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R Development Page

CorReg log file (check_x86_64_linux)

Thu Aug 18 14:09:03 2016: Checking package CorReg (SVN revision 1055) ...
* using log directory ‘/mnt/building/build_2016-08-18-12-24/RF_PKG_CHECK/PKGS/CorReg.Rcheck’
* using R version 3.3.1 Patched (2016-08-17 r71112)
* using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
* using session charset: UTF-8
* using option ‘--as-cran’
* checking for file ‘CorReg/DESCRIPTION’ ... OK
* checking extension type ... Package
* this is package ‘CorReg’ version ‘1.0.3’
* checking CRAN incoming feasibility ... WARNING
Maintainer: ‘Clement THERY ’

Insufficient package version (submitted: 1.0.3, existing: 1.1.1)

Strong dependencies not in mainstream repositories:
  ridge

No package encoding and non-ASCII characters in the following R files:
  R/BICZmiss.R
    33:     if(length(which(Z[,j]-Zold[,j]!=0))>0){#diffrences donc on recalcule Bicloc
    36:       }else{#Bic doit tre recalcul
    52:           if(Z[mixmod$details[i,4],j]!=0){#si la variable concerne est dans Xloc on recopie
    54:               #on est sur la mme variable donc le numro ne change pas
    55:             }else{#changement de variable donc il faut rindexer
    66:         k=0#complexit du modele
    70:           if(sum(Mloc[i,])>0){#trous donc on ajoute des paramtres mixmod
  R/Conan.R
    18:    if(!is.null(coercing)){#on a des variables  garder  
    26:          if(anyDuplicated(c(1:ploc,j))>0){#si on ne tape pas  ct
    42:    if(std){#nettoyage des constantes si demand
    69:          if(length(quisuppr)>0){#si il y a quelque chose  supprimer
    74:             if(std){#nettoyage des constantes si demand
  R/Estep.R
    22:    #on liste tout ce qu'il faut (on verra aprs comment extraire a pour optimiser)
    32:    #peut-tre entrer quimank et crire uniquement dans le Cpp M au format Eigen creux (sans contact avec R)
    36:       if(Zc[miss[2]]!=0){#trou  gauche
    37:          #imputation par moyenne du mlange gaussien rsultant de l'intgration de la sous-regression
    41:          #la rgression (hors manquants)
    47:          #les moyennes pondres par alpha des manquants  droite
    49:             if(i!=miss[2]){#inutile si on a filtr sur les z non-nuls
    56:       }else if(X1){#trou  droite
  R/GM_Loglikelihood.R
    18: #   #on calcule d'abord la partie fixe qui sera commune (ajoute)  toutes les classes
    21: #   #si tout est bon, on est sur cette loi l :
    25: #   #calcul des paramtres####
  R/Gibbs.R
    22:             missrow_loc=miss[1]#une fois la vraisemblance calcule on change de ligne
    23:             resmui=muiZ(p=ncol(Z),mixmod = mixmod,components=comp_vect[missrow_loc,],Z=Z,Zc=Zc,alpha=alpha,Ir=Ir,sigma_IR=sigma_IR)#mise  jour
    39:                resmui=muiZ(p=ncol(Z),mixmod = mixmod,components=comp_vect[i,],Z=Z,Zc=Zc,alpha=alpha,Ir=Ir,sigma_IR=sigma_IR)#mise  jour
    49:          for(j in (1:p)[-Ir]){#pas besoin de classe  gauche car dans Gibbs on connat toujours tout le monde  droite (quitte  le supposer)
    75:       loglikfin=-2*loglikfin+missing_penalty(nbclust_vect=nbclust_vect,Z=Z,M=M,n=nrow(X),p=ncol(Z),Zc=Zc)#BIC adapt
  R/Gibbs_X_ij_IF.R
    2: # '  @param X est la ligne concerne (X[i,]) 
  R/Gibbs_miss.R
    21:       sigma_IR=rep(0,times=p)#rsidus des regressions (stables pour gibbs)
    29:    missrow=sum(M)#nb d'individus  trou
  R/MakeF.R
    8:    Z[1,I2]=1#on ajoute une constante  chaque ssreg
  R/MakeH.R
    7:    Z[1,I2]=1#on ajoute une constante  chaque ssreg
  R/MakeJ.R
    13:    Z[1,I2]=1#on ajoute une constante  chaque ssreg
  R/OLS.R
    57:          result$BIC=NULL#BicTheta(X,)#version modifie qui tient compte des mlanges
  R/ProbaZ.R
    36:             #choix de qui est  gauche, puis ayant une partition, tout devient possible  droite 
  R/SEM.R
    21:       for(j in (1:p)[-Ir]){#pas besoin de classe  gauche car dans Gibbs on connat toujours tout le monde  droite (quitte  le supposer)
    22:          if(nbclust_vect[j]>1){#si plusieurs classes (sinon reste  1)
    24:                if(!is.na(X[i,j]) & !fill){#valeur observe (ou impute, peu importe) on estime la classe
    40:       sigma_IR=rep(0,times=p)#rsidus des regressions (fixs avec alpha donc stables pour gibbs)
    51:       }#on commence  calculer les vraisemblances
  R/Terminator.R
    35:          quiZ_vect=which(Z!=0,arr.ind=TRUE)#liste des impliqus en ssreg
    36:          quiZtot=unique(c(quiZ_vect))#liste des impliqus en ssreg
    38:             quiZ=quiZtot#liste des impliqus en ssreg
    44:                   if(Zc[mankloc]>0){#variable  gauche, on retire la regression
    47:                      quiZ=unique(c(reste,quiZ))[-c(1:length(reste))]#on enleve les bloqus
    48:                   }else{#variable  droite, on retire la gauche, les autres  droites, et les autres rgressions touches
    55:                            quiZ=unique(c(quiblok,quiZ))[-c(1:length(quiblok))]#on enleve les bloqus
  R/Winitial.R
    44:       list_i=sample(p)#mlange les entiers de 1 a p
  R/cleanYtest.R
    16:   #on regarde chaque coef donc on boucle jusqu' stabilit
    28:     if(length(quivarzero)>0){#on lague juste les coefs pourris
    32:     }else{#on n'a rien chang
    36:   #on regarde la constante et on l'enlve si besoin
  R/cleanZlars.R
    14:     Z[qui,i][B_loc[-1]==0]=0#on rpercute les 0
  R/cleanZtest.R
    16:       if (global_pval>pvalmin) {#quation pourrie, on la supprime
    20:   }else{#on regarde chaque coef donc on boucle jusqu' stabilit
    22:     change=(colSums(Z) != 0)#colonnes  regarder
    33:         #on lague juste les coefs pourris
    34:         if(length(Z[qui,i][coefs_pval[-1]>pvalmin])>0){#on a des choses  changer
    36:         }else{#rien n'a chang donc on marque la colonne
    40:       quicol=which(change & (colSums(Z) != 0))#on doit revrifier les colonnes modifies encore non nulles
  R/compass.R
    161:       BIC_vect=BICZmiss(X=X,Z=Zloc,Bic_vide_vect=BIC_vide_vect,intercept=T,mixmod=mixmod,nbit=nbit)#compltement sous-optimal
  R/correg.R
    40: #Attention cette fonction dgage une puissance phnomnale (it's over 9000!)
  R/density_estimation.R
    118:   if(detailed){#boucle  la main pour sortie utilisable
  R/fillmiss.R
    34:       if(anyDuplicated(c(quimank[miss,2],quiou$I2))){#Si La valeur manquante est  gauche
    36:       }else if(X1 & !anyDuplicated(c(quimank[miss,2],quiou$I3))){#si la variable est  droite et qu'on en tient compte
    40:          if(is.null(res_mixmod)){#si mixmod n'a pas tourn, on le fait tourner
  R/generateurA_ou.R
    21:     Apb=as.vector((B-diag(diag(as.matrix(B))))%*%A)#on fait une combinaison linaire des sous-rgressions pour mettre le lasso en dfaut 
    24:     A=round(Apb)#on impose des valeurs entires pour plus de facilit lors de la comparaison des rsultats
    26:   A[-1][quip2]=A[-1][quip2]*rbinom(length(quip2),1,tp2)#on considre le taux comme une proba
    27:   A[-1][quip3]=A[-1][quip3]*rbinom(length(quip3),1,tp3)#on considre le taux comme une proba
    30:       A[-1][quip1]=A[-1][quip1]*rbinom(length(quip1),1,tp1)#on considre le taux comme une proba
    39:   if(!is.null(Amax)){#si on doit mettre une borne  Amax
    41:        nb0=A1-Amax#nombre de 0  placer
    45:          #mise  jour des indices des survivants
  R/loglikcond.R
    14:       #attention sigma minuscule dans les deux lignes prcdentes  
  R/missing_penalty.R
    5:    penalty_vect=nbclust_vect*3-1#3 paramtres par classe mixmod mais somme des proportions  1
    11:          if(M[i,j]==0){#variable observe
    12:             if(Zc[j]==0){#variable  droite
    14:             }else{#variable  gauche
    22:    #variable  droite observe : mixmod compte  droite mais pas  gauche car sachant
    23:    #variable  droite manquante : mixmod ne compte pas  droite car pas observe mais intervient dans la loi  gauche si la gauche est observe
    25:    #vecteur binaire d'utilisation mis  jour  chaque ligne'
  R/mixture_generator.R
    56:       if(is.null(sigma_X) & !gamma){#si R2 est nul et qu'on n'a pas de sigma X alors on le dfinit
    73:    qui=2:(p+1)  # vecteur de taille p qui contient les valeurs allant de 2  p+1 avec un pas de 1
    81:       for(j in list_X2){#remplissage alatoire de max_compl lments de B sur chaque colonne  gauche
    174:             for (j in which(vraiZ[,i-1]!=0)){#pour chaque variable  droite
    187:             for (j in which(vraiZ[,i-1]!=0)){#pour chaque variable  droite
    199:    #    if(scale){#centrage rduction de X avant son utilisation
  R/mon_AIC.R
    2:    #theta est le vecteur A sans l'cart-type qu'on calcule donc ici
  R/muiZ.R
    4:    mui=components#en C on les prendra en entre pour gagner une initialisation  chaque fois
    6:    for(i in (1:p)[-Ir]){#vaiable  droite donc mixmod
    11:       mui[j]=alpha[1,j]+t(as.matrix(mui))%*%(alpha[-1,j])#intercept plus combi linaire
    14:    Sigma=Matrix(0,ncol=p,nrow=p)#  intialiser au dbut en creux symtrique et  passer en argument
    18:          if(Zc[i]!=0){#Les deux sont  gauche
    19:             #veiller  ne pas stocker des 0 en testant avant d'crire ?
    22:          }else{#i est  droite
    28:    return(list(mui=mui,sigmai=sigmai,Sigma=Sigma))#en fait sigmai ne sert  rien car stock dans la diagonale de Sigma
    30: #version C: laisser comp_vect pour viter les recopie.
  R/newhatB.R
    16:          if(sum(Atilde[I1loc]!=A[I1loc])!=0){#A et Atilde sont gaux donc A2 est nul, on ne peut utiliser la formule et donc on garde Bold
  R/newtheta.R
    16:    Z[1,I2]=1#on ajoute une constante  chaque ssreg
  R/searchZmiss.R
    161:     BIC_vect=BICZmiss(X=X,Z=Zloc,Bic_vide_vect=BIC_vide_vect,intercept=T,mixmod=mixmod,nbit=nbit)#compltement sous-optimal
  R/tik.R
    1: # x est le point tudi
  R/victory_int.R
    13:       }else if(quimin[i]!=minloc & i==length(x)){#changement et on est au dernier, on ferme le prcdent et on ajoute le rectange final

The Title field should be in title case, current version then in title case:
‘Linear Regression based on Linear Structure Between Covariates’
‘Linear Regression Based on Linear Structure Between Covariates’

The Date field is over a month old.
* checking package namespace information ... OK
* checking package dependencies ... ERROR
Package required but not available: ‘ridge’

See section ‘The DESCRIPTION file’ in the ‘Writing R Extensions’
manual.
* DONE

Status: 1 ERROR, 1 WARNING
See
  ‘/mnt/building/build_2016-08-18-12-24/RF_PKG_CHECK/PKGS/CorReg.Rcheck/00check.log’
for details.

Run time: 10.84 seconds.

Additional Logs:   00install.out
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