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[matrix] Annotation of /branches/Matrix-mer2/src/dgCMatrix.c
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Annotation of /branches/Matrix-mer2/src/dgCMatrix.c

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Revision 890 - (view) (download) (as text)
Original Path: pkg/src/dgCMatrix.c

1 : bates 478 #include "dgCMatrix.h"
2 : bates 10
3 : bates 488 SEXP dgCMatrix_validate(SEXP x)
4 : bates 10 {
5 :     SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
6 :     islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym),
7 :     xslot = GET_SLOT(x, Matrix_xSym);
8 :     int j,
9 :     ncol = length(pslot) - 1,
10 :     *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
11 :     nrow,
12 :     *xp = INTEGER(pslot),
13 :     *xi = INTEGER(islot);
14 : maechler 534
15 : bates 10 nrow = dims[0];
16 :     if (length(islot) != length(xslot))
17 : bates 582 return mkString(_("lengths of slots i and x must match"));
18 : bates 10 if (length(pslot) <= 0)
19 : bates 582 return mkString(_("slot p must have length > 0"));
20 : bates 10 if (xp[0] != 0)
21 : bates 582 return mkString(_("first element of slot p must be zero"));
22 : bates 10 if (length(islot) != xp[ncol])
23 : bates 582 return mkString(_("last element of slot p must match length of slots i and x"));
24 : bates 10 for (j = 0; j < ncol; j++) {
25 :     if (xp[j] > xp[j+1])
26 : bates 582 return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));
27 : bates 10 }
28 :     for (j = 0; j < length(islot); j++) {
29 :     if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)
30 : bates 582 return mkString(_("all row indices must be between 0 and nrow-1"));
31 : bates 10 }
32 :     if (csc_unsorted_columns(ncol, xp, xi)) {
33 :     csc_sort_columns(ncol, xp, xi, REAL(xslot));
34 :     }
35 :     return ScalarLogical(1);
36 :     }
37 : maechler 534
38 : bates 10 SEXP csc_crossprod(SEXP x)
39 :     {
40 :     SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
41 : bates 478 ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dsCMatrix"))), tmp;
42 : bates 10 int *xp = INTEGER(pslot),
43 :     *xi = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym));
44 :     double *xx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym));
45 :    
46 :     int j, *iVal, ncol = length(pslot) - 1, maxnz, nnz = 0, *pVal;
47 :     double *xVal;
48 : maechler 534
49 : bates 476 SET_SLOT(ans, Matrix_factorSym, allocVector(VECSXP, 0));
50 : bates 492 SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, allocVector(INTSXP, 2));
51 :     SET_SLOT(ans, Matrix_uploSym, mkString("L"));
52 : bates 10 maxnz = (ncol * (ncol + 1))/2;
53 :     iVal = Calloc(maxnz, int); xVal = Calloc(maxnz, double);
54 :     SET_SLOT(ans, Matrix_pSym, allocVector(INTSXP, ncol + 1));
55 :     tmp = GET_SLOT(ans, Matrix_pSym);
56 :     pVal = INTEGER(tmp);
57 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
58 :     pVal[j] = nnz;
59 :     if (xp[j] < xp[j+1]) { /* column j contains some non-zeros */
60 :     int ind, jj;
61 :     double accum = 0.;
62 :     /* diagonal elements */
63 :     for (ind = xp[j]; ind < xp[j+1]; ind++)
64 :     accum += xx[ind] * xx[ind];
65 :     iVal[nnz] = j;
66 :     xVal[nnz] = accum;
67 :     nnz++;
68 :     /* off-diagonals (lower triangle only) */
69 :     for (jj = j+1; jj < ncol; jj++) {
70 :     int ind2;
71 :    
72 :     ind = xp[j];
73 :     ind2 = xp[jj];
74 :     accum = 0.;
75 :     while (ind < xp[j+1] && ind2 < xp[jj+1]) {
76 :     if (xi[ind] < xi[ind2]) ind++;
77 :     else {
78 :     if (xi[ind] > xi[ind2]) ind2++;
79 :     else {
80 :     accum += xx[ind] * xx[ind2];
81 :     ind++; ind2++;
82 :     }
83 :     }
84 :     }
85 :     if (accum != 0.) {
86 :     iVal[nnz] = jj;
87 :     xVal[nnz] = accum;
88 :     nnz++;
89 :     }
90 :     }
91 :     }
92 :     }
93 :     pVal[ncol] = nnz;
94 :    
95 :     SET_SLOT(ans, Matrix_iSym, allocVector(INTSXP, nnz));
96 :     Memcpy(INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_iSym)), iVal, nnz);
97 :     SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nnz));
98 :     Memcpy(REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_xSym)), xVal, nnz);
99 :     Free(iVal); Free(xVal); UNPROTECT(1);
100 : bates 478 return dgCMatrix_set_Dim(ans, ncol);
101 : bates 10 }
102 :    
103 : bates 332 SEXP csc_tcrossprod(SEXP x)
104 :     {
105 :     SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
106 : bates 478 ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dsCMatrix")));
107 : bates 332 int *xp = INTEGER(pslot),
108 :     *xi = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym)),
109 :     *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym));
110 :     double *xx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym));
111 :    
112 :     int j, ntrip, *iVal, nrow = dims[0], ncol = dims[1], *jVal, nnz, pos;
113 :     int *itmp, *ansp;
114 :     double *xVal, *xtmp;
115 :    
116 : bates 476 SET_SLOT(ans, Matrix_factorSym, allocVector(VECSXP, 0));
117 : bates 492 SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, allocVector(INTSXP, 2));
118 : bates 332 ntrip = nrow; /* number of triplets */
119 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
120 :     int nzj = xp[j+1] - xp[j];
121 :     ntrip += (nzj * (nzj - 1))/2;
122 :     }
123 :     iVal = Calloc(ntrip, int); jVal = Calloc(ntrip, int);
124 :     xVal = Calloc(ntrip, double);
125 :     for (j = 0; j < nrow; j++) {
126 :     iVal[j] = jVal[j] = j;
127 :     xVal[j] = 0.;
128 :     }
129 :     pos = nrow;
130 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
131 :     int k, kk, k2 = xp[j+1];
132 :     for (k = xp[j]; k < k2; k++) {
133 :     int r1 = xi[k];
134 :     double x1 = xx[k];
135 :     xVal[r1] += x1 * x1;
136 :     for (kk = k + 1; kk < k2; kk++) {
137 :     int r2 = xi[kk];
138 :     double x2 = xx[kk];
139 :     jVal[pos] = r1;
140 :     iVal[pos] = r2;
141 :     xVal[pos] = x1 * x2;
142 :     pos++;
143 :     }
144 :     }
145 :     }
146 :     SET_SLOT(ans, Matrix_pSym, allocVector(INTSXP, nrow + 1));
147 :     ansp = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_pSym));
148 :     itmp = Calloc(ntrip, int); xtmp = Calloc(ntrip, double);
149 : bates 488 triplet_to_col(nrow, nrow, ntrip, iVal, jVal, xVal,
150 : bates 332 ansp, itmp, xtmp);
151 :     nnz = ansp[nrow];
152 : maechler 534 SET_SLOT(ans, Matrix_uploSym, mkString("L"));
153 : bates 332 SET_SLOT(ans, Matrix_iSym, allocVector(INTSXP, nnz));
154 :     SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nnz));
155 :     Memcpy(INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_iSym)), itmp, nnz);
156 :     Memcpy(REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_xSym)), xtmp, nnz);
157 :     dims = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_DimSym));
158 :     dims[0] = dims[1] = nrow;
159 :     Free(itmp); Free(xtmp); Free(iVal); Free(jVal); Free(xVal);
160 :     UNPROTECT(1);
161 :     return ans;
162 :     }
163 : maechler 534
164 : bates 683 SEXP csc_matrix_crossprod(SEXP x, SEXP y, SEXP classed)
165 : bates 10 {
166 : bates 683 int cl = asLogical(classed);
167 :     SEXP val = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgeMatrix")));
168 :     int *xdims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
169 :     *ydims = INTEGER(cl ? GET_SLOT(y, Matrix_DimSym) :
170 :     getAttrib(y, R_DimSymbol)),
171 :     *vdims = INTEGER(ALLOC_SLOT(val, Matrix_DimSym, INTSXP, 2));
172 :     int *xi = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym)),
173 :     *xp = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_pSym));
174 :     int j, k = xdims[0], m = xdims[1], n = ydims[1];
175 :     double *vx, *xx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)),
176 :     *yx = REAL(cl ? GET_SLOT(y, Matrix_xSym) : y);
177 : bates 10
178 : bates 683 if (!cl && !(isMatrix(y) && isReal(y)))
179 :     error(_("y must be a numeric matrix"));
180 :     if (ydims[0] != k)
181 :     error(_("x and y must have the same number of rows"));
182 :     if (m < 1 || n < 1 || k < 1)
183 :     error(_("Matrices with zero extents cannot be multiplied"));
184 :     vdims[0] = m; vdims[1] = n;
185 :     vx = REAL(ALLOC_SLOT(val, Matrix_xSym, REALSXP, m * n));
186 :     for (j = 0; j < n; j++) {
187 :     int i; double *ypt = yx + j * k;
188 :     for(i = 0; i < m; i++) {
189 : bates 10 int ii; double accum = 0.;
190 :     for (ii = xp[i]; ii < xp[i+1]; ii++) {
191 :     accum += xx[ii] * ypt[xi[ii]];
192 :     }
193 : bates 683 vx[i + j * m] = accum;
194 : bates 10 }
195 :     }
196 :     UNPROTECT(1);
197 : bates 683 return val;
198 : bates 10 }
199 :    
200 : bates 677 SEXP compressed_to_dgTMatrix(SEXP x, SEXP colP)
201 : bates 10 {
202 : maechler 890 int col = asLogical(colP); /* 1 if "C"olumn compressed; 0 if "R"ow */
203 : bates 677 SEXP indSym = col ? Matrix_iSym : Matrix_jSym;
204 :     SEXP ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgTMatrix"))),
205 :     indP = GET_SLOT(x, indSym),
206 :     pP = GET_SLOT(x, Matrix_pSym);
207 : bates 679 int npt = length(pP) - 1;
208 : maechler 534
209 : bates 677 SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)));
210 : bates 10 SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)));
211 : bates 677 SET_SLOT(ans, indSym, duplicate(indP));
212 : bates 679 expand_cmprPt(npt, INTEGER(pP),
213 :     INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, col ? Matrix_jSym : Matrix_iSym,
214 :     INTSXP, length(indP))));
215 : bates 10 UNPROTECT(1);
216 :     return ans;
217 :     }
218 :    
219 :     SEXP csc_to_matrix(SEXP x)
220 :     {
221 :     SEXP ans, pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym);
222 :     int j, ncol = length(pslot) - 1,
223 :     nrow = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym))[0],
224 :     *xp = INTEGER(pslot),
225 :     *xi = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym));
226 :     double *xx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)), *ax;
227 :    
228 :     ax = REAL(ans = PROTECT(allocMatrix(REALSXP, nrow, ncol)));
229 :     for (j = 0; j < (nrow * ncol); j++) ax[j] = 0.;
230 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
231 :     int ind;
232 :     for (ind = xp[j]; ind < xp[j+1]; ind++) {
233 :     ax[j * nrow + xi[ind]] = xx[ind];
234 :     }
235 :     }
236 :     UNPROTECT(1);
237 :     return ans;
238 :     }
239 :    
240 : bates 478 SEXP csc_to_dgeMatrix(SEXP x)
241 : bates 10 {
242 : bates 478 SEXP ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgeMatrix"))),
243 : bates 10 Dimslot = GET_SLOT(x, Matrix_DimSym);
244 :     int *dims = INTEGER(Dimslot),
245 :     *xp = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_pSym)),
246 :     *xi = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym));
247 :     double *xx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)), *ax;
248 :     int j, nrow = dims[0], ncol = dims[1];
249 : maechler 534
250 : bates 10 SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, duplicate(Dimslot));
251 :     SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nrow*ncol));
252 : bates 332 SET_SLOT(ans, Matrix_rcondSym, allocVector(REALSXP, 0));
253 : bates 476 SET_SLOT(ans, Matrix_factorSym, allocVector(VECSXP, 0));
254 : bates 10 ax = REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_xSym));
255 :     for (j = 0; j < (nrow * ncol); j++) ax[j] = 0.;
256 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
257 :     int ind;
258 :     for (ind = xp[j]; ind < xp[j+1]; ind++) {
259 :     ax[j * nrow + xi[ind]] = xx[ind];
260 :     }
261 :     }
262 :     UNPROTECT(1);
263 :     return ans;
264 :     }
265 :    
266 :     SEXP matrix_to_csc(SEXP A)
267 :     {
268 : bates 478 SEXP val = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgCMatrix")));
269 : bates 10 int *adims = INTEGER(getAttrib(A, R_DimSymbol)), j,
270 :     maxnz, nrow, ncol, nnz, *vp, *vi;
271 : maechler 534
272 : bates 10 double *vx;
273 :    
274 :     if (!(isMatrix(A) && isReal(A)))
275 : bates 582 error(_("A must be a numeric matrix"));
276 : bates 10 nrow = adims[0]; ncol = adims[1];
277 : bates 476 SET_SLOT(val, Matrix_factorSym, allocVector(VECSXP, 0));
278 : bates 492 SET_SLOT(val, Matrix_DimSym, allocVector(INTSXP, 2));
279 : bates 10 SET_SLOT(val, Matrix_pSym, allocVector(INTSXP, ncol + 1));
280 :     vp = INTEGER(GET_SLOT(val, Matrix_pSym));
281 :     maxnz = nrow * ncol;
282 :     vi = Calloc(maxnz, int); vx = Calloc(maxnz, double);
283 :     nnz = 0;
284 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
285 :     int i;
286 :     vp[j] = nnz;
287 :     for (i = 0; i < nrow; i++) {
288 :     double val = REAL(A)[i + j * nrow];
289 :     if (val != 0.) {
290 :     vi[nnz] = i;
291 :     vx[nnz] = val;
292 :     nnz++;
293 :     }
294 :     }
295 :     }
296 :     vp[ncol] = nnz;
297 :     SET_SLOT(val, Matrix_iSym, allocVector(INTSXP, nnz));
298 :     Memcpy(INTEGER(GET_SLOT(val, Matrix_iSym)), vi, nnz);
299 :     SET_SLOT(val, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nnz));
300 :     Memcpy(REAL(GET_SLOT(val, Matrix_xSym)), vx, nnz);
301 :     Free(vi); Free(vx);
302 :     UNPROTECT(1);
303 : bates 478 return dgCMatrix_set_Dim(val, nrow);
304 : bates 10 }
305 :    
306 : maechler 534
307 : bates 478 SEXP dgTMatrix_to_csc(SEXP dgTMatrix)
308 : bates 10 {
309 : bates 478 SEXP Tisl = GET_SLOT(dgTMatrix, Matrix_iSym);
310 : bates 10 int *Ti = INTEGER(Tisl),
311 : bates 478 *Tj = INTEGER(GET_SLOT(dgTMatrix, Matrix_jSym)),
312 : bates 10 i, nrow, ncol,
313 :     nz = length(Tisl);
314 :    
315 :     nrow = ncol = -1;
316 :     for(i = 0; i < nz; i++) {
317 :     if (Ti[i] > nrow) nrow = Ti[i];
318 :     if (Tj[i] > ncol) ncol = Tj[i];
319 :     }
320 :     return triple_as_SEXP(nrow + 1, ncol + 1, nz, Ti, Tj,
321 : bates 478 REAL(GET_SLOT(dgTMatrix, Matrix_xSym)),
322 :     "dgCMatrix");
323 : bates 10 }
324 :    
325 :     SEXP csc_getDiag(SEXP x)
326 :     {
327 :     SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym), ans;
328 :     int *xp = INTEGER(pslot),
329 :     *xi = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym)),
330 :     j,
331 :     ncol = length(pslot) - 1,
332 :     nrow = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym))[0],
333 :     ndiag;
334 :     double *xx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)), *diag;
335 :    
336 :     ndiag = (nrow < ncol) ? nrow : ncol;
337 :     ans = PROTECT(allocVector(REALSXP, ndiag));
338 :     diag = REAL(ans);
339 :     for (j = 0; j < ndiag; j++) {
340 :     int ind;
341 :     diag[j] = 0.;
342 :     for (ind = xp[j]; ind < xp[j+1]; ind++) {
343 :     if (xi[ind] == j) diag[j] = xx[ind];
344 :     }
345 :     }
346 :     UNPROTECT(1);
347 :     return ans;
348 :     }
349 :    
350 :     SEXP csc_transpose(SEXP x)
351 :     {
352 : bates 726 SEXP xi = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
353 :     SEXP ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgCMatrix")));
354 :     int *adims = INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_DimSym, INTSXP, 2)),
355 :     *xdims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
356 :     nz = length(xi);
357 :     int *xj = Calloc(nz, int);
358 :     SEXP adn = ALLOC_SLOT(ans, Matrix_DimNamesSym, VECSXP, 2),
359 :     xdn = GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym);
360 : bates 10
361 :     adims[0] = xdims[1]; adims[1] = xdims[0];
362 : bates 726 SET_VECTOR_ELT(adn, 0, VECTOR_ELT(xdn, 1));
363 :     SET_VECTOR_ELT(adn, 1, VECTOR_ELT(xdn, 0));
364 : maechler 890 triplet_to_col(adims[0], adims[1], nz,
365 : bates 726 expand_cmprPt(xdims[1], INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_pSym)), xj),
366 : maechler 890 INTEGER(xi),
367 : bates 726 REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)),
368 :     INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_pSym, INTSXP, adims[1] + 1)),
369 :     INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_iSym, INTSXP, nz)),
370 :     REAL(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_xSym, REALSXP, nz)));
371 :     Free(xj);
372 : bates 10 UNPROTECT(1);
373 :     return ans;
374 :     }
375 : bates 310
376 : bates 758 SEXP csc_matrix_mm(SEXP a, SEXP b, SEXP classed, SEXP right)
377 : bates 310 {
378 : bates 758 int cl = asLogical(classed), rt = asLogical(right);
379 :     SEXP val = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgeMatrix")));
380 :     int *adims = INTEGER(GET_SLOT(a, Matrix_DimSym)),
381 : bates 310 *ai = INTEGER(GET_SLOT(a, Matrix_iSym)),
382 :     *ap = INTEGER(GET_SLOT(a, Matrix_pSym)),
383 : bates 758 *bdims = INTEGER(cl ? GET_SLOT(b, Matrix_DimSym) :
384 :     getAttrib(b, R_DimSymbol)),
385 :     *cdims = INTEGER(ALLOC_SLOT(val, Matrix_DimSym, INTSXP, 2)),
386 :     chk, ione = 1, j, jj, k, m, n;
387 :     double *ax = REAL(GET_SLOT(a, Matrix_xSym)),
388 :     *bx = REAL(cl ? GET_SLOT(b, Matrix_xSym) : b), *cx;
389 : bates 310
390 : bates 758 if (rt) {
391 :     m = bdims[0]; n = adims[1]; k = bdims[1]; chk = adims[0];
392 :     } else {
393 :     m = adims[0]; n = bdims[1]; k = adims[1]; chk = bdims[0];
394 :     }
395 :     if (chk != k)
396 :     error(_("Matrices are not conformable for multiplication"));
397 :     if (m < 1 || n < 1 || k < 1)
398 :     error(_("Matrices with zero extents cannot be multiplied"));
399 :     cx = REAL(ALLOC_SLOT(val, Matrix_xSym, REALSXP, m * n));
400 :     AZERO(cx, m * n); /* zero the accumulators */
401 :     for (j = 0; j < n; j++) { /* across columns of c */
402 :     if (rt) {
403 :     int kk, k2 = ap[j + 1];
404 :     for (kk = ap[j]; kk < k2; kk++) {
405 :     F77_CALL(daxpy)(&m, &ax[kk], &bx[ai[kk]*m],
406 :     &ione, &cx[j*m], &ione);
407 :     }
408 :     } else {
409 :     double *ccol = cx + j * m,
410 :     *bcol = bx + j * k;
411 : bates 310
412 : bates 758 for (jj = 0; jj < k; jj++) { /* across columns of a */
413 :     int kk, k2 = ap[jj + 1];
414 :     for (kk = ap[jj]; kk < k2; kk++) {
415 :     ccol[ai[kk]] += ax[kk] * bcol[jj];
416 :     }
417 : bates 310 }
418 :     }
419 :     }
420 : bates 758 cdims[0] = m; cdims[1] = n;
421 : bates 310 UNPROTECT(1);
422 :     return val;
423 :     }
424 :    
425 : bates 332 SEXP csc_col_permute(SEXP x, SEXP perm)
426 :     {
427 : bates 478 SEXP val = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgCMatrix"))), tmp;
428 : bates 332 int *iperm, *prm, *vi, *vp, *xi, *xp, j, k, ncol, pos;
429 :     double *vx, *xx;
430 : bates 310
431 : bates 476 SET_SLOT(val, Matrix_factorSym, allocVector(VECSXP, 0));
432 : bates 332 tmp = GET_SLOT(x, Matrix_DimSym);
433 :     SET_SLOT(val, Matrix_DimSym, duplicate(tmp));
434 :     ncol = INTEGER(tmp)[1];
435 :     if (!(isInteger(perm) && length(perm) == ncol))
436 : bates 582 error(_("perm must be an integer vector of length %d"),
437 : bates 332 ncol);
438 :     prm = INTEGER(perm);
439 : bates 371 if (!R_ldl_valid_perm(ncol, prm))
440 : bates 582 error(_("perm is not a valid 0-based permutation"));
441 : bates 332 iperm = Calloc(ncol, int);
442 :     for (j = 0; j < ncol; j++) iperm[prm[j]] = j;
443 :     tmp = GET_SLOT(x, Matrix_pSym);
444 :     xp = INTEGER(tmp);
445 :     SET_SLOT(val, Matrix_pSym, duplicate(tmp));
446 :     vp = INTEGER(GET_SLOT(val, Matrix_pSym));
447 :     tmp = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
448 :     xi = INTEGER(tmp);
449 :     SET_SLOT(val, Matrix_iSym, duplicate(tmp));
450 :     vi = INTEGER(GET_SLOT(val, Matrix_iSym));
451 :     tmp = GET_SLOT(x, Matrix_xSym);
452 :     xx = REAL(tmp);
453 :     SET_SLOT(val, Matrix_xSym, duplicate(tmp));
454 :     vx = REAL(GET_SLOT(val, Matrix_xSym));
455 :    
456 :     pos = vp[0] = 0;
457 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
458 :     int jj = iperm[j];
459 :     int j1 = xp[jj], j2 = xp[jj+1];
460 :     vp[j + 1] = vp[j] + (j2 - j1);
461 :     for (k = j1; k < j2; k++) {
462 :     vi[pos] = xi[k];
463 :     vx[pos] = xx[k];
464 :     pos++;
465 :     }
466 :     }
467 :     Free(iperm);
468 :     UNPROTECT(1);
469 :     return val;
470 :     }

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