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[matrix] Annotation of /branches/Matrix-mer2/src/dgCMatrix.c
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Annotation of /branches/Matrix-mer2/src/dgCMatrix.c

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Revision 922 - (view) (download) (as text)
Original Path: pkg/src/dgCMatrix.c

1 : bates 478 #include "dgCMatrix.h"
2 : bates 10
3 : bates 922 #ifdef USE_CHOLMOD
4 :     #include "chm_common.h"
5 :     #endif
6 :    
7 : bates 488 SEXP dgCMatrix_validate(SEXP x)
8 : bates 10 {
9 :     SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
10 :     islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym),
11 :     xslot = GET_SLOT(x, Matrix_xSym);
12 :     int j,
13 :     ncol = length(pslot) - 1,
14 :     *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
15 :     nrow,
16 :     *xp = INTEGER(pslot),
17 :     *xi = INTEGER(islot);
18 : maechler 534
19 : bates 10 nrow = dims[0];
20 :     if (length(islot) != length(xslot))
21 : bates 582 return mkString(_("lengths of slots i and x must match"));
22 : bates 10 if (length(pslot) <= 0)
23 : bates 582 return mkString(_("slot p must have length > 0"));
24 : bates 10 if (xp[0] != 0)
25 : bates 582 return mkString(_("first element of slot p must be zero"));
26 : bates 10 if (length(islot) != xp[ncol])
27 : bates 582 return mkString(_("last element of slot p must match length of slots i and x"));
28 : bates 10 for (j = 0; j < ncol; j++) {
29 :     if (xp[j] > xp[j+1])
30 : bates 582 return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));
31 : bates 10 }
32 :     for (j = 0; j < length(islot); j++) {
33 :     if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)
34 : bates 582 return mkString(_("all row indices must be between 0 and nrow-1"));
35 : bates 10 }
36 : maechler 895 if (csc_unsorted_columns(ncol, xp, xi))
37 : bates 10 csc_sort_columns(ncol, xp, xi, REAL(xslot));
38 : maechler 895
39 : bates 10 return ScalarLogical(1);
40 :     }
41 : maechler 534
42 : bates 10 SEXP csc_crossprod(SEXP x)
43 :     {
44 :     SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
45 : bates 478 ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dsCMatrix"))), tmp;
46 : bates 10 int *xp = INTEGER(pslot),
47 :     *xi = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym));
48 :     double *xx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym));
49 :    
50 :     int j, *iVal, ncol = length(pslot) - 1, maxnz, nnz = 0, *pVal;
51 :     double *xVal;
52 : maechler 534
53 : bates 476 SET_SLOT(ans, Matrix_factorSym, allocVector(VECSXP, 0));
54 : bates 492 SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, allocVector(INTSXP, 2));
55 :     SET_SLOT(ans, Matrix_uploSym, mkString("L"));
56 : bates 10 maxnz = (ncol * (ncol + 1))/2;
57 :     iVal = Calloc(maxnz, int); xVal = Calloc(maxnz, double);
58 :     SET_SLOT(ans, Matrix_pSym, allocVector(INTSXP, ncol + 1));
59 :     tmp = GET_SLOT(ans, Matrix_pSym);
60 :     pVal = INTEGER(tmp);
61 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
62 :     pVal[j] = nnz;
63 :     if (xp[j] < xp[j+1]) { /* column j contains some non-zeros */
64 :     int ind, jj;
65 :     double accum = 0.;
66 :     /* diagonal elements */
67 :     for (ind = xp[j]; ind < xp[j+1]; ind++)
68 :     accum += xx[ind] * xx[ind];
69 :     iVal[nnz] = j;
70 :     xVal[nnz] = accum;
71 :     nnz++;
72 :     /* off-diagonals (lower triangle only) */
73 :     for (jj = j+1; jj < ncol; jj++) {
74 :     int ind2;
75 :    
76 :     ind = xp[j];
77 :     ind2 = xp[jj];
78 :     accum = 0.;
79 :     while (ind < xp[j+1] && ind2 < xp[jj+1]) {
80 :     if (xi[ind] < xi[ind2]) ind++;
81 :     else {
82 :     if (xi[ind] > xi[ind2]) ind2++;
83 :     else {
84 :     accum += xx[ind] * xx[ind2];
85 :     ind++; ind2++;
86 :     }
87 :     }
88 :     }
89 :     if (accum != 0.) {
90 :     iVal[nnz] = jj;
91 :     xVal[nnz] = accum;
92 :     nnz++;
93 :     }
94 :     }
95 :     }
96 :     }
97 :     pVal[ncol] = nnz;
98 :    
99 :     SET_SLOT(ans, Matrix_iSym, allocVector(INTSXP, nnz));
100 :     Memcpy(INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_iSym)), iVal, nnz);
101 :     SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nnz));
102 :     Memcpy(REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_xSym)), xVal, nnz);
103 :     Free(iVal); Free(xVal); UNPROTECT(1);
104 : bates 478 return dgCMatrix_set_Dim(ans, ncol);
105 : bates 10 }
106 :    
107 : bates 332 SEXP csc_tcrossprod(SEXP x)
108 :     {
109 : bates 922 #ifdef USE_CHOLMOD
110 :     cholmod_sparse *cha = cholmod_aat(as_cholmod_sparse(x),
111 :     (int *) NULL, 0, 1, &c);
112 :    
113 :     cha->stype = -1; /* set the symmetry */
114 :     cholmod_sort(cha, &c); /* drop redundant entries */
115 :     return chm_sparse_to_SEXP(cha, -1);
116 :     #else
117 :    
118 : bates 332 SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
119 : bates 478 ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dsCMatrix")));
120 : bates 332 int *xp = INTEGER(pslot),
121 :     *xi = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym)),
122 :     *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym));
123 :     double *xx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym));
124 :    
125 :     int j, ntrip, *iVal, nrow = dims[0], ncol = dims[1], *jVal, nnz, pos;
126 :     int *itmp, *ansp;
127 :     double *xVal, *xtmp;
128 :    
129 : bates 476 SET_SLOT(ans, Matrix_factorSym, allocVector(VECSXP, 0));
130 : bates 492 SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, allocVector(INTSXP, 2));
131 : bates 332 ntrip = nrow; /* number of triplets */
132 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
133 :     int nzj = xp[j+1] - xp[j];
134 :     ntrip += (nzj * (nzj - 1))/2;
135 :     }
136 :     iVal = Calloc(ntrip, int); jVal = Calloc(ntrip, int);
137 :     xVal = Calloc(ntrip, double);
138 :     for (j = 0; j < nrow; j++) {
139 :     iVal[j] = jVal[j] = j;
140 :     xVal[j] = 0.;
141 :     }
142 :     pos = nrow;
143 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
144 :     int k, kk, k2 = xp[j+1];
145 :     for (k = xp[j]; k < k2; k++) {
146 :     int r1 = xi[k];
147 :     double x1 = xx[k];
148 :     xVal[r1] += x1 * x1;
149 :     for (kk = k + 1; kk < k2; kk++) {
150 :     int r2 = xi[kk];
151 :     double x2 = xx[kk];
152 :     jVal[pos] = r1;
153 :     iVal[pos] = r2;
154 :     xVal[pos] = x1 * x2;
155 :     pos++;
156 :     }
157 :     }
158 :     }
159 :     SET_SLOT(ans, Matrix_pSym, allocVector(INTSXP, nrow + 1));
160 :     ansp = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_pSym));
161 :     itmp = Calloc(ntrip, int); xtmp = Calloc(ntrip, double);
162 : bates 488 triplet_to_col(nrow, nrow, ntrip, iVal, jVal, xVal,
163 : bates 332 ansp, itmp, xtmp);
164 :     nnz = ansp[nrow];
165 : maechler 534 SET_SLOT(ans, Matrix_uploSym, mkString("L"));
166 : bates 332 SET_SLOT(ans, Matrix_iSym, allocVector(INTSXP, nnz));
167 :     SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nnz));
168 :     Memcpy(INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_iSym)), itmp, nnz);
169 :     Memcpy(REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_xSym)), xtmp, nnz);
170 :     dims = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_DimSym));
171 :     dims[0] = dims[1] = nrow;
172 :     Free(itmp); Free(xtmp); Free(iVal); Free(jVal); Free(xVal);
173 :     UNPROTECT(1);
174 :     return ans;
175 : bates 922 #endif /* USE_CHOLMOD */
176 : bates 332 }
177 : maechler 534
178 : bates 683 SEXP csc_matrix_crossprod(SEXP x, SEXP y, SEXP classed)
179 : bates 10 {
180 : bates 683 int cl = asLogical(classed);
181 :     SEXP val = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgeMatrix")));
182 :     int *xdims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
183 :     *ydims = INTEGER(cl ? GET_SLOT(y, Matrix_DimSym) :
184 :     getAttrib(y, R_DimSymbol)),
185 :     *vdims = INTEGER(ALLOC_SLOT(val, Matrix_DimSym, INTSXP, 2));
186 :     int *xi = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym)),
187 :     *xp = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_pSym));
188 :     int j, k = xdims[0], m = xdims[1], n = ydims[1];
189 :     double *vx, *xx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)),
190 :     *yx = REAL(cl ? GET_SLOT(y, Matrix_xSym) : y);
191 : bates 10
192 : bates 683 if (!cl && !(isMatrix(y) && isReal(y)))
193 :     error(_("y must be a numeric matrix"));
194 :     if (ydims[0] != k)
195 :     error(_("x and y must have the same number of rows"));
196 :     if (m < 1 || n < 1 || k < 1)
197 :     error(_("Matrices with zero extents cannot be multiplied"));
198 :     vdims[0] = m; vdims[1] = n;
199 :     vx = REAL(ALLOC_SLOT(val, Matrix_xSym, REALSXP, m * n));
200 :     for (j = 0; j < n; j++) {
201 :     int i; double *ypt = yx + j * k;
202 :     for(i = 0; i < m; i++) {
203 : bates 10 int ii; double accum = 0.;
204 :     for (ii = xp[i]; ii < xp[i+1]; ii++) {
205 :     accum += xx[ii] * ypt[xi[ii]];
206 :     }
207 : bates 683 vx[i + j * m] = accum;
208 : bates 10 }
209 :     }
210 :     UNPROTECT(1);
211 : bates 683 return val;
212 : bates 10 }
213 :    
214 : bates 677 SEXP compressed_to_dgTMatrix(SEXP x, SEXP colP)
215 : bates 10 {
216 : maechler 890 int col = asLogical(colP); /* 1 if "C"olumn compressed; 0 if "R"ow */
217 : bates 677 SEXP indSym = col ? Matrix_iSym : Matrix_jSym;
218 :     SEXP ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgTMatrix"))),
219 :     indP = GET_SLOT(x, indSym),
220 :     pP = GET_SLOT(x, Matrix_pSym);
221 : bates 679 int npt = length(pP) - 1;
222 : maechler 534
223 : bates 677 SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)));
224 : bates 10 SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)));
225 : bates 677 SET_SLOT(ans, indSym, duplicate(indP));
226 : bates 679 expand_cmprPt(npt, INTEGER(pP),
227 :     INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, col ? Matrix_jSym : Matrix_iSym,
228 :     INTSXP, length(indP))));
229 : bates 10 UNPROTECT(1);
230 :     return ans;
231 :     }
232 :    
233 : maechler 919 SEXP compressed_non_0_ij(SEXP x, SEXP colP)
234 :     {
235 :     int col = asLogical(colP); /* 1 if "C"olumn compressed; 0 if "R"ow */
236 :     SEXP ans, indSym = col ? Matrix_iSym : Matrix_jSym;
237 :     SEXP indP = GET_SLOT(x, indSym),
238 :     pP = GET_SLOT(x, Matrix_pSym);
239 :     int n_el = length(indP), i, *ij;
240 :    
241 :     ij = INTEGER(ans = PROTECT(allocMatrix(INTSXP, n_el, 2)));
242 :     /* expand the compressed margin to 'i' or 'j' : */
243 :     expand_cmprPt(length(pP) - 1, INTEGER(pP), &ij[col ? n_el : 0]);
244 :     /* and copy the other one: */
245 :     if (col)
246 :     for(i = 0; i < n_el; i++)
247 :     ij[i] = INTEGER(indP)[i];
248 :     else /* row compressed */
249 :     for(i = 0; i < n_el; i++)
250 :     ij[i + n_el] = INTEGER(indP)[i];
251 :    
252 :     UNPROTECT(1);
253 :     return ans;
254 :     }
255 :    
256 : bates 10 SEXP csc_to_matrix(SEXP x)
257 :     {
258 :     SEXP ans, pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym);
259 :     int j, ncol = length(pslot) - 1,
260 :     nrow = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym))[0],
261 :     *xp = INTEGER(pslot),
262 :     *xi = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym));
263 :     double *xx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)), *ax;
264 :    
265 :     ax = REAL(ans = PROTECT(allocMatrix(REALSXP, nrow, ncol)));
266 :     for (j = 0; j < (nrow * ncol); j++) ax[j] = 0.;
267 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
268 :     int ind;
269 :     for (ind = xp[j]; ind < xp[j+1]; ind++) {
270 :     ax[j * nrow + xi[ind]] = xx[ind];
271 :     }
272 :     }
273 :     UNPROTECT(1);
274 :     return ans;
275 :     }
276 :    
277 : bates 478 SEXP csc_to_dgeMatrix(SEXP x)
278 : bates 10 {
279 : bates 478 SEXP ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgeMatrix"))),
280 : bates 10 Dimslot = GET_SLOT(x, Matrix_DimSym);
281 :     int *dims = INTEGER(Dimslot),
282 :     *xp = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_pSym)),
283 :     *xi = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym));
284 :     double *xx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)), *ax;
285 :     int j, nrow = dims[0], ncol = dims[1];
286 : maechler 534
287 : bates 10 SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, duplicate(Dimslot));
288 :     SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nrow*ncol));
289 : bates 332 SET_SLOT(ans, Matrix_rcondSym, allocVector(REALSXP, 0));
290 : bates 476 SET_SLOT(ans, Matrix_factorSym, allocVector(VECSXP, 0));
291 : bates 10 ax = REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_xSym));
292 :     for (j = 0; j < (nrow * ncol); j++) ax[j] = 0.;
293 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
294 :     int ind;
295 :     for (ind = xp[j]; ind < xp[j+1]; ind++) {
296 :     ax[j * nrow + xi[ind]] = xx[ind];
297 :     }
298 :     }
299 :     UNPROTECT(1);
300 :     return ans;
301 :     }
302 :    
303 :     SEXP matrix_to_csc(SEXP A)
304 :     {
305 : bates 478 SEXP val = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgCMatrix")));
306 : bates 10 int *adims = INTEGER(getAttrib(A, R_DimSymbol)), j,
307 :     maxnz, nrow, ncol, nnz, *vp, *vi;
308 : maechler 534
309 : bates 10 double *vx;
310 :    
311 :     if (!(isMatrix(A) && isReal(A)))
312 : bates 582 error(_("A must be a numeric matrix"));
313 : bates 10 nrow = adims[0]; ncol = adims[1];
314 : bates 476 SET_SLOT(val, Matrix_factorSym, allocVector(VECSXP, 0));
315 : bates 492 SET_SLOT(val, Matrix_DimSym, allocVector(INTSXP, 2));
316 : bates 10 SET_SLOT(val, Matrix_pSym, allocVector(INTSXP, ncol + 1));
317 :     vp = INTEGER(GET_SLOT(val, Matrix_pSym));
318 :     maxnz = nrow * ncol;
319 :     vi = Calloc(maxnz, int); vx = Calloc(maxnz, double);
320 :     nnz = 0;
321 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
322 :     int i;
323 :     vp[j] = nnz;
324 :     for (i = 0; i < nrow; i++) {
325 :     double val = REAL(A)[i + j * nrow];
326 :     if (val != 0.) {
327 :     vi[nnz] = i;
328 :     vx[nnz] = val;
329 :     nnz++;
330 :     }
331 :     }
332 :     }
333 :     vp[ncol] = nnz;
334 :     SET_SLOT(val, Matrix_iSym, allocVector(INTSXP, nnz));
335 :     Memcpy(INTEGER(GET_SLOT(val, Matrix_iSym)), vi, nnz);
336 :     SET_SLOT(val, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nnz));
337 :     Memcpy(REAL(GET_SLOT(val, Matrix_xSym)), vx, nnz);
338 :     Free(vi); Free(vx);
339 :     UNPROTECT(1);
340 : bates 478 return dgCMatrix_set_Dim(val, nrow);
341 : bates 10 }
342 :    
343 : maechler 534
344 : bates 478 SEXP dgTMatrix_to_csc(SEXP dgTMatrix)
345 : bates 10 {
346 : bates 478 SEXP Tisl = GET_SLOT(dgTMatrix, Matrix_iSym);
347 : bates 10 int *Ti = INTEGER(Tisl),
348 : bates 478 *Tj = INTEGER(GET_SLOT(dgTMatrix, Matrix_jSym)),
349 : bates 10 i, nrow, ncol,
350 :     nz = length(Tisl);
351 :    
352 :     nrow = ncol = -1;
353 :     for(i = 0; i < nz; i++) {
354 :     if (Ti[i] > nrow) nrow = Ti[i];
355 :     if (Tj[i] > ncol) ncol = Tj[i];
356 :     }
357 :     return triple_as_SEXP(nrow + 1, ncol + 1, nz, Ti, Tj,
358 : bates 478 REAL(GET_SLOT(dgTMatrix, Matrix_xSym)),
359 :     "dgCMatrix");
360 : bates 10 }
361 :    
362 :     SEXP csc_getDiag(SEXP x)
363 :     {
364 :     SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym), ans;
365 :     int *xp = INTEGER(pslot),
366 :     *xi = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym)),
367 :     j,
368 :     ncol = length(pslot) - 1,
369 :     nrow = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym))[0],
370 :     ndiag;
371 :     double *xx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)), *diag;
372 :    
373 :     ndiag = (nrow < ncol) ? nrow : ncol;
374 :     ans = PROTECT(allocVector(REALSXP, ndiag));
375 :     diag = REAL(ans);
376 :     for (j = 0; j < ndiag; j++) {
377 :     int ind;
378 :     diag[j] = 0.;
379 :     for (ind = xp[j]; ind < xp[j+1]; ind++) {
380 :     if (xi[ind] == j) diag[j] = xx[ind];
381 :     }
382 :     }
383 :     UNPROTECT(1);
384 :     return ans;
385 :     }
386 :    
387 :     SEXP csc_transpose(SEXP x)
388 :     {
389 : bates 922 #ifdef USE_CHOLMOD
390 :     cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
391 :     SEXP ans =
392 :     chm_sparse_to_SEXP(cholmod_transpose(chx, 1, &c), 1);
393 :     Free(chx);
394 :     return ans;
395 :     #else
396 : bates 726 SEXP xi = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
397 :     SEXP ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgCMatrix")));
398 :     int *adims = INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_DimSym, INTSXP, 2)),
399 :     *xdims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
400 :     nz = length(xi);
401 :     int *xj = Calloc(nz, int);
402 :     SEXP adn = ALLOC_SLOT(ans, Matrix_DimNamesSym, VECSXP, 2),
403 :     xdn = GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym);
404 : bates 10
405 :     adims[0] = xdims[1]; adims[1] = xdims[0];
406 : bates 726 SET_VECTOR_ELT(adn, 0, VECTOR_ELT(xdn, 1));
407 :     SET_VECTOR_ELT(adn, 1, VECTOR_ELT(xdn, 0));
408 : maechler 890 triplet_to_col(adims[0], adims[1], nz,
409 : bates 726 expand_cmprPt(xdims[1], INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_pSym)), xj),
410 : maechler 890 INTEGER(xi),
411 : bates 726 REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)),
412 :     INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_pSym, INTSXP, adims[1] + 1)),
413 :     INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_iSym, INTSXP, nz)),
414 :     REAL(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_xSym, REALSXP, nz)));
415 :     Free(xj);
416 : bates 10 UNPROTECT(1);
417 :     return ans;
418 : bates 922 #endif /* USE_CHOLMOD */
419 : bates 10 }
420 : bates 310
421 : bates 758 SEXP csc_matrix_mm(SEXP a, SEXP b, SEXP classed, SEXP right)
422 : bates 310 {
423 : bates 758 int cl = asLogical(classed), rt = asLogical(right);
424 :     SEXP val = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgeMatrix")));
425 :     int *adims = INTEGER(GET_SLOT(a, Matrix_DimSym)),
426 : bates 310 *ai = INTEGER(GET_SLOT(a, Matrix_iSym)),
427 :     *ap = INTEGER(GET_SLOT(a, Matrix_pSym)),
428 : bates 758 *bdims = INTEGER(cl ? GET_SLOT(b, Matrix_DimSym) :
429 :     getAttrib(b, R_DimSymbol)),
430 :     *cdims = INTEGER(ALLOC_SLOT(val, Matrix_DimSym, INTSXP, 2)),
431 :     chk, ione = 1, j, jj, k, m, n;
432 :     double *ax = REAL(GET_SLOT(a, Matrix_xSym)),
433 :     *bx = REAL(cl ? GET_SLOT(b, Matrix_xSym) : b), *cx;
434 : bates 310
435 : bates 758 if (rt) {
436 :     m = bdims[0]; n = adims[1]; k = bdims[1]; chk = adims[0];
437 :     } else {
438 :     m = adims[0]; n = bdims[1]; k = adims[1]; chk = bdims[0];
439 :     }
440 :     if (chk != k)
441 :     error(_("Matrices are not conformable for multiplication"));
442 :     if (m < 1 || n < 1 || k < 1)
443 :     error(_("Matrices with zero extents cannot be multiplied"));
444 :     cx = REAL(ALLOC_SLOT(val, Matrix_xSym, REALSXP, m * n));
445 :     AZERO(cx, m * n); /* zero the accumulators */
446 :     for (j = 0; j < n; j++) { /* across columns of c */
447 :     if (rt) {
448 :     int kk, k2 = ap[j + 1];
449 :     for (kk = ap[j]; kk < k2; kk++) {
450 :     F77_CALL(daxpy)(&m, &ax[kk], &bx[ai[kk]*m],
451 :     &ione, &cx[j*m], &ione);
452 :     }
453 :     } else {
454 :     double *ccol = cx + j * m,
455 :     *bcol = bx + j * k;
456 : bates 310
457 : bates 758 for (jj = 0; jj < k; jj++) { /* across columns of a */
458 :     int kk, k2 = ap[jj + 1];
459 :     for (kk = ap[jj]; kk < k2; kk++) {
460 :     ccol[ai[kk]] += ax[kk] * bcol[jj];
461 :     }
462 : bates 310 }
463 :     }
464 :     }
465 : bates 758 cdims[0] = m; cdims[1] = n;
466 : bates 310 UNPROTECT(1);
467 :     return val;
468 :     }
469 :    
470 : bates 332 SEXP csc_col_permute(SEXP x, SEXP perm)
471 :     {
472 : bates 478 SEXP val = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgCMatrix"))), tmp;
473 : bates 332 int *iperm, *prm, *vi, *vp, *xi, *xp, j, k, ncol, pos;
474 :     double *vx, *xx;
475 : bates 310
476 : bates 476 SET_SLOT(val, Matrix_factorSym, allocVector(VECSXP, 0));
477 : bates 332 tmp = GET_SLOT(x, Matrix_DimSym);
478 :     SET_SLOT(val, Matrix_DimSym, duplicate(tmp));
479 :     ncol = INTEGER(tmp)[1];
480 :     if (!(isInteger(perm) && length(perm) == ncol))
481 : bates 582 error(_("perm must be an integer vector of length %d"),
482 : bates 332 ncol);
483 :     prm = INTEGER(perm);
484 : bates 371 if (!R_ldl_valid_perm(ncol, prm))
485 : bates 582 error(_("perm is not a valid 0-based permutation"));
486 : bates 332 iperm = Calloc(ncol, int);
487 :     for (j = 0; j < ncol; j++) iperm[prm[j]] = j;
488 :     tmp = GET_SLOT(x, Matrix_pSym);
489 :     xp = INTEGER(tmp);
490 :     SET_SLOT(val, Matrix_pSym, duplicate(tmp));
491 :     vp = INTEGER(GET_SLOT(val, Matrix_pSym));
492 :     tmp = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
493 :     xi = INTEGER(tmp);
494 :     SET_SLOT(val, Matrix_iSym, duplicate(tmp));
495 :     vi = INTEGER(GET_SLOT(val, Matrix_iSym));
496 :     tmp = GET_SLOT(x, Matrix_xSym);
497 :     xx = REAL(tmp);
498 :     SET_SLOT(val, Matrix_xSym, duplicate(tmp));
499 :     vx = REAL(GET_SLOT(val, Matrix_xSym));
500 :    
501 :     pos = vp[0] = 0;
502 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
503 :     int jj = iperm[j];
504 :     int j1 = xp[jj], j2 = xp[jj+1];
505 :     vp[j + 1] = vp[j] + (j2 - j1);
506 :     for (k = j1; k < j2; k++) {
507 :     vi[pos] = xi[k];
508 :     vx[pos] = xx[k];
509 :     pos++;
510 :     }
511 :     }
512 :     Free(iperm);
513 :     UNPROTECT(1);
514 :     return val;
515 :     }

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