SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /branches/Matrix-mer2/src/dgCMatrix.c
ViewVC logotype

Diff of /branches/Matrix-mer2/src/dgCMatrix.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

pkg/src/cscMatrix.c revision 371, Sun Dec 5 13:52:25 2004 UTC pkg/src/dgCMatrix.c revision 890, Thu Sep 1 17:18:08 2005 UTC
# Line 1  Line 1 
1  #include "cscMatrix.h"  #include "dgCMatrix.h"
2    
3  SEXP csc_validate(SEXP x)  SEXP dgCMatrix_validate(SEXP x)
4  {  {
5      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
6          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym),          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym),
# Line 14  Line 14 
14    
15      nrow = dims[0];      nrow = dims[0];
16      if (length(islot) != length(xslot))      if (length(islot) != length(xslot))
17          return ScalarString(mkChar("lengths of slots i and x must match"));          return mkString(_("lengths of slots i and x must match"));
18      if (length(pslot) <= 0)      if (length(pslot) <= 0)
19          return ScalarString(mkChar("slot p must have length > 0"));          return mkString(_("slot p must have length > 0"));
20      if (xp[0] != 0)      if (xp[0] != 0)
21          return ScalarString(mkChar("first element of slot p must be zero"));          return mkString(_("first element of slot p must be zero"));
22      if (length(islot) != xp[ncol])      if (length(islot) != xp[ncol])
23          return ScalarString(          return mkString(_("last element of slot p must match length of slots i and x"));
             mkChar(  
                 "last element of slot p must match length of slots i and x"));  
24      for (j = 0; j < ncol; j++) {      for (j = 0; j < ncol; j++) {
25          if (xp[j] > xp[j+1])          if (xp[j] > xp[j+1])
26              return ScalarString(mkChar("slot p must be non-decreasing"));              return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));
27      }      }
28      for (j = 0; j < length(islot); j++) {      for (j = 0; j < length(islot); j++) {
29          if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)          if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)
30              return ScalarString(              return mkString(_("all row indices must be between 0 and nrow-1"));
                 mkChar("all row indices must be between 0 and nrow-1"));  
31      }      }
32      if (csc_unsorted_columns(ncol, xp, xi)) {      if (csc_unsorted_columns(ncol, xp, xi)) {
33          csc_sort_columns(ncol, xp, xi, REAL(xslot));          csc_sort_columns(ncol, xp, xi, REAL(xslot));
# Line 41  Line 38 
38  SEXP csc_crossprod(SEXP x)  SEXP csc_crossprod(SEXP x)
39  {  {
40      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
41          ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("sscMatrix"))), tmp;          ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dsCMatrix"))), tmp;
42      int *xp = INTEGER(pslot),      int *xp = INTEGER(pslot),
43          *xi = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym));          *xi = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym));
44      double *xx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym));      double *xx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym));
# Line 49  Line 46 
46      int j, *iVal, ncol = length(pslot) - 1, maxnz, nnz = 0, *pVal;      int j, *iVal, ncol = length(pslot) - 1, maxnz, nnz = 0, *pVal;
47      double *xVal;      double *xVal;
48    
49      SET_SLOT(ans, Matrix_factorization, allocVector(VECSXP, 0));      SET_SLOT(ans, Matrix_factorSym, allocVector(VECSXP, 0));
50        SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, allocVector(INTSXP, 2));
51        SET_SLOT(ans, Matrix_uploSym, mkString("L"));
52      maxnz = (ncol * (ncol + 1))/2;      maxnz = (ncol * (ncol + 1))/2;
53      iVal = Calloc(maxnz, int); xVal = Calloc(maxnz, double);      iVal = Calloc(maxnz, int); xVal = Calloc(maxnz, double);
54      SET_SLOT(ans, Matrix_pSym, allocVector(INTSXP, ncol + 1));      SET_SLOT(ans, Matrix_pSym, allocVector(INTSXP, ncol + 1));
# Line 98  Line 97 
97      SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nnz));      SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nnz));
98      Memcpy(REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_xSym)), xVal, nnz);      Memcpy(REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_xSym)), xVal, nnz);
99      Free(iVal); Free(xVal); UNPROTECT(1);      Free(iVal); Free(xVal); UNPROTECT(1);
100      return cscMatrix_set_Dim(ans, ncol);      return dgCMatrix_set_Dim(ans, ncol);
101  }  }
102    
103  SEXP csc_tcrossprod(SEXP x)  SEXP csc_tcrossprod(SEXP x)
104  {  {
105      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
106          ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("sscMatrix")));          ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dsCMatrix")));
107      int *xp = INTEGER(pslot),      int *xp = INTEGER(pslot),
108          *xi = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym)),          *xi = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym)),
109          *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym));          *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym));
# Line 114  Line 113 
113      int *itmp, *ansp;      int *itmp, *ansp;
114      double *xVal, *xtmp;      double *xVal, *xtmp;
115    
116      SET_SLOT(ans, Matrix_factorization, allocVector(VECSXP, 0));      SET_SLOT(ans, Matrix_factorSym, allocVector(VECSXP, 0));
117        SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, allocVector(INTSXP, 2));
118      ntrip = nrow;               /* number of triplets */      ntrip = nrow;               /* number of triplets */
119      for (j = 0; j < ncol; j++) {      for (j = 0; j < ncol; j++) {
120          int nzj = xp[j+1] - xp[j];          int nzj = xp[j+1] - xp[j];
# Line 149  Line 149 
149      triplet_to_col(nrow, nrow, ntrip, iVal, jVal, xVal,      triplet_to_col(nrow, nrow, ntrip, iVal, jVal, xVal,
150                     ansp, itmp, xtmp);                     ansp, itmp, xtmp);
151      nnz = ansp[nrow];      nnz = ansp[nrow];
152      SET_SLOT(ans, Matrix_uploSym, ScalarString(mkChar("L")));      SET_SLOT(ans, Matrix_uploSym, mkString("L"));
153      SET_SLOT(ans, Matrix_iSym, allocVector(INTSXP, nnz));      SET_SLOT(ans, Matrix_iSym, allocVector(INTSXP, nnz));
154      SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nnz));      SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nnz));
155      Memcpy(INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_iSym)), itmp, nnz);      Memcpy(INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_iSym)), itmp, nnz);
156      Memcpy(REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_xSym)), xtmp, nnz);      Memcpy(REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_xSym)), xtmp, nnz);
     SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, allocVector(INTSXP, 2));  
157      dims = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_DimSym));      dims = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_DimSym));
158      dims[0] = dims[1] = nrow;      dims[0] = dims[1] = nrow;
159      Free(itmp); Free(xtmp); Free(iVal); Free(jVal); Free(xVal);      Free(itmp); Free(xtmp); Free(iVal); Free(jVal); Free(xVal);
# Line 162  Line 161 
161      return ans;      return ans;
162  }  }
163    
164  SEXP csc_matrix_crossprod(SEXP x, SEXP y)  SEXP csc_matrix_crossprod(SEXP x, SEXP y, SEXP classed)
165  {  {
166      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym), ans;      int cl = asLogical(classed);
167      int j,      SEXP val = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgeMatrix")));
168          *xp = INTEGER(pslot),      int *xdims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
169          *xi = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym)),          *ydims = INTEGER(cl ? GET_SLOT(y, Matrix_DimSym) :
170          xncol = length(pslot) - 1,                           getAttrib(y, R_DimSymbol)),
171          xnrow = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym))[0],          *vdims = INTEGER(ALLOC_SLOT(val, Matrix_DimSym, INTSXP, 2));
172          *ydims;      int *xi = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym)),
173      double *xx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym));          *xp = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_pSym));
174        int j, k = xdims[0], m = xdims[1], n = ydims[1];
175      if (!(isMatrix(y) && isReal(y))) error("y must be a numeric matrix");      double *vx, *xx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)),
176      ydims = INTEGER(getAttrib(y, R_DimSymbol));          *yx = REAL(cl ? GET_SLOT(y, Matrix_xSym) : y);
177      if (xnrow != ydims[0]) error("x and y must have the same number of rows");  
178      ans = PROTECT(allocMatrix(REALSXP, xncol, ydims[1]));      if (!cl && !(isMatrix(y) && isReal(y)))
179      for (j = 0; j < ydims[1]; j++) {          error(_("y must be a numeric matrix"));
180          int i; double *ypt = REAL(y) + j * ydims[0];      if (ydims[0] != k)
181          for(i = 0; i < xncol; i++) {          error(_("x and y must have the same number of rows"));
182        if (m < 1 || n < 1 || k < 1)
183            error(_("Matrices with zero extents cannot be multiplied"));
184        vdims[0] = m; vdims[1] = n;
185        vx = REAL(ALLOC_SLOT(val, Matrix_xSym, REALSXP, m * n));
186        for (j = 0; j < n; j++) {
187            int i; double *ypt = yx + j * k;
188            for(i = 0; i < m; i++) {
189              int ii; double accum = 0.;              int ii; double accum = 0.;
190              for (ii = xp[i]; ii < xp[i+1]; ii++) {              for (ii = xp[i]; ii < xp[i+1]; ii++) {
191                  accum += xx[ii] * ypt[xi[ii]];                  accum += xx[ii] * ypt[xi[ii]];
192              }              }
193              REAL(ans)[i + j * xncol] = accum;              vx[i + j * m] = accum;
194          }          }
195      }      }
196      UNPROTECT(1);      UNPROTECT(1);
197      return ans;      return val;
198  }  }
199    
200  SEXP csc_to_triplet(SEXP x)  SEXP compressed_to_dgTMatrix(SEXP x, SEXP colP)
201  {  {
202      SEXP      int col = asLogical(colP); /* 1 if "C"olumn compressed;  0 if "R"ow */
203          ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("tripletMatrix"))),      SEXP indSym = col ? Matrix_iSym : Matrix_jSym;
204          dimslot = GET_SLOT(x, Matrix_DimSym),      SEXP ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgTMatrix"))),
205          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym),          indP = GET_SLOT(x, indSym),
206          pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym);          pP = GET_SLOT(x, Matrix_pSym);
207      int *dims = INTEGER(dimslot), j, jj,      int npt = length(pP) - 1;
         *xp = INTEGER(pslot), *yj;  
208    
209      SET_SLOT(ans, Matrix_iSym, duplicate(islot));      SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)));
     SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, duplicate(dimslot));  
210      SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)));      SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)));
211      SET_SLOT(ans, Matrix_jSym, allocVector(INTSXP, length(islot)));      SET_SLOT(ans, indSym, duplicate(indP));
212      yj = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_jSym));      expand_cmprPt(npt, INTEGER(pP),
213      jj = 0;                    INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, col ? Matrix_jSym : Matrix_iSym,
214      for (j = 0; j < dims[1]; j++) {                                       INTSXP, length(indP))));
         while (jj < xp[j + 1]) {  
             yj[jj] = j;  
             jj++;  
         }  
     }  
215      UNPROTECT(1);      UNPROTECT(1);
216      return ans;      return ans;
217  }  }
# Line 238  Line 237 
237      return ans;      return ans;
238  }  }
239    
240  SEXP csc_to_geMatrix(SEXP x)  SEXP csc_to_dgeMatrix(SEXP x)
241  {  {
242      SEXP ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("geMatrix"))),      SEXP ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgeMatrix"))),
243          Dimslot = GET_SLOT(x, Matrix_DimSym);          Dimslot = GET_SLOT(x, Matrix_DimSym);
244      int *dims = INTEGER(Dimslot),      int *dims = INTEGER(Dimslot),
245          *xp = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_pSym)),          *xp = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_pSym)),
# Line 251  Line 250 
250      SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, duplicate(Dimslot));      SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, duplicate(Dimslot));
251      SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nrow*ncol));      SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nrow*ncol));
252      SET_SLOT(ans, Matrix_rcondSym, allocVector(REALSXP, 0));      SET_SLOT(ans, Matrix_rcondSym, allocVector(REALSXP, 0));
253      SET_SLOT(ans, Matrix_factorization, allocVector(VECSXP, 0));      SET_SLOT(ans, Matrix_factorSym, allocVector(VECSXP, 0));
254      ax = REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_xSym));      ax = REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_xSym));
255      for (j = 0; j < (nrow * ncol); j++) ax[j] = 0.;      for (j = 0; j < (nrow * ncol); j++) ax[j] = 0.;
256      for (j = 0; j < ncol; j++) {      for (j = 0; j < ncol; j++) {
# Line 266  Line 265 
265    
266  SEXP matrix_to_csc(SEXP A)  SEXP matrix_to_csc(SEXP A)
267  {  {
268      SEXP val = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("cscMatrix")));      SEXP val = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgCMatrix")));
269      int *adims = INTEGER(getAttrib(A, R_DimSymbol)), j,      int *adims = INTEGER(getAttrib(A, R_DimSymbol)), j,
270          maxnz, nrow, ncol, nnz, *vp, *vi;          maxnz, nrow, ncol, nnz, *vp, *vi;
271    
272      double *vx;      double *vx;
273    
274      if (!(isMatrix(A) && isReal(A)))      if (!(isMatrix(A) && isReal(A)))
275          error("A must be a numeric matrix");          error(_("A must be a numeric matrix"));
276      nrow = adims[0]; ncol = adims[1];      nrow = adims[0]; ncol = adims[1];
277      SET_SLOT(val, Matrix_factorization, allocVector(VECSXP, 0));      SET_SLOT(val, Matrix_factorSym, allocVector(VECSXP, 0));
278        SET_SLOT(val, Matrix_DimSym, allocVector(INTSXP, 2));
279      SET_SLOT(val, Matrix_pSym, allocVector(INTSXP, ncol + 1));      SET_SLOT(val, Matrix_pSym, allocVector(INTSXP, ncol + 1));
280      vp = INTEGER(GET_SLOT(val, Matrix_pSym));      vp = INTEGER(GET_SLOT(val, Matrix_pSym));
281      maxnz = nrow * ncol;      maxnz = nrow * ncol;
# Line 300  Line 300 
300      Memcpy(REAL(GET_SLOT(val, Matrix_xSym)), vx, nnz);      Memcpy(REAL(GET_SLOT(val, Matrix_xSym)), vx, nnz);
301      Free(vi); Free(vx);      Free(vi); Free(vx);
302      UNPROTECT(1);      UNPROTECT(1);
303      return cscMatrix_set_Dim(val, nrow);      return dgCMatrix_set_Dim(val, nrow);
304  }  }
305    
306    
307  SEXP triplet_to_csc(SEXP triplet)  SEXP dgTMatrix_to_csc(SEXP dgTMatrix)
308  {  {
309      SEXP Tisl = GET_SLOT(triplet, Matrix_iSym);      SEXP Tisl = GET_SLOT(dgTMatrix, Matrix_iSym);
310      int *Ti = INTEGER(Tisl),      int *Ti = INTEGER(Tisl),
311          *Tj = INTEGER(GET_SLOT(triplet, Matrix_jSym)),          *Tj = INTEGER(GET_SLOT(dgTMatrix, Matrix_jSym)),
312          i, nrow, ncol,          i, nrow, ncol,
313          nz = length(Tisl);          nz = length(Tisl);
314    
# Line 318  Line 318 
318          if (Tj[i] > ncol) ncol = Tj[i];          if (Tj[i] > ncol) ncol = Tj[i];
319      }      }
320      return triple_as_SEXP(nrow + 1, ncol + 1, nz, Ti, Tj,      return triple_as_SEXP(nrow + 1, ncol + 1, nz, Ti, Tj,
321                            REAL(GET_SLOT(triplet, Matrix_xSym)),                            REAL(GET_SLOT(dgTMatrix, Matrix_xSym)),
322                            "cscMatrix");                            "dgCMatrix");
323  }  }
324    
325  SEXP csc_getDiag(SEXP x)  SEXP csc_getDiag(SEXP x)
# Line 349  Line 349 
349    
350  SEXP csc_transpose(SEXP x)  SEXP csc_transpose(SEXP x)
351  {  {
352      SEXP      SEXP xi = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
353          ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("cscMatrix"))),      SEXP ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgCMatrix")));
354          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);      int *adims = INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_DimSym, INTSXP, 2)),
355      int nnz = length(islot),          *xdims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
356          *adims = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_DimSym)),          nz = length(xi);
357          *xdims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym));      int *xj = Calloc(nz, int);
358        SEXP adn = ALLOC_SLOT(ans, Matrix_DimNamesSym, VECSXP, 2),
359            xdn = GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym);
360    
361      adims[0] = xdims[1]; adims[1] = xdims[0];      adims[0] = xdims[1]; adims[1] = xdims[0];
362      SET_SLOT(ans, Matrix_factorization, allocVector(VECSXP, 0));      SET_VECTOR_ELT(adn, 0, VECTOR_ELT(xdn, 1));
363      SET_SLOT(ans, Matrix_pSym, allocVector(INTSXP, xdims[0] + 1));      SET_VECTOR_ELT(adn, 1, VECTOR_ELT(xdn, 0));
364      SET_SLOT(ans, Matrix_iSym, allocVector(INTSXP, nnz));      triplet_to_col(adims[0], adims[1], nz,
365      SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nnz));                     expand_cmprPt(xdims[1], INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_pSym)), xj),
366      csc_components_transpose(xdims[0], xdims[1], nnz,                     INTEGER(xi),
                              INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_pSym)),  
                              INTEGER(islot),  
367                               REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)),                               REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)),
368                               INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_pSym)),                     INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_pSym, INTSXP, adims[1] + 1)),
369                               INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_iSym)),                     INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_iSym, INTSXP, nz)),
370                               REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_xSym)));                     REAL(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_xSym, REALSXP, nz)));
371        Free(xj);
372      UNPROTECT(1);      UNPROTECT(1);
373      return ans;      return ans;
374  }  }
375    
376  SEXP csc_matrix_mm(SEXP a, SEXP b)  SEXP csc_matrix_mm(SEXP a, SEXP b, SEXP classed, SEXP right)
377  {  {
378      int *adim = INTEGER(GET_SLOT(a, Matrix_DimSym)),      int cl = asLogical(classed), rt = asLogical(right);
379        SEXP val = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgeMatrix")));
380        int *adims = INTEGER(GET_SLOT(a, Matrix_DimSym)),
381          *ai = INTEGER(GET_SLOT(a, Matrix_iSym)),          *ai = INTEGER(GET_SLOT(a, Matrix_iSym)),
382          *ap = INTEGER(GET_SLOT(a, Matrix_pSym)),          *ap = INTEGER(GET_SLOT(a, Matrix_pSym)),
383          *bdim = INTEGER(getAttrib(b, R_DimSymbol));          *bdims = INTEGER(cl ? GET_SLOT(b, Matrix_DimSym) :
384      int j, k, m = adim[0], n = bdim[1], r = adim[1];                           getAttrib(b, R_DimSymbol)),
385      double *ax = REAL(GET_SLOT(a, Matrix_xSym));          *cdims = INTEGER(ALLOC_SLOT(val, Matrix_DimSym, INTSXP, 2)),
386      SEXP val;          chk, ione = 1, j, jj, k, m, n;
387        double *ax = REAL(GET_SLOT(a, Matrix_xSym)),
388      if (bdim[0] != r)          *bx = REAL(cl ? GET_SLOT(b, Matrix_xSym) : b), *cx;
389          error("Matrices of sizes (%d,%d) and (%d,%d) cannot be multiplied",  
390                m, r, bdim[0], n);      if (rt) {
391      val = PROTECT(allocMatrix(REALSXP, m, n));          m = bdims[0]; n = adims[1]; k = bdims[1]; chk = adims[0];
392      for (j = 0; j < n; j++) {   /* across columns of b */      } else {
393          double *ccol = REAL(val) + j * m,          m = adims[0]; n = bdims[1]; k = adims[1]; chk = bdims[0];
394              *bcol = REAL(b) + j * r;      }
395        if (chk != k)
396          for (k = 0; k < m; k++) ccol[k] = 0.; /* zero the accumulators */          error(_("Matrices are not conformable for multiplication"));
397          for (k = 0; k < r; k++) { /* across columns of a */      if (m < 1 || n < 1 || k < 1)
398              int kk, k2 = ap[k + 1];          error(_("Matrices with zero extents cannot be multiplied"));
399              for (kk = ap[k]; kk < k2; kk++) {      cx = REAL(ALLOC_SLOT(val, Matrix_xSym, REALSXP, m * n));
400                  ccol[ai[kk]] += ax[kk] * bcol[k];      AZERO(cx, m * n); /* zero the accumulators */
401        for (j = 0; j < n; j++) { /* across columns of c */
402            if (rt) {
403                int kk, k2 = ap[j + 1];
404                for (kk = ap[j]; kk < k2; kk++) {
405                    F77_CALL(daxpy)(&m, &ax[kk], &bx[ai[kk]*m],
406                                    &ione, &cx[j*m], &ione);
407                }
408            } else {
409                double *ccol = cx + j * m,
410                    *bcol = bx + j * k;
411    
412                for (jj = 0; jj < k; jj++) { /* across columns of a */
413                    int kk, k2 = ap[jj + 1];
414                    for (kk = ap[jj]; kk < k2; kk++) {
415                        ccol[ai[kk]] += ax[kk] * bcol[jj];
416                    }
417              }              }
418          }          }
419      }      }
420        cdims[0] = m; cdims[1] = n;
421      UNPROTECT(1);      UNPROTECT(1);
422      return val;      return val;
423  }  }
424    
425  SEXP csc_col_permute(SEXP x, SEXP perm)  SEXP csc_col_permute(SEXP x, SEXP perm)
426  {  {
427      SEXP val = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("cscMatrix"))), tmp;      SEXP val = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgCMatrix"))), tmp;
428      int *iperm, *prm, *vi, *vp, *xi, *xp, j, k, ncol, pos;      int *iperm, *prm, *vi, *vp, *xi, *xp, j, k, ncol, pos;
429      double *vx, *xx;      double *vx, *xx;
430    
431      SET_SLOT(val, Matrix_factorization, allocVector(VECSXP, 0));      SET_SLOT(val, Matrix_factorSym, allocVector(VECSXP, 0));
432      tmp = GET_SLOT(x, Matrix_DimSym);      tmp = GET_SLOT(x, Matrix_DimSym);
433      SET_SLOT(val, Matrix_DimSym, duplicate(tmp));      SET_SLOT(val, Matrix_DimSym, duplicate(tmp));
434      ncol = INTEGER(tmp)[1];      ncol = INTEGER(tmp)[1];
435      if (!(isInteger(perm) && length(perm) == ncol))      if (!(isInteger(perm) && length(perm) == ncol))
436          error("perm must be an integer vector of length %d",          error(_("perm must be an integer vector of length %d"),
437                ncol);                ncol);
438      prm = INTEGER(perm);      prm = INTEGER(perm);
439      if (!R_ldl_valid_perm(ncol, prm))      if (!R_ldl_valid_perm(ncol, prm))
440          error("perm is not a valid 0-based permutation");          error(_("perm is not a valid 0-based permutation"));
441      iperm = Calloc(ncol, int);      iperm = Calloc(ncol, int);
442      for (j = 0; j < ncol; j++) iperm[prm[j]] = j;      for (j = 0; j < ncol; j++) iperm[prm[j]] = j;
443      tmp = GET_SLOT(x, Matrix_pSym);      tmp = GET_SLOT(x, Matrix_pSym);
# Line 448  Line 468 
468      UNPROTECT(1);      UNPROTECT(1);
469      return val;      return val;
470  }  }
   
   
   

Legend:
Removed from v.371  
changed lines
  Added in v.890

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business Powered By FusionForge