e2 <- copyClass(e2, "ddiMatrix", c("diag", "Dim", "Dimnames"))
954                      if(length(r)) {
955                          if(!is.double(r)) r <- as.double(r)
956                    e2@x <- if(L1) r else r[1L + (n+1L)*(0:(n-1L))]                    e2@x <- if(L1) r else r[1L + (n+1L)*(0:(n-1L))]
957                      }
958                    return(e2)                    return(e2)
959                }                }
960                callGeneric(e1, diag2tT.u(e2,e1, "d"))                callGeneric(e1, diag2tT.u(e2,e1, "l"))
961            })            })
962    
963  ## ddi*: for "Ops" without Arith --> result logical, potentially ldi  ## ddi*: for "Ops" without Arith --> result logical, potentially ldi
964  setMethod("Ops", signature(e1 = "ddiMatrix", e2 = "numeric"),  for(arg2 in c("numeric","logical"))
965    setMethod("Ops", signature(e1 = "ddiMatrix", e2 = arg2),
966            function(e1,e2) {            function(e1,e2) {
967                n <- e1@Dim[1]; nsq <- n^2                n <- e1@Dim[1]; nsq <- n^2
968                f0 <- callGeneric(0, e2)                f0 <- callGeneric(0, e2)
# Line 888  Line 975 
975                    } else                    } else
976                        r <- callGeneric(e1@x, e2)                        r <- callGeneric(e1@x, e2)
977                    e1 <- copyClass(e1, "ldiMatrix", c("diag", "Dim", "Dimnames"))                    e1 <- copyClass(e1, "ldiMatrix", c("diag", "Dim", "Dimnames"))
978                      if(length(r)) {
979                          if(!is.logical(r)) r <- as.logical(r)
980                    e1@x <- if(L1) r else r[1L + (n+1L)*(0:(n-1L))]                    e1@x <- if(L1) r else r[1L + (n+1L)*(0:(n-1L))]
981                      }
982                    return(e1)                    return(e1)
983                }                }
984                callGeneric(diag2tT.u(e1,e2, "l"), e2)                callGeneric(diag2tT.u(e1,e2, "d"), e2)
985            })            })
986    
987  setMethod("Ops", signature(e1 = "numeric", e2 = "ddiMatrix"),  for(arg1 in c("numeric","logical"))
988    setMethod("Ops", signature(e1 = arg1, e2 = "ddiMatrix"),
989            function(e1,e2) {            function(e1,e2) {
990                n <- e2@Dim[1]; nsq <- n^2                n <- e2@Dim[1]; nsq <- n^2
991                f0 <- callGeneric(e1, 0)                f0 <- callGeneric(e1, 0)
# Line 906  Line 997 
997                        if(L1) r <- rep.int(r, n)                        if(L1) r <- rep.int(r, n)
998                    } else                    } else
999                        r <- callGeneric(e1, e2@x)                        r <- callGeneric(e1, e2@x)
1000                      if(length(r)) {
1001                          if(!is.logical(r)) r <- as.logical(r)
1002                    e2 <- copyClass(e2, "ldiMatrix", c("diag", "Dim", "Dimnames"))                    e2 <- copyClass(e2, "ldiMatrix", c("diag", "Dim", "Dimnames"))
1003                      }
1004                    e2@x <- if(L1) r else r[1L + (n+1L)*(0:(n-1L))]                    e2@x <- if(L1) r else r[1L + (n+1L)*(0:(n-1L))]
1005                    return(e2)                    return(e2)
1006                }                }
1007                callGeneric(e1, diag2tT.u(e2,e1, "l"))                callGeneric(e1, diag2tT.u(e2,e1, "d"))
1008            })            })
1009    
1010  ## ldi*: for "Ops" without Arith --> result logical, potentially ldi  ## ldi*: for "Ops" without Arith --> result logical, potentially ldi
1011  setMethod("Ops", signature(e1 = "ldiMatrix", e2 = "numeric"),  for(arg2 in c("numeric","logical"))
1012    setMethod("Ops", signature(e1 = "ldiMatrix", e2 = arg2),
1013            function(e1,e2) {            function(e1,e2) {
1014                n <- e1@Dim[1]; nsq <- n^2                n <- e1@Dim[1]; nsq <- n^2
1015                f0 <- callGeneric(FALSE, e2)                f0 <- callGeneric(FALSE, e2)
# Line 926  Line 1021 
1021                        if(L1) r <- rep.int(r, n)                        if(L1) r <- rep.int(r, n)
1022                    } else                    } else
1023                        r <- callGeneric(e1@x, e2)                        r <- callGeneric(e1@x, e2)
1024                      if(length(r))
1025                    e1@x <- if(L1) r else r[1L + (n+1L)*(0:(n-1L))]                    e1@x <- if(L1) r else r[1L + (n+1L)*(0:(n-1L))]
1026                    return(e1)                    return(e1)
1027                }                }
1028                callGeneric(diag2tT.u(e1,e2, "l"), e2)                callGeneric(diag2tT.u(e1,e2, "l"), e2)
1029            })            })
1030    
1031  setMethod("Ops", signature(e1 = "numeric", e2 = "ldiMatrix"),  for(arg1 in c("numeric","logical"))
1032    setMethod("Ops", signature(e1 = arg1, e2 = "ldiMatrix"),
1033            function(e1,e2) {            function(e1,e2) {
1034                n <- e2@Dim[1]; nsq <- n^2                n <- e2@Dim[1]; nsq <- n^2
1035                f0 <- callGeneric(e1, FALSE)                f0 <- callGeneric(e1, FALSE)
# Line 944  Line 1041 
1041                        if(L1) r <- rep.int(r, n)                        if(L1) r <- rep.int(r, n)
1042                    } else                    } else
1043                        r <- callGeneric(e1, e2@x)                        r <- callGeneric(e1, e2@x)
1044                      if(length(r))
1045                    e2@x <- if(L1) r else r[1L + (n+1L)*(0:(n-1L))]                    e2@x <- if(L1) r else r[1L + (n+1L)*(0:(n-1L))]
1046                    return(e2)                    return(e2)
1047                }                }
# Line 967  Line 1065 
1065  }  }
1066    
1067  ## Direct subclasses of "denseMatrix": currently ddenseMatrix, ldense... :  ## Direct subclasses of "denseMatrix": currently ddenseMatrix, ldense... :
 if(FALSE)## too general, would contain  denseModelMatrix:  
1068  dense.subCl <- local({ dM.scl <- getClass("denseMatrix")@subclasses  dense.subCl <- local({ dM.scl <- getClass("denseMatrix")@subclasses
1069                         names(dM.scl)[sapply(dM.scl, slot, "distance") == 1] })                         names(dM.scl)[vapply(dM.scl, slot, 0, "distance") == 1] })
 dense.subCl <- paste(c("d","l","n"), "denseMatrix", sep="")  
1070  for(DI in diCls) {  for(DI in diCls) {
1071        dMeth <- if(extends(DI, "dMatrix"))
1072            function(e1,e2) callGeneric(diag2Tsmart(e1,e2, "d"), e2)
1073        else # "lMatrix", the only other kind for now
1074            function(e1,e2) callGeneric(diag2Tsmart(e1,e2, "l"), e2)
1075      for(c2 in c(dense.subCl, "Matrix")) {      for(c2 in c(dense.subCl, "Matrix")) {
1076          for(Fun in c("*", "^", "&")) {          for(Fun in c("*", "&")) {
1077              setMethod(Fun, signature(e1 = DI, e2 = c2),              setMethod(Fun, signature(e1 = DI, e2 = c2),
1078                        function(e1,e2) callGeneric(e1, Diagonal(x = diag(e2))))                        function(e1,e2) callGeneric(e1, Diagonal(x = diag(e2))))
1079              setMethod(Fun, signature(e1 = c2, e2 = DI),              setMethod(Fun, signature(e1 = c2, e2 = DI),
1080                        function(e1,e2) callGeneric(Diagonal(x = diag(e1)), e2))                        function(e1,e2) callGeneric(Diagonal(x = diag(e1)), e2))
1081          }          }
1082          ## NB: This arguably implicitly uses  0/0 :== 0  to keep diagonality          setMethod("^", signature(e1 = c2, e2 = DI),
1083          for(Fun in c("%%", "%/%", "/")) {                    function(e1,e2) callGeneric(Diagonal(x = diag(e1)), e2))
1084              setMethod(Fun, signature(e1 = DI, e2 = c2),          for(Fun in c("%%", "%/%", "/")) ## 0 <op> 0 |--> NaN  for these.
1085                        function(e1,e2) callGeneric(e1, Diagonal(x = diag(e2))))              setMethod(Fun, signature(e1 = DI, e2 = c2), dMeth)
         }  
1086      }      }
1087  }  }
1088    
# Line 1065  Line 1164 
1164                    invisible(object)                    invisible(object)
1165                }                }
1166            })            })
1167    
1168    rm(dense.subCl, diCls)# not used elsewhere

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changed lines
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