SCM

SCM Repository

[matrix] Annotation of /branches/Matrix-mer2/src/dgCMatrix.c
ViewVC logotype

Annotation of /branches/Matrix-mer2/src/dgCMatrix.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log


Revision 332 - (view) (download) (as text)
Original Path: pkg/src/cscMatrix.c

1 : bates 10 #include "cscMatrix.h"
2 :    
3 :     SEXP csc_validate(SEXP x)
4 :     {
5 :     SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
6 :     islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym),
7 :     xslot = GET_SLOT(x, Matrix_xSym);
8 :     int j,
9 :     ncol = length(pslot) - 1,
10 :     *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
11 :     nrow,
12 :     *xp = INTEGER(pslot),
13 :     *xi = INTEGER(islot);
14 :    
15 :     nrow = dims[0];
16 :     if (length(islot) != length(xslot))
17 :     return ScalarString(mkChar("lengths of slots i and x must match"));
18 :     if (length(pslot) <= 0)
19 :     return ScalarString(mkChar("slot p must have length > 0"));
20 :     if (xp[0] != 0)
21 :     return ScalarString(mkChar("first element of slot p must be zero"));
22 :     if (length(islot) != xp[ncol])
23 :     return ScalarString(
24 :     mkChar(
25 :     "last element of slot p must match length of slots i and x"));
26 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
27 :     if (xp[j] > xp[j+1])
28 :     return ScalarString(mkChar("slot p must be non-decreasing"));
29 :     }
30 :     for (j = 0; j < length(islot); j++) {
31 :     if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)
32 :     return ScalarString(
33 :     mkChar("all row indices must be between 0 and nrow-1"));
34 :     }
35 :     if (csc_unsorted_columns(ncol, xp, xi)) {
36 :     csc_sort_columns(ncol, xp, xi, REAL(xslot));
37 :     }
38 :     return ScalarLogical(1);
39 :     }
40 :    
41 :     SEXP csc_crossprod(SEXP x)
42 :     {
43 :     SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
44 :     ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("sscMatrix"))), tmp;
45 :     int *xp = INTEGER(pslot),
46 :     *xi = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym));
47 :     double *xx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym));
48 :    
49 :     int j, *iVal, ncol = length(pslot) - 1, maxnz, nnz = 0, *pVal;
50 :     double *xVal;
51 :    
52 : bates 332 SET_SLOT(ans, Matrix_factorization, allocVector(VECSXP, 0));
53 : bates 10 maxnz = (ncol * (ncol + 1))/2;
54 :     iVal = Calloc(maxnz, int); xVal = Calloc(maxnz, double);
55 :     SET_SLOT(ans, Matrix_pSym, allocVector(INTSXP, ncol + 1));
56 :     tmp = GET_SLOT(ans, Matrix_pSym);
57 :     pVal = INTEGER(tmp);
58 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
59 :     pVal[j] = nnz;
60 :     if (xp[j] < xp[j+1]) { /* column j contains some non-zeros */
61 :     int ind, jj;
62 :     double accum = 0.;
63 :     /* diagonal elements */
64 :     for (ind = xp[j]; ind < xp[j+1]; ind++)
65 :     accum += xx[ind] * xx[ind];
66 :     iVal[nnz] = j;
67 :     xVal[nnz] = accum;
68 :     nnz++;
69 :     /* off-diagonals (lower triangle only) */
70 :     for (jj = j+1; jj < ncol; jj++) {
71 :     int ind2;
72 :    
73 :     ind = xp[j];
74 :     ind2 = xp[jj];
75 :     accum = 0.;
76 :     while (ind < xp[j+1] && ind2 < xp[jj+1]) {
77 :     if (xi[ind] < xi[ind2]) ind++;
78 :     else {
79 :     if (xi[ind] > xi[ind2]) ind2++;
80 :     else {
81 :     accum += xx[ind] * xx[ind2];
82 :     ind++; ind2++;
83 :     }
84 :     }
85 :     }
86 :     if (accum != 0.) {
87 :     iVal[nnz] = jj;
88 :     xVal[nnz] = accum;
89 :     nnz++;
90 :     }
91 :     }
92 :     }
93 :     }
94 :     pVal[ncol] = nnz;
95 :    
96 :     SET_SLOT(ans, Matrix_iSym, allocVector(INTSXP, nnz));
97 :     Memcpy(INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_iSym)), iVal, nnz);
98 :     SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nnz));
99 :     Memcpy(REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_xSym)), xVal, nnz);
100 :     Free(iVal); Free(xVal); UNPROTECT(1);
101 :     return cscMatrix_set_Dim(ans, ncol);
102 :     }
103 :    
104 : bates 332 SEXP csc_tcrossprod(SEXP x)
105 :     {
106 :     SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
107 :     ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("sscMatrix"))), tmp;
108 :     int *xp = INTEGER(pslot),
109 :     *xi = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym)),
110 :     *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym));
111 :     double *xx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym));
112 :    
113 :     int j, ntrip, *iVal, nrow = dims[0], ncol = dims[1], *jVal, nnz, pos;
114 :     int *itmp, *ansp;
115 :     double *xVal, *xtmp;
116 :    
117 :     SET_SLOT(ans, Matrix_factorization, allocVector(VECSXP, 0));
118 :     ntrip = nrow; /* number of triplets */
119 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
120 :     int nzj = xp[j+1] - xp[j];
121 :     ntrip += (nzj * (nzj - 1))/2;
122 :     }
123 :     iVal = Calloc(ntrip, int); jVal = Calloc(ntrip, int);
124 :     xVal = Calloc(ntrip, double);
125 :     for (j = 0; j < nrow; j++) {
126 :     iVal[j] = jVal[j] = j;
127 :     xVal[j] = 0.;
128 :     }
129 :     pos = nrow;
130 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
131 :     int k, kk, k2 = xp[j+1];
132 :     for (k = xp[j]; k < k2; k++) {
133 :     int r1 = xi[k];
134 :     double x1 = xx[k];
135 :     xVal[r1] += x1 * x1;
136 :     for (kk = k + 1; kk < k2; kk++) {
137 :     int r2 = xi[kk];
138 :     double x2 = xx[kk];
139 :     jVal[pos] = r1;
140 :     iVal[pos] = r2;
141 :     xVal[pos] = x1 * x2;
142 :     pos++;
143 :     }
144 :     }
145 :     }
146 :     SET_SLOT(ans, Matrix_pSym, allocVector(INTSXP, nrow + 1));
147 :     ansp = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_pSym));
148 :     itmp = Calloc(ntrip, int); xtmp = Calloc(ntrip, double);
149 :     triplet_to_col(nrow, nrow, ntrip, iVal, jVal, xVal,
150 :     ansp, itmp, xtmp);
151 :     nnz = ansp[nrow];
152 :     SET_SLOT(ans, Matrix_uploSym, ScalarString(mkChar("L")));
153 :     SET_SLOT(ans, Matrix_iSym, allocVector(INTSXP, nnz));
154 :     SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nnz));
155 :     Memcpy(INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_iSym)), itmp, nnz);
156 :     Memcpy(REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_xSym)), xtmp, nnz);
157 :     SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, allocVector(INTSXP, 2));
158 :     dims = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_DimSym));
159 :     dims[0] = dims[1] = nrow;
160 :     Free(itmp); Free(xtmp); Free(iVal); Free(jVal); Free(xVal);
161 :     UNPROTECT(1);
162 :     return ans;
163 :     }
164 :    
165 : bates 10 SEXP csc_matrix_crossprod(SEXP x, SEXP y)
166 :     {
167 :     SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym), ans;
168 :     int j,
169 :     *xp = INTEGER(pslot),
170 :     *xi = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym)),
171 :     xncol = length(pslot) - 1,
172 :     xnrow = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym))[0],
173 :     *ydims;
174 :     double *xx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym));
175 :    
176 :     if (!(isMatrix(y) && isReal(y))) error("y must be a numeric matrix");
177 :     ydims = INTEGER(getAttrib(y, R_DimSymbol));
178 :     if (xnrow != ydims[0]) error("x and y must have the same number of rows");
179 :     ans = PROTECT(allocMatrix(REALSXP, xncol, ydims[1]));
180 :     for (j = 0; j < ydims[1]; j++) {
181 :     int i; double *ypt = REAL(y) + j * ydims[0];
182 :     for(i = 0; i < xncol; i++) {
183 :     int ii; double accum = 0.;
184 :     for (ii = xp[i]; ii < xp[i+1]; ii++) {
185 :     accum += xx[ii] * ypt[xi[ii]];
186 :     }
187 :     REAL(ans)[i + j * xncol] = accum;
188 :     }
189 :     }
190 :     UNPROTECT(1);
191 :     return ans;
192 :     }
193 :    
194 :     SEXP csc_to_triplet(SEXP x)
195 :     {
196 :     SEXP
197 :     ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("tripletMatrix"))),
198 :     dimslot = GET_SLOT(x, Matrix_DimSym),
199 :     islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym),
200 :     pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym);
201 :     int *dims = INTEGER(dimslot), j, jj,
202 :     *xp = INTEGER(pslot), *yj;
203 :    
204 :     SET_SLOT(ans, Matrix_iSym, duplicate(islot));
205 :     SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, duplicate(dimslot));
206 :     SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)));
207 :     SET_SLOT(ans, Matrix_jSym, allocVector(INTSXP, length(islot)));
208 :     yj = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_jSym));
209 :     jj = 0;
210 :     for (j = 0; j < dims[1]; j++) {
211 :     while (jj < xp[j + 1]) {
212 :     yj[jj] = j;
213 :     jj++;
214 :     }
215 :     }
216 :     UNPROTECT(1);
217 :     return ans;
218 :     }
219 :    
220 :     SEXP csc_to_matrix(SEXP x)
221 :     {
222 :     SEXP ans, pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym);
223 :     int j, ncol = length(pslot) - 1,
224 :     nrow = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym))[0],
225 :     *xp = INTEGER(pslot),
226 :     *xi = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym));
227 :     double *xx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)), *ax;
228 :    
229 :     ax = REAL(ans = PROTECT(allocMatrix(REALSXP, nrow, ncol)));
230 :     for (j = 0; j < (nrow * ncol); j++) ax[j] = 0.;
231 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
232 :     int ind;
233 :     for (ind = xp[j]; ind < xp[j+1]; ind++) {
234 :     ax[j * nrow + xi[ind]] = xx[ind];
235 :     }
236 :     }
237 :     UNPROTECT(1);
238 :     return ans;
239 :     }
240 :    
241 :     SEXP csc_to_geMatrix(SEXP x)
242 :     {
243 :     SEXP ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("geMatrix"))),
244 :     Dimslot = GET_SLOT(x, Matrix_DimSym);
245 :     int *dims = INTEGER(Dimslot),
246 :     *xp = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_pSym)),
247 :     *xi = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym));
248 :     double *xx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)), *ax;
249 :     int j, nrow = dims[0], ncol = dims[1];
250 :    
251 :     SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, duplicate(Dimslot));
252 :     SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nrow*ncol));
253 : bates 332 SET_SLOT(ans, Matrix_rcondSym, allocVector(REALSXP, 0));
254 :     SET_SLOT(ans, Matrix_factorization, allocVector(VECSXP, 0));
255 : bates 10 ax = REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_xSym));
256 :     for (j = 0; j < (nrow * ncol); j++) ax[j] = 0.;
257 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
258 :     int ind;
259 :     for (ind = xp[j]; ind < xp[j+1]; ind++) {
260 :     ax[j * nrow + xi[ind]] = xx[ind];
261 :     }
262 :     }
263 :     UNPROTECT(1);
264 :     return ans;
265 :     }
266 :    
267 :     SEXP matrix_to_csc(SEXP A)
268 :     {
269 :     SEXP val = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("cscMatrix")));
270 :     int *adims = INTEGER(getAttrib(A, R_DimSymbol)), j,
271 :     maxnz, nrow, ncol, nnz, *vp, *vi;
272 :    
273 :     double *vx;
274 :    
275 :     if (!(isMatrix(A) && isReal(A)))
276 :     error("A must be a numeric matrix");
277 :     nrow = adims[0]; ncol = adims[1];
278 : bates 332 SET_SLOT(val, Matrix_factorization, allocVector(VECSXP, 0));
279 : bates 10 SET_SLOT(val, Matrix_pSym, allocVector(INTSXP, ncol + 1));
280 :     vp = INTEGER(GET_SLOT(val, Matrix_pSym));
281 :     maxnz = nrow * ncol;
282 :     vi = Calloc(maxnz, int); vx = Calloc(maxnz, double);
283 :     nnz = 0;
284 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
285 :     int i;
286 :     vp[j] = nnz;
287 :     for (i = 0; i < nrow; i++) {
288 :     double val = REAL(A)[i + j * nrow];
289 :     if (val != 0.) {
290 :     vi[nnz] = i;
291 :     vx[nnz] = val;
292 :     nnz++;
293 :     }
294 :     }
295 :     }
296 :     vp[ncol] = nnz;
297 :     SET_SLOT(val, Matrix_iSym, allocVector(INTSXP, nnz));
298 :     Memcpy(INTEGER(GET_SLOT(val, Matrix_iSym)), vi, nnz);
299 :     SET_SLOT(val, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nnz));
300 :     Memcpy(REAL(GET_SLOT(val, Matrix_xSym)), vx, nnz);
301 :     Free(vi); Free(vx);
302 :     UNPROTECT(1);
303 :     return cscMatrix_set_Dim(val, nrow);
304 :     }
305 :    
306 :    
307 :     SEXP triplet_to_csc(SEXP triplet)
308 :     {
309 :     SEXP Tisl = GET_SLOT(triplet, Matrix_iSym);
310 :     int *Ti = INTEGER(Tisl),
311 :     *Tj = INTEGER(GET_SLOT(triplet, Matrix_jSym)),
312 :     i, nrow, ncol,
313 :     nz = length(Tisl);
314 :    
315 :     nrow = ncol = -1;
316 :     for(i = 0; i < nz; i++) {
317 :     if (Ti[i] > nrow) nrow = Ti[i];
318 :     if (Tj[i] > ncol) ncol = Tj[i];
319 :     }
320 :     return triple_as_SEXP(nrow + 1, ncol + 1, nz, Ti, Tj,
321 :     REAL(GET_SLOT(triplet, Matrix_xSym)),
322 :     "cscMatrix");
323 :     }
324 :    
325 :     SEXP csc_getDiag(SEXP x)
326 :     {
327 :     SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym), ans;
328 :     int *xp = INTEGER(pslot),
329 :     *xi = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym)),
330 :     j,
331 :     ncol = length(pslot) - 1,
332 :     nrow = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym))[0],
333 :     ndiag;
334 :     double *xx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)), *diag;
335 :    
336 :     ndiag = (nrow < ncol) ? nrow : ncol;
337 :     ans = PROTECT(allocVector(REALSXP, ndiag));
338 :     diag = REAL(ans);
339 :     for (j = 0; j < ndiag; j++) {
340 :     int ind;
341 :     diag[j] = 0.;
342 :     for (ind = xp[j]; ind < xp[j+1]; ind++) {
343 :     if (xi[ind] == j) diag[j] = xx[ind];
344 :     }
345 :     }
346 :     UNPROTECT(1);
347 :     return ans;
348 :     }
349 :    
350 :     SEXP csc_transpose(SEXP x)
351 :     {
352 :     SEXP
353 :     ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("cscMatrix"))),
354 :     islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
355 :     int nnz = length(islot),
356 :     *adims = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_DimSym)),
357 :     *xdims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym));
358 :    
359 :     adims[0] = xdims[1]; adims[1] = xdims[0];
360 : bates 332 SET_SLOT(ans, Matrix_factorization, allocVector(VECSXP, 0));
361 : bates 10 SET_SLOT(ans, Matrix_pSym, allocVector(INTSXP, xdims[0] + 1));
362 :     SET_SLOT(ans, Matrix_iSym, allocVector(INTSXP, nnz));
363 :     SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nnz));
364 :     csc_components_transpose(xdims[0], xdims[1], nnz,
365 :     INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_pSym)),
366 :     INTEGER(islot),
367 :     REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)),
368 :     INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_pSym)),
369 :     INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_iSym)),
370 :     REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_xSym)));
371 :     UNPROTECT(1);
372 :     return ans;
373 :     }
374 : bates 310
375 :     SEXP csc_matrix_mm(SEXP a, SEXP b)
376 :     {
377 :     int *adim = INTEGER(GET_SLOT(a, Matrix_DimSym)),
378 :     *ai = INTEGER(GET_SLOT(a, Matrix_iSym)),
379 :     *ap = INTEGER(GET_SLOT(a, Matrix_pSym)),
380 :     *bdim = INTEGER(getAttrib(b, R_DimSymbol));
381 :     int j, k, m = adim[0], n = bdim[1], r = adim[1];
382 :     double *ax = REAL(GET_SLOT(a, Matrix_xSym));
383 :     SEXP val;
384 :    
385 :     if (bdim[0] != r)
386 :     error("Matrices of sizes (%d,%d) and (%d,%d) cannot be multiplied",
387 :     m, r, bdim[0], n);
388 :     val = PROTECT(allocMatrix(REALSXP, m, n));
389 :     for (j = 0; j < n; j++) { /* across columns of b */
390 :     double *ccol = REAL(val) + j * m,
391 :     *bcol = REAL(b) + j * r;
392 :    
393 :     for (k = 0; k < m; k++) ccol[k] = 0.; /* zero the accumulators */
394 :     for (k = 0; k < r; k++) { /* across columns of a */
395 :     int kk, k2 = ap[k + 1];
396 :     for (kk = ap[k]; kk < k2; kk++) {
397 :     ccol[ai[kk]] += ax[kk] * bcol[k];
398 :     }
399 :     }
400 :     }
401 :     UNPROTECT(1);
402 :     return val;
403 :     }
404 :    
405 : bates 332 SEXP csc_col_permute(SEXP x, SEXP perm)
406 :     {
407 :     SEXP val = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("cscMatrix"))), tmp;
408 :     int *iperm, *prm, *vi, *vp, *xi, *xp, j, k, ncol, pos;
409 :     double *vx, *xx;
410 : bates 310
411 : bates 332 SET_SLOT(val, Matrix_factorization, allocVector(VECSXP, 0));
412 :     tmp = GET_SLOT(x, Matrix_DimSym);
413 :     SET_SLOT(val, Matrix_DimSym, duplicate(tmp));
414 :     ncol = INTEGER(tmp)[1];
415 :     if (!(isInteger(perm) && length(perm) == ncol))
416 :     error("perm must be an integer vector of length %d",
417 :     ncol);
418 :     prm = INTEGER(perm);
419 :     iperm = Calloc(ncol, int);
420 :     if (!ldl_valid_perm(ncol, prm, iperm))
421 :     error("perm is not a valid 0-based permutation");
422 :     for (j = 0; j < ncol; j++) iperm[prm[j]] = j;
423 :     tmp = GET_SLOT(x, Matrix_pSym);
424 :     xp = INTEGER(tmp);
425 :     SET_SLOT(val, Matrix_pSym, duplicate(tmp));
426 :     vp = INTEGER(GET_SLOT(val, Matrix_pSym));
427 :     tmp = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
428 :     xi = INTEGER(tmp);
429 :     SET_SLOT(val, Matrix_iSym, duplicate(tmp));
430 :     vi = INTEGER(GET_SLOT(val, Matrix_iSym));
431 :     tmp = GET_SLOT(x, Matrix_xSym);
432 :     xx = REAL(tmp);
433 :     SET_SLOT(val, Matrix_xSym, duplicate(tmp));
434 :     vx = REAL(GET_SLOT(val, Matrix_xSym));
435 :    
436 :     pos = vp[0] = 0;
437 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
438 :     int jj = iperm[j];
439 :     int j1 = xp[jj], j2 = xp[jj+1];
440 :     vp[j + 1] = vp[j] + (j2 - j1);
441 :     for (k = j1; k < j2; k++) {
442 :     vi[pos] = xi[k];
443 :     vx[pos] = xx[k];
444 :     pos++;
445 :     }
446 :     }
447 :     Free(iperm);
448 :     UNPROTECT(1);
449 :     return val;
450 :     }
451 :    
452 :    
453 :    

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business Powered By FusionForge